光緒皇帝及帝黨翁同龢、張蔭桓等較堅決地支持維新運動，提拔任用康有為等維新派，發揮他們的才幹。就在這時，慈禧太后等也早已下手準備扼殺維新運動。「凡皇上有所親近之人，西后(慈禧)必加譴逐」(《戊戌變法》第二冊，《新黨某君上日本政府會社論中國政變書》)。光緒二十二年(公元1896年)春天，慈禧太后將帝黨骨幹文廷式革職永不敘用。接著，后黨有步驟地對帝黨首領翁同龢等人發起了進攻。光緒帝非常氣憤，他讓慶親王奕劻轉告慈禧太后說：「朕不能為亡國之君，若不予我以權，寧遜位而已。」當軍機大臣要查究康有為和保國會時，光緒帝斥責說：「會能保rｅａｄ•９9ｃｓw.ｃｏｍ國，豈不大善，何可查究耶？」慈禧聞聽此言，非常惱怒。但在奕劻的勸說下，她採取了「以退為進」的策略，以便置光緒帝及維新派于死地。足見維新派與頑固派的鬥爭是多麼激烈與殘酷。

「百日維新」一開始，后黨便從中進行破壞。四月二十七日，即宣布定國是詔的第五天，慈禧太后就以帝師翁同龢辦事「多未允協」，「攬權狂悖」，「斷難勝樞機之任」為由，迫使光緒帝革去翁的軍機大臣、戶部尚書等職，將其開缺回籍。慈禧太后這一招是對光緒帝和維新派的沉重打擊。她還通過光緒帝頒布諭旨，凡新任二品以上的大臣都要到皇太后(即慈九-九-藏-書禧)面前叩頭謝恩。同時，慈禧還將心腹大臣榮祿授予直隸總督要職，統率數萬精兵，掌握京畿一帶的軍權。這樣，以慈禧為首的后黨集團控制了軍政大權，政變的布置正在加緊進行。這時，光緒帝也感到變法的艱難和事態的嚴重，自己的帝位也將不能保全，請康有為設法相助。維新派譚嗣同只好夜訪袁世凱，求他出來保駕。兩面派的袁世凱投靠了慈禧太后，出賣了維新派。

八月初六日，慈禧突然發動宮廷政變，立即將光緒帝囚禁于瀛台，由她公開出面「訓政」。五天以後，她以光緒帝的名義下詔廢除「百日維新」時期推行的一切新政，恢複原有舊制，裁併的衙門重九*九*藏*書新成立，廢除的八股文又被採用。只有京師大學堂被保留下來。頑固派還通令全國報紙一律停辦，並捉拿各報主筆。緊接著，大肆捕殺維新人士。譚嗣同、林旭、劉光第、楊銳、楊深秀、康廣仁六君子，在政變七天後未經審判，在北京菜市口被殺害。其中譚嗣同犧牲得最為壯烈。在生死的緊要關頭，他沒有離開北京。有的西方人很器重他，請他到某國使館內避難。譚嗣同謝絕了，並無限慷慨地說：「不有行者，誰圖將來？不有死者，誰鼓士氣？」「我國二百年來，未有為民變法流血者，流血請自譚嗣同始。」(《清國殉難六士傳》，《知新報》第七十五冊)八月初九，譚被捕入獄。在獄中他揮筆九九藏書題壁：「望門投止思張儉，忍死須臾待杜根。我自橫刀向天笑，去留肝膽兩崑崙。」(《譚嗣同全集》上)十三日，譚嗣同臨刑前，面不改色地說：「有心殺賊，無力回天，死得其所，快哉快哉！」康有為和梁啟超分別在英國和日本的保護下，到達日本，免於一死。至此，轟轟烈烈的戊戌維新運動失敗了。

戊戌變法是一次具有進步意義的資產階級救亡圖存運動，它的失敗說明了資產階級的改良道路在半殖民地半封建中國是行不通的。戊戌維新留下了極寶貴的經驗教訓。從此中國人民反帝反封建鬥爭不斷深入發展。

康有為領導的維新運動對封建頑固勢力無疑是致命的打擊，自然會遇到他們的強烈反對。康ｈｔtｐｓ://rｅad•99csｗ.ｃom有為的《新學偽經考》一書剛發表，一些守舊的封建官僚和士大夫便指責該書是「以詭辯之才，肆狂瞽之談」，「扇惑後進，號召生徒」，「非聖無法，惑世誣民」。並攻擊他是「聖人之蟊賊，古今之巨蠹」(《翼教叢編》卷二《安曉峰侍御請毀禁新學偽經考片》)。請求「銷毀原書」，治罪康有為。爾後，康有為幾封歷陳時弊，提出變法主張的上書，都被頑固派官僚以不宜轉呈為由而拒絕。就在光緒皇帝下令讓大臣聽取康有為變革的建策時，慈禧太后的后黨頑固派代表榮祿等人則多方刁難。當然，康有為等也早已感到守舊勢力是很大的。因此，在百日維新時，也適當地調整了他們的主張和措施，以便使變法深入下去。