桓玄無以作答，只以鞭指了指天，表示這是天意，便率眾人逃到石頭城，又從石頭城乘船西逃。一路上桓玄心情難受，剛當上皇帝沒幾天就被人家趕下台，這皇帝做的還不如安帝那個白痴。他難受得連一口飯都咽不下去，還是他的兒子桓昇替他撫胸才得以咽下。等到了潯陽，江州刺史郭昶之迎接桓玄，桓玄遂命何澹之和郭昶之守在湓口，自己與桓謙、卞范之等人，脅持晉安帝和司馬德文退回江陵。

很快毛祐之的船靠了上來，眾士兵紛紛躍上船隻，殺敗桓玄手下人。馮遷將桓玄殺死。時為晉元興三年（404）五月壬午日，桓玄稱帝不足半年，死時年僅三十六歲。卞范之、桓昇等人都被生擒，押送到江陵后斬殺。

京口這一路，劉裕和何無忌化裝成欽差大臣帶著一百多人來到桓修府中，等恆修出來迎接時，一刀將桓修劈死，因為京口士兵大多為北府舊部，是劉裕和何無忌的老部下，所以都投降了劉裕。司馬刁弘率自己的軍隊來戰，劉裕很快將刁弘擊敗，收降其部下，佔了徐、兗二州。

劉裕便以此為理由要親自帶兵北征南燕。這時劉裕當年的戰友劉毅已經看不慣劉裕獨掌朝綱的局面了。劉毅也是北府軍的名將，前文在劉牢之奉司馬元顯之命討伐桓玄，溧洲之戰時提到過此人。劉裕、何無忌、劉毅三人曾在溧洲擊敗桓玄軍隊。後來桓玄掌握朝綱，劉牢之北府軍解散的時候，劉毅投奔到桓弘手下做了一名參軍。當年起義反桓玄的時候，他、劉裕還有諸葛長民平起平坐，一同起義。諸葛長民失敗未能起義成功，而劉毅和劉裕分別成功起義，成為反桓玄的重要力量。桓玄離開京城后，還有很大的軍事實力，後期負責剿滅桓玄的軍事行動，全是劉毅負責指揮的，劉裕基本上沒有參与。可是最終卻是劉裕一個人獨掌朝綱，沒劉毅什麼事，劉毅只混了一個青州刺史而已。他對劉裕相當不服氣，所以這次劉裕準備北伐建功，反對最強烈的就是劉毅。他說：「你堂堂一個大宰相還需要親自出征么？你派一個大將就可以了，並不影響你獲得北伐之功！當年淝水之戰謝安不就是這樣做的么？苻堅強大的秦軍還不是照樣被打敗，謝安照樣留名青史！」

慕容超回到廣固后，趕緊把慕容鎮從獄中請出來，任命他為錄尚書事、都督中外諸軍，並問他怎麼辦。慕容鎮說：「現在我們還有五六萬兵馬，仍可一戰。你把你宮中所有的錢財都拿出來作為軍資，犒勞三軍，然後與劉裕決一死戰，未必就勝不了他。」

慕容超派莒城、梁父守軍退守廣固，派公孫五樓與左將軍段暉率五萬人守臨朐，放棄了大峴山險關。晉軍得以一路暢通無險，很快通過大峴山險關，在臨朐與慕容超的主力相遇。這時慕容超又親自帶領四萬部隊與公孫五樓、段暉原來的五萬部隊合兵一處。慕容超的這九萬部隊多是騎兵，而臨朐則處於一片平原之上，所以劉裕的部隊其實並不佔便宜，在第一天的戰鬥中很快敗退。不過劉裕早有準備，在自己的營前安排了一萬名弓箭手。晉軍先鋒孟龍苻敗退後，公孫五樓與段暉剛追上來，就被晉軍萬箭齊發，射了回去，反倒折損不少人馬。

桓玄聽說劉裕等人造反，不由大驚道：「劉裕是當世英雄，劉毅為人傑，何無忌的軍事才能不亞於他九九藏書的舅舅劉牢之。這三個又一起聯合起來反對我，我就要敗啦！」這時桓謙大哭闖入，一定要請桓玄出兵擊殺劉裕，為二弟桓弘報仇。

桓玄又派苻宏為前鋒，率荊州水軍二萬阻擋劉毅。劉毅的軍隊只有一萬，聽說桓玄船高兵多，便打算回潯陽堅守。劉道規道：「敵眾我寡，即使退到潯陽，也難堅守。不如乘勝進攻，一鼓作氣，與之死戰。兩軍決戰，雄者克！不在兵多！」何無忌也不同意退兵。

楚軍見旗艦被攻下，所以都相信何無忌擒住了他們的主帥，皆無鬥志，紛紛撤退。晉軍乘勢追擊，楚軍大敗。何澹之從郭昶之的艦中急得跳出來大喊：「我在這裏！」竟然無人注意，楚軍大敗。何澹之和郭昶之只好棄艦而逃。晉軍遂攻克湓口，進據潯陽，又從潯陽繼續進兵。

桓玄逃回江陵后，苻宏、馮該等將請桓玄整兵再戰。但楚軍上下，大多將士充滿悲觀情緒，就是桓玄也認為上天站在劉裕的那一邊而再無鬥志，打算去漢中投奔梁州刺史桓希。但桓玄出逃的消息被人走漏，他出發的前一夜，有人趁機發起暴亂，哄搶國家的府庫和沿街商店。桓玄也顧不得整兵鎮壓了，只想快跑，於是帶了三四百親信士兵，連夜從城西出逃。因為走得著急，竟把晉安帝和司馬德文給忘在城中。荊州別駕王康產、太守王騰之兩個人急忙帶著幾百侍衛保護住兩個人。

桓玄道：「劉裕雖然兵少，但這個人打仗很厲害，手中又握有善戰的北府兵，如果出兵對決，一旦戰敗，大勢去矣！不如把所有的軍隊都收縮到覆舟山一帶防守。劉裕行軍數百里不見一兵一卒，忽在覆舟山見我數倍於他的大軍，軍心必懼。我們堅守不出，劉裕的軍隊久攻不下，軍心會更加動搖。到時，劉裕自然會退兵。」但桓謙一定要桓玄出擊，為二弟報仇。桓玄被他纏得沒有辦法，就派頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷先後北上去攻劉裕。

劉毅於是繼續進軍，在崢嶸洲與桓玄的水軍遭遇后，兩軍混戰。由於晉軍兵少，又處於下游，開戰後處於不利的局面，開始後撤。但這個時候忽然颳起了東風，而且這場風颳得特別猛烈。水軍交戰，風向特別重要。楚軍雖然處於上流但遇到強烈的逆風，船隻都被吹得後退。晉軍趁勢掩殺，並同時射出火箭放起火來。楚船紛紛中箭著火，風助火勢，越來越大，楚軍登時潰敗。桓玄見此情景，再一次指天長嘆道：「這是上天亡我啊！」桓玄乘小船逃走，殷仲文投降晉軍。

晉軍又從臨朐迅速出發，從後方襲燕營，殺入燕營后不幹別的，就是放火。很快燕營大部分營寨都著起火來。劉裕趁勢帶全軍衝鋒。這時燕軍已經如蒼蠅一般亂沖亂撞，根本不能整軍集合反抗，被劉裕殺得大敗。慕容超帶著親軍一路奔逃到廣固，九萬燕兵，逃回去的只有一兩萬。劉裕乘勝追到廣固，將廣固重重圍住，然後到城外去招降各城，結果很快有不少城池守將投降。廣固之外，燕地大多被晉軍所佔。

晉軍很快把這隻旗艦攻下。何無忌一馬當先，攻入旗艦中，卻不見主帥何澹之。何無忌方知上當，這時候楚艦已經從四面八方將晉艦包圍，何無忌急中生智，出來喊道：「何澹之已被我生擒了，你們還不投降？」

這時盧循趁著劉裕和桓玄打仗，攻下reaｄ.99csw•coｍ廣州，自稱平南將軍，又派姐夫徐道覆攻下始興（今廣東省北部），幾乎佔領了相當於今天廣東省的全境。劉裕正打算派兵去征討，這時益州又有一個叫譙縱的也造反了。

慕容超趕緊召開緊急會議，商量拒敵的事。征虜將軍公孫五樓道：「我有三條計策：上策，堅壁清野，使晉兵得不到及時補給。我軍可以據守大峴山，使晉軍不能北上。等相持到一定時間，再派一員大將，率二千輕騎兵沿海濱繞到敵後方，絕其糧道，再派另一員大將，從兗州向東進軍。晉軍腹背受敵，又無糧草，必敗；中策，命各城守將儲備物資，閉城不出戰，如果城即將被攻破，就燒掉所有物資。晉軍需要一城一池的艱難攻取，耗盡實力攻下來又得不到什麼好處。用不了一個月，他們就會因實力不濟而退兵；下策，不守大峴山，放敵進入，與我軍直接決戰。」

慕容鎮不同意：「我們如果在大峴山迎戰，即使打了敗仗，還可以從容退守。何必要棄守險關呢？當年成安君放棄井陘關隘，被韓信打敗；諸葛瞻不在束馬守險，被鄧艾生擒。我看應當在大峴山拒敵。」但慕容超就是不聽。慕容鎮生氣道：「我看你今天的所作所為，倒是很有劉璋當年的風範。」劉璋就是三國時讓劉備奪了益州的笨蛋。

王謐當年從刁逵手中救下劉裕，後來不但一直資助劉裕，還激勵他事業上進，劉裕一直記在心裏，把王謐當做恩人，所以對這件事睜一眼閉一眼，並沒有去加罪王謐。劉裕執掌朝綱后，到處尋求人才，先後重用劉穆之、胡籓、臧熹等人，又整理綱紀，打擊豪強，嚴肅法律，穩定了社會。

司徒慕容惠則建議先固城堅守，然後向後秦求援，等援兵到了再出擊。慕容鎮說：「現在後秦已經亂了。北邊有匈奴劉勃勃反秦獨立，西邊有南涼禿髮傉檀攻打涼州，西秦乞伏乾歸也在苑川復國了。後秦國正是焦頭爛額的時候，哪能派兵來救你？」

桓玄急忙任命桓謙為征討都督，令游擊將軍何澹之率兩萬人守東陵，又命卞范之率一萬兵防守覆舟山，作為東陵後援。劉裕進兵至東陵，很快擊潰桓謙的軍隊，接著又攻下覆舟山。桓謙、何澹之、卞范之逃回京城，對桓玄道：「劉裕的兵力很強，漫山遍野，不知有多少。你快逃吧！」桓玄也被嚇壞了，帶著三個人和數千親信及士兵挾持著晉安帝和司馬德文倉皇逃出京城。前相國參軍胡籓拉住桓玄的馬籠頭道：「現在你還有八百羽林軍射手，身邊也有數千人，為什麼不去和劉裕決一死戰呢？今天你離開京城，就再沒有回到京城的那一天了。」

桓玄大驚失色，立刻命人去殺毛修之。毛祐之即命手下的幾個神箭手，射倒七八個去砍毛修之的士兵。又有箭手去射桓玄，桓玄手下的丁仙期、萬蓋用身子護住他，這兩個人都被射死。

劉裕早就派何無忌拉攏了一大批中下級軍官和地方官，打算起兵反楚復晉，但被桓玄留在京中，一直不能脫身。劉裕以母親身體有病需要照顧為名向桓玄請假。桓玄批准劉裕走後不久，他又後悔了，急忙派人去追劉裕，哪知道劉裕挑了一匹快馬，一路玩命地南奔，桓玄的人根本就追不上。這哪是回家探母，分明是逃命。桓玄聽說劉裕跑得這麼快，心裏隱隱感覺不安，但還心存僥倖九-九-藏-書，沒想到幾天後他的擔心成為現實。劉裕在京口起兵了！

慕容超聽了大怒，當時就要斬慕容鎮。大家都為慕容鎮求情，慕容超才沒有殺他，把他關入監獄，對他道：「等我打敗了劉裕，再回來好好羞羞你！」

廣陵這一路，劉毅在桓弘手下做參軍，劉道規為參軍，孟昶為主簿，三個人一起邀請桓弘出去打獵。桓弘未加防備，一口答應。在打獵的那天早上。三個人帶上打獵的刀槍劍戟直接走到桓弘的客廳，桓弘正在吃早飯，看見三個人拿著兵器還納悶他們怎麼這麼著急。哪知道三個人一齊圍上來用這些打獵的武器把桓弘給殺了，也收降了青州的士兵。劉道規據守廣陵，劉毅和孟昶帶兵去京口和劉裕會合。劉裕讓孟昶守京口，然後挑出一萬多精兵，攻向京師。

劉裕因為剛剛平定了桓玄之亂，國家的經濟實力還很弱，而川蜀路險，遠征也不容易，只好暫時不去管他。盧循佔據廣州等地后，派人向東晉朝廷進貢稱臣，劉裕也因為同樣的原因罷兵，接受了盧循的這種其實是保存實力的投降，任命盧循為廣州刺史，任命徐道覆為始興相。

劉裕的親信也都身居要職。劉毅為左將軍、豫州刺史，南平郡公；何無忌為右將軍、江州刺史，安城郡公；劉道規為輔國將軍、荊州刺史；毛璩為征西將軍；毛修之為驍騎將軍，馮遷為漢嘉太守。

擊敗桓玄入京后，按道理應當封賞功臣。但皇帝不在了，封官的事就只好互相推選吧。王謐和大家推舉劉裕為揚州刺史。劉裕一再拒絕，最後以王謐為侍中，領司徒，揚州刺史，錄尚書事。大家又推舉劉裕為使持節，都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事，徐州刺史，推選劉毅為青州刺史，何無忌為琅琊內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守，諸葛長民為宣城內史。劉敬宣和司馬休之聽說劉裕打了勝仗，起義成功，也從南燕回國。畢竟劉裕當年是跟著劉牢之混起來的，看在劉牢之的面子上，劉裕讓大家推選劉牢之的兒子劉敬宣為晉陵太守，又任命司馬休之為會稽內史。

慕容惠說三起叛亂還不至於讓強大的秦國分不出一支兵馬來，死馬當做活馬醫，先去問問再說。慕容超覺得慕容惠說得有道理，遂派人去長安請兵。

桓玄讓桓謙去試探劉裕，劉裕對桓謙說他雙手贊成桓玄當皇帝。桓謙很高興，趕回來告訴桓玄。於是桓玄立刻行動，經過一番安排之後，帶著文武百官入內宮，讓安帝禪讓。安帝本是個白痴，自然無話，於是由卞范之擬禪讓詔，安帝簽了個字，司徒王謐奉上玉璽。桓玄登基成為皇帝，國號為楚。桓玄當皇帝后，把他的親信都任命到實權職位，桓修的弟弟桓弘為青州刺史，刁逵為豫州刺史，郭昶之為江州刺史，劉裕也因為對桓玄表示過擁戴，被封為中軍將軍。桓玄還認為劉裕是個難得的軍事將領，以後國家少不了要用劉裕的地方，於是經常厚賞劉裕，並經常召見劉裕一起喝酒遊玩，拉攏感情。

慕容超說：「我們的騎兵很厲害，晉軍善於水戰。不如就放他們進來，在平原之上用我們的精騎兵衝殺，一定能勝。你的下策可以用。」

不久諸葛長民也回來了。原來，諸葛長民被押到當利口的時候，傳來消息，桓玄敗出京城。押送諸葛長民的士兵也起義反對桓玄，打開囚車九_九_藏_書放出諸葛長民等人，諸葛長民又潛回到歷陽，發動兵變。刁逵在兵變中失敗，棄城而走，後來被其部下擒回，反被諸葛長民用檻車押送到京城。劉裕以前被刁逵欺負過，所以連審都沒審，就讓人把刁逵殺了。

毛璩首先得到桓玄被殺的消息，他趕緊率兵進入漢中，假稱護送桓玄到了，請桓希出城迎接。桓希出城后被毛璩斬殺。這時，劉毅也率兵進入江陵，以江陵為根據地出兵剿滅桓玄的餘黨，在涢川擊敗桓振，在石城擊敗馮該，在湘中擊敗苻宏，並把三人殺死。桓謙、何澹之等人逃到後秦。這時已經是第二年正月，晉安帝回到了建康。皇帝回來后，論功封賞：琅琊王司馬德文為大司馬；劉裕為侍中，車騎大將軍，都督荊、司、梁、益、寧、秦、雍、涼八州諸軍事，並前時揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州，合稱十六州都督，領青、徐、兗三州刺史，豫章郡公，統領北府，鎮守京口。這一連串的職務，意味著劉裕掌握了東晉全國的兵權。

吳甫之率三萬兵在江乘與劉裕的部隊相遇。吳甫之先擊敗前鋒何無忌，但劉裕的中軍隨後殺到，又大敗吳甫之的部隊，並殺死吳甫之。劉裕帶軍隊追殺吳甫之的殘兵，追到羅落橋的時候，皇甫敷率領五萬大軍趕到。兩軍混戰一番后，劉裕因為兵少，被楚軍分割包圍，劉裕手下將軍檀憑之被射死。在這危急時刻，劉裕帶一小隊人馬，奮力殺向皇甫敷，把皇甫敷殺死。皇甫敷死後，形勢頓時逆轉，失去主將的楚兵紛紛撤退，劉裕趁勢掩殺，沿途又徵招降兵，很快壯大成為一支三萬人的隊伍。

晉元興二年（403）九月，桓玄逼安帝封他為楚王，見事情辦得很順利，朝野內外也沒有反對的聲音，於是他膽子更大起來，準備當皇帝。他問桓謙如果他當皇帝，會不會有實權人物反對。桓謙說：「其他人都不敢反對，只有劉裕這個人我不敢說。」

劉裕一路狂奔，回到京口，這時京口的何無忌已經聯絡了一大批北府兵舊將和其他反楚的中下級官吏，劉裕被推為起義首領。劉裕安排下三路人馬，分別進攻青州刺史桓弘，徐、兗二州刺史桓修和豫州刺史刁逵。

桓玄船到江陵西南三十里處的枚回洲時，正遇上寧州刺史毛璠剛剛病死，毛璠的哥哥益州刺史毛璩派孫子毛祐之帶著參軍費恬、督護馮遷率八百士兵，護送靈柩歸葬江陵。毛修之是當年陶侃手下名將毛寶的曾孫，是毛璠和毛璩的侄子，此時正在桓玄的親信士兵中做屯騎校尉。毛修之早就有捉拿桓玄的心思，所以一路跟隨桓玄，並不離開。這時看到毛家的船隻，便和船上人打招呼。毛祐之、費恬、馮遷見是毛修之，便問毛修之要去哪裡。毛修之站在船頭大喊道：「逆賊桓玄正在船上，你們快過來殺賊！」

劉裕掌握東晉之後，第一件事就是北征南燕立威信。其實，劉裕北征南燕，很大的原因也是慕容超自找的。慕容超自從繼承了他叔叔的帝位后，這位歷經災難，甚至當過乞丐的年輕皇帝便開始享受人生，打獵、遊樂、唱歌、聽音樂，什麼都玩，就是不理朝政。後來他又覺得自己宮中跳舞的人不夠級別，國內又一時選拔不到相關的人才，乾脆派南燕軍襲擾東晉北部邊境，搶來不少男女青年，從中挑選人才，培養成樂伎。可能是風氣民俗的原因，東晉百九*九*藏*書姓中這樣的人才確實很多，經過培訓上崗后，有一些人讓慕容超特別滿意。於是他又派人到東晉搶了一千多青年人回來。

歷陽這一路，諸葛長民卻被刁逵先發制人，反被擒獲。刁逵把諸葛長民等人裝入囚車中送往京城。

毛璩殺桓希佔領巴蜀之地后，派他的弟弟毛瑾、毛瑗與參軍譙縱、侯暉、陽昧等率三萬巴蜀士兵沿江東而下剿滅桓玄的餘黨。蜀兵都不願意出蜀東征，因此對毛璩很有怨言。侯暉、陽昧遂打算造反並據險佔據巴蜀。但兩個人的威信不如譙縱，這兩個人便找譙縱商量。譙縱堅決不同意，並且逃走。侯暉、陽昧帶兵追上譙縱，把譙縱綁架回來。譙縱寧死不從，甚至趴在地上給兩個人磕頭，肯求辭去這個造反首領職位。侯暉、陽昧乾脆把他綁在車上，然後打著「譙」字旗號，西攻涪城。毛瑾不敵二人，城破被殺。侯暉、陽昧遂推舉譙縱為梁、秦二州刺史。譙縱一看，反也反了，勝也勝了，是死是活，都得往前走了，只好答應作這批造反者的領導。譙縱帶兵進攻成都，營戶（世代服兵役的人及其家屬為營戶，地位要低於平民，歸國家管轄，歸將領役使）李騰打開城門，叛軍湧入，殺死毛璩、毛瑗以及他們倆的全家。譙縱於是自稱為成都王，並向後秦稱藩。川蜀之地，再次分裂了出去。

劉裕見燕軍的騎兵戰鬥力很強，兵力也很充足，遂決定不與燕軍正面決戰。他聽從王鎮惡（此人為王猛的孫子，后流落到東晉）的建議，把軍中所有的騎兵共八千騎派給喚胡藩、檀韶、向彌，由三人領兵連夜奔襲臨朐。因為臨朐在燕軍的後方，燕軍把所有的兵力都調到了陣前，只在臨朐放了一兩千沒什麼戰鬥力的弱軍，所以晉軍很快攻佔臨朐。

劉裕的軍隊到了建康，王謐率京中百官出城來迎。劉裕入城後派劉毅率何無忌、劉道規等率一萬水軍繼續追剿桓玄，又把城中沒來得逃走的桓氏宗族餘黨全部殺死。有人向劉裕告發說：「王謐幫助桓玄篡位。當年桓玄篡晉時，王謐還親手解下晉帝的璽綬。」

東晉義熙三年（407）十二月戊子，劉裕的恩人，揚州刺史王謐病死。劉裕趁機取得揚州刺史的職位，當時這個職位還掌握著京城的兵權；劉裕同時還謀得「錄尚書事」的職位，這意味著進入國家最高權力中心———尚書台，並擁有批閱國家所有奏章、進行國家行政決策的權力。也就是說，劉裕從這個時候掌握了整個東晉的政權、軍權、財權等一切權力，成為東晉的實際掌管者。

劉毅、何無忌、劉道規的晉軍在桑落洲與桓玄的戰將何澹之激戰，這時桓玄的軍隊還很多，雙方打了很多天不分勝負。何澹之想了個自以為是的計策，他悄悄地移到郭昶之艦中，讓自己的旗艦沖向敵陣，以誘晉艦來圍攻，這樣其他楚艦則可以仗著艦多兵多對晉艦進行反包圍。但他擔心泄密，並沒有把這個事通知到每條船上，而是憋在自己肚子里不說。這就為後來的敗仗埋下了伏筆。

劉裕一下子沒明白劉毅話中的深意，反而覺得有些道理。正在猶豫的時候，左僕射孟昶、記室錄事參軍劉穆之都跑到劉裕府中力勸他親自出征，說親自出征總是要比留在京中更能樹立威信，而且當年謝安是什麼志向，您又是什麼志向呢？有帝王之志的劉裕遂決定親自出征，于當年四月帶大兵出發。