過了一會，陳獨秀叫潘蘭珍去喊陳松年。陳松年進來后，陳獨秀平靜地說：「以後回家，把我的棺木和祖母的棺木都帶回去。」陳松年哭著答應了。

5月22日，陳獨秀接連三次昏倒。鄧仲純打了強心針，他才蘇醒。次日，江津縣醫院西醫鄒邦柱、康熙光到鶴山坪，給陳獨秀用了肝油定通了大便，但病情並沒有好轉。

下午，鄧仲純翻了一會日文醫書，懷疑陳獨秀是大腦中樞出血。晚上，潘蘭珍喊包惠僧進去，她一手托著陳獨秀的頭，一手拉著陳獨秀的手，說：「老先生，包先生來了！」陳沒有反應，潘蘭珍用手撥開陳的眼皮，似乎有感覺，流出淚來。至同日晚上9點40分，陳獨秀在寂寞中溘然謝世，終年64歲。

1942年5月12日上午，陳獨秀以中醫的蠶豆花泡茶的偏方來治高血壓。但此次所服的蠶豆花，採摘時遇雨，經數日始干，中有發酵者，泡服時水呈黑色，服后陳感到腹脹不適。次日清晨，陳獨秀抱病堅持寫完《被壓迫民族之前途》一文，正好包惠僧來訪。陳高興異常，讓妻子出去割了兩斤肉回來，做了一碗紅燒肉、一碗四季豆燒肉款九*九*藏*書待包。陳多吃了一些，晚上開始腹脹難忍，不能入睡，半夜將日間所食全部吐掉了。

陳獨秀的葬儀由他的生前友人操辦，收到的社會各界人士捐贈的醫藥費和賻儀費共計法幣33750元，其中蔣介石捐贈10000元，朱家驊5000元，段錫朋、王星拱、陳立夫各2000元。此外，胡小石、歐陽竟無、高語罕等人也有所贈。醫藥費及喪事費用總支出為38753.01元，超支的5000餘元則由北大同學會墊付。陳的衣衾、棺木、墓地均為江津當地資本家鄧蟾秋、鄧燮康叔侄張羅。6月1日，陳獨秀的靈柩被安葬在江津縣大西門外鼎山山麓的康莊墓園。參加葬儀者有朝野名流三四十人，其中有教育部次長、國民黨中委段錫朋，左右鄉鄰壯丁不期而會者一二百人，沿途護衛，且放鞭炮以示景仰惜別之意。陳的墳墓前臨長江，背依青山，左右則有橘林環繞，墓碑上鐫刻著「陳獨秀先生之墓」的字樣。

5月17日傍晚，陳獨秀上廁所時，因便秘暈倒在地。一個小時后才蘇醒過來，全身冒冷汗。兩個小時后又暈倒，開始發燒。

當孫九*九*藏*書、羅二人聽說他家的豬圈裡有一塊陳獨秀的墓碑時，馬上隨他進了豬圈。果真是陳獨秀的墓碑！墓碑上端已缺了左角，碑上的「獨秀陳先生之墓」中的「獨」字沒有了「犭」，變成了一個「蟲（蜀）」字。這塊墓碑已被當作一塊圈板石，與其餘的石板一起鋪在豬圈裡，上面屎尿狼藉，不堪入目……

1947年6月，按照陳獨秀生前遺囑，陳松年託福建一位行善的木商人，用木排載上沿江而下，將陳獨秀的棺槨遷回故鄉懷寧。為防止國民黨破壞，陳松年在棺材上寫的是陳獨秀考科舉時的名字「陳乾生」。此時，世界彷彿早已忘記了陳獨秀。有人感慨道：陳獨秀「江津寂寞，安慶亦寂寞矣」。陳松年將陳獨秀與其元配夫人高曉嵐合冢，立碑「先考陳公仲甫之墓」，「文革」中被毀。

1984年，羅學蓬陪詩人孫敬軒去江津訪陳獨秀當年的墓地，當地一位農民指著門前一大塊長滿綠油油牛皮菜的菜地，告訴他們：「陳獨秀的墳圈就在這裏，我把它挖出來種菜了。」隨後又很驚奇地說：「陳獨秀是個壞人呀，既是壞人，為啥又有這麼多人來看他？」孫九-九-藏-書說：「陳獨秀不是壞人。」農民問：「不是壞人，莫非他還是個好人么？」孫沉吟片刻，說：「他是一個犯過大錯誤的大好人。」農民的眼睛就鼓得很大。

陳獨秀看著潘蘭珍說：「她還年輕，之瑜幫她找一個工作做，莫拿我賣錢。遇到合適的，再找一個人，今後一切自主，生活務自立。」並將獄中時友人贈送的五隻古碗連同一部分稿費留給了她。潘蘭珍淚流滿面，嗚咽地答應了。

70年代末，安慶當地有關部門撥款200元，草草修復，並以陳獨秀後代的名義立一新碑，文曰：「公元一九七九年十月九日，陳公仲甫字獨秀，母高太夫人合葬之墓，子延年、喬年、松年、鶴年泣立」。直到1987年，當地有關部門又撥款20000元，對陳獨秀墓地進行擴修，並改立高2米、寬70厘米的新碑，上書「陳獨秀之墓」。陳獨秀之墓又兩次擴建，並立「無字碑」，以待後人評說。

1938年，陳獨秀胃病複發，血壓高病發，甚至不能低頭寫字。至1940年，病情愈發嚴重，不能用腦，寫作稍久，頭部即感脹痛，耳鳴亦加劇。不久，陳又被查出患read.99csw.com有心臟病，心臟不能再擴大半指，否則可能活不到三年。他的病情時好時壞，血壓很不穩定，有時增高到上壓210以上，常常頭昏目眩。

1942年5月27日，包惠僧趕到了鶴山坪，得知陳獨秀從上午9時起就陷入昏迷，打了強心針和平血壓針，也沒有醒過來。包惠僧站在床前，注視著昏迷的陳獨秀，牆角旮旯里有一堆潘蘭珍自種的馬鈴薯，增加了室內的凄涼感。

當陳獨秀的靈櫬運到塋地康莊時，國民黨衛戍司令部特派得力人員親臨監視。江津縣黨部也再三盤問鄧燮康與死者的關係，鄧答：「我們不過是朋友而已。」又問：「什麼時候認識他？」答：「只不過抗戰以後，他到江津來住，我們才認識。」問：「你為什麼對於他的喪事這樣熱心！替他買棺材，辦喪事？」答：「不過因為陳先生從五四運動以來，在文化界有很大的貢獻。現在江津窮窘以死，身後蕭條，而陳先生的朋友又都是寒素書生，無法張羅。我們為本地士紳，平素又欽慕其為人，現在他死在那裡，我們不忍看他陳屍于室，不能收殮，故爾出面為他張羅。」問：「你和陳某有政治關係沒有？」答：rｅaｄ.９9ｃｓw•ｃｏｍ「我是商界中人，且從事銀行業務，一個單純的商人。我的叔父——鄧蟾秋——專門信佛，均無絲毫政治關係！」

陳獨秀病逝后，消息絕少見於報端。《大公報》論道：「如此一代人傑之死，此時此地，實有不勝寂寞之感。」

靜塵在《我所知道的陳獨秀》一文里寫道：「假使陳獨秀在十年或二十年前，噩耗傳來，無疑將引起全中國或甚至全世界的大衝動；可是這個時候，他的死不過像一片小小的瓦片投到大水裡，只在水面上略略掀起幾圈微波。死非其時，這情景對於一位怪傑的隕落真是最凄慘不過的。」

5月25日上午，陳獨秀知道自己不行了，對何之瑜說：「我要和你分別了。謝謝你照看我。」何之瑜鼻子一酸，說：「應該的。」休息了一會，陳獨秀說：「我的書，由你經手，送給北大。」何連忙點頭。陳獨秀躺了一會，又說：「我的書稿，你和松年、撫五等人商量處理。」何傾身說：「你放心。」

王森然說，跟他一起致力於新文化運動的人，或居黨國顯要，或受社會崇拜，「嗚呼先生！滿腔熱血，灑向空林，一生有毅力，無用武之地，吾不反為先生惜，吾驚為民族哭矣」。