共產黨反對國民黨統治的活動，在每個地區並不完全一樣。比如，在成都，共產黨的活動要比在重慶活躍得多。1940年期間，由於前一年春天的乾旱，成都地區莊稼嚴重歉收，於是導致了常見的囤積大米以及伴隨而來的糧食暴動。不管共產黨是否鼓動了這些騷亂，戴笠立刻認為這是共產黨在搗亂，這便使他有了借口，命令他在成都地區的偵緝處特工們，對共產黨人能抓就抓。在這場大搜查當中，負責八路軍成都辦事處的領導人及https://read.99csw.com《新華日報》高級編輯羅世文以及共產黨成都區域重要領導人車耀先先後被捕。兩人受到嚴刑拷打，但都沒有招供。最後他們被押送到重慶。其他十來個被捕的共產黨領導人，被川康區軍統特務隊長劉崇朴活埋了。

成都的大逮捕是軍統在四川的一個早期行動，它意在顯示軍統在整個戰時中國的有效實力。然而，在重慶市本身，在追蹤共產黨在國民黨戰時首都的地下活動方九-九-藏-書面，戴笠的組織似乎並不那麼得力。據沈醉講（為了政治緣故，他不斷地貶低國民黨在對付中共方面的能力），軍統在重慶的偵察部門從一開始就非常窩囊，因為它在情報方面所能依賴的，無非是一些來自於社會底層的「不三不四之流」，再加上幾個民主黨派當中一些中下層的人士而已。軍統是如何對像郭沫若、田漢或曹禺這類人物的活動進行控制的呢？軍統所能指望的只不過是對他們加強監視，並讓其特工不時複查有關這些社會知名九*九*藏*書人士的情報的真實性而已。

軍統監視的主要目標是共產黨在化龍橋紅岩村的辦事處。軍統為此專門在附近成立了一個特別稽查哨，由段楚田負責。但戴笠的人發現很難弄清有哪些人在他們的眼皮底下去了共產黨的「老窩」。後來，情節生動的小說《紅岩》以及由此改編的電影對國民黨秘密特工們的無能做了淋漓盡致的描寫，同時又矛盾地表現了軍統（以及它後來的「保密局」）是敵人的一個殘酷而恐怖的組織，它應對無數受害者的死九-九-藏-書亡負責。《紅岩》的寓意之一是揭露軍統的美國支持者，他們被塑造成陰險的美國「特殊顧問」，躲在拷打審訊場面的背後，一心要「從人骨頭裡擠出油水來！」這個反美的信息當中還夾雜了對共產黨最終勝利的信心，它同五十年代初朝鮮戰爭中的反美熱潮遙相呼應。作為小說中的英雄，許雲峰對毛人鳳說：「馬克思列寧主義也武裝了中國共產黨和中國人民，必然消滅一切反動派，包括你們這群美帝國主義豢養的特務！」

但這並不等於說軍統在對付共產黨https://read.99csw.com方面毫無成就。在這一點上，第二次統一戰線對他們不起作用。作為重慶衛戍司令部偵緝隊隊長的沈醉，非常想抓獲共產黨人。每次如願以償，他都會得到獎勵，例如他在江北附近的一個小鐵工廠里對共產黨人進行的那次突擊。不過，關於所謂共產黨活動的假傳聞，軍統屢次弄巧成拙，並使無辜的人士受到無端的連累，如在1940年冬天的綦江案件當中，軍統的審訊員用嚴刑打傷打死了500多人。又如，有一次總統府連連下令，而結果證明，並無任何顛覆活動發生。