門戶之爭一直繼續著，直到崇禎已經殉國，明代朝廷在江南殘存時，門戶之爭猶自未已。在南明入閣輔政的馬士英，便是以翻逆案為手段，集結起他的黨羽和史可法對抗的。他入閣后，起用了很多名列逆案的人，阮大鋮、楊維垣等便都又被授以重任。不但此也，他還公開宣說，《三朝要典》應予重修，以明是非。與此同時，還把名列逆案已故諸人，如霍九*九*藏*書維華、劉廷元、楊所修、徐大化、岳駿聲等，都又予以追贈官爵，賜祭、賜恤。三案的是非，至此好像又要翻轉來了。後來，左良玉以「清君側」為名，引軍東下，傳檄聲討馬士英等人時，首先開示的罪名，便也是指斥他們翻逆案和重修《三朝要典》。門戶之爭幾乎是與明代帝室共存亡的，而三案恰又是門戶之爭用慣了的題目，它也read.99csw.com可以說是與明代帝室共存亡了。

三案的餘波，在崇禎時是從吏部尚書王永光那裡暗暗發出來的。這個王永光，其實還是崇禎任命他作為韓爌、李標、錢龍錫三人的助手，要他參預訂定逆案工作的一員，但他實際上卻又是站在名列逆案的諸人的那一方面的。他表面上在協助定逆案，實際上卻極盡牽制阻撓之能事，不過他做得很隱秘，htｔｐｓ://ｒｅａd•９9ｃsw•com所以沒有被察覺。錢龍錫應該說是有些感覺到了的，常和他有爭執，韓爌總是在他們之間做個和事佬，實際上起了些掩護王永光的作用。

逆案已定之後，王永光仍在發揮著他的作用，他做得很巧妙，不提三案間的是非，只在暗中設法打擊定逆案的主持人，並且伺機為名列逆案者謀求復官，以增強自己的勢力。韓爌待他還好，王永光便放過了他ｒｅａd.９９ｃｓw•ｃom，卻一心要把錢龍錫搞垮。他和後來逐漸起來的溫體仁相勾結，又聯合了與錢龍錫有矛盾的御史高捷和史，想像嚴嵩陷害夏言那樣，利用袁崇煥殺掉毛文龍那一案，致錢龍錫于死命。案情進入最緊張的階段時，他們已經命人去打掃了西市的法場，因為預計錢龍錫有可能在那裡正法。但是事實並沒能使他們如願，最後，錢龍錫到底得救了。

由以上各章所記，明末三案的前九*九*藏*書前後後可說大致都已提到。嚴格說來，這三案不過純然是宮廷案件，而其所以竟遷延到如此之久，牽連到如此之大，則是明代自中季形成的門戶之爭，藉此展開了鬥爭，有以致之。崇禎嗣位后，有欽定逆案之舉，三案的是非也包括在其中，似應不再有所反覆了。但三案雖又暫結，而門戶之見仍在，餘波卻還潛在，不僅盡崇禎一朝仍自未已，甚而到了偏安於一隅的南明，三案之爭仍然被人利用。