十月三十日，穆占、馬齊受章泰之命，率部進入昆明城，其餘各部人馬分守各城門。共收降吳世璠所屬大小將吏五千餘人、兵士三萬余，繳獲大金印十四顆、小金印七顆、銀印九十二顆、金策八件。

清軍受降后，如一群野獸四處劫掠，昆明城猶如陷入地獄。蔡毓榮霸佔了吳三桂的愛妾「八面觀音」，而穆占則奪了吳三桂的另一愛妾「四面觀音」。

隨後康熙十八年十二月，湖廣總督蔡毓榮被任命為「綏遠將軍」，總轄常德、武岡等處所有各省調撥官兵及湖廣全省綠營兵馬。總督董衛國、周有德、提督桑額、趙賴、周卜世，俱聽其節制。湖南現有文武官員聽其遴選，攜赴軍前調用。有功者，可具疏奏聞，論功行賞，如有臨陣退縮、運糧違誤者，副將、知府以下各官即以軍法從事，副將以上各官，可指名飛章參劾。此路大軍都到湖南沅州集結，由鎮遠一路取貴州。

四川形勢的反覆，讓康熙帝非常震驚，他除了敕令四川當地駐軍平叛，還從進攻雲貴的大軍中，緊急抽調出部分滿漢軍對付叛亂。他派徐治都等將官會同將軍噶爾漢等部，速赴夔州，執行剿賊任務。另遣將軍王進寶等前往鎮守戰略要地保寧，兼守漢中諸處。譚洪、彭時亨在攻佔永寧諸處之後，又攻陷涪州，兩軍合而為一，進至保寧附近地區，切斷四川清軍後勤通道。康熙帝派遣陝西總督哈占速增援保寧，但哈占以兵力不足為由，再請援兵。康熙帝指示護軍統領佟佳等速往應援，甘肅巡撫、提督分兵固守略陽（陝西略陽）、陽平各處。四川大好局面，竟被如此搞砸，康熙帝痛斥守川諸將畏怯瞻顧，不竭力剿御所致。

歷史總是由勝利者書寫，也就是所謂的成王敗寇。帝王的勝利，僅僅只屬於帝王，對後人而言，均只是歷史長河中，浪花一兩朵罷了。

吳世璠逃回雲南后，他的叔父吳應期向他發牢騷，把失敗的一切責任，都推到方光琛身上，稱其為「首禍」。吳世璠雖然年輕，倒是比這位叔父更有成色，他沒有怨天尤人，而是兵來將擋，水來土掩，很有大將風度。從貴陽撤回雲南的路上，他收容潰散兵士，得了約兩千人。而吳應期則沒有回到昆明，而是在交水（今曲靖附近交河）駐紮，他竟然想在此重新集結部隊，但目的卻不是對付清軍，而是發動軍事政變。吳世璠的岳父郭壯圖此時在朝中握有實權，吳應期早就看他不順眼，覺得此人能力缺乏，吳政權掌握在他手中，必要壞事。但他卻不想想自己並不比那郭強多少，可謂半斤八兩，並且那八兩還不是指他。他的如意算盤，此時已被郭壯圖掌握，郭乾脆給他來了個先下手為強。他讓手下心腹率兵假裝增援貴州，到了交水后，借慰勞軍隊之名，將吳應期騙來，當場用繩索勒死。得知吳應期的死訊，郭壯圖又立即在昆明把吳應期的兩個兒子吳世琚和吳世珵一併勒死。

清軍即將發動總攻之時，卻出了個意外。原本已平定的四川，又發生了叛亂。四川的叛亂是為了牽制清軍，本意還在於保住雲貴。主謀是郭壯圖，他派胡國柱、馬寶、王會、高啟隆、夏國相等將領，突襲了四川的清軍。原本吳軍已明顯處於劣勢，被清軍打得只有招架之功。但正因如此，清軍也放鬆了警惕，以致於吳軍偷襲得手，連續攻佔瀘州、敘州、永寧、建昌、仁懷等地。原本已降清的譚洪、彭時亨等將領，又率部再次叛清。夔州府百姓也隨之而叛，譚洪率眾至巫山，據守萬縣。

四川的再度叛亂，顯然打亂了從四川進軍雲貴的戰略計劃。出征雲貴的趙良棟部，被改了任務，專力于平息譚洪等人的叛亂。好在清軍兵力充沛，康熙帝兩手同時抓，督令章泰、蔡毓榮、賴塔等仍按原定日期出師。

馬寶部、胡國柱部回援雲南后，駐永寧的吳將宋國輔部勢單力薄，自感無力死守，遂向清軍請降。清軍於三月十五日進入永寧城。

次日，二十九日，兵變將領打開昆明城門，向清軍投降。

胡國柱一行逃到雲龍州（雲南雲龍南）青裡屋，清軍都統希福緊追不捨九*九*藏*書。胡國柱自感難以逃脫，詢問幕客王愈擴，王說：「君侯不見落花嗎？或繽紛于裀席之上，或狼藉于泥土之中……」精闢啊！話還沒有說完，胡國柱已明其意。他感嘆道「說得是，說得是！先生愛我，敢不受命。」

即便在如此困難的情況下，吳世璠都沒有坐以待斃，這點很有他爺爺的風骨。他派軍出城迎戰，在歸化寺附近激戰多時，殺傷大量清軍，但未能擋住清軍。賴塔部進至銀錠山，蔡毓榮奪重重關與太平橋，趙良棟、穆占、巡撫王繼文奪玉皇閣。這三路大軍，連續猛攻數日。

此番征討雲貴，清廷共調滿漢官兵合計四十余萬，這差不多是清廷整個武裝力量的半數了。康熙帝考慮到雲貴山地多的地理特徵，指示行軍作戰皆由綠營步兵居前，滿騎繼后。他啟用漢官蔡毓榮征雲貴，由他節制漢兵先進。

這些人還制定了所謂處置「逆藩」人員條例：凡助賊肆惡、事迫投降的高啟隆、張國柱、巴養元、鄭旺、李繼業等人皆處斬，妻女財產沒收入官。將王永清、江義等人凌遲處死，他們的親屬一律處斬。

康熙二十年（1681年）二月十五日，章泰部在交水城，與賴塔所率廣西清軍會合。

吳三桂的女婿夏國相及其部下，被清軍打散，他帶少數親兵，進入廣南（廣西境內）。清軍大將軍章泰、賴塔檄令土官儂朋與防守臨安總兵官李國梁率兵追擊。康熙二十年十一月初，在西板橋，將夏國相包圍。夏國相放棄抵抗，領著將軍王永清、黃福、李攀龍、楊松魁等，來到清營，各繳帥印、官印投降。李攀龍等被斬于軍前，夏國相因為是吳三桂的女婿，地位特殊，所以送往京城正法。

康熙帝大概也會疑惑，清軍起獲的遺骨是否真是老對手吳三桂的。但人死了，燒成灰都一樣。只要讓普天之下，知道吳賊不堪的下場就行。真與假將是永遠的謎團，謎團不重要，重要的是清廷對天下有了交代。他們是徹底的勝利者，造反者絕沒有好下場。

五月，被吳三桂封為國公的馬寶、將軍巴養元等從遵義殺回雲南，在楚雄紮營。差不多也是這個時候，康熙帝向馬寶發出招降的諭旨，稱只要其「悔罪歸誠，將爾從前抗拒之罪俱行赦免，仍論功敘錄……」對此，馬寶沒有接受。章泰派都統希福率部進攻，烏木山一戰，馬寶全軍覆沒。僅帶領一百多人，逃到姚安山中。沒有出路的他，最終與巴養元於七月五日至姚安府向清軍投降。與馬寶、巴養元一起投降的還有將軍趙國祚、鄭旺、李繼業、總兵郎應基等。

貴州似乎拿下的較為輕鬆，章泰、蔡毓榮等在貴陽休整了月余，已感無聊，正在等候新的命令。命令沒等到，卻等來平遠府被吳軍攻下的消息。這是吳世璠的傑作，他命高啟隆為大將軍，會同夏國相、王會、王永清、張足法等，共兩萬人馬，出奇兵，一舉攻陷平遠府。清大將穆佔率部反攻，于康熙二十年正月二十二日將吳軍擊敗，高啟隆敗逃，王會等率領部下投降。平遠府再次被收復。康熙帝再次督促，速取雲南。清軍浩浩蕩蕩開赴昆明。

失去雲貴，吳集團迎來的將是徹底的覆滅。困獸猶鬥，康熙帝深知，清軍面對的將是最血腥最殘酷的戰鬥。以往各個戰場上，一些皇室貴胄們所表現的散漫、沒有進取心，沒有擔當，讓康熙帝既氣憤又心有餘悸。面對這最後的戰鬥，他開始猶豫起來，是不是該改一改祖制，讓能者上，而讓庸才靠邊。

雲貴是清軍最後的目標，也是吳集團最後的諾亞方舟。

馬寶的投降很有特點，這個人似乎並不怕死。到姚安府這天，他身穿「幅巾深衣」，坐在八人抬的轎上，招搖過市。對人說：「我不出，必使很多人受連累，我不惜一死，是為了救一方百姓。」臉上毫無懼色。他被從姚安送到楚雄。清提督桑格敬他是條漢子，特出城迎接。

吳氏集團另一個重要人物胡國柱及屬將王敘等，從姚安逃散后，進入鶴慶（屬雲南，今仍名）、麗江（屬雲南，今仍名）一帶山中。趙良棟、哈占奉旨搜拿。都九*九*藏*書統希福、提督桑額率兵追捕。

不過後來吳三桂的一個侄子供出：吳三桂的遺體已焚化，骨灰匣藏在安福園石橋水底戽水。清軍照此挖掘，果然找到一骨灰匣。然後將吳世璠的頭與吳三桂的骨灰一併送到京師。其實這事很是蹊蹺，吳世璠那麼小心，就是不想讓清軍得到祖父的遺骨。他自然能想到家中子弟，若不幸落入清軍之手，酷刑之下，什麼都會招出來，所以這個藏骨灰匣之處，必是他有意透露，為的是掩飾真正的地方。他們這麼做，不僅僅是為了爺爺，也是為了家人少受點罪。當然客觀上，也幫了那些清軍將領，讓他們得以交差。

外援沒有指望了，但吳世璠仍然堅守。他不知道最後的結果是什麼，雖有不祥的預感，但清軍圍城半年之久，卻始終未能撼動昆明城，這似乎又讓他有了某種希望。

二十一日，郭壯圖派將軍胡國柄、劉起龍、黃明率馬步軍萬餘人出城三十里迎戰，並帶了五隻大象上陣。清軍，章泰部位列於左，賴塔軍排于右，戰鬥自早晨一直打到中午，這回大象也不管用了，吳軍被擊敗，清軍追至昆明城下，擊斃胡國柄、劉起龍等將官九人，俘獲吳軍六百余。

趙良棟見說不動章泰，便自率所部發動進攻。力戰之後，奪取了土橋、新橋，至得勝橋，直抵昆明城下。見取得勝利，章泰又想搶功，他說：「你部已過度勞累，應先撤回，可叫總督蔡毓榮率兵據守。」趙良棟回絕說：「我兵死戰所得之地，怎能交給他人看守！」章泰理虧，只得於十月八日，下令各軍進兵，直至城下，圍困數重。

當這些人率兵沖入皇宮時，吳世璠沒有任何膽怯之色，大罵：「狗賊！亂臣賊子！」雖然只面對吳世璠這孤家寡人，這些將領竟無一人敢上前，滿臉愧疚之色。吳世璠輕蔑地看了一眼這些人手中的刀劍，舉刀自刎，死時方才十六歲。他的皇后郭氏投環自縊而亡，宮中從死的達百餘人。兵變部隊又闖入郭壯圖家，殺死其心腹郭得勝。郭與兒子郭宗汾皆自刎而死。兵變部隊繼而抓了大學土方光琛及其子方學潛、侄子方學范，控制了全城。

城裡的人想出來，城外的人想進去，圍城之苦，對於雙方來說都是一樣的。清軍不服水土，生病的越來越多，非戰鬥性減員一直在上升。後勤補給始終不理想，吃不飽，軍餉也欠了好些日子。

康熙十九年（1680年）九月十二日，蔡毓榮部自沅州率先出師。沅州靠近貴州東部的湖南境內，有一河，名沅水（貴州境內段稱沅河），可從沅州直通貴州鎮遠。清軍便藉助這條水道，迅速進入了貴州境內。在同後繼部隊大將軍章泰部會合后，他們一起向鎮遠進發。守城的吳軍將領張足法、楊應選等，沒有選擇抵抗，趕在清軍到達的前一天夜裡，悄悄撤退。清軍於十月十二日接收了鎮遠府城，派出輕騎兵西追，收復偏橋（鎮遠西）等地。

這個郭可謂不善，雖然是吳應期先想向他動手的，他的舉動有自衛的意味。但吳應期畢竟是當朝皇叔，不是他這個國丈可以隨意處決的，更何況吳應期的兩個兒子並沒有參与陰謀，他們與皇帝吳世璠是堂兄弟，郭的舉動與謀反無異。郭有疑心，有野心，已徹底暴露無遺。郭的心狠手辣，讓吳集團內部許多重要成員，感到不寒而慄。人心盡散，在這種狀況下，在外部清軍的重壓下，郭的舉動無疑是一種自殺行為。

和馬寶比，康熙帝就算不得是英雄了。政治向來不是英雄玩的。他命令凌遲處死馬寶，諭旨說：「逆賊馬寶，所在抗拒大兵，今無地可遁，力窮勢迫，始來投誠。殊屬可惡！所犯情罪重大，斷不可宥。大將軍貝子章泰等，其執馬寶，撥官兵嚴解來京。」九月末，馬寶在北京被處以凌遲酷刑。受刑時，他不發一聲，至疼痛難忍時，才哼哼幾聲。最後，刀至洞胸，才大叫一聲而死。頭被割下示眾。

在王緒與李匡自焚之後，將軍王公良等率余部前往清營投降。

活人不放過，死人也難清靜。清軍入城后，便一直在搜尋吳三桂的靈柩，https://read.99csw.com準備戮屍示眾。但多日下來，卻一直沒有下落。拷打吳三桂身邊昔日的隨從，雖打死了許多人，卻仍然沒得到任何線索，倒不是他們骨頭硬，估計是確實不知道。其實早在昆明城被圍之時，吳世璠就已經做了最壞的打算。他將吳三桂的靈柩秘密藏在了一個穩妥之處，知道此事的人，隨後都人間蒸發，此秘密之處就只有吳世璠自己知道。而現在他已死，清軍不得要領，只得根據自己的推測，在可能的地方亂挖一氣。起獲了多座墳墓，但都不是吳三桂的。

當章泰收復貴陽時，康熙帝下令，賴塔一路廣西大軍速由南寧出兵雲南。康熙十九年十月下旬，賴塔奉命，率領大軍從南寧出發，經田州（田陽）、泗城（凌雲），抵西隆州（隆林各族自治縣），於十一月十五日進入雲南邊境。吳將何繼祖等聚兵萬余，在離安籠所三十里，堅守石門坎隘口。此地高聳雲天，羊腸石徑，易守難攻。賴塔派都統貝勒希福、馬奇等率前隊清軍先進攻，他與金光祖等諸將兵分兩隊，作為後繼。次年（康熙二十年，1681年）正月一日，清軍大敗吳軍，奪取了石門坎隘口，收復安籠所城，吳軍總兵陳義魁等率眾投降。

康熙十九年（1680年）三月，將軍趙良棟奏請以湖廣、廣西、四川滿漢大軍分三路進取雲貴。約期八月底，諸路齊進，直搗雲南。康熙帝同意他的建議，開始調配軍隊。

在清軍向貴陽進發時，吳世璠急召夏國相、高啟隆、王會等，速從四川回援貴陽。令馬寶、胡國柱等繼續在四川作戰。但吳軍增援部隊還未趕到，清軍已進至貴陽郊區。吳世璠大驚，在叔父吳應期，將領劉國炳護送下，乘夜撤退回昆明。貴州省城貴陽就這麼落入清軍之手。吳世璠的大臣，位居侍郎之職的郭昌，及原任清提督李本琛，同大小文武官員一併投降。

到了四月，四川叛軍基本被殲滅。譚洪剛病死，餘眾已瓦解。康熙帝下令，調將軍噶爾漢同總督哈占、將軍趙良棟率部速進雲南。趙良棟接到命令，親統綠營兵自雅州出發，哈占也於五月十一日進兵。

第一路即中路，統帥為「定遠平寇大將軍」貝子章泰。他是饒余親王阿巴泰之孫、博和托之子。順治八年（1651年）封鎮國公，同年晉封固山貝子。九年，襲父爵，仍為貝子。吳三桂叛后，隨大將軍貝勒尚善，參贊軍務，以敢戰善計謀屢立戰功。康熙十八年十一月，康熙帝命安親王岳樂解印回京，即以章泰接替岳樂，命為「定遠平寇大將軍」。

在湖南剛平定時，康熙十八年五月，大將軍察尼曾派人前往雲南招撫郭壯圖。信中說：將軍平西王「屬半子」，大權在將軍掌握，而雄才大略又足以左提右摯，如能密圖歸正，將首推第一功，裂土分茅以酬。除此之外察尼同時還給夏國相一封招降信。這兩封信當時並沒有發揮作用，因為當時的形勢，並不足以影響這兩人堅守的決心。這一點康熙帝自然也清楚，他命令章泰儘速進兵，不得推諉延遲。康熙二十年（1681年）正月，章泰起兵進發。

第二路統帥為賴塔，他是額駙康果禮第四子。吳三桂叛時，他以都統被授為「平南將軍」。先至浙江平叛，后至福建、廣東等沿海地區駐防，屢次立下戰功，為康熙帝所賞識。于康熙十九年（1680年）九月授為「征南大將軍」，統領廣西滿漢大軍及選取駐廣州清軍精銳、原屬平南王藩下的部分官兵，由廣西南寧出師，速取雲南。

康熙帝得知在四川的吳將馬寶等回援雲南，果斷指示，嚴令將軍佛尼勒、趙良棟等各統官軍「速行躡擊」，使之不得至雲南，就地全殲。如不遵此令，有失軍機，將以貽誤軍情重處。

康熙二十年（1681年）九月十六日，康熙帝向圍城的將士發布命令：「雲南省城圍困已久，若不速為克取，未免勞敝兵民，靡費糧餉。今逆賊外援已絕，株守孤城，窮迫已極。」若繼續「遷延時日，待賊食盡，恐糧餉漸至於虛糜，兵丁亦苦於疾病」。他要求章泰、賴塔等「速行攻取雲南省城」。特九九藏書別提醒：清軍中有不少是投誠的原吳軍將吏士卒，可以讓他們攻城建功，以贖前罪。

兵力上，清廷處於絕對優勢。由於接連遭受重創，吳集團此時的兵力只剩下十多萬。在康熙十四年時，留守雲南的郭壯圖竟因兵員緊張，不得不「括庄民為兵」。

九月，趙良棟平定四川的叛亂后，率部渡過金沙江，經武定、綿竹，抵昆明，與章泰、賴塔兩路大軍會師。趙良棟力主斷昆明水道，從速攻取。他命人在昆明池內置「橫筏施樓櫓」大船，設置水軍，往來巡邏。到了十月，昆明城內已近斷糧。趙良棟決定速攻，他說：「我等大軍連營四布，不就近速戰，等到日久，米糧不繼，滿兵無妨，綠旗兵何以存立？」這話道破了一個明規則下的潛規則，同樣是為朝廷賣命，滿洲八旗軍的待遇卻遠遠好於漢人的綠營兵，凡糧餉都優先滿足滿洲兵的需要。綠營兵待遇差不說，還得伺候這幫大爺，為他們做雜役什麼的。所以攻城之事，拖得越久，綠營兵就越苦。不過章泰卻不管這些，他還想，再等一等，等昆明城裡的人都餓得站不起來了，他就可率軍兵不血刃地拿下。他說：「皇上豢養的滿洲兵，豈可輕進，委之於敵人？你的軍隊遠道而來，也應休養一段時間，怎能讓他們再受傷損！」

考慮再三，康熙帝決定，將順承郡王勒爾錦、康親王傑書、察尼等王貝勒都調回北京。回京后，勒爾錦、察尼及已故的尚善等王貝勒及其有關的一批將領都受到了嚴厲處分。

章泰率部繼續進攻，於十一月初，先後奪取了安順、石阡、都勻、思南等城。平遠（織金）知府鄭開樞等獻平遠城歸降。十日，清軍又攻下永寧州，突至雞公背。一萬三千余吳軍見守住無望，便焚燒盤江鐵索橋后，撤走。盤江鐵索橋是雲貴間的咽喉，若被清軍奪取，便可長驅直入，殺至昆明城下。普安土司龍天佑、永寧土司沙起龍、禮廷試等歸順清軍，為表誠意，他們主動提出，願為清軍架設浮橋。

第三路統帥為「勇略將軍」趙良棟。他以「勇略茂著，操行廉潔」，深得康熙帝的歡心，于康熙十九年正月末，授予雲貴總督仍兼將軍，統領四川與陝西滿漢及綠營兵，由四川分兩路進兵，先取遵義，後進貴州。

新任命的統帥如下：

終於還是敗了，吳三桂死後，吳集團不可逆轉地陷入大潰敗中，主力盡數退入雲貴。

康熙二十年（1681年）十月二十八日，吳將線國安、吳國柱、吳世吉，原任都統何進忠、林天擎等密謀，準備發動兵變，拿了吳世璠、郭壯圖，獻給清軍，以保住自己的性命。

會師之後，清軍兩大主力，自交水分路齊進，於二月十九日進至昆明郊區四十裡外，在歸化寺附近紮營。寺西北金馬山，正北鸚鵡山，寺左右石虎崗、城北山，都成了清軍的壁壘。

昆明被圍了半年，城裡的糧食也較為緊張，卻沒人餓死，所以才能死扛著不投降。其秘密就在於，此番圍城並不嚴密。清軍離城四十里安營遠駐，一面臨昆明湖，一面倚山。奇怪的是，可以為昆明城運送補給的昆明湖，南北百里，竟然都沒有封鎖。這並非清軍大意疏忽，而是因為駐守這一帶的安寧、晉寧、昆陽、呈貢四州縣的清軍，原本大都是吳三桂的舊部，他們中不少人的親屬都在昆明城內，自然不能看著困在城內的親屬忍飢挨餓。但這個不能說的秘密，最終被清軍統帥部發現，他們撤換了駐守昆明湖一帶的吳軍舊部，改派八旗兵駐守，自此城內斷了補給。

徹底消滅了吳三桂政治集團，這在當時被視為清廷的特大盛事。京內外百官紛紛上表慶賀，行賀禮。康熙帝在康熙二十年（1681年）十二月二十日，「頒詔天下」，以慶祝勝利，及顯示自己的驕傲與自豪。

何繼祖自石門坎敗逃，至新城所，會合吳將詹養等，又聚兵兩萬餘人據守黃草壩，並以大象迎戰。二月二日，賴塔督率滿漢清軍發起攻擊，從早上五六時戰至午後二三時，終將吳軍擊敗，奪取二十二營，俘獲詹養、王有功及其部一千餘人。賴塔率大軍繼續進軍，從黃草壩開reａd.９9ｃsw•cｏm赴曲靖府，吳總兵尹士元、道員劉世忠等將吏，不戰而降。清軍攻佔交水城，吳軍大敗而逃。

吳集團苦心經營昆明多年，此城城防堅固，防守嚴密，並非清軍可以輕易攻取。賴塔與章泰便決定掘壕圍城，他們選擇靠近城的南壩、薩石街、走馬街、雙塔寺、得勝橋、重關等處，扼吭立營，連營數十里。章泰還廣布檄文和康熙帝旨意，派遣官員招降吳軍將士。不久，大理府的「定遠大將軍」、「東平公」張國柱、姚安府的「親軍車騎后將軍」劉漢章、臨安吳軍總兵徐衷明、李玉彬、范應泰等，以及永昌等各鎮吳將紛紛投降。接著，吳將韓天福率官兵獻武定府降清。還有從四川逃回的「親軍鐵騎左將軍」楊洪德，將軍趙玉、楊開運、高啟隆、劉魁等一大批將官，均率部至清營投降。

次日，他做好自裁準備。對家人說：「我位至大臣，死是應當的，我只擔心清軍找不到我，而遷怒於你們。」他命隨從將自己的決定告訴部下，隨後在屋中自縊。吳軍統帥之一王緒與李匡為他發喪，祭奠盡哀。這兩人隨後把自己多年的積蓄，分發給部下，讓他們各自逃生去。最後命人堆積木柴，底下放進火藥，兩人就這麼坐在柴堆上，縱情飲酒。至酒酣，王緒突然想起了什麼，忙對隨從說：「你快去，告訴我的兩位如夫人，她們不必隨我而去，還是趕緊逃生吧！」但隨從回來卻告訴他：「二位夫人已懸樑盡節了！」王緒慨然而嘆：「可惜，我不能為她們立貞節碑，有負她們！」隨即命人點火，一聲巨響，兩人化為灰燼。

此後清軍收復新城所、普安州。同時，穆占也收復了黔西、大定諸府州，俘虜了吳政權巡撫張維堅。為助軍威，此人被直接斬于軍前。

章泰在發起軍事攻勢時，仍然沒有忘記開展政治攻勢。清軍從城下射出一封封招降書，眼見著彈盡糧絕，一些吳軍將領開始動搖，準備獻城求生。十月二十二日，吳將余從龍、吳成鰲悄悄出城投降，將城防圖獻給了清軍統帥。章泰等人詢問城內情況，降將如數供之。清軍統帥信心大增，知昆明城已指日可破。章泰密派余從龍進城招撫。

康熙二十一年（1682年）正月十九日，康熙帝下旨：「逆賊吳三桂骸骨分發各省，吳世璠首級交與刑部懸挂示眾。」另將已押送京師的夏國相凌遲處死，巴養元等五人斬首示眾。

經過充分準備，康熙十九年九月二日，清軍各路大軍，如期進剿。湖南一路的統帥，大將軍章泰奏報：他所屬部隊已在沅州完成集結，決定由蔡毓榮等帶領綠營兵，兵分三路，於九月十二日從沅州出發。他本人將率滿漢兵於十八日隨後啟行，共取貴州。康熙帝批准此計劃。同時通知廣西、四川各將軍、總督等出征將官，「俱令如期速行剿賊。」

進城后，章泰、蔡毓榮、哈占、趙良棟等主要統帥商議，如何處理吳集團中的重要成員。最終決議：沒收吳世璠家產，把他首級割下，傳送京師示眾。將「首謀（叛清）獻計」的方光琛和他的兒子方學潛、侄子方學范，在軍前凌遲處死。

雖然清軍兵臨城下，但吳世璠毫無降意。他父親與兄弟的結果告訴他，無論是戰還是降，橫豎都是個死。所以他鐵了心緊閉城門，等待在四川的馬寶、夏國相、胡國柱等趕來增援。

康熙帝以七百里加急，將指令發到鎮遠。他指示：「鎮遠至貴陽，道平坦，料賊不守貴陽，必據雞公背、鐵索橋諸處。各將帥、大臣等，務同心協力，以濟大事，速取貴陽，即分兵取遵義。」他同時特別提醒諸將：遵義是叛軍的後路，突入四川的吳軍，勢必退歸。因此，在川的各將領要乘勢長驅，蕩平疆圉。他還要求賴塔等部，統領廣西滿漢大軍，速進雲南。

章泰與蔡毓榮、董衛國、林興珠等按康熙帝的指示，督率滿漢大軍直奔貴陽。他們從鎮遠出發，先後攻佔清平等城鎮，並於十月十七日大敗吳將韓天福部，奪取了平越州，同時還收復平越西的新添、龍里（今仍名）兩鎮。貴陽已在眼前。章泰、蔡毓榮部，顧不得休息，急行軍開進。於二十一日直抵貴陽城下。