臣累年以來，因與講究考求，知此諸陪臣(西方傳教士)最真最確。不止蹤跡心事，一無可疑，實皆聖賢之徒也。其道甚正，其守甚嚴，其學甚博，其識甚精，其心甚真，其見甚定。在彼國中，亦皆千人之英，萬人之傑。所以數萬里東來者，蓋彼國教人，皆務修身以事天主，聞中國聖賢之教，亦皆修身事天，理相符合，是以辛苦艱難，履危蹈險，來相印證，欲使人人為善，以稱上天愛人之意。(《徐文定公集》卷五)

李之藻在高郵，楊廷筠在杭州，都致書南京官員請求保教。但沈(氵隺)交結禮部尚書東閣大學士方從哲，令巡城御史孫光裕逮捕王豐肅、謝務祿，並陸續關押教徒二三十人。然後具疏奏請，促使皇帝於12月28日頒下禁教之令。次年，龐迪我、熊三拔、王豐肅、謝務祿等被押解廣東，其他傳教士都隱匿民間。1621年山東白蓮教起義，沈(氵隺)升任禮部尚書東閣大學士。他勾結魏忠賢，指責天主教為白蓮教，再次指使南京逮捕教徒。傳教士紛紛遷居杭州楊廷筠和上海徐光啟家避禍。1623年沈(氵隺)被首輔葉向高所排斥，南京教案才告平息。王豐肅改名高一志，謝務祿改名曾德昭，潛入山西、浙江、陝西等地傳教。

1651年1月，卜彌格齎書由肇慶出發，隨行的中國教徒秦安德年僅19歲。在澳門和果阿，葡萄牙當局因不願招致清朝不滿而加以阻撓。卜彌格一行至1652年12月才抵達威尼斯。卜彌格以華服華禮向威尼斯政府呈遞文件。隨即赴羅馬，但羅馬教廷對他的使者身分極表懷疑，耶穌會總會長也指責他獨斷read.99csw.com獨行，私來羅馬。直到新教皇亞歷山大七世繼位后，接獲澳門、印度等地主教來函，才確認其使者身分。1655年12月18日，卜彌格蒙教皇召見，呈上烈納太后及龐天壽書信。教皇複信措詞空泛，交由卜彌格攜回中國。1658年卜彌格抵達暹羅(泰國)。這時兩廣已陷入清軍手中，永曆帝由雲南逃亡緬甸，皇太后和龐天壽也早已病故。卜彌格無法復命，次年病死於百色。在此期間，另一位耶穌會教士瞿紗微也曾為永曆政權求援于澳門，遭到拒絕。1651年永曆帝從南寧出走時，瞿紗微隨同乘舟西行，中途被清兵追殺。

利瑪竇去世后，義大利西西里人龍華民繼掌中國天主教教務。他對於利瑪竇認為無關緊要的，如祀天、祭祖、拜孔等儀式，都視為迷信，禁止教徒參加。社會人士因而產生反感，反教風潮也隨之而起。

1616年5月、8月和12月，南京禮部侍郎沈(氵隺)〔que卻〕三次向明神宗上疏，認為西方傳教士散處中國，時有窺伺之舉；勸人崇奉天主，不祀祖宗，是教人不孝，有背名教；私習曆法，有乖律例私習天文之禁；聚男女於一室，抹聖油，灑聖水，易敗壞風俗，淆亂綱紀(《南宮署牘·三參遠夷疏》)。南京諸大臣，如晏文輝、余懋〔mao茂〕孳、徐如珂等，都應聲附和。士大夫也紛紛著書，如虞淳熙的《利夷欺天罔世》、林啟陸的《誅夷論略》、鍾始聲的《天學初征》和《天學再征》、鄒維璉的《辟邪管見錄》、許大受的《聖朝佐辭》等，指責天主教「暗傷王化」，「誣妄先師」，「左道惑人」，從而掀起非教風潮。7月，徐光啟在北京上《辨學章疏》，竭力為傳教士辯護：

1613年，耶穌會為了擴大在華傳教規模，派遣金尼閣回九_九_藏_書羅馬，要求增派教士。金尼閣請求教廷批准中國自成一個省區。當時在華教士不滿20人，會所不過五處(北京、南京、肇慶、韶州、南昌)，教徒不足一萬，因此只改划為副省區，和日本同屬一個省區。雖獲准用漢語舉行彌撒和念經，但未實行。龍華民以後，羅如望(1623年)、陽瑪諾(1625年)、傅泛際(1636年)相繼擔任在華耶穌會中國傳教會會長。后又分華北、華南二大教區，傅泛際任華北會長，管理北京、山東、陝西、山西、河南教務，共有教士五人。其中山東濟南開教，龍華民出力最多。陝西西安開教始自湯若望。山西絳州開教，始自高一志。河南開封開教，始自畢方濟。艾儒略駐福州，任華南會長，管理南京、江西、湖廣、四川、浙江、福建教務，共有教士15人。杭州開教，始自郭居靜、金尼閣。揚州、福州開教，均始自艾儒略。武昌開教，始自何大化。此外，南雄、上海、嘉定、常熟等地，都建有教會。廣東、廣西自1575年起由澳門主教區兼管。1632年天主教傳入海南島。1641年利類思在四川開教。至崇禎末年，全國已有13省傳入天主教。

據羅馬教廷宣教部檔案，永曆政權中掌握軍政大權的龐天壽，在耶穌會教士的慫恿下，首先表示願意遣使進謁教皇，並向耶穌會會長致意。於是烈納太後有了向教皇英諾森十世和耶穌會會長通書之舉。擔任使者的是匈牙利籍波蘭人卜彌格。漢文國書兩件由瞿紗微、卜彌格譯成拉丁文，用黃絹金邊捲軸書寫，一件首題「大明寧聖慈肅皇太后致諭于」「代天主耶穌在世總師、公教皇主聖父」，一件「敕諭耶穌會大尊總師神父」。龐天壽另有上羅馬教皇書。龐天壽致耶穌會會長書，用朱書紅印，並有銀牌一面，上刻漢文和拉丁文read.99csw.com，獻給羅馬聖伊納爵墓。龐天壽還有紅色長方形帖子一件，由卜彌格遞交威尼斯共和國，原件今存威尼斯市檔案館。

清兵入關后，南明政權于危急之中曾通過傳教士赴澳門向葡萄牙政府借兵。義大利那不勒斯人畢方濟在南京教案后被迫離開北京，至嘉定、上海、開封等地傳教。1628年，明神宗第三子福恭王朱常洵〔xun巡〕在開封多次召見他。1644年，常洵之子福王朱由崧在南京建立弘光政權后，派畢方濟赴澳門求援。1645年3月畢方濟自南京啟程，及抵澳門，南京已經失陷。唐王朱聿鍵繼而在福州稱帝，改元隆武。畢方濟於1628年在南陽曾與唐王結識，這時赴福州進《修齊治平頌》，表示願為南明政權效勞。唐王賦詩讚美他為「西域之逸民，中國之高士」，命他同內監龐天壽去澳門商借兵械。1646年8月，唐王被清兵所俘，桂王朱由榔〔lang郎〕在肇慶登基，建立永曆政權。畢方濟又跟從永曆帝，在廣州建立教堂，1647年他曾引領葡萄牙士兵300人守桂林。

此後，非教風潮仍連綿不絕，如1625年艾儒略至福建傳教，引起施邦曜、黃問道、陳候光、李維垣、黃貞等士大夫厭惡，故有非教論著《示禁傳教》、《辟邪解》、《辨學芻言》、《請顏茂猷辟天主教事》、《不忍不言》、《破邪集》等相繼問世，掀起一股不大不小的風潮。但明末因滿族崛起，邊防危急，以及曆法失修，推驗多誤，需要藉助西方傳教士製造火炮和修訂曆法，被驅逐的教士復又召回。在徐光啟的推薦下，鄧玉函、龍華民、陽瑪諾、艾儒略、畢方濟、湯若望、羅雅谷等先後來京供職，取得合法身分，有了傳教的便利。崇禎初，龍華民、湯若望、羅雅谷三人甚至可以出入宮禁，天主教也因此深入宮廷。傳read.99csw.com說明思宗崇奉天主教，曾下令將宮中佛像用麻繩鐵索拖曳而出(木陳忞〔min民〕《北游集》)。此說雖無確證，但宗室內臣，皇親眷屬，信教者不乏其人。當時的傳教士「出入宮廷，頗形利便，與太監等往來，常乘機言聖教道理」。1630年，御馬太監龐天壽首先由龍華民領洗奉教，不久，由湯若望陸續領洗40人。宮中為湯若望特設聖堂一所，幾年內受洗者竟有540名之多(徐宗澤《中國天主教傳教史概論》)。

耶穌會在明朝宮廷中的傳教活動所取得的成功，由於明王朝的滅亡而前功盡棄，但在民間的傳播，特別是天啟、崇禎年間的進展卻一直持續到清朝初期。全國天主教徒的人數，到1615年已由2500人發展到5000人，1617年南京教案后增至1.3萬人，1638年為3.8萬人，1650年為15萬人，1664年教徒有16.44萬人。這些教徒分佈在華北(直隸、山東、山西、陝西、河南、四川)，中央(福建、江南、浙江、江西)，華南(海南、兩廣)三教區。華南區歸澳門管轄，屬日本省區。華北、中央屬中國省區耶穌會。教徒集中的城市有上海(4.2萬人)、漢中(四萬人)、西安(二萬人)、常熟(1.09萬人)等。另據教士畢嘉於1667年在廣州獄中所寫的報告稱，從1581年至1664年的83年中，耶穌會在華共付洗24.6萬人，比上述數字多八萬多人。其間到中國省區傳教的耶穌會教士有82人，日本省區12人。同一時期共印天主教書籍131種，算書100種，學術及倫理、物理書籍55種。教徒刊印的教義著作也有14種(高龍盤《江南傳教史》)。天主教的第一部叢書、李之藻在1629年編印的《天學初函》，也出版于這一時期。《天學初函》共5httｐs://ｒeａd.99csｗ.coｍ2卷，其中教義神學和各種學術著作20種。這些著譯的刊印，說明利瑪竇以後，耶穌會教士仍繼續以介紹自然科學和技術知識為手段，來達到傳播天主教的目的。因此，金尼閣在1620年自羅馬返回中國時，有攜帶教皇贈書7000餘部之舉。

在南明宮廷，司禮監掌印太監龐天壽10多年前就已領洗，教名亞基樓·契利斯當。在他勸導下，宮中設有小堂，供奉耶穌。一年後，即1648年，皇太后、皇後由德意志人瞿紗微付洗入教。永曆謫母王太后，教名烈納，永曆生母馬太后，教名馬利亞，皇后教名亞納。永曆帝因多蓄姬妾，不能受洗。新生的太子慈煊，患重病後也受洗入教，教名公斯當定，意欲模仿君士坦丁大帝奉教創業。宮中先後受洗的妃嬪有50人，宦官更多，大臣也有40人。皇太後派使臣赴澳門要求司鐸為明室祈福，受到葡萄牙總督的款待，澳門官員以火銃100個贈予龐天壽，並派兵相助，充當侍衛。

除了耶穌會外，方濟各會、多明我會等也在這一時期進入中國。1590年，教皇曾派遣方濟各會教士四人出使中國。天啟年間，西班牙侵佔台灣的雞籠、淡水，並建立教會，以之作為進入中國傳教的基地。1630年，多明我會教士數人從台灣渡海前往福建傳教，只有古奎一人登陸。1633年，教皇允許其他修會與耶穌會同享在中國傳教的權利，葡萄牙及耶穌會在中國獨享的傳教權始行破壞。1631年，西班牙的菲律賓總督應古奎的請求，派多明我會教士黎玉范等及方濟各會士栗安當至福建傳教。自1650年至1664年共施洗3400人，擁有會士30人。1633年，又有來自菲律賓的教士10人至山東傳教。自1633年至1660年共施洗3500人。(殷鐸澤《1671年4月18日致羅馬宣教部報告》)