在皇甫嵩北上冀州的同時，朱也南下南陽討伐南陽黃巾軍。

漢軍急攻，未來將聞名天下的猛將，現在的小軍官司馬孫堅，率眾先登，攻克城池。孫夏率部潰圍而走，漢軍追至西鄂精山，又一次大破黃巾軍，斬首萬余級。

據守小城的黃巾軍見投降無路，只得拚死守城。朱見黃巾軍死守不下，遂撤圍不攻。韓忠見漢軍撤圍，率軍突出城外準備轉移，黃巾軍一出城就遭到漢軍圍攻，被斬首萬餘人，韓忠本人也被南陽太守秦頡所殺。其餘黃ｈｔtps://ｒeａｄ.9９ｃsw.ｃｏm巾軍見無法突圍，又退回城中，推孫夏為首領。

韓忠見大城已破，只得率殘部退守小城，並向漢軍求降。漢軍司馬張超、荊州刺史徐、南陽太守秦頡等人都同意接受投降，但主將朱認為黃巾軍起於內部叛亂，不同於外敵。如果接受投降，就等於縱容了叛亂分子有利就造反，不利也可以投降保命的僥倖思想，必將造成更多的新叛亂，因此拒絕了韓忠的投降。

孫堅，字文台，吳郡富春人。十https://read.99csw.com七歲時，其父帶他乘船前往錢塘，路遇海盜胡玉等打劫商旅，在岸上分贓。行船恐懼，皆不敢進。孫堅對父親道「此賊可擊，請討之！」其父大吃一驚，這是你幹得了的嗎？小孩子家，瞎鬧騰什麼！見父親不允，孫堅自行提刀上岸，大呼小叫，東西指麾，盜賊們大吃一驚，以為官軍大隊來了，紛紛逃散。孫堅追擊，斬殺一人。從此，這個十七歲的少年便聲名大顯。后又自幕精勇千人，隨官軍討平自稱「陽明皇帝」read.99csw.com的會稽妖賊許昌父子，以勇猛聞名，隨即被朝廷授官鹽瀆丞，進入仕途。此次「黃巾起義」，朱慧眼識人，力請以孫堅為佐軍司馬，他果然立下赫赫戰功。

朝廷里有人蔘劾朱，準備換人，多虧司空張溫上奏章保他，稱：「昔秦用白起，燕用樂毅，皆曠年曆載，乃能克敵。」認為他用兵已見成效，臨陣換將是兵家大忌，建議繼續觀察一下。朱在朝廷的催促下，奮力攻城，擊殺了趙弘。黃巾軍又推舉韓忠為首領，繼續佔據宛城抵抗漢軍。

https://read.99csw.com南陽黃巾軍有數萬人，其領袖人物是被稱為「神上使」的張曼成。中平元年三月間，張曼成率起事的「太平道」教眾攻佔了南陽郡治所宛城，斬殺了郡守褚貢。然而這支黃巾軍並無大志，攻佔宛之後坐守孤城一百多天，既不支持近在咫尺的潁川黃巾軍波才、彭脫等部，也不積極向四周發展，就這麼發愣了一百多天。到六月，緩過氣來的東漢王朝發動反攻，南陽太守秦頡率軍進攻宛城黃巾軍，擊殺了張曼成。黃巾余部擁立趙弘為統帥，雖發展到十余萬人，九-九-藏-書但仍僅僅局促于宛城一地，無所作為。朱會同荊州刺史徐等部共一萬八千餘人，包圍宛城，因雙方兵力懸殊，從六月攻到八月，一直攻不下來。

至此，幾支最主要的黃巾軍，都被一一撲滅了。為了紀念討平黃巾的赫赫武功，漢靈帝決定改元中平。

朱在宛城外建立營壘，起土山以臨城中，觀察動靜。漢軍虛張聲勢鳴鼓攻宛城西南，朱自率主力五千人悄悄運動到城東北。黃巾軍缺乏軍事常識，大部隊都集中到西南準備迎擊漢軍，而東北防守出現了空隙，朱乘虛而入，攻破宛城大城。