1937年，上海的托派統一組織知道陳獨秀出獄后，派人來到南京，要求陳重回上海參与托派組織活動。陳深感托派組織內部的人際關係之複雜，而其與彭述之、劉家良關係不睦，故拒絕回到上海。

蔣介石曾請教育部長朱家驊出面遊說陳獨秀，希望陳組織一個「新共黨」，表示願意資助10萬元經費，同時，在國民參政會上，還為他組織的新共產黨保留五個名額。蔣介石還有意請陳獨秀出任勞動部長。對此，陳獨秀都一一拒絕，他對友人說：「蔣介石想教我裝點門面當他的走卒，真是異想天開。」

陳獨秀在南京時，周佛海和陳公博主張對日妥協，他們常召集一批人在九九藏書周氏官邸討論對日方針，被稱為低調俱樂部。陳獨秀礙於情面，也被周拉來參加討論，但陳總是以沉默來表達自己的不同意見。

羅漢想讓陳獨秀與中共合作，托派得知后大為震怒，發表聲明撇清與陳獨秀、羅漢的關係：「以前或今後，如有與此類似的任何個人行動，皆與本同盟全體無關，合併聲明。」對於托派的聲明，陳獨秀說：「我只注重我自己獨立的思想，不遷就任何人的意見，我在此所發表的言論，已向人廣泛聲明過，只是我一個人的意見，不代表任何人。我已不隸屬任何黨派了，不受任何人的命令指使，自作主張自負責任，將來誰是朋友，現在九_九_藏_書完全不知道。我絕不怕孤立。」

陳獨秀為漢奸論的消息見報后，武漢的文化界和政界「群情激憤」。周佛海、陶希聖為使陳獨秀在這場政治的寒流中感受到國民黨的「溫暖」，聯合高一涵、王星拱等國民黨政要共9人在《大公報》上發表公開信，為陳獨秀辯誣。蔣介石亦下達「委座手諭」，指示周佛海道：「凡未實際參加偽組織者，不論謠傳如何，均不得稱逆。」

1937年12月，中共中央開會討論與陳獨秀合作抗日之事，王明聲色俱厲地表示反對，說：「我黨可聯合任何人，惟托派為例外；我黨甚至可以和與蔣介石及其反共特務合作，惟陳獨秀為例外。」九*九*藏*書並說陳獨秀每月領取日本三百元津貼而做了「漢奸」。康生表示附和，說陳獨秀曾與日本人密約，故為漢奸無疑。對此，陳獨秀駁斥道：「你們一向不擇手段，順汝者為戰士，逆汝者為漢奸。」

此時，任國民黨三民主義青年團籌備委員會委員的譚平山，也找到陳獨秀要求共同組織第三黨，陳獨秀也斷然拒絕了。

一次，陳獨秀對包惠僧表示，自己已經不是托派，他聽包說有談得來的記者朋友，便打算以記者訪談的方式發表自己不是托派的聲明。包向他介紹了《中央日報》社總編輯程蒼波。但陳、程的交談不算投機，陳獨秀僅寫了個條子，上書：「陳獨秀，字仲甫，亦號實九-九-藏-書庵，安徽懷寧人。中國有無托派我不知道，我不是托派。」程表現得十分冷淡，臨走的時候沒有帶走條子。包惠僧在送程蒼波時說，這個老先生想聲明自己不是托派，打算借記者的口說出來。程只淡淡表示「試試看」。陳的聲明最終沒能刊出。

包惠僧也回憶，陳獨秀私下表示自己不會與中共聯繫：「老乾們（指王明等『幹部派』）不會歡迎我，我也犯不著找他們。」

1938年4月，張國燾說出了自己組織新共產黨的想法，並希望得到陳獨秀的支持與合作。然而陳獨秀對此非常冷淡，一口回絕了張國燾的拉攏。事後，陳獨秀向包惠僧提起此事說：「張國燾想拉我，我對他說我沒九*九*藏*書有這個能耐。」

晚年避居江津時，陳獨秀髮表的言論受到了托派臨委的批判，但陳或直接給臨委寫信，或請人代轉，與托派展開一場書面論戰。此時，陳已經沒有一個擁護者，連與他私人友誼很深的鄭超麟、王文元、陳其昌等人也說：「我們，非但不曾擁護陳獨秀的主張，而且與他進行了最不含糊的爭辯，以致最後，這位『老人』發了脾氣，與我們絕交了。」

陳獨秀曾發表聲明說：「我經過長期入獄和戰爭中的交通梗塞，中國是否還有托派組織存在，我不甚知道。我在南京和劍英談話時，曾聲明：我的意見，除陳獨秀外，不代表任何人。我要為中國大多數人說話，不願意為任何黨派所拘束。」