侯景立蕭棟為帝，不過是為了緩衝一下，好接著走下一步——篡位。蕭棟登位之後，侯景便加速行動，先殺了太子大器和在京的王侯20餘人，又殺了在外地的簡文帝諸子。九月間，再把簡文帝本人也殺死。蕭綱父子掃除殆盡，侯景認為條件成熟。於十一月九日命蕭棟給自己加九錫，其漢國置丞相以下百官。10天之後，遂逼蕭九*九*藏*書棟下詔禪位。侯景稱帝，改元太始，國號為漢。蕭棟被封為淮陰王，與其弟蕭橋、蕭繆同被囚禁於密室之中。

侯景本想待拓定中原以後，再自立為帝。因而先是立蕭正德，后是奉蕭衍、蕭綱父子做傀儡皇帝。後來形勢日益惡化，尤其大寶二年（公元551年）夏巴陵大敗，猛將宋子仙等戰死之後，侯景開始擔hｔtｐｓ://ｒｅaｄ.９９csｗ.cｏm心自己不能久據建康，便想早日篡位，過過皇帝癮。

第二年（公元552年）三月，王僧辯率梁軍收復建康，侯景逃走。如何處置傀儡皇帝，是個敏感的問題。當初。王僧辯奉湘東王蕭繹之命自江陵率兵東討侯景時，曾請示蕭繹：「平城之後，當以何禮待嗣君？」蕭繹說：「六門（台城九*九*藏*書有六門）之內，自極兵威。」僧辯聽得明白，可他不願擔個弒君惡名，故而回答道：「討賊任務，由臣承擔，成濟（魏國太子舍人，殺魏高貴鄉公曹髦）之事，請舉別人。」蕭繹遂秘密指示宣猛將軍朱買臣去干此事。及至建康收復，嗣君蕭綱早已死去，只有蕭棟及其兩個弟弟還活著，見不再有人看管，就相互攙扶著走了出來。3人重見天日九-九-藏-書，十分慶幸。蕭橋、蕭繆說：「今日始免橫死矣！」蕭棟卻不那麼樂觀，他說：「禍兮福所倚，福兮禍所伏。禍福難知，我還是很害怕！」蕭棟的擔心是對的。第二天，兄弟3人在路上恰好遇到了正在四處尋找他們的朱買臣。朱買臣佯裝十分熱情關心的樣子，把3人叫到船上飲酒，未等吃完，便將他們全都沉於水中。

大寶二年（公元551年）八月九-九-藏-書，侯景命壽光殿學士謝昊起草禪位詔書，然後逼蕭綱照抄一遍。一切準備停當之後，侯景便遣衛尉卿彭雋等帥兵入殿，廢簡文帝蕭綱為晉安王，將其軟禁于永福省。然後派人抬著御輦去把豫章王蕭棟迎來登基。蕭棟驚恐萬狀，哭著登輦。

蕭棟之父豫章王蕭歡，是昭明太子蕭統長子。蕭棟是蕭統嫡孫，屬於所謂「正緒」，故侯景才選中他取代蕭綱的「非正緒」。