不久，孫恩又率眾登陸，由浹口（在浙江鎮海，甬江入鄞縣境經招寶山腳入海為大浹江，入海處曰大浹口）攻入餘姚，又攻破上虞，乘勝進軍會稽。眾將請出兵設伏，伏擊孫恩。謝琰道：「和這些烏合之眾打仗，還用費腦子想這多機謀么？」於是只讓將士留城中等待，一直等到孫恩兵臨城下后，謝琰才帶兵出擊孫恩的軍隊，孫恩大敗而逃。謝琰帶兵一路掩殺，孫恩軍隊許多人來不及登船都被殺死在岸邊。孫恩帶另一支軍隊從一條塘路逃跑，謝琰沿塘路追擊。孫恩事先沒有調查過地形，並不知道這條塘路是越走越窄。結果前面的軍隊擠成一團，後面的軍隊又收不住腳，前推后擠，擁作一團，甚至時有官兵落水。孫恩的一些已經上了船的軍隊本來正準備逃跑，見了這情況后便把船開回來，直開到塘路兩側，向官軍射箭，被擠在中間的官軍無路可逃，大多中箭而亡。謝琰帶殘兵撤退。逃跑的孫恩又轉回頭來追，謝琰一直逃到千秋亭，被孫恩的部將張猛趕上，謝琰不敵，于亂軍中被殺，他的兩個兒子謝肇和謝峻也都戰死，手下部隊全部被打散。孫恩再一次佔據會稽。

卞范之說：「這肯定是楊佺期以北伐為借口，實際是要與殷仲堪聯兵襲擊你。殷仲堪是個多疑之人，他為了保持三方平衡，所以不但不從，還派兵阻止楊佺期進攻你。」

殷仲堪擔心桓玄一旦被滅后，楊佺期趁機發展勢力，成為自己的勁敵，認為還是保持現狀為好。所以他一方面勸說楊佺期不要出兵，一方面派堂弟殷遹率兵來到荊州北部邊境，向楊佺期示威。楊佺期一看殷仲堪這個樣子，只好罷兵。

桓玄成為江州刺史之後，以始安太守濟陰卞范之為心腹謀臣，發展勢力。楊佺期知道桓玄有野心，於是決定先滅掉桓玄。他揚言要去北伐後秦，開始集結兵力，並且向兒女親家殷仲堪請求聯兵攻滅桓玄。

桓玄說司馬元顯父子、司馬尚之兄弟、張法順等人是佞臣。遂把司馬元顯、司馬尚之、張法順等人都殺了。司馬道子早已經成為不能視事的酒鬼，這次征伐桓玄並沒有司馬道子什麼事。桓玄表面上饒了他，但在把司馬道子送往安成郡的途中，還是派人把他毒死了。

劉牢之道：「我今日取桓玄易如反掌，但平定桓玄之後，我卻不能奈何元顯。」這是劉牢之的心裡話，但他並沒有掂量掂量自己的威德和地位。劉牢之打仗很在行，但政治上的事情並不是光靠打仗打得好就能解決得了。不管如何，劉牢之已經認定桓玄入京對自己只有好處沒有壞處，於是派何穆回去告訴桓玄放心進軍，他不會管這件事了。

殷仲堪實在是捨不得放棄自己的地盤，於是騙楊佺期說江陵已經有了許多糧草。楊佺期於是親率八千騎兵，馳救江陵。等他到了江陵，才知道江陵即將斷糧。楊佺期氣得大罵殷仲堪。因為無糧不能守城，只好出戰，以求速戰速決。桓玄帶兵撤退，不給楊佺期決戰的機會。楊佺期帶兵追擊，又中了桓玄的埋伏。楊佺期和兒子楊廣拚命殺出重圍逃出，在逃往襄陽的路上，正碰上桓玄部將馮該的軍隊，父子被擒。桓玄命將楊氏父子二人斬首。殷仲堪遂棄守江陵北逃，欲reａｄ•９9ｃsw.coｍ投後秦，在冠軍城又被馮該追上擒獲，被逼自殺而亡。

桓玄於是命劉裕為建武將軍，令他出討盧循。在家賦閑的劉裕再一次得到了出山發展的機會。他帶著何無忌領兵出征，用一年多的時間將盧循徹底趕出三吳。盧循逃往晉安（今福建省南安市豐州鎮），劉裕又追來把盧循趕出福建。盧循只好渡海向南海逃走。劉裕回師京城，桓玄論功行賞，將劉裕升為彭城內史，從此日益受到朝廷的重視和重用。

劉牢之的兒子劉敬宣不久趕來，他把父親的屍體裝殮后，送回丹徒老家。桓玄派軍隊趕到，劉敬宣來不及掩埋他的父親，匆匆渡江，北逃到廣陵，與高雅之、司馬休之一起投奔了南燕。桓玄命令劈開劉牢之的棺材，砍下首級，把屍體扔到野外曝屍。又到處懸賞捉拿劉牢之的黨羽，殺戮北府軍將領。輔國將軍袁虔之等北府將領逃往長安，投奔後秦。姚興任命袁虔之為大司農，並問他：「桓玄才略和他的父親比起來怎麼樣？他能不能成功？」袁虔之道：「桓玄名為晉臣，實為晉賊。此人好猜忌，賞罰不公。我看比他的父親差遠了。桓玄既然已經執掌朝政，將來肯定篡逆。但他沒有命世之才，斷無成功道理，遲早要完蛋。」

張法順說：「桓玄剛得到荊州，人心未附。不如趁這個時候以劉牢之為前鋒，你親帶大軍進攻他，這樣勝算會很大。不然等桓玄羽翼豐|滿了，那時就難勝他了。」司馬元顯恨透了桓玄，便請下詔書，宣布了桓玄的罪行，討伐桓玄。司馬元顯被任命為驃騎大將軍、征討大都督、都督十八州諸軍事，以劉牢之為前鋒都督，以司馬尚之為後軍統領。

司馬元顯聽說劉牢之叛變，桓玄已率大軍到了新亭，他急忙駐守國子學。桓軍到南桁后，司馬元顯又退守內城。桓玄軍追到后，齊聲大喊：「放下武器！」司馬元顯的軍隊都很聽話，全部扔下武器逃了。司馬元顯急忙跑回家，這時只有張法順一個人跟隨他，其他人全部跑光。司馬道子正喝醉了睡覺，聽說兵變了，只會坐在床上哭泣，什麼辦法也沒有。很快桓軍闖入，將三人拿下，押到新亭。桓玄命令把三個人綁在船頭，便要入京殺死皇帝自立。

劉邁不慌不忙道：「射鉤斬祛，並邁為三。」射鉤是一個故事，春秋時齊國公子糾與小白爭做國君。管仲輔佐公子糾，所以用箭射小白，結果沒有射死小白，只射中小白的帶鉤。後來小白成為國君（即齊桓公），不計前仇，任管仲為相，遂為霸主；斬祛又是一個小故事，晉公子重耳（後來的晉文公）出逃到翟國，晉獻公派出寺人披追殺他，也沒殺死重耳，只是在重耳翻牆的時候斬下了重耳的衣袖。重耳後來也不計前仇，赦免了寺人披。重耳後來也成為霸主。劉邁的意思是你桓玄就是將來成霸業的人，我則是歷史上第三個被霸主原諒的人。這是一種很高級的拍馬屁方式。桓玄聽了非常高興，當即也給了劉邁一個參軍的官做。

孫恩見海鹽也有北府軍防守，不敢再進攻這裏，可是又不甘心就此回到海島，於是繼續北上進攻滬瀆。這一次他攻下了滬瀆，並把鎮守滬瀆的吳國內ｈtｔｐｓ://ｒｅad.99ｃｓｗ•coｍ史袁崧殺死。孫恩以滬瀆為根據地，招募士兵，打造兵器，很快就擁有了十多萬大軍，以及一千多艘船隻。然後由滬瀆逆江而上，殺奔建康。

孫恩被困在海島，得不到大陸補給，過得很是辛苦，幾次帶兵進攻東晉，但每回都被打了回去。孫恩感覺前途無望，投水而死。一些家屬和信徒也跟著投水自殺。但事後仍然有很多人迷信他，不相信他會這麼容易就死去，稱這些投水的人為「水仙」。孫恩死後，還留有七八千教徒，於是大家又推孫恩的妹夫盧循為首領。盧循遂向桓玄請降，桓玄剛剛執掌朝政，也不願意國家有事，所以就接受了盧循的投降，任命他為永嘉太守。盧循接受任命后，依然保存實力，並在這年五月，再次舉兵起義。桓玄派去鎮壓的軍隊連連失敗，桓玄很為這事心煩。桓修建議起用劉裕。桓玄說：「劉裕是劉牢之的老部下，我擔心他執掌兵權后對我不利。」桓修說：「當年劉牢之要帶兵攻打你，劉裕沒有跟隨他，而是解甲歸田，可見這個人和劉牢之也沒什麼太深的交情。後來我一直用他做我的中兵參軍，我們相處時間也很長，我看他對你並無異心。」

孫恩的先鋒軍隊在丹徒上岸，剛剛攻下丹徒，劉裕的軍隊趕到了。兩軍在丹徒決戰，孫恩大敗。孫恩十分納悶，北府軍怎麼會跑得如此之快呢？他趕緊撤軍，回攻郁洲（在江蘇灌雲縣東北。原來在海中為島，今天已經與大陸相連）。這時劉裕已經補充了兵力，率一萬精騎馳救郁洲。孫恩在郁洲又被劉裕打敗。孫恩沿著東南海岸一路南逃。劉裕則在陸地上跟著追，在滬瀆、海鹽接連大敗孫恩。孫恩非常苦惱：「劉寄奴這廝難道會騰雲駕霧么？究竟是人是妖？」被劉裕是人是妖的問題所困擾的孫恩最後放棄了進軍東晉的想法，又回到海島。劉裕又奏請朝廷禁止百姓出海，孫恩因此得不到大陸的供給，再沒有能力進攻。

桓玄遂穿著朝服入朝。安帝雖是個白痴，但也驚訝地說道：「我沒有下詔，你怎麼來了？」桓玄道：「你左右都是獐頭鼠目之人，前後都是狼心狗肺之徒。既傷害朝綱，又暴虐百姓，我是來起兵為你誅殺佞臣的。不是害你的，你不要擔心！」

殷仲堪果然中計，立刻告訴楊佺期防範桓玄，同時命令殷遹再率主力軍，駐紮在荊州北境。桓玄留卞范之、庾楷守武昌，自己帶著郭銓、苻宏二將逆江西上，先攻取巴陵，奪得荊州儲備糧草。殷仲堪這才明白過來，急忙讓殷遹帶兵回來。殷遹在回來的路上遭到桓玄的伏擊，大敗而逃。桓玄乘勝又攻佔零口，這時離江陵只有二十多里地了。殷仲堪急忙請楊佺期來救援。楊佺期道：「江陵沒有糧食，我派援軍助你守城也守不了多長時間，不如你帶兵來我這裏，咱們共守襄陽吧。」

在桓玄的安排下，安帝以桓玄為丞相、總掌百揆、都督中外諸軍事、錄尚書事、揚州牧，假黃鉞，劍履上殿，入朝不趨，贊奏不名。桓玄又以桓偉為荊州刺史，桓修為徐、兗二州刺史，其兄桓謙為尚書左僕射，卞范之為丹陽尹，而以劉牢之為會稽內史。從此，桓玄獨掌朝廷。但有沾親帶故，和桓玄七扭八九九藏書拐能扯上關係的都來投奔他。比如新安太守殷仲文，他是殷仲堪的堂弟，得知桓玄掌握朝綱之後，便來投奔，桓玄遂給他一個咨議參軍的官做。就連當年罵過桓玄的劉邁，竟然也憑著這個關係前來投奔。桓玄覺得好笑，對他道：「你來做什麼？你不是找死么？」

劉牢之這才開始害怕起來，帶著沒有將校只有士兵的軍隊向北撤退，等撤到新洲的時候，他的士兵也跑得精光。劉牢之覺得自己太丟人了，太窩囊了，太愚蠢了，前途也很黯淡，未來沒有希望，就解下腰帶找了棵樹上弔死了。劉牢之無德無信無威，竟然也想爭天下做皇帝，結果下場很慘。

卞范之阻止他說：「現在京城周圍帶兵的藩鎮將領還是比較強的，劉牢之也在統兵一方等著尋找咱們的不是。民心尚沒有厭棄晉朝，如果太快了會出危險。晉文公接納周襄王，結果使諸侯聽從他的命令；魏武帝挾持漢獻帝，天下群臣都得歸附。您不如學習他們兩個，也挾天子以令諸侯，不是很好么？」

司馬元顯急令劉牢之出戰。劉牢之遂率北府兵進駐溧洲，剛到溧洲不久，就和前來攻城的桓玄前鋒軍打了一仗。劉裕先帶兵出戰，擊敗楊秋軍隊，殺死楊秋。接著北府軍的何無忌，劉毅，沖入桓軍隊中廝殺，桓玄軍當即敗退。

司馬元顯擔心桓玄趁機入京把持朝政，不敢答應。但桓玄已經開始集結士兵來京了。司馬元顯正在著急的時候，劉牢之、司馬尚之擊敗了孫恩，孫恩退回海島。司馬元顯趕緊以孫恩已敗的理由制止了桓玄進兵。

謝琰鎮守會稽，武備鬆弛，對孫恩並不加防範，有人建議他好好整練隊伍，加強工事，鞏固海防。謝琰笑道：「孫恩不過是個海盜，敗逃入海，如果他再敢上岸，那是自尋死路。」

卞范之聽了對桓玄道：「此是劉牢之欲借你的力量除掉司馬元顯。但事成之後，恐怕他會反過頭來對付你。」桓玄聽了，便有了除掉劉牢之的想法。當然，他表面上並不露出來，第二日桓玄大軍安全通過溧洲，並向劉牢之表示了感謝，然後直到新亭。

何穆見了劉牢之說道：「我前日見你陣前大勝，不但不為你慶賀，卻為你擔憂。所以我冒死前來，和你說說我的肺腑之言。」劉牢之問：「我有什麼可擔心的？」何穆道：「自古亂世之中，君臣能夠和諧相處的只有燕昭王和樂毅、劉玄德和孔明，然而那也是他們大業未成而早逝，如果一統天下之後，難保樂毅和孔明不遭殺身之禍。古語道：『鳥盡弓藏，兔死狗烹。』凡是功高震主，立下不賞之功的勛臣，沒有一個能夠保全自己的。越國的文種，秦國的白起，漢國的韓信，他們所追隨的都是明君，可是下場都很慘。何況你現在的主公卻一個是兇殘的司馬元顯，一個是愚笨的司馬德宗呢？像你現在的形勢，如果戰勝，元顯會猜忌你，恐怕全家都逃不了死罪；如果戰敗了，桓玄也不會饒恕你，根本沒有全身而退的道理。不如換個主公，倒可以長保富貴。」

安帝又問：「誰是佞臣？你要如何處置？」

司馬元顯急派冠軍將軍桓不才、輔國將軍孫無終、寧朔將軍高雅之三路去攻會稽。三路軍馬很快被孫恩打敗。司馬元顯只好再一次派九-九-藏-書劉牢之率北府兵進攻會稽。孫恩一聽劉牢之來了，不敢迎戰，放棄會稽，乘船退回海中。

劉牢之的軍隊就這樣垮掉了。他只好帶劉裕去投奔廣陵的高雅之。劉裕勸他說：「你去了廣陵也逃不出桓玄的手心啊。我呢，也要脫下戎裝，換上常服，回京口做老百姓了。」也告辭走了。何無忌問劉裕：「你們都走了，我該怎麼辦？」劉裕說：「我估摸劉鎮北一定不免一死，你可隨我一起回京口。」何無忌本是劉牢之的外甥，他猶豫了半天，最終還是告辭了劉牢之，也走了。

劉牢之因為離得太遠，追之不及，便下令北部的劉裕帶著他的一千騎兵飛速去援京城。

劉牢之得知孫恩棄守，冷笑道：「孫恩一定不會罷休，他肯定是去進攻海鹽，海鹽空虛，必須儘快去救！」當下撥給劉裕騎兵一千，日夜兼程趕到海鹽。

桓玄見司馬元顯帶大軍來攻，便打算退守江陵。卞范之說：「司馬元顯不過是一個乳臭未乾的小兒，劉牢之也不過是一個無威無信的戰將，如果我們兵至京城，可以打擊敵人的信心，握八分勝算。哪兒有請敵入境，自取窮困的道理？」

劉牢之回軍京口，謝琰則被任命為會稽太守，戍守沿海，以防備孫恩再次上岸。司馬元顯被封為中軍將軍、錄尚書事，一時成為朝中權臣。司馬元顯也是個貪財之人，利用權力四處經營，很快成為豪富之戶；他又掌握著百官的升遷貶降，百官都對他十分恭敬，甚至公卿以下的官員見到司馬元顯都要行叩拜大禮。司馬元顯既奢侈貪利，又驕橫跋扈，東晉朝政並沒有比他父親掌權時好多少。

劉牢之按照自己盤算好的想法，把自己的將軍寨移到岸上，經桓玄讓出水路。劉牢之的兒子劉敬宣勸說父親道：「現在國家衰弱，危在旦夕，您要讓桓玄入京的話，那桓玄就會成為當年的董卓。國家的命運，就掌握在你和桓玄的這次較量當中啊。」

桓玄於是決定先下手為強。卞范之向他獻計說：「你也可以揚言要北伐後秦，也給殷仲堪寫一封信，請他幫助你進攻楊佺期。殷仲堪肯定故技重施，派重兵反過來援楊佺期。你等殷仲堪把主力派出后，由江口入長江，乘虛取江陵，占荊州。殷仲堪被你趕走後，楊佺期也終將被你所擒。」桓玄大喜，立刻按卞范之的計策，一面聚齊兵馬揚言北伐，一面請殷仲堪共同討伐楊佺期。

大軍出發的時候，張法順對司馬元顯道：「劉牢之性格反覆無常，如果他萬一陣前倒戈，我們將全軍大敗。現在京城中有很多桓氏的子弟，請您命令劉牢之把他們都殺了。這樣劉牢之就不可能投奔桓玄了。如果劉牢之不願意，說明他還想給自己留反叛的後路，那你就先把劉牢之殺了，再另派別人為先鋒將軍。」司馬元顯既捨不得劉牢之，又不願意讓劉牢之去殺桓族子弟，其實還是怕劉牢之不殺桓族子弟，自己下不來台，最後沒有聽從張法順的話。

桓玄一直退兵到姑孰才敢駐軍，因為畏懼北府兵，不敢進兵。正在進退兩難間的時候，軍中從事何穆道：「劉牢之是我的外甥，昨日他打敗了你卻不追擊，其中必有緣故。我願去他軍中，說服他來投降。」桓玄遂派何穆去見劉牢之。

劉牢之對桓玄和司馬九_九_藏_書元顯兩個人都不感冒，他有自己的小九九。他聽了何穆的一番話后，卻有了另一番想法：他想先借桓玄的力量除去元顯父子，然後再伺機除去桓玄，最終自己把持朝政。其實這個小九九，在他戰敗桓玄時就已經開始在盤算了。

劉牢之被桓玄任命為會稽內史。劉牢之一聽這個任命非常吃驚：「這不是要奪我兵權么？看來大禍將至！」於是召開緊急軍情會議，商討征伐桓玄。參軍劉襲道：「人世間最不應當做的事那就是反。將軍先反了王兗州，后又反了司馬郎君，今天又要反桓公。像你這麼反來反去的人，根本沒有自立的根本！」說完話就走了。劉牢之手下的絕大部分將佐也紛紛離開了他。

桓玄見楊佺期集結大量軍隊，揚言要北伐，又突然解散了；同時殷遹也非常奇怪地屯兵在荊州北境。他問卞范之這是怎麼回事。

桓玄得了荊、雍二州，遂派人入朝，請求得到荊、江二州。朝廷孱弱，只得下詔以桓玄為都督荊、江、司、雍、秦、梁、益、寧八州及揚、豫八郡諸軍事，領荊、江二州刺史，又以其兄桓偉為雍州刺史，其侄桓振———乃桓石虔之子———為淮南太守。到這個時候，東晉三分天下，桓玄已得其二。這時桓玄又有了進軍京城，把持朝政的想法。這個時候，孫恩一路向京師殺來，桓玄便要求帶兵去討孫恩。

桓玄於是決定轉守為攻。他留桓偉守江陵，搶先發兵，在姑孰駐軍，派郭銓、苻宏、馮該等人去攻歷陽。苻宏就是那個投奔東晉的苻堅的太子，現在已成桓玄手下一員猛將。襄城太守司馬休之固守城池。桓玄的軍隊切斷洞浦道路，焚燒豫州舟艦，收降武都太守楊秋，大敗並生擒司馬尚之，繼而再敗司馬休之，司馬休之棄城逃回京城。桓玄又破豫州，逼近溧洲。

劉牢之不愧為東晉名將，事實正如他預料的一樣，海鹽令鮑陋剛把援軍劉裕迎進城來，孫恩已經帶兵來到城下。劉裕命令所有軍隊藏匿在城中，城門大開，派一些士兵化裝成百姓，向孫恩的軍隊說鮑陋知道城不能守，已經棄城逃了。孫恩認為鮑陋這支弱旅逃跑並不奇怪，但他沒有想到北府軍會來，於是毫無戒心地帶兵入城。他剛入城中便被劉裕的軍隊亂箭狂射了一通，又被騎兵來回衝殺。孫恩被打得暈頭轉向，趕緊退出城去，這時士兵已經損了十之二三。劉裕帶兵追出來繼續衝殺，孫恩的軍隊根本就沒想到北府軍來得這麼快，已無戰心，落荒而逃，再次退入海中。劉裕知道自己的兵少，剛才是殺了孫恩軍隊一個措手不及，所以才打了勝仗，於是並不追趕，而是趕緊回城加固城防。

司馬元顯被桓玄逼得沒有辦法，問張法順怎麼辦？

劉牢之本當乘勝追擊，但卻收兵回營。劉裕、何無忌、劉毅都向劉牢之請兵去追，劉牢之沒有同意。在這關鍵的時候，劉牢之放了桓玄一馬，這說明劉牢之已經有了私心。

桓玄因為沒能進軍京城，惱恨司馬元顯作梗，便把長江漕運給斷了，於是上游的物資不能進入京城。京城附近剛剛遭到孫恩之亂，方圓數百里都殘破無收，京城得不到補給，人們吃的都是麩皮和橡果。桓玄把司馬元顯逼到這分上還不罷休，還寫信給司馬元顯，出言譏諷他是昏聵之徒。