這一階段的反洋教鬥爭大多由傳教士恃仗外國侵略勢力，橫行不法激起的。核心事件是借「還堂」而強買、侵奪房地產，或包攬詞訟，侵犯中國司法權。地方官吏和士紳，或公開號召，或暗中指揮，發動民眾打教毀堂，主要矛頭針對法國的天主教勢力。清政府開始態度曖昧，交涉時頗費躊躇，但在外國侵略者的壓力下，妥協讓步，「殺民以謝敵」。

清政府內，一部分官僚主張，「正可假民之憤，議撤傳教之條，以固天下民之心」，「縱不能乘此機會，盡焚在京夷館，盡戮在京夷酋，亦必將激變之法國，先與絕和，略示薄懲」。實權派則「明知此事為風俗人心所關，且與內地良民不相洽，第當四方多事之秋，和約已定，只得持平辦理，以期相安無事」，因而讓「各地方官仰體朝廷不得已之苦衷，妥為駕馭，弗令滋生事端」。但是，天津教案后，廣大手工業者和城鄉貧民則越來越多地投入反洋教運動，其中也不乏中小士紳。1873年夏，巴黎外方傳教會川東主教範若瑟遣教士張紫蘭潛赴四川黔江縣建堂傳教，司鐸余克林等遍貼告示，內中多系不義無禮之詞，激起民憤，導致四川反教風潮再起。南充、營山、內山等縣教堂相繼被毀。1876年，鄰水、江北廳、涪州民眾在鄉紳的倡導下，焚毀教堂及教民房屋。與此同時，在福建延平、建寧、福清，安徽建平、寧國、廣德，紳民反對強迫傳教，連續發生搗毀教堂、毆傷教士的事件。全國各地由士紳倡導的非教風潮此起彼伏，接連不斷。

1880年後，由於法國入侵東南沿海和西南邊陲，反洋教浪潮再次高漲。廣東清遠、花縣、大埔，福建福安、詔安，山東濟南，廣西南寧、梧州，貴州普安廳，乃至黑龍江呼蘭均有教案發生。1881年四川三岩群眾殺死天主教神父梅玉林。1883年雲南浪穹縣團民圍攻教堂，擊斃「無惡不作」的法國教士張若望及教徒數人。平素受教會欺壓的永平縣鄉民也「群起報復」。福建龍岩士紳擬訂條規，嚴禁「交通外匪，趨入異端邪教」。民眾則以「平夷滅番局」名義貼出告示：「有能得番首者賞銀二百兩。」1884年，法軍進攻基隆，偷襲馬江，台灣民心激憤，七座教堂被毀。「粵東義民，視凡法人，皆若仇敵。幾欲盡與教士商民為難，即教民亦不使片刻在境。」廣州北門外陶金坑天主教堂及法國領事、教士的墳墓全被搗毀。儘管清政府頒發保護各國「官商教民」的詔諭，但仍無濟於事。廣東、貴州、四川數十縣教堂會所被毀，教士、教民多被驅逐出境。江蘇揚州東鄉、浙江溫州西街等地外國教堂也在一夜之間焚毀殆盡。

長江中下游的反洋教浪潮一直波及中國北部。1891年11月，熱河朝陽金丹道會首楊悅春等人發動武裝起義，在理教首領郭萬湻〔chun唇〕率眾響應，起義者在「旬月之間，由數千聚至數萬」，其中不少人來自江南各地。起義軍所到之處焚堂滅教，橫掃朝陽、平泉、建昌、赤峰四州縣教會勢力，其影響波及開平、灤州、遷安、永平和錦州。最後在清軍殘酷鎮壓下失敗。

1896年，山東曹縣、單縣，江蘇豐縣和安徽碭山先後發生反洋教事件。4月，法國傳教士鄧玉函在廣西被殺。11月，德國傳教士能方濟和韓理在山東巨野被大刀會所殺。同時，壽張、濟寧、單縣、城武等州縣，也發生搗毀教堂，毆逐教士、教民事件。德國借口巨野教案，乘機侵佔膠州灣，山東全省遂成為德國的勢力範圍。1898年春，九*九*藏*書四川大足的余棟臣再次舉行武裝起義，以「順清滅洋」、「除教安民」為號召，哥老會黨踴躍參加，周圍30多個州縣紛紛響應，搗毀教堂20餘處。湖北、貴州、雲南各地哥老會聞風而動，聚眾毀堂。在清軍「剿撫兼施」的政策下，起義雖然終於失敗，但大足教案的影響波及全國。同年4月，巴黎外方傳教會蘇安寧司鐸等三人在廣西永安被殺。10月，外方傳教會另一名教士伸德輝在廣東博羅被殺。11月，貴陽民眾殺死英國內地會教士明鑒光。12月，巴東縣殺死方濟各會比利時神父董若望等人。在山東各地的反洋教鬥爭中，民間秘密結社迅速發展，大刀會、義和拳(后改為義和團)等成為組織群眾反洋教鬥爭的核心。1898年初，梅花拳在冠縣梨園屯組織鄉民焚毀天主教堂，義和拳在日照反對傳教，毆傷德國傳教士薛田資。1899年底，大刀會在平陰縣醞釀起事，英國安立甘會傳教士卜克斯聞訊後由泰安府趕回制止，在肥城被大刀會殺死。同年，浙江海門農民發動「護國滅教」的起義，迅速擴展到黃岩、太平、臨海三縣，鄉民立將當地教堂全行拆毀。

貴州反天主教的鬥爭迅速波及湖南、江西、四川等省。1862年，湖南士紳公議，凡「有畀〔bi幣〕屋居住者，火之；有容留詭奇者，執之；有習其教者，宗族不齒，子弟永遠不準應試」。又發布合省公檄，號召驅逐天主教士。檄文傳入江西，法國遣使會傳教士羅安當正在南昌索賠教產，並強令地方官張貼傳教布告。齊集在省城考試的生童，聯合前翰林院檢討夏廷榘〔ju舉〕、在籍甘肅臬司劉于潯等，連夜趕印湖南公檄數萬份，貼遍省城內外通衢，併發布行動的揭帖。於是，江西南昌、湖南湘潭、衡陽、清泉、衡州等地教堂、育嬰堂、教士和教民房屋多處被毀。

從天津教案至1891年長江中下游的反洋教鬥爭，是第二階段。天津人民在教案中所自發迸發的反帝愛國精神，逼使外國侵略者的囂張氣焰有所收斂，也使清政府感到教案問題的嚴重性。恭親王奕訢說：「若再不籌善後之方，將使教中之氣焰愈張，吾民之怨憤愈積，禍患正不知所止。」總理衙門為此提出《傳教節略》，並擬訂《傳教章程》，於1871年2月遞交各國公使徵求意見，企圖對傳教士稍加約制。對此，法國蠻橫拒絕全部條文，其他各國也對《章程》表示反對。

中法戰爭后，長江流域反洋教浪潮進一步高漲。1886年，重慶武童拆毀美以美會醫院和學堂，接著士民紛紛行動，「集團四處打教」，焚毀英國內地會房屋、法國教堂及英領事署。大足縣鄉民連年砸毀教堂，至1890年「數百里洶洶騷動」，焚毀龍水鎮、馬跑場、強家壩三處教堂，由於官府的鎮壓，終於爆發了以余棟臣為首的反洋教起義。江南的反洋教高潮也在此時開始醞釀。1891年，湖南又出現大量反洋教的書文、詩歌、詞曲、圖像、揭帖等，如《謹遵聖諭辟邪》、《擎天柱》、《棘手文章》、《鬼叫該死》、《滅鬼歌》、《稟天主邪教》等數百種，僅《鬼叫該死》一種便在湖南刊印80萬份。這些反教宣傳品「遍傳各省」，其中湖南鄉紳周漢刊刻的朱墨套印的反洋教通俗圖畫，在民間廣泛流傳。湖廣總督張之洞說：「屢次嚴飭南北兩省查禁，不遺餘力，舊本甫毀，新本旋出。」這些宣傳品對長江中下游的反洋教鬥爭起了巨大的鼓動作用。1891年5月，因蕪湖耶穌會中國修女領養兩名九_九_藏_書小孩，被傳為「迷拐幼孩，挖眼製藥」，輿論大嘩，傳教士和英領事脅迫官府派兵干涉，致使群情激憤。5000餘人手執小旗，擁入教堂，將教堂、育嬰堂及教士住宅焚毀，並衝擊海關洋樓和英領事公署。清兵開炮威脅，群眾「仍四處聚集不散」。蕪湖起事後，反洋教鬥爭迅速向全省及江蘇、江西、浙江、湖北等地擴展。安慶、丹陽、無錫、金匱、陽湖、如皋、江陰、九江、杭州、廣濟、宜昌等地群眾起而焚毀教堂和教士住宅，「竟有一縣焚毀數處者」。6月，湖北廣濟縣哥老會郭六壽率民眾千餘人圍攻武穴鎮英國遁道會福音堂，擊斃英國傳教士和海關鈴子手，並搗毀附近黃梅、蒲圻等地教堂。9月，宜昌方濟各會聖母堂收買拐來兒童，家屬到教堂索還，居民齊集堂外評理。美國聖公會教士竟向人群開槍，擊傷一人，激起民憤。數千人沖入聖公會，燒毀教堂，接著又到聖母堂救出幼童數十人後，焚毀該堂，並擊傷修女多人。此外，河街天主堂、英人住宅和正在修建的英領事署亦被毀。武漢兩岸，「洋街洋堂，人人自危」。甚至上海租界和徐家匯一帶也出現反教揭帖。美國公使田貝向美國國務院報告說：「幾乎在長江各通商口岸都有騷亂髮生」，「沒有一個城市是安全的，上海也包括在內」。各國出動在華的所有軍艦到武漢等地示威，各國公使聯銜提出抗議，清政府則對群眾實行血腥鎮壓。鬥爭的餘波則持續到1893年。

在這種背景下，自1856年西林教案至1899年肥城教案，歷40餘載，幾乎年年有教案，處處有教案，在全國形成由各階層人民參加的反洋教運動。整個運動，可按其發展過程大體分為三個階段。

反洋教鬥爭隨著帝國主義對中國的侵略不斷加深而進一步擴大。鬥爭的區域北自黑龍江，南至廣東，東起沿海，西迄邊陲，幾乎遍及全國。教案大多是由天主教育嬰堂收養幼童和新教在內地買地建堂、擴大據點而引發。鬥爭的鋒芒不僅指向天主教，而且掃及英美新教各派。參加鬥爭的隊伍，初期尚以士紳起主導作用，民團是反教的骨幹。中法戰爭后，大量下層勞動人民投入運動，民間會黨日趨活躍，並成為鬥爭的核心力量。鬥爭形式也從焚堂鬧教發展成為大規模的暴動。官員士紳陸續退出鬥爭，清政府則與帝國主義站在一起，以血腥手段對付愛國民眾。

從長江流域反洋教鬥爭后至義和團運動爆發止，為第三階段。會黨領導的反教暴動使清政府感到自危。他們一面屢出告示嚴禁會黨活動，動輒實行武力鎮壓；一面也想變通方法，約束教士和教民。1892年5月，直隸總督李鴻章提出《論變通教務》和《酌擬教堂禁約十條》，內容包括：禁止教士詆毀儒教；中國官員按季查看教堂並看望所收嬰孩；教堂按月報告收養及病故嬰孩人數；教堂只收養12歲以下幼童；教堂照約由地方官員稅契，並登記所在地，報明地方存案，教堂停止濫收莠民和被拐騙者；教民訴訟，教士不得包庇；教士須約束教民；由教皇派遣大主教駐北直隸與地方官員直接商辦教務事宜，不用法國照料保護。但在帝國主義加緊瓜分中國的時候，清政府自顧不暇，所擬「禁約」根本無法實施。各地的反洋教鬥爭卻在民族存亡的嚴重關頭迅猛發展起來。

基督教與伊斯蘭教、猶太教不同，後者早期來華以移民為主，組成自治的小社團，並不對外傳教，而基督教來華的傳教士，以傳教為目的，因而與中國傳統的思想、信仰、九*九*藏*書風俗、習慣直接發生衝突。明末清初利瑪竇等人來華傳教，曾極力調和基督教教義與儒學的矛盾，迎合統治者和士大夫階層，以打開傳教的局面。迄至黃貞、沈(氵隺)等人的反天主教論著出現，驅教呼聲日漸向民間擴散。那種維護儒學正統，抵制西方「邪教」傳播的輿論和行動，也非教義儒學化所能抵禦。明朝萬曆年間的南京教案，清朝康、雍、乾、嘉朝的數次大教案，就是這種衝突的表現。基督教新教的傳入，以西方列強的侵華活動為背景。鴉片戰爭以後，西方列強一再用炮艦侵犯中國領土，妄圖瓜分中國。各國的傳教士則仗著不平等條約的庇護，以炮艦為後盾，帶著政治、經濟、軍事的目的，紛至沓來，形成大規模傳教運動。傳教士深入內地，無視中國法律而任意行事，教堂建至窮鄉僻壤，揚言要用基督教征服中國。封建官紳擔心基督教的傳播會引起「人心大變」，從而打亂現有的統治秩序，因此他們多把基督教斥為異端邪教，極力維護封建禮教對人民群眾的精神統治。傳教士則企圖改變中國傳統禮俗，反對敬祖、祀天，詆毀深入群眾生活的佛教和道教，干涉民間的迎神賽會等舊俗，經常引起民教衝突。當西方列強加劇侵略活動時，外國傳教士的活動引起各階層的不安和憤恨，地方官紳積極發動和組織的反洋教鬥爭，許多下層群眾也積极參与。

與成都教案同時發生的有福建古田教案。甲午戰爭后，古田齋會多次發動民眾抗捐抗稅並準備武裝起義。古田英國傳教士偵知後向清政府告密。1895年8月，齋會首領劉祥興等率百餘人殺死英國傳教士史犖〔luo駱〕伯夫婦等11人，焚房二幢。事件發生后，英美兩國軍艦到福州威脅，並組織調查團前往古田，英、美領事參加會審。古田知縣王汝霖被革職，劉祥興等26人被處死，17人終身充軍，五人終身監禁。

第一階段從1856年西林教案起，至1870年天津教案止。鴉片戰爭后簽訂的不平等條約規定，外國人可在五個通商口岸「建堂禮拜，斷不越界傳教」。可是，傳教士違約非法潛入內地，引起民教糾紛，如福州黃竹岐(1848年)、江蘇青浦(1848年)、浙江定海(1851年)、江西南昌、鄱陽(1855年)都發生了民教衝突，而以西林教案影響較大。1853年，法國巴黎外方傳教會教士馬賴由香港潛入貴州活動，1855年又到廣西西林「糾伙拜會」，引起地方官員的恐懼。兩廣總督葉名琛奏稱：「連年倡亂，蔓延數省，即由廣西上帝會而起，上帝會乃天主教之別名。」1856年，新任西林縣知縣張鳴鳳根據村民呈控，逮捕馬賴及教徒25人，並將馬賴和兩名教徒處死。法國政府以此為借口，與英國聯合挑起第二次鴉片戰爭，迫使清政府簽訂《中英天津條約》和《中英北京條約》。其中包括將西林知縣張鳴鳳革職，永不敘用；外國傳教士可以自由進入內地傳教；歸還天主堂、學堂、墳塋、田土、房廊等以前沒收的教產。西林教案始開列強以武力保護傳教並攫取中國其他權益的先例。

自1860年《中法北京條約》規定「還堂」以來，天主教傳教士在各地妄指廟宇、會館、官衙和民宅為舊置教產，逼令歸還。同時利用「租買田地，建造自便」的特權，霸佔公產，強買民田，硬立契約，逼令捐獻，致使交涉案件不斷發生。西方傳教士在各地傳教時，以戰勝者自居，干預地方政事，藐視地方官員，包攬訴訟，從人命案件到民間糾紛無九-九-藏-書不插手。少數教民依仗教會勢力，橫行鄉里，甚至挾制官府，欺凌孤弱，泄忿報怨，因而民教爭毆趨於激烈。民教糾紛一起，外國領事、傳教士則不問是非曲直，一意曲庇教民、教士，即使有干清律，也百般為之開脫。清朝官吏不敢得罪洋人，總是袒教抑民。「遇有民教爭鬥，平民恆曲，教民恆勝。教民勢焰愈橫，平民憤郁愈甚。」英國記者宓〔mi密〕克曾指出：「傳教一事，其謀始不臧，在以兵力強之使從，致中國國家，慚其臣庶。復因立約保教，此事愈為怨怒之媒，而耶穌教門，遂為舉國所憤毒。」

1893年，湖北麻城宋埠民眾反對瑞典新教行道會，殺死教士梅寶善和樂傳道。次年8月，吉林練軍路過遼陽時搗毀蘇格蘭長老會教堂，教士李雅谷被毆重傷致死。1895年4月，成都出現揭帖，對英、美幫助日本侵略中國表示憤慨。5月28日端午擲果會上，傳教士竟將與之發生口角的兒童抓進教堂，從而激起暴動，教士住宅及教會醫館當夜被焚。次日又焚毀美國美以美會、英國內地會、法國天主教教堂三所，育嬰堂和醫館各一所，打傷法國主教杜昂。川西、川南數十州、廳、縣相繼發生打教事件。美、英、法三國軍艦游弋長江，「各國公使聯銜抗議」。清政府再次屈從，將四川總督劉秉璋，候補道周振瓊，成都知府唐承烈，華陽、樂山、灌縣、大邑、冕寧、新津等縣知縣全部革職，六人被殺，17人受充軍、流放、枷刑和杖刑的處罰。劉秉璋是教案中被革職的最高官員。

這一階段的反洋教鬥爭，由於列強瓜分中國的危機日趨嚴重，人民群眾的愛國熱情高漲，參加人數愈來愈多，民間秘密會黨成為反洋教鬥爭的主體，因而鬥爭比以前更加激烈、更為廣泛，出現了由會黨領導的有組織有計劃的武裝鬥爭。清政府採取扶教抑民政策，同帝國主義一起殘酷鎮壓中國人民。1898年3月，清政府頒布《地方官接待教士章程》，竟承認主教相當於督撫，副主教、會長相當於司道，傳教士相當於州縣的政治地位。因此，民教矛盾愈趨尖銳，人民自發的反帝愛國情緒不斷高漲。在義和拳、大刀會等組織和發動的反洋教鬥爭的基礎上，1900年終於爆發了大規模的義和團運動。

1860年，法國在天津強佔望海樓皇宮故址為領事館。法國傳教士乘機在天津東部建造仁慈堂，1869年又在領事館旁強佔寺廟舊址建造聖母勝後堂(俗稱河樓教堂)，並要中國官員參加開堂典禮。次年，天津盛傳有人用藥迷拐幼孩事件，仁慈堂收容幼孩中有數十名死亡。這些拐賣並虐待幼孩事件，群眾懷疑是傳教士所為，而被捕拐犯亦供認受教堂門丁指使，事與修女有牽連。於是，士紳集會，書院停課，群情激憤，反洋教呼聲高漲。6月21日，天津官員押帶拐犯到教堂查看對質，遭到法國駐津領事豐大業的阻撓。午後，群眾聚集教堂前抗議，並推派代表找豐大業論理。豐大業要求派兵彈壓不成后，攜手槍闖入三口通商大臣崇厚官署，咆哮如雷，向崇厚連開兩槍未中。歸途中又向天津知縣劉傑開槍，擊中隨員一人。秘書西蒙則向群眾射擊。積忿難忍的群眾至此怒不可遏，當場將二人毆斃。隨後鳴鑼聚眾，焚毀法領事館、河樓教堂、仁慈堂，以及英美四所小教堂，先後打死法領事一人，隨員三人，教士、修女十二人，法國居民二人，俄國居民三人。6月24日，法、英、美、俄等七國公使聯合照會清政府提出抗議，並調派軍艦進行武力恫嚇。清政府雖知此案是「由豐領事倉猝激變」，仍堅持「嚴拿兇手，以懲煽亂之徒，彈壓士民，以慰各國之意」。最後判處20人死刑，包括府縣官員在內的25人充軍，賠償白銀50餘萬兩，並特派崇厚赴法道歉，始得結案。九_九_藏_書

巴黎外方傳教會川東主教範若瑟，在重慶強拆寺廟會館，霸佔民房，修建教堂，該教堂在1863年被群眾搗毀。范若瑟利用重慶教案，索取在川東境內廣建教堂的權利。傳教士在酉陽等地組織教民武裝，橫行鄉里，欺壓民眾。1865年，在酉陽富紳張佩超等人支持下，劉勝超率眾拆毀天主教公信堂(公館)，土家族頭人冉從之毆斃法國傳教士瑪弼樂，彭水、酆〔feng風〕都等地起而呼應。1868年，酉陽教民欺凌非教百姓，逼勒退婚，搶掠家財，燒毀民房，激起民憤。團民何彩率眾焚毀教堂，殺死法國傳教士李國及教民39人，團民亦死傷68人。天主教中國教士覃輔臣乘民團解散之機，指揮教堂武裝槍殺民眾145人，打傷700餘人，並縱火燒毀民房。在此期間，貴州遵義、永寧，台灣鳳山，江蘇揚州，安徽安慶，湖北天門，福建福州、漳浦、羅源，廣東雷州，江西貴溪、定南廳、廬陵，直隸永年等地都發生反教毀堂事件。全國反洋教情緒日益高漲，1870年終於爆發了震動中外的天津教案。

自此以後，傳教士便有恃無恐，恣意妄為。1861年3月，巴黎外方傳教會貴州代牧區主教胡縛理乘坐紫呢大轎，肩披紫帶，在100多名教徒前呼後擁下，招搖過市，謁見巡撫和提督，要求承認傳教自由，保護天主教在貴州的「合法」權利。自1756年至1860年，貴州已發生教案16起，群眾反洋教的情緒十分高漲。貴州巡撫何冠英和提督田興恕聯合致函全省官吏，把天主教斥為異端邪教。候補道繆煥章撰刻《救劫寶訓》，倡議驅逐天主教。6月，在田興恕的指令下，團務道趙畏三率團丁焚毀青岩姚家關天主堂大修院，7月捕殺四名教徒。法國公使逼迫清政府派專員攜《中法天津條約》和《中法北京條約》20份前往貴州張貼，但遭新任巡撫韓超拒絕。次年2月，開州(今四川開縣)知州戴鹿芝將唆使教民違抗禮俗、拒交龍燈捐的法國傳教士文乃耳及三名教徒處死；興義、普安、永寧等地官員也聞風響應。法國公使聯合英、美、俄三國公使，要求賠償一切損失，處死田興恕、戴鹿芝、趙畏三三人，並嚴懲保教不力或查處不嚴的有關官吏。1863年，清政府屈服於法國的武力恫嚇，將韓超交部議處，田興恕發配新疆，提督公廨撥給教堂使用，繆煥章永不敘用，《救劫寶訓》書版追繳銷毀，賠償白銀1.2萬兩。