雍正即位之初，有人控告多明我會教士在福建建築教堂，閩浙總督滿寶上疏，「請將各省西洋人除送京效力人員外，余俱安置澳門，其天主堂改為公廨，誤入其教者，嚴行禁飭」。雍正在1724年下令，限各省傳教士在半年內離境。各省教士50多人，包括耶穌會教士37人，連同五名主教一齊被驅逐出境。1732年8月，齊集在廣州的35名教士，也被兩廣總督放逐澳門。在欽天監的教士20人，以監正戴進賢、監副徐懋德為首，仍繼續留用，但不準傳教。雍正又召見馮秉正、巴多明、費隱三司鐸說，「教友惟認識爾等，一旦邊境有事，百姓惟爾等之命是從；雖現在不必顧慮及此，然苟有千萬戰舶，來我海岸，則禍患大矣」，表示不能使中國人都成為教徒，聽命于教皇。1725年，雍正對前來朝賀的教皇使節說，「天下各教皆以勸善為本，然教之至善，未有善於儒者」，公開表明對天主教的拒絕態度。

多明我會對於這一決定極為不滿，教士鮑郎高責問聖職部，要求教廷答覆1645年的禁令是否仍然有效。1669年11月，教皇克萊芒特九世批准聖職部發出第三項指令，宣布1645年和1656年的兩項指令均屬有效，具體情況由傳教士自行判斷，並將此案交異端裁判所繼續審議。儘管爭論雙方仍然各行其是，利瑪竇以來的耶穌會傳教方針實際上已取得教廷的認可。欽天監教案發生后，耶穌會、多明我會、方濟各會、奧斯定會的在華傳教士齊集廣州，討論一個多月，於1668年1月26日作出一個42款的決議，其中有「恪遵1656年法令」的條款，參加者均籤押認可。在禮儀問題上，方濟各會、奧斯定會與耶穌會持相同觀點，西班牙多明我會教士納瓦雷特卻逃到澳門返回西班牙。1676年，他在馬德里出版《中國歷史政治宗教論集》第一卷，公開抨擊耶穌會在華傳教方針，著重攻擊有關禮儀的問題。三年後又出版第二卷，使有關中國禮儀的爭論趨於激化。

1658年，羅馬教廷在中國推行宗座代牧制，任命五年前成立的巴黎外方傳教會教士為宗座代牧，積極支持法國傳教勢力進入中國。1684年，中國南部宗座代牧陸方濟進入福建，並以總理全國教務的身分宣布在華傳教士、會士、傳教員必須宣誓服從代牧。葡萄牙、西班牙禁止本國傳教士對他宣誓，法國也僅同意本國傳教士向法國主教宣誓。1688年，葡萄牙政府宣布，凡到東方傳教的各國傳教士，都要從里斯本出發，並宣誓服從葡萄牙保教權。1690年，羅馬教廷為了緩和與葡萄牙的矛盾，同意葡萄牙在其保教權下設置澳門、南京和北京教區，並有確定教區範圍的權利。葡萄牙將中國各省全部劃歸於三個教區之內，致使羅馬教廷派遣來華的主教竟無插足之地。1696年，羅馬教廷宣布縮小葡萄牙的主教區範圍，在江西(西班牙奧斯定會傳教範圍)、湖廣、陝西(義大利方濟各會傳教範圍)、福建、四川、雲南(法國巴黎外方傳教會傳教範圍)、貴州(法國耶穌會傳教範圍)、山西(耶穌會中國傳教會傳教範圍)和浙江(西班牙多明我會傳教範圍)九省設置八個代牧區，歸教廷直接統轄，委託各修會管理。這些代牧區名實俱存者僅福建、四川、陝西三省。羅馬教廷和西方各國對中國傳教區領導權和勢力範圍的爭奪，使對中國禮儀的爭論進一步激化和複雜化。1693年，陸方濟的繼任人閻璫〔dang當〕(即昧各老)在福建發布牧函，禁止使用「天」和「上帝」兩個稱謂，不準教徒祭孔拜祖，認為1656年教廷容忍禮儀的指令，在良心上無須遵守。接著，他又開除了兩名耶穌會教士，激起耶穌會會眾的反對。閻璫派兩名教士赴羅馬，請教廷重新審議1656年的指令。1697年，教皇英諾森十二世將此案交付異端裁判所審處。同時，法國耶穌會教士李明於1692年回國后，撰寫了《中國現狀新志》和《論中國禮儀書》，介紹儒家學說並批評西方對東方文化的無知，在法國教會內部引起一場關於中國禮儀問題的大規模爭論。此時，反對耶穌會在華傳教方針的意見，在法國教會內部逐漸取得主導地位。1700年，巴黎大主教諾阿耶和索邦神學院煽動輿論譴責耶穌會對華傳教方針，李明的著作也遭到批判並禁止出版。rｅad.９９ｃｓw•com九-九-藏-書

不久發生蘇努一案。宗室蘇努全家信教，因在王位繼承上襄助康熙第八子允禩〔si四〕，開罪于雍正。其子勒什亨、烏爾庫又因庇護康熙第九子允禟〔tang唐〕獲罪，隨允禩、允禟充軍西寧，隨行者有葡萄牙耶穌會教士穆敬遠。勒什亨、烏爾庫在西寧傳教，被雍正召回北京收押，株連蘇努和穆敬遠。1726年，葡萄牙派使者麥德樂來華營救穆敬遠，向雍正獻厚禮。此時穆敬遠早已中毒身亡。雍正回贈厚禮，並派御史常保護送麥德樂至澳門。國內禁教仍然雷厲風行，教堂僅保留北京的南堂、東堂、北堂和雍正時專為傳信部建造的西堂。各國傳教士只有在本國政府支持下，秘密潛入內地傳教。

十六七世紀，葡萄牙和西班牙傳教士在中國沿海傳教時，要求領洗的中國教徒必須採用西方的姓名，接受西方的生活習慣，因而中國人民將入教視為歸順外國殖民者，加以抵制，致使西方傳教士長期無法在內地立足。利瑪竇入華后，極力調和基督教教義與中國傳統習俗的矛盾，以減少傳教的阻力。他引征儒家經典中天和上帝的概念，作為基督教至上神天主存在的依據，並對祀天、祭孔、拜祖等傳統禮儀和社會習俗持寬容態度，從而獲得成效。這些順從中國習俗的方法本屬有利傳教的權宜之計，但仍有部分在華傳教士反對。如利瑪竇的繼任人龍華民，一開始就反對這種天主教中國化的方針，他繼任會長后便禁止教徒祭孔拜祖和稱天主為「天」或「上帝」。1627年12月至1628年1月，在華耶穌會教士由陽瑪諾主持在嘉定召開會議，在關於天主譯名的問題上雖然未能取得一致意見，但對於祭孔和拜祖等中國傳統習俗，則認為不宜於干涉。湯若望沒有參加會議，但贊同大多數人的這一意見，使天主教盡量適合中國人的生活。在華耶穌會教士中，支持利瑪竇的有閔明我、衛匡國、高一志、徐日昇、張誠等，贊成龍華民的有龐迪我、利類思、傅泛際等。當時，西班牙、法國等國的宗教勢力尚未深入中國，羅馬教廷也因東方教區屬於開創階段，傳教方法讓教士自由決定，無意多加干涉，所以在華耶穌會教士內部雖有意見分歧，但還未發生激烈的爭論。

1710年，教皇克萊芒特十一世重申給鐸羅的禁令，北京耶穌會教士上書教廷，要求暫時收回成命，復加審查。羅馬經過重新審議，於1715年頒布《自登極之日》通諭，宣布傳教士不得重提中國禮儀問題，並命在華傳教士必須宣誓遵守前令。次年八月禁令傳到廣東后，多數教士只得遵行。康熙認為這是干涉中國內政，在1717年4月16日下旨禮部禁止天主教在華傳教。1720年，教皇克九_九_藏_書萊芒特十一世派遣亞歷山大宗主教嘉樂為特使，取道里斯本赴華，企圖說服康熙同意接受教皇禁令，繼續允許西方傳教士在華傳教。康熙在接見時，對教皇禁令與「中國之大理」相悖謬處嚴加駁斥，指出：「爾西洋人不解中國字義，如何妄議中國道理之是非？」教皇的禁令「只可禁止爾西洋人，中國人非爾教皇所可禁止」。並且批示：「以後不必西洋人在中國行教，禁止可也，免得多事。」嘉樂的使命宣告失敗，於1721年離京，至澳門提出「八項准許」的暫行折衷辦法，同意在不違背禁令精神的前提下可以奉行非宗教性的中國禮儀。但各教區、各修會仍議論紛紛，爭吵不休。1742年，教皇本篤十四世頒布《自上主聖意》通諭，重申1715年禁令，廢除「八項准許」，並以對此項禁令的服從為入教條件。至此，長達百年之久的天主教的中國禮儀之爭得以平息，但天主教也失去了在華合法傳教的政治條件。

1630年以後，西班牙多明我會、方濟各會教士先後從菲律賓來到福建傳教。他們為了打擊葡萄牙勢力，奪取對華傳教的控制權，對耶穌會容忍教徒祭孔拜祖大張撻伐。馬尼拉大主教根據西班牙傳教士的報告，1635年訴請教皇烏爾班八世注意在華耶穌會士對於中國偶像崇拜和迷信行為的過分寬容，但後來他又撤回原來的上訴。1643年，多明我會教士黎玉范專程赴羅馬教廷傳信部，對中國耶穌會傳教會提出17條指控，在教廷挑起一場爭論。教廷傳信部為打破葡萄牙對中國傳教的壟斷權，同年任命黎玉范和方濟各會士栗安當為葡萄牙保教權之外的中國傳教區監牧。兩年後，教皇英諾森十世批准多明我會的指控，禁止中國教徒祭孔拜祖。在華耶穌會教士聞訊后，特派正在布魯塞爾的衛匡國到羅馬向教皇報告教務，闡明禮儀ｒeaｄ•９９csｗ.cｏm問題。衛匡國在1654年向教廷聖職部提出有關禮儀問題的建議，要求把敬拜祖先的儀式與民間迷信活動分開，說明根據中國的實際，拜祖只是敬死如生，並非視死者為神靈，因此不是偶像崇拜。還提出祭孔禮儀作為民間尊師的禮節，已成為知識分子的社會習俗。祭孔拜祖純屬中國文化制度的問題，不具宗教性質。經過五個多月的辯論，耶穌會在羅馬終於獲勝。1656年，教皇亞歷山大七世重作裁決，同意耶穌會在華的傳教方針，並批准衛匡國的建議，發布「按所敘實況，教徒在不妨害根本信仰的情況下，可以自由參加中國禮儀」的指令。

1700年以後，關於中國禮儀的爭論發展為羅馬教皇與清朝皇帝的直接衝突。1699年，耶穌會教士徐日昇、閔明我、安多、張誠等上疏奏請康熙訓諭中國禮儀之真解。康熙在1700年11月30日批示：「敬天及事君親、敬師長者，系天下通義，這就是無可改處。」反對派攻擊耶穌會教士關於教義的爭論不請求教廷解決，反而依賴教外皇帝的裁定，純屬離經叛道。1701年，教皇克萊芒特十一世任命安提阿宗主教鐸羅為特使，赴華處理傳教士之間有關中國禮儀問題的爭端，並在中國擴大代牧制，進一步打破葡萄牙對在華傳教權的壟斷。1704年，教皇發布禁令七條，要點為(1)不準以「天」或「上帝」稱天主；(2)不許教堂懸挂康熙親題的「敬天」匾額；(3)禁止教徒祭孔、拜祖；(4)不得在家留有寫著靈位、神主的牌位等。1705年冬，鐸羅攜帶教廷禁令抵達北京，雖未交驗教廷任命狀，仍被康熙三次召見，優禮相待。後來康熙知道教皇要中國政府服從教廷禁令，便嚴斥閻璫等「不通文理，妄誕議論」，「輕論中國理義之是非」。並指出，「近來自西洋所來者甚雜」，要「定一規矩」，「命後來之人謹守法度」，不得干涉中國內部事務。1706年，康熙派官將鐸羅護送至南京，暗中加以監視。鐸羅到南京后，得知康熙已有諭旨，規定傳教士必須持有朝廷准予傳教的印票並服從中國禮儀，才能在中國傳教，便於1707年1月25日在南京天主教堂，以自己名義將教皇禁令摘要公佈於致在華傳教士公函中，不準使用「天」和「上帝」的稱謂，不許祭孔拜祖，違者處以絕罰(開除教籍)。3月17日，康熙在蘇州對孟由義等九名教士重申，「自今以後，若不遵利瑪竇的規矩，斷不準在中國住，必逐回去」。凡尊重中國法律和禮儀習俗的，可領取內務府准予傳教的印票，「就如中國人一樣」在中國合法居住。並派耶穌會教士艾若瑟等到羅馬協商。鐸羅的公函下達后，在華的巴黎外方傳教會教士、大部分多明我會教士、少數方濟各會教士，服從禁令而拒絕領取傳教印票，均被驅逐出境。耶穌會教士和部分方濟各會教士、奧斯定會教士則願意遵守中國法度，領取傳教印九_九_藏_書票；對鐸羅禁令，上訴教廷，陳述不予執行的理由。鐸羅在廣州因拒交教廷任命狀，被押解澳門，交澳門總督看管。葡萄牙人本來就懷疑鐸羅的使者身分，將他軟禁。1710年5月，鐸羅病死於軟禁中。

1773年7月21日，教皇克萊芒特十四世正式下令取締耶穌會，兩年後命令傳到中國，耶穌會中國傳教會宣告解散。1785年4月，教廷傳信部派遣的三名遣使會教士抵京，以北堂為住院接替耶穌會傳教。在中國傳教200年的耶穌會正式退出中國歷史舞台，天主教的傳教活動跌入低谷。據1810年的統計，全國天主教徒人數下降到21.5萬人。在1840年前，教會的教務主要由80名中國教士主持，基層教堂均由上層教徒管理，秘密進入內地的外國傳教士僅30名。基督教在歷史上曾四次入華，在基督教傳播的歷史上，從未有過需要如此反覆多次、重新開始傳教的國家。而且，至少前三次重新開始時都要完全從頭做起。唯有第四次對華傳教活動能稍稍藉助于以前打下的基礎。這裏所講的第四次對華傳教活動，就是19世紀以來，以基督教新教入華為起點，各派各差會憑藉殖民勢力所進行的大規模傳教活動。

天主教的傳教活動始終操縱于西方傳教士之手，教廷的禁令又與中國傳統的禮儀習俗、知識分子的登仕之途背道而馳，傳教事業很快陷於絕境。乾隆時期，清政府繼續多次搜捕秘密進入內地的傳教士。1747年，福州處決一名多明我會主教。次年，蘇州絞死兩名耶穌會教士。南京、湖北、四川接連關押教士。1785年，方濟各會四名教士潛入內地，在湖廣被捕。接著，四川、山西、陝西、山東、江西、廣西等省教士，或被捕，或自首，相繼押解北京，18名西方傳教士最終被從寬釋放。但在北京，始終有教士供職宮廷。欽天監有戴進賢、徐懋德、劉松齡、鮑友管、高慎思、索德趨。郎世寧在內廷繪畫，林濟各修理鍾錶，羅懷忠充當藥師，安泰是御醫。另有南堂、東堂耶穌會教士11人，北堂法國耶穌會教士11人。