到北大任文科學長后，陳獨秀並不開課，專心致力於北大文科的改革。蔡元培將有關文科的人事、行政事務，一切交由陳主持，不加干涉。陳擴充文科，增設新系，北大文科原來只有中國文學、中國哲學、中國史學和英語門，陳增設德語、法語、俄語三門，並在哲學門、中文門和英文門分別設立研究所；陳還允許學生自由選修各課，允許校外人員旁聽；整頓課堂紀律，制定考試製度；採購圖書，廣設閱覽室，為學生提供學習條件。

蕭勞回憶，他考入北大後上英文課，教授是一位英國人，完全用英語講課，一個中國字不說。蕭的英語聽力不行，一點也聽不懂，便不去上課了。一個星期後，文科學長陳獨秀突然把蕭叫到辦公室，問道：「你為什麼不去上英文課？」蕭勞說：「reａd•9９ｃsｗ•ｃom聽不懂。」陳說：「我看了你的英文卷子，成績很好，怎麼會聽不懂呢？」蕭回答：「我在中學是跟中國老師學英文，只能寫，不能說。現在英國老師用英語講課，說得太快，我聽不懂。」陳便讓蕭退到英文水平稍差一些的丙班，還由中國老師授課。

蕭勞的中國文學門古文課由黃侃講授。有一天下午上課，蕭精神疲倦，便用手捧頭而坐。黃先生見后勃然大怒，說：「我講書，你睏覺！」蕭說：「姿勢不對，並非睡覺。」隨即放下手，端正了姿勢。但黃怒氣未息，說：「不願意聽就下去嘛！」蕭勞負氣離開教室，接連兩個星期沒去上課。陳獨秀又把蕭叫到他辦公室，蕭陳述了以上情況。陳說：「你是學中國文學的，主課是黃先生講，你不九九藏書上課怎麼學呢？」蕭說：「怕黃先生不許我上課。」陳說：「好！我送你去。」便拉著蕭的手，將他送進教室。黃侃當時正在講課，陳獨秀看著蕭勞坐到位子上，黃侃沒有說話，方才離開教室。

陳獨秀與濮清泉談及文字時說：「大家一致寫的別字，就應該承認它。……如醫院里打針，大家都說打臀（音殿）部，其實這個字應讀『豚』，管他『殿』部『豚』部，打在屁股上就是了；又如青年都說鼓吹革命，這個『吹』字應讀『Trai』，而不讀吹。現在大家都讀吹，管它哩，吹喇叭也是吹，吹牛也是吹，宣傳革命也是吹，大家都讀吹，你一定要讀『Trai』，那就是頑固。再如『駭然』的『駭』字，不應讀『駭』而應讀『海』，現在大家都讀駭怕的駭音，反正是駭九九藏書怕驚奇的意思，怎麼讀都行。總之創造新字也好，寫讀別字也好，都要漸進，不能由你自做倉頡，隨心所欲地創造出一種文字來。須知中國文字並不是倉頡造出來的，而是古代人民的社會創造。」

陳鍾凡評論《小學識字教本》時說：「其以形聲義一貫解釋文字的方法可謂縝密，是為文字學上有價值之著作。」

陳獨秀研究文字學，為了求得一字的真義，不僅廣徵博引，而且從地下發掘出的實物中尋找根據，作精確的考證。如對鬲、鼎、曾、復、持等字的分析，不僅引用了《周禮》、《左傳》、《詩經》等十三四種古籍，而且考查了地下發掘出的螺、蚌、陶器、青銅器、鐵器等實物。

魏建功讀到《小學識字教本》稿時，「讚歎歡喜，以為自古文字資料以來，文字學家趨末棄本read.99csw.com，抱殘守闕，兩無裨補之失，俄然掃空」。

陳獨秀對濮清泉說，他認為詩是一種美文，白話難以寫出美詩，他最反對把散文寫成短句，加上些啊、呀、嗎、呢，再加上些驚嘆號就自稱是詩。

1939年春，陳獨秀又尋出了在南京獄中尚未完成的文字學研究初稿《識字初階》，他將書名更改為《小學識字教本》。書稿送審時，國民黨教育部部長陳立夫見后說：「內容無大礙，只是容易和小學校混淆。」讓陳修改或另擇書名。陳獨秀堅持道：「陳立夫無知，小學者聲音訓詁、說文考據之學也，古來有之，豈可更改！」於是此書不得印行。

創造社詩人王獨清出了一本詩集，歌頌1927年「廣州起義」，詩集上的詩句印刷得很新奇，字大小不一，有正有歪，還加上一些驚嘆符號，如同炮rｅad.99cｓｗ.ｃoｍ彈打出后的彈片飛散一般。王將詩集拿給陳獨秀看，陳看后哈哈大笑，連說：「我不懂詩，不敢提出評論，但是我佩服你的大胆，獨出心裁，自創一格。」王獨清十分狼狽，訕訕而退。日後，陳獨秀在獄中對濮清泉談及此事時說：「王獨清那本詩，形式上看來頗為新穎，但他中了形式主義的毒，以為把一些口號寫入詩句，這就是無產階級革命文學了。其實這是笑話。結果把詩弄成屎，自己還不知道，甚至還洋洋自得，這是很可悲的。」

陳獨秀為學，景仰呂祖謙，呂有侄曰延年，有子曰喬年，陳之二子，亦名延年、喬年。

陳獨秀在北大飭行課堂紀律整頓。黎元洪的侄兒經常缺課，陳為執行課堂紀律，決定給予其記大過一次的處罰。但陳將許德珩誤認為黎的侄兒，發現錯誤即收回成命，並對許進行勸慰。