收拾乾淨之後，張獻忠率部啟程。開國時的一千多文官，此時被殺剩二十五名，忠心耿耿地跟在身邊。士兵人數亦只剩三分之一。張獻忠猶滿腔豪氣。可惜行至西充鳳凰山，遭遇清兵。他隨即：

人已經殺得差不多了，張獻忠開始撤退。窮途末路之人，比以往任何時候都眷戀家鄉。他對部下說：「棄蜀出秦，一得長安，則是中原首領自我而據，且關中為我故鄉，諸將兵多系秦人。自來強兵戰馬皆產於秦，要圖大事，還是陝西九_九_藏_書。」

「獻忠欲此行入陝，惡其黨太多，欲止只（留）發難時舊人。」他和汪兆齡等密議如何實行。「兆齡慫恿之曰：『恐兵知而先噪奈何？不若先立法，責之各將軍都督等，多置邏者，以伺察營伍中行偶語者及微過，皆置文法並連坐，如此則殺之令名，無覺者矣。』密議已定，輒收治。」

其一系四川人，有在四川入伍者，有系四川人而在他省入伍者。其二系他省人而在他省入伍者https://read.99csw.com，有系他省人而在四川入伍者。其三系明朝官兵投降過來者，有系陣前俘獲者，又有系各地方上的土匪入夥的，俱當盡誅。

《蜀碧》載：

結果在軍中共殺「男婦二十萬有奇」，佔全軍半數，張獻忠在自己軍中製造的屠殺恐怖，使得倖存者恐為張獻忠所屠，大批逃奔「搖黃十三家」起義軍。

張獻忠還認為，隨營婦女是自己行軍作戰的累贅，在殺過自己士兵以後，把屠刀探向軍中婦女。順治三年（公九*九*藏*書元1646年），他離開成都時，首先將自己的三百嬪妃殺掉二百八十名，只留了二十名侍候自己。並命令：

其中尤其是四川義軍，張獻忠認為都是些「剽悍亡命，叵測不軌之徒」，故「恨入骨髓」，必欲除之而後快。

還有史料記載，由於缺乏軍糧，張軍曾經把這些死亡者的屍體「剮之割之，製成腌肉，以充軍糧」。

密議結果，在義軍中要「收治」的有三種人：

其時，張獻忠方四十一歲。

先謊稱要從士兵中挑出精幹者，成立read.99csw.com水師營。因此命令部隊在張獻忠等軍官面前列隊而過，過去者生，被『挑中』者即待死。先在江邊建造了一個木柵城，挑出來的數萬軍人都關進城內，開殺之時，先用槍炮向內轟攻，死傷大半，然後方揮兵入內砍殺。

「各營所有婦女，齊集一處，由兵圍繞，獻忠另選兵人一隊為刀斧手。號令一聲，亂砍亂殺，叫冤哭慘之聲，展動天地。婦女屍身堆積如山，血流成河。」

屠殺的辦法與殺士子時類似。據《蜀警錄》載：

騎馬出營，未穿盔甲九-九-藏-書，亦未攜長槍，除短矛外，別無他隊，同小軍七八名，並太監一人，奔出營外，探聽滿兵虛實。至一小崗上，正探看之際，突然一箭飛來，正中獻忠肩下，由左旁射入，直透其心，頓時滿地鮮血長流，獻忠在血中亂滾，痛極而亡。

然而，這時又遇到了供應問題。人口消滅凈盡，自然糧食就越來越難找。數十萬軍隊，沒吃沒喝，如何行軍？張獻忠想到了屠殺自己的部下。當然，要殺必先殺那些擄來的四川人，他們雖然被征入伍，心卻不附，經常有人開小差。