中國天主教徒的愛國主義情緒這時也日趨高漲。1916年，天津的天主教徒起來鬥爭，反對法國借口保護天主堂把老西開地區劃進法租界。1919年，天津、上海等地愛國教徒提出改變中國天主教會殖民地體制的要求，主張由中國主教主持教區教務，反對修會教育中輕視中國文化的現象。1922年，羅馬教廷委派義大利籍主教剛恆毅為首任駐華宗座代表，處理中國的教務。1924年，全國主教公會議制定《中國天主教現行法則》，決定設立全國教務委員會，直屬駐華宗座代表公署。1927年，教廷首次任命六名中國籍主教。1946年，教廷宣布在中國建立聖統制，全國設137個教區，分屬20個總主教區。在高級神職人員中，中國籍總主教三人，主教17人。1947年，天主教教務協進會在上海成立，取代全國教務委員會，美國瑪利諾會主教華理柱任秘書長，由梵蒂岡首任駐華公使黎培里領導。

大約同時，一些中國基督教徒為擺脫外國宣教機構的控制，在中國信徒自辦教會的基礎上，發起中國基督教(新教)自立運動，又稱教會自立自傳運動。1873年，廣東教徒陳夢信在肇慶read.99csw.com發起成立粵東廣肇華人宣道會，開中國教徒自辦教會之先河。該會最初只有兩處教堂，至1897年發展到50多處，並已傳入東北地區。1903年，上海教徒俞國楨首先反對將「保教一款列入不平等條約」，並依靠中國教徒創辦自立長老會堂。1906年，他倡議組織中國耶穌教自立會，主張廢除保護教會的不平等條約，號召「有志信徒，圖謀自立、自養、自傳……絕不受西教會管轄」。同年自立會成立，以愛教愛國、自立自治為宗旨。該會的號召，全國各地多有響應，浙江平陽、鎮海，上海羅店，福建莆田，湖南常德，湖北天門，廣東南澳，均先後建立自立教會。1910年，徐君匯、張伯苓〔ling伶〕等人聯合天津五個教會，成立由各教派信徒聯合組成的中國基督教會，完全獨立自辦。同時，北京也成立了自立的中華基督教會。1912年，青島教徒劉壽山等倡議成立了山東中華基督教會。「五四運動」爆發后，反帝反封建的鬥爭日益高漲，不少愛國教徒投身運動，要求收回教權，脫離外國差會，成為獨立自主的中國教會。此後，自立教會在全國逐年有所增加，1921年增至150處，1924年達到330處。至1927年，自立運動達到高潮，擴展到寧波、長沙、徐州、香港、太原等地，全國各地興起的自立教會達600多處。大革命失敗后，基督教內部的愛國力量受到打擊，自立運動跌入低谷。1933年，中國耶穌教自立會被迫放棄當初要求獨立自主的立場。1935年，自read.99csw.com立教會銳減，只剩下200餘所，處於自生自滅狀態。

1949年中華人民共和國成立后，中國的基督教進入了一個全新的歷史時期。

義和團運動被某些教會史著作稱為「庚子教難」。外國侵略勢力及基督教教會，在各地群眾的反抗鬥爭中受到嚴重打擊。義和團運動雖被鎮壓，但侵略者卻為中國人民的革命精神所震懾。英國外交大臣在倫敦佈道會演說時，要求傳教士今後去中國，「總以謹慎為主」。英國駐印度總督也說：「按1890年傳教的男女共1300人，而華人從教者僅37300人。合一名教士只收30名教徒。以中國戶口總計之，萬人僅有一名信徒，經營50年而所得止此數，事之無益，從可知矣。」他勸誡英美教會應「慎選教士」，傳教士要「自愛以防後患」。在傳教士中，也有人對侵略性的傳教方法和態度以及充當殖民主義幫凶和工具的角色深為不滿。戴德生於1895年投書報社，主張傳教士無論在任何情況下，不應向本國政府上訴，以免引起中國人的反感和誤會。任何上訴和賠償的請求，既不合情理，也違反《聖經》的教訓。一位美國傳教士也曾慨而言之：「況傳(教)者，皆系天之所使，不需世人矜恤之也。總之教務一端，不容議在約內，蓋立約之事，人事也，行教之事，天事也。」因而，自1900年以後，基督教的傳教活動出現了一個新的趨向，主要表現為外國傳教士利用清政府的巨額賠款，興辦醫院、學校和其他文化慈善機構，以推動傳教工作。

自抗日戰爭爆發后，由於連年不斷的戰爭https://read.99csw.com影響，基督教的傳教活動處於衰退狀況。教徒人數雖然仍有所增加，但教會的活動範圍卻趨於縮小。至1949年，全國天主教徒約328萬人，教區140個。新教教徒70多萬，分屬130多個差會，其中美國的差會約佔一半。東正教徒的人數仍在減少。

教會所辦的醫院，在1900年以前僅百余處，而且大多為教堂附設的診療所。到1920年，新教教會醫院增至246所，診療所380處。天主教教會醫院及養老院也有200多處。教會學校，特別是大學，有較大發展。1900年以前，教會學校有1100餘所，90%為小學，10%為中學，沒有大學，只在一些中學里設有大學班。1900年建立的蘇州東吳大學，是我國歷史上第一所西式大學。此後20年，新教建有上海聖約翰大學、杭州之江大學、成都華西協合大學、武昌華中大學、南京金陵大學、福州華南女子文理學院、長沙湘雅醫專、南京金陵女子文理學院、上海滬江大學、廣州嶺南大學、福州協和大學、北京燕京大學和濟南齊魯大學。天主教也建有北京輔仁大學、上海震旦大學、天津工商學院等。到1920年，僅新教的各類教育機構就有7382所，其中有大學14所。在校學生共21萬多人，其中大學生2000多人。在文化慈善事業的掩護下，基督教的傳教活動很快恢複原有的基礎，並且開始了持續20多年的全面發展時期。1900年以前，新教教徒主要集中在廣東、福建、江蘇、浙江等少數省份，而1920年時，已遍布除西藏以外的全國各地https://read.99csw.com。據當時出版的《基督教佔領中國》一書統計，在全國所有五萬人口以上的城市中，只有18個還沒有見到傳教士的足跡。分屬130個差會的6204名外國傳教士，在各地建立1037處傳教基地，教堂和禮拜場所超過萬座。中國籍牧師從1906年的345人增至1305人，超過了外籍牧師的人數。在教會任職的中國人，也從1906年的9961人增至28396人，為當時外籍傳教士人數的四倍多。全國新教教徒劇增，由1900年的八萬人增至1920年的36萬多人。天主教的發展更為迅速。在反洋教運動和義和團運動中受到沉重打擊后，各修會的傳教士改變傳教方式，一方面利用清朝政府的賠款，以發給銀元或提供伙食為餌，招募教徒；另一方面也在一些地區行醫興學，舉辦慈善事業，以擴大社會影響。1900年，全國天主教徒已有74萬，至1920年猛增至200萬。相比之下，東正教的發展遲緩。1917年俄國十月革命后，大批東正教徒流入我國，使教徒人數驟增，並相繼在哈爾濱、上海、天津、新疆設立主教區，駐北京傳教士團更名為中國東正教會北京總會。僅哈爾濱主教區就有信徒30萬人，但幾乎都是白俄流亡者。抗日戰爭爆發后，白俄流亡者紛紛離去，信徒急劇下降。

與此同時，面臨中國人民日益高漲的愛國主義和民族主義情緒，各國宣教團體轉而促進中國基督教的本色教會運動。至20世紀20年代，教會中部分愛國人士開始倡導建設本色教會。1922年，中國基督教全國大會在上海舉行，會議選舉產生以誠九*九*藏*書靜怡為會長的中華全國基督教協進會，並發表宣言：「時期已到，吾中華信徒應用謹慎的研究，放膽的試驗，自己刪定教會的禮節和儀式，教會的組織和系統，以及教會佈道及推行的方法，務求一切都能輔導現在的教會成為中華本色的教會。」本色教會的倡導者一再申明並不排外，對自立運動持一定的批評態度。建設本色教會的目的，「一方面求使中國信徒擔負責任，一方面發揚東方固有的文明，使基督教消除洋教的丑號」，從形式上、人事上、思想上逐步實現基督教教會的中國化。在實踐中，他們強調培養中國的教會領袖人才，中國教徒應有教會管理和經費使用權，西方傳教士退居輔助地位，但仍接受西方差會的財政資助；主張基督教與中國文化相結合，如建造中國殿宇式教堂，採用中國曲調的讚美詩，遵守中國的傳統節令，制訂適合中國國情的教會禮儀等，并力圖用中國傳統文化觀念來詮釋和表達教義。此外，他們還提倡中國文化的寬容精神，促進不同宗派的教會實現大聯合。本色教會運動曾得到多數宗派中愛國人士的響應，為消除洋教丑號作過一些嘗試。但因經濟上仍依賴西方差會，常受反對本色化的外國傳教士干擾，所以儘管教會形式上有所改觀，但在實質上無法完全擺脫西方差會的控制。1926年後，本色教會運動決定將重點轉向農村，即通過鄉村建設在全國推廣本色教會。終因經費不足，此項計劃未能在全國實施。抗日戰爭爆發后，本色教會運動即陷入停頓。本色教會運動與自立運動不同，主張保持與西方差會的合作，逐步實現基督教與中國傳統文化的結合。