清兵入駐京城后，下令城內居民三日內遷居城外。湯若望為保全曆書書版、天文儀器、傳教經典、曆法書籍、供像禮器等，上疏攝政王多爾袞給予保護，獲得特許。多爾袞下令保護其地，不準士兵滋擾。1644年6月，湯若望進呈預推8月朔日食分秒時刻及起複方位。7月，進呈所制渾天星球、地平日晷、窺遠鏡、輿地屏圖等，並上書修訂曆法，進呈新編曆書一冊。8月，經觀象台測驗，湯若望的新法推算，密合天行，從此受到新王朝的信任，與龍華民一起奉命「依西洋新法」測驗天象，改訂曆法。11月，湯若望掌管欽天監印信，歷局併入欽天監。1645年，湯若望將徐光啟主編的《崇禎曆書》改訂易名，以《西洋新法曆書》進呈，順治帝親批「依西洋新法」，定名為《時憲歷》，下令印造頒行天下。湯若望就任清朝欽天監第一任外國人監正，次年加太常寺少卿銜。1651年，順治親政，常召湯若望進宮諮詢，呼其為「瑪法」(滿語：親愛的神父)。8月，誥封為通議大夫，封其祖父與父為通奉大夫，祖母與母為二品夫人。1653年賜號「通玄教師」，以為褒獎。

康熙即位之初，以鰲拜為代表的守舊勢力輔政，與西方傳教士不合。楊光先在1664年7月向禮部控告湯若望等潛謀造反，邪說惑眾，曆法謬誤。他在《請誅邪教疏》中說：

湯若望身為耶穌會北京會長，隨其政治地位的上升，北京的傳教活動也逐步發展。1650年，順治賜湯若望宣武門內原天主堂旁空地一塊，重建新教堂。皇太後為修教堂賞賜銀兩，王公大臣相率捐助。1652年新教堂落成，順治御筆親題「欽崇天道」匾額。1654年又賜阜成門外利瑪竇墓兩旁土地為日後教會墓地，湯若望在其地建造聖母堂一座。1657年，順治又親筆題寫「通玄佳境」，賜為宣武門教堂堂額，並有御制天主堂碑記，以示寵信。此後，湯若望先後獲准邀請傳教士約20人分批到各地公開傳教。

楊光先宣稱：「寧可使中夏無好曆法，不可使中夏有西洋人。無好曆法，如漢家不知合朔之法，日食多在晦日，而猶享四百年之國祚。有西洋人，吾懼其揮金以收拾我天下之人心，如厝〔cuo錯〕火于積薪之下，而禍發之無日也。」(《日食天象驗》)湯若望去職后，楊光先補為欽天監副，不久升為監正，將湯若望居住的南堂奪為私宅。監副一職則由吳明烜充任。可是，舊法乖疏已是不可掩飾的事實，他們所造1669年曆差誤不少。1668年，康熙命楊光先與南懷仁各據所學，同測正午日影，楊光先所測不驗，而南懷仁推算不差分毫。后赴觀象台實測九_九_藏_書星象，也是西法為準。對此，楊光先強辯說：「中國乃堯舜之歷，安有去堯舜之聖君而採用天主教歷？且中國以百刻推算，西曆以九十六推算，若用西洋歷，必至國祚短促，不利子孫。」但康熙仍以誣妄罪先後革除楊光先、吳明烜官職，重新起用南懷仁供職欽天監。1669年鰲拜集團被除后，南懷仁等上書陳冤，朝廷議處楊光先死刑，因年老免死，歸里途經山東德州，病發而死。湯若望恢複原有職銜和通微教師稱號(因避諱改「玄」為「微」)，李祖白等俱照原官恩恤，許之漸、潘盡孝等以原官復職。解送廣州的傳教士，在1670年12月奉命開釋，通曉曆法的閔明我、恩理格來京供職，其餘送歸各省本堂居住，康熙親書「奉旨歸堂」四字分諭教士。對於傳教活動，除南懷仁等數人可照常自行傳教外，其他各省為防止教民建立教堂、發展教徒，頒布告示，繼續嚴格禁止傳教活動。

這一時期，基督教的另一派系東正教中的俄羅斯正教，也從我國東北地區逐步侵入內地。1665年，俄國武裝人員侵佔我國黑龍江左岸的雅克薩地區，俄國基廉斯克修道院長葉爾莫根在該地建基督復活教堂。1671年，他又在該地磨刀石山建仁慈救世主修道院。這是東正教進入中國的開端。1685年，清軍收復雅克薩，東正教修士馬克西姆·列昂節夫隨同部分戰俘來到北京，駐在城東北角胡家圈衚衕。為照顧戰俘的宗教生活，清政府將該衚衕內一座關帝廟改建為東正教堂，命名為聖索菲亞教堂，因堂內掛有一幅尼古拉聖像，故又稱尼古拉教堂，俗稱羅剎廟，也稱俄羅斯北館。1700年，沙皇彼得一世發出派遣俄羅斯正教駐北京傳教士手諭。1715年，第一個傳教士團隨俄國商隊進駐羅剎廟，自稱北京東正教總會。1727年《中俄恰克圖界約》簽訂后，傳教士團變為常設機構，代行官方外交職能，並在北京東交民巷再建奉獻節教堂，又稱俄羅斯南館。至1860年，沙俄共向中國派遣13批傳教士，共計155人。自1807年起，沙俄外交部向每批傳教士團都委派監護官。據1780年俄羅斯正教最高宗教會議的指示和1818年沙俄政府的訓令，傳教士團的任務主要是辦理中俄外交事務和收集情報資料。因此，他們對傳教的興趣不大，至1860年，在中國有記載的東正教教徒人數只有200名左右。但在逼迫清政府簽訂不平等的《中俄璦琿條約》和《中俄北京條約》時，他們卻為沙俄政府起了重要的參謀作用。1860年以後，駐北京傳教士團由過去沙俄政府直接委派，改為俄羅斯正教最高ｈttｐs://ｒｅaｄ.９9csｗ•ｃｏｍ宗教會議派遣，其外交職能轉歸俄國駐華外交公使。此後，他們才開始利用不平等條約所攫取的權利，大規模向內地傳教。

清兵入關后，耶穌會教士有畢方濟、瞿紗微等繼續活動於南明宮廷，而北方教務，由湯若望等留居北京，隨機應付，以免被清廷所禁絕。湯若望因而成為清初在華耶穌會教士中最負盛名者。湯若望，德國科隆人，1620年隨法國傳教士金尼閣來華，1622年抵達廣州，隨即到北京學習漢語，后被派往西安傳教。1629年，徐光啟主持修歷，舉薦龍華民、鄧玉函參与其事。次年，鄧玉函死於北京，經徐光啟推薦，從開封、西安兩地調羅雅谷、湯若望進京，參加《崇禎曆書》的編輯工作。湯若望受命管理歷局，製造天文儀器，推演算術，翻譯西書。同時，他利用為太監講解天文的機會，在宮中進行傳教活動，領洗入教的有御馬太監龐天壽等。1636年，湯若望奉旨督造戰炮，兩年中鑄炮20門。為了替各省的天主教徒謀取合法地位，他在1638年奏請明思宗賜題「欽褒天學」四字，並制匾分送各地天主教堂懸挂。1640年，因再鑄火炮而立功。兩年後，奉旨將造炮技術傳授兵仗局，並譯述《火攻挈要》。1644年3月，李自成率領起義軍進入北京，命湯若望留任欽天監。4月，清兵攻陷北京，湯若望隨輔臣李建泰降清。

湯若望等教士取得朝廷信任和執掌欽天監后，蓄意排斥「大統」、「回回」及「東局」三家曆法，從而引起新舊曆法之爭。1657年，革職回回科官員吳明烜〔xuan選〕首先發難，兩次上書言湯若望推算舛謬。經大臣測驗，吳明烜所言多不符實，因而獲罪。湯若望被授通政使司通政使，晉一品。次年皇帝復授湯若望光祿大夫，並恩賞其先世三代一品封典。1661年4月，湯若望70大壽，不少大臣贈詩相賀，順治因潘盡孝之子為湯若望義孫，准入欽天監。在吳明烜疏劾湯若望時，徽州新安衛楊光先起而響應。1659年他寫出《辟邪論》、《距西集》、《摘謬十論》等文，攻擊天主教教義及西洋曆法之謬誤。1660年，他又上書禮部，控告新曆封面刻印「依西洋新法」，是暗竊正朔之權以予西洋。疏上未准。1664年，楊光先繼續論戰。楊光先指出，「向盤踞京師者止若望四人，今則群聚數十尚不知避忌，今知秘其機緘，金多可役鬼神，漢人甘為線索，往來海上，暗通消息……況其教以謀奪人之國為主……其謀奪日本國也，有舶商之口可憑；其已奪呂宋國也，有故明禮部臣沈(氵隺)之參疏可據。如此狼子野心之凶人，又有火器刀甲之銛〔xian鮮〕猛，安可與之同中國哉？」(《閽辭疏》)這已經不是曆法之爭，而是政治上的激烈鬥爭了。九九藏書

康熙年間天主教的重振，得力于比利時教士南懷仁。南懷仁在1669年任欽天監監副，掌欽天監監務。1674年，製成觀象台天文儀器六件：天體儀、赤道經緯儀、黃道經緯儀、地平經儀、地平緯儀、紀限儀，並著《新制靈台儀象志》，繪圖解說。同年，南懷仁升任欽天監監正，加太常寺少卿銜。1678年撰《康熙永年曆法》，加通政使司通政使銜。自1674年至1676年，清廷為鎮壓三藩的叛亂，授命南懷仁督造西洋新式大炮，大小共120門。1680年，奉旨鑄造戰炮320門，次年完成，並著《神威圖說》於1682年進呈rｅａd.99csw•cｏｍ，深受康熙讚賞，復加工部右侍郎銜。此後，傳教士常常借工部侍郎親屬身分進入內地傳教。南懷仁在1676年出任耶穌會中國傳教會副會長后，積極要求耶穌會派教士來華，開展傳教工作。正好法王路易十四為了對抗葡萄牙，擴張法國的勢力，設法同中國、沙俄聯絡，特從法國耶穌會教士中選派白晉、張誠、李明、劉應、洪若翰來華。五人都精通天文、歷算、地理等，與新成立的法國科學院有聯繫。白晉等在1688年攜帶天文儀器來到北京，經在欽天監供職的葡萄牙教士徐日昇引見，張誠、白晉奉旨留京效用，其他三人往各省傳教。1689年，徐日昇、張誠奉旨參加《中俄尼布楚條約》談判，任拉丁文翻譯。1690年，白晉、張誠繼徐日昇任宮廷教師，入宮為康熙講授西學，並在宮中設立實驗室。1693年，康熙在研究解剖學時忽患瘧疾，張誠、白晉以所帶金雞納霜進呈，使其恢復健康，康熙因此對傳教士更有好感。前一年，多明我會教士在蘭溪新建教堂被浙江巡撫所禁，徐日昇、張誠等上奏縷述傳教士製造火炮、辦理外交等功績，要求解禁。是年，康熙頒布諭旨，許「將各處天主教堂俱照舊存留，凡進香供奉之人，仍許照常行走，不必禁止」。1697年，康熙命白晉出使法國，招聘博學的教士來華，在1699年同雷孝思、馬若瑟、巴多明等10名法國教士來到中國。此後，又有蔣友仁、馮秉正、錢德明、宋君榮相繼來華。1708年，康熙令白晉、杜德美、雷孝思、費隱等傳教士赴全國各地測量繪製《皇輿全覽圖》，歷時九年方告完成。在這些傳教士倍受重用的同時，傳教活動也有很大進展，在1664年至1701年不到40年的時間里，受洗教徒幾乎增加了一倍。據1701年的統計，全國13行省共有傳教士117人，教士住屋114處，大小教堂250處，教徒達30萬人。

8月，禮部提審73歲的湯若望，湯若望突患痿痹，不能答話。到10月，照諭旨將信教職官李祖白、潘盡孝等拘捕，南懷仁、利類思、安文思等鋃鐺入獄，湯若望監押禮部。兩個月後，議處湯若望革職監候絞，移押刑部大獄，其他職官革職充軍，各省教士也拘禁候處。楊光先又著《西法十謬》、《選擇議》兩書，並一再上書指責西方傳教士，修歷不辨吉凶，故清世祖幼子榮親王出生三個月而殤亡，欽天監又對殯葬時刻選擇不利，湯若望誤用《洪範》五行，連累其reａd•９9ｃｓｗ•ｃｏｍ母和順治而死。禮、刑兩部因此以弒逆罪議處湯若望以凌遲刑，李祖白等七人同罪議處，潘盡孝等五人俱斬立決。1665年3月，輔政大臣鰲拜召集大臣200餘人共同定案，適逢北京連續地震五日，因請順治生母太皇太后定處。太皇太后命令開釋教士，各省拘禁教士送廣東安插，在欽天監任職的30多名人員或革職，或流徙，歷科李祖白、春官正宋可成、秋官正宋發、冬官正朱光顯、中官正劉有泰等五名教徒處斬，信教大員如御史許之漸、臬台許纘〔zuan攢〕曾、撫台佟國器均被免職。湯若望免處，1666年7月病故於宣武門內天主教南堂。

……西洋人湯若望，本如德亞國謀反正法賊首耶穌遺孽，明季不奉彼國朝貢，私渡來京。邦臣徐光啟貪其奇巧器物，不以海律禁逐，反薦之於朝，假以修歷為名，陰行邪教。延至今日，逆謀漸張。歷官李祖白，造《天學傳概》妖書，謂東西萬國，皆是邪教之子孫，來中華者如伏羲氏；「五經」、「四書」，儘是邪教之法語微言，豈非明背本國，明從他國乎？如此妖書，罪在不赦。主謀者湯若望，求序者利再可，作序者許之漸，傳用者南敦伯、安景伯、潘盡孝、許謙。又布邪黨于濟南、淮安、揚州、鎮江、江寧、蘇州、常熟、上海、杭州、金華、蘭溪、福州、建寧、延平、汀州、南昌、建昌、贛州、廣州、桂林、重慶、保寧、武昌、西安、太原、絳州、開封，並京師三十堂。香山(山奧)〔ao奧〕盈萬人，據為巢穴，接渡海上往來。若望借曆法以藏身金門，窺視朝廷秘密。若非內外勾連，謀為不軌，何故布黨立天主堂于京省要害之地，傳妖書以惑天下之人？……種種逆謀，非一朝夕，若不速行翦除，實為養虎貽患。

欽天監教案期間，各省督撫也拘捕教士，1665年5月解京審辦。山西金尼閣、陝西李方西、山東汪儒望、江西聶伯多、浙江聶度貞等均被拘押。各省解京教士共31人，其中耶穌會25人，多明我會四人，方濟各會二人。不久，這些教士獲釋，25人被圈禁在廣州耶穌會教堂內，不準傳教。