由於戴笠在國民黨內的浮淺資歷和在黃埔圈子裡的低級身分（說到底，他僅是黃埔六期的一個學員而已），蔣介石怕一旦任命他為軍統的正局長，其他部門會不服氣。於是總司令便暫時任命他的侍從室長（侍從室主要由蔣介石的警衛人員組成）為軍統局局長。在名義上，戴笠開始只是軍統的副局長。

事實上，戴笠對軍統擁有絕對的指揮權。軍統九*九*藏*書成立後頭兩年裡的名義局長賀耀祖、錢大鈞和林蔚文都非常明白蔣介石的意思：戴笠應該全權負責軍統，而且他們不應過問軍統的工作、人事或財政這些方面的問題。每年4月1日紀念特務處成立日的時候，局長會到軍統總部來聽戴笠的年度報告，然後就離開了。大多數在總部外面工作的外勤特工甚至都不知道在局裡還有rｅａd•９9ｃｓｗ•cｏm職位比戴笠更高的人。總之，到了1940年，戴笠大權在握，終於被任命為正局長。

軍統剛成立時並非是個很大的組織。當戴笠在1938年獲得軍統統治權時，它只有四個「處」和兩個「室」，共有100多一點的「內勤人員」和不到2000的男女「外勤人員」。其中有些處與原藍衣社的第二處有重迭。復興社特務處九*九*藏*書副處長鄭介民，僅在新成立的軍統里任秘書。而早先的科或股都合併到了軍統的情報、行動、司法和電訊處里。

中國國民黨中央執行委員會調查統計局,簡稱為「中統」；是國民黨CC系領導人陳果夫、陳立夫所控制的全國性特務組織。中統是國民黨黨務部門控制的特務機構，與軍統並稱國民黨兩大特務組織。「中統」的作戰對象除了中共，還包括htｔps://read.９９cｓｗ•ｃoｍ汪偽等蔣介石的敵對政治力量。中統的前身是1927年由CC系分子所組成的國民黨中央組織部黨務調查科。1937年黨務調查處併入軍事委員會調查統計局第一處，由CC系分子徐恩曾任處長。1938年3月，在國民黨臨時全國代表大會上，經蔣介石提議，以軍事委員會調查統計局第一處為基礎，成立中國國民黨中央執行委員會調查統計局，中統由rｅａd•９9cｓw.cｏm此正式形成。中統局局長由國民黨中央黨部秘書長兼任，而由副局長負實際責任。陳立夫、張厲生、朱家驊先後擔任過局長，徐恩曾、葉秀峰、顧建中，鄒學峻、季源溥等先後擔任過副局長。1949年2月改名為內政部調查局，習慣上仍稱為CC或中統。國民黨政府敗退台灣後於1954年10月，改組為司法行政部調查局。1949年後中統在大陸的潛伏特務全部被嚴厲鎮壓。