在蔣龐大的警察國家裡，這些都是被壓迫者的武器。但儘管共產黨人積極在國統區的這些工廠里建立他們的支部，他們的最高領導則對國民黨政權的國家軍事和保安系統更感興趣。到了1942年1月，周恩來及其在第二次統一戰線下於重慶建立起來的辦事處宣稱：他們在四川、雲南和貴州安插了5000多名特工。他九-九-藏-書和康生還向蔣的最高級的情報和反間諜機構進行了滲透（國民黨中將閻寶航，是周和康領導下的間諜網核心人物，他是蔣介石的一個軍事戰略首領。）閻將軍將希特勒進攻蘇聯的準確情報提供給莫斯科，把日本在中國東北的整個軍事布署拍攝下來，並把日本即將進行的珍珠港空襲通報了斯大林。

政九*九*藏*書府辦的兵工廠由軍統負責進行專門的監視，它還控制了部隊軍火部門的警衛稽查處。結果，地下共產黨發明了一套複雜的、類似秘密社會使用的暗號作為識別方法和密碼，來保持彼此之間的聯繫。折成三角形的手帕、迭成三層的方形的布、手錶下面系一根白色帶子、特別的招呼方式（拍打左胳膊肘並用右手九*九*藏*書做出中國字「八」的手勢、摸一下對方的頸背或耳垂等等），都被用來表示「戰鬥到底，不被活捉，不戀父母，恪盡職守」。

唐對廖的忠誠持懷疑態度，便命令劉惠生對他進行密切監視。劉馬上把軍統對廖運升的監視告訴了廖。與此同時，一個共產黨情報官員張公俠開始接近劉惠生本人，他勸告劉改變立場並去說服九九藏書廖運升秘密叛變。自此以後，劉惠生定期向共產黨地下特工提供軍統的情報報告，向山裡起義的游擊隊們調撥無線電設備，並通過廖運升的安排使第一一軍不與共產黨部隊發生軍事衝突。

後來還發生了最著名的滲透事件。那是在內戰最後階段的淮海戰役時期，軍統（那時已經改名為「保密局」）的安徽站由唐玉昆領導。唐領導的主九-九-藏-書要單位之一是軍統在正陽關的辦公處，其負責人劉惠生參与了把地方保安團和零散的軍事單位合併起來，成立一個由黃埔畢業生廖運升指揮的第一一軍的工作。

另一個致命的滲透活動，是張露萍打進軍統的通訊系統，使數百個軍統電台站和上千名特工暴露給了共產黨。這次慘敗當時可能甚至促使了戴笠與美國人結盟，以尋求更好的反間諜措施。