崇禎在宮裡生活到一十七歲，對於魏忠賢和他那一夥的罪惡是知之頗詳的，他之國后，在外面又增多了不少認識，既知道了魏忠賢必須除去，也知道了魏忠賢雖然勢大人多，但民間人人痛恨，要除掉他也並不難。在除掉魏忠賢這件事上，他能幹得那麼乾脆利落，確實顯出了他的魄力。

這項逆案是于崇禎二年（1629）三月才辦妥上奏，以《欽定逆案》為名，頒行於天下的。全案共計二百六十二人，罪名分為六等。

崇禎在懲辦魏忠賢時，做得也很謹慎，為了不致變生肘腋，先不予重處，只遣使他往鳳陽去看守皇陵，在他已經上道，他的黨羽仍都不敢稍有舉動后，才又下命，叫把他逮回京里來究治。魏忠賢是在行抵阜城時又得知要逮他回京的消息的，他自知大勢已去，前途兇險，便和與他同被遣發的李朝欽一道，懸樑自盡了。他們的自殺，是在天啟七年十一月，上距天啟去世才只有三個多月。崇禎是在十二月間才得知此事的，於是開始雷厲風行，立即下令，魏忠賢應予戮屍，並命將他的首級懸挂在河間府示眾。與此同時，又命人把客氏也逮入浣衣局，用笞刑，活活地把她打死。客氏的兒子侯國興、她的弟弟客光先和魏忠賢的侄兒魏良卿等，也于同日被押赴市曹，予以斬決正法。被戮屍的還有個崔呈秀，他也是自縊而死的。他是才得知魏忠賢的死訊后，自知萬難倖免，才痛飲大醉，最後上弔而死。

為了徹底清除魏忠賢的黨羽，崇禎召回了首輔韓爌，叫他和原已在閣中的李標、錢龍錫等人共同來辦這事，定出從逆諸人的罪行。這三個人都受過魏黨諸人的迫害。韓爌是生生被魏黨的顧秉謙和魏廣微從內閣中擠出去的，出來之後，還又被劾，受到了削籍除名的處分。最後還被坐贓兩千兩，他被逼得賣了田宅，住到自家的墳舍里去，才了事的。李標是被列入《東林同志錄》里的人，嚇得他急忙告退歸隱，才得免禍。錢龍錫也是因為觸犯了魏忠賢，受到了削籍的處分。這三個人雖說都受過魏黨的迫害，但他們卻又都是謹慎小心，不願過為已甚的人，他們商量著，只把罪惡昭著的四五十人，略敘事實，開具名單，用以入奏。崇禎看后，認為太少，命他們再去搜檢。三人又搜尋了一通，加上了幾十個人，再次上奏。崇禎這次還是覺得太少，很不滿意地指示他們，要從「贊導」、「擁戴」、「頌美」、「諂附」等幾個方面仔細搜尋。並說內侍裏面有些同惡共濟的，也應予列入。他們三人都說，內侍的事他們很不清楚，實在很難辦理九九藏書。崇禎道：「哪裡是不清楚，無非是怕招怨而已。」幾天後，崇禎又把三人召入便殿，指著案上放著的一個裝得滿滿的布口袋向他們道：「這裏面裝的都是奸黨所上的疏文，可以把他們都按名入案。」三人至此，才感到崇禎實是想把這件案子辦個透徹。但是他們還是不想招怨，便以不習法事作為推託。崇禎見說，便又命吏部尚書王永光來協助他們。王永光也推說不習法事，崇禎就又找來刑部尚書喬允升、左都御史曹于汴，命他們也來協助。喬允升和曹于汴的任職處所都是三法司之一，當然無法再行推脫，並且他們也較為敢於任事，所以從事之際，雖然王永光別有用心，多方阻擾，逆案中的各類人數，還是搜集到差不多了。

繼天啟嗣位為帝的朱由檢是明代最末的一個皇帝，他是明光宗朱常洛的第五子，天啟二年（1622）被封為信王，到天啟六年十一月才離京之國，出居信邱。他在那裡住了不到一年，次年八月，天啟病危，朱由檢又被召回，並受到遺命，繼立為君。那時他已有十八歲了。他于即位的次年，把年號改為崇禎，由於他是亡國之君，謚號、廟號很少用到，所以人們就更習慣以年號作為代稱，稱之為崇禎。他的謚號稱為「庄烈愍皇帝」，那是清人入關后所追謚的。他的陵墓稱為「思陵」，所以後世也有人稱他為「庄烈帝」，或者是明思宗。

第六等的人數僅次於第五等，其中也有兩名閣臣，那就是黃立極和施鳳來。其他的人，大多是一些內監和魏忠賢等人的親屬。這些人得到的處分是：革職閑住。

定出這件逆案，崇禎很顯出了他的決心和見事的深度。他不但親自一次又一次地選出了一些較為合宜的人來辦理此案，還能在眾人猶疑不定時，為他們指出重點。譬如逆案名單初定時，閣臣施鳳來、張瑞圖和來宗道都並未列名其間，崇禎問起緣由，韓爌等都說他們附逆並無實據。施鳳來和張瑞圖都是當時有名的書法家，魏忠賢生祠的碑文，和很多有關魏忠賢的碑刻，都是他們兩人書寫的，有的就是碑文也都出於他們之手。崇禎列舉了他們撰寫的碑文，反問道：「這些還算不得實據么？」關於來宗道，崇禎也舉出了他給崔呈秀的父親的祭文，連以「在天之靈」為稱，也不能不說是一種「諂附」。這樣張瑞圖和來宗道便都以第五等定罪，施鳳來則被定為第六等。還有賈繼春，原來也是案內無名的，這由於他極會隨風轉舵，在移宮一案里，最初他力攻楊漣，又向四處宣說楊漣結納王安，是想藉以入hｔｔpｓ://ｒeａd.９9ｃｓｗ•ｃom閣。後來因見公論都讚美楊漣，天啟也連加褒獎，看來楊漣或者行將大用，於是便又轉而求和，向楊漣低頭，連以好言相向。他被魏忠賢以中旨召回，自知意在要他攻擊楊漣，於是轉過頭來，又再儘力攻擊，並且極言趕修《三朝要典》事關重要，務使天下後世都得知楊漣等人的罪狀。天啟死後，他覺得形勢不佳，便又搖身一變，首先疏論崔呈秀、田吉、單明詡等人，並又稱揚起楊漣等人的忠直可敬，連為救楊漣而得罪的高弘圖，他也一力讚揚，儘力把自己裝扮成清流派里的人物。他是這麼會變，以致對他難有定論。崇禎問起他這人時，韓爌等人便說，賈繼春雖多反覆，但其持論卻也不無可取。崇禎道：「惟其反覆，才正是個真正的小人！」這樣一語定論，賈繼春便被列入五等，坐徒三年。還有個霍維華，更加狡猾，比賈繼春更多變化。他原是個僅次於崔呈秀的，魏忠賢的謀主，追論三案有他，攻詆正直閣臣有他，請改實錄也有他，連給天啟進獻春|葯「甘露飲」的都是他，幾乎所有的壞事，沒有一件沒有他的份的。但他幹得都很隱蔽，很少留下痕迹，以致魏忠賢的黨羽幾乎都落了網，而他還能縱橫自如，並且即將出外督師。不過，事情做得再隱秘，也總會有人知道，給事中顏繼祖就注意到了他，疏論霍維華時不但揭露了他的罪行，還畫出了他的臉譜。他說：「維華，狡人也，璫熾則偕璫，璫敗則攻璫。擊楊、左者，維華也；楊、左逮而陽為救者，亦維華也。以一給事中，三年躥至尚書，無欽不及，有賚必加，即維華亦難以自解。」此疏一上，霍維華便被列入第四等罪人之列里，被戍往徐州。對他來說，這種處分，無疑是偏輕了，以他的所為，列入第三等也夠得上是個頂兒、尖兒。

第三等犯有結交近侍罪，被判為秋後處決的，共十九人。這十九人中，列在首、次兩名的是劉志選和梁夢環，以下則以田爾耕、許顯純等人最為罪惡昭著。劉志選之被列于首位，是由於他在紅丸案里死命攻擊孫慎行；又對《三朝要典》無恥地稱頌。梁夢環是汪文言一獄的肇始者，在那一案里，楊漣、左光斗、魏大中、周朝瑞等多人都被殘害致死。

第五等是交結近侍又次等，論徒三年，輸贖為民。這一類的人數最多，共達一百二十九人。在這些人中，有閣臣四人：顧秉謙、馮銓、張瑞圖、來宗道。官做到尚書的人更多，有王紹徽、邵輔忠、孫傑、劉廷元等二十餘人。這一類人里，主謀為三案翻案的人最多，和楊九*九*藏*書漣是死對頭的賈繼春，也在這一等里。

崇禎對於魏忠賢的權勢也很清楚，他雖極想儘早把他除掉，卻也未敢輕動。他先是沉著觀變，讓魏黨摸不著頭緒，繼之則是依次布置自己的力量，略微顯出一點風向，以待他們自亂。這種引而不發的做法，果然在魏黨間引起了混亂，為了試探崇禎的意向，魏忠賢的小爪牙楊所修、楊維垣等人，先上疏劾論崔呈秀辨別風向。他們的設想很巧妙，所論者是崔呈秀，是魏忠賢一黨中首屈一指的人物，但所論並不涉及魏忠賢，魏還可以相機行事，進退自如。他可以探測崇禎的意向，或者為崔呈秀辯護，把他保住，那當然是最好的事。如或不然，也可以讓崔呈秀先承擔住一切，然後又再見機行事。崇禎對此倒還是靜以待之，但外廷卻為此而興起了波濤。反魏忠賢的浪潮雖因三案的反覆而被壓下，其實只是表面上而已，沒有被殺害，被流放的人，暗中還在集結著，等待著機會。崇禎嗣位已被人視為是有了轉機，但一時也還是捉摸不定，所以沒有舉動。楊所修、楊維垣等人的疏文一上，卻像點燃了導火線，昔時疏論魏忠賢的勢頭，又重新爆發了。在眾多論奏的疏文中，以貢士（會試已中而未應殿試者，稱「貢士」）錢嘉征劾魏忠賢有十大罪的一文，說得最全面，也最猛烈。他所說的十大罪是：一、並帝；二、蔑后；三、弄兵；四、無二祖列宗；五、克削藩封；六、無聖；七、濫爵；八、掩邊功；九、朘民；十、通關節。所謂「並帝」，列舉了魏忠賢威福自恣，出入警蹕，甚至要人遮道拜伏，高呼「九千歲」，儼然與皇帝並立，等等。「蔑后」，則列舉了魏忠賢多次排陷皇后，陰謀廢黜張皇后，而另立魏良卿之女為後等事。「弄兵」指的是魏忠賢不從廷議，選了小內監三千人在禁中習武，說他是包藏禍心，圖謀社稷。「無二祖列宗」和「克削藩封」，都不過是湊數，封建帝室最重列祖列宗，這是討伐文章所必有的項目；「克削藩封」雖列舉了一些事實，但這類事卻是歷來都有的，並不只是魏忠賢得勢時為然。「無聖」說，魏忠賢的黨徒竟敢拿他和孔子相比，他們說，「孔子作《春秋》，忠賢作《要典》；孔子誅少正卯，忠賢誅東林。宜建祠國學西，與先聖並尊」。他們在疏頌要典時，也說：「命德討罪，無微不彰，即堯舜之放四凶，舉元愷，何以加焉。洵游、夏無能贊一辭者。」也竟把魏忠賢和孔子並論。在以下的幾項中，以「濫爵」所舉的事例最多，最終目的是，魏忠賢以一個閹人，竟得晉封為九-九-藏-書尚公，他的侄兒魏良卿竟也封了寧國公，魏良棟則也封了東安侯。

崇禎在粉碎魏黨，定出逆案這件事上，雖說仍不免有失之躁急之處，依實而論實在是很難得的，他發揮出了比別人更為深至細微的作用。為此，他受到了無盡的稱頌，使他自己也被勝利沖昏了頭腦，從此便以神智自許，做起事來總是急切而任性，以後便再沒幹過一樣能和這一事件相比的事來。一直搞到他在煤山自盡，還沒醒悟過來，最後還要在自己的袍襟之上寫下「君非亡國之君，臣皆亡國之臣」這樣的話來。不過他想當個中興的英主，倒是很下了些力的，他不邇聲色，起早貪黑，可以說是辛辛苦苦走上了他的滅亡的道路。在他即位之時，可以說是滅亡之運已經註定，不但平碌如他無法挽救，就是比他再強的人，在多年的積弊之下，也很難於為力了。

崇禎在幼年時，比天啟還要孤弱無依。他的生母姓劉，原本是個宮女，生下他來后不久，因為觸犯了那時還是太子的明光宗，受到了幽禁的處罰，以至鬱郁而死。崇禎失去了生母，比天啟失去生母時的年齡還要小得多，他又排行第五，在地位上也比皇長孫要差得多。他喪母后，他的父親明光宗倒是交代過李選侍，叫她照看他。但是李選侍哪裡看得上這個孩子，實際上並沒有管著什麼。崇禎默默地生長在深宮之中，由於自幼孤獨，使他養成了一種猜疑、頑固、刻薄待人的性格。他不像天啟那樣耽於玩耍，讀書倒還用心，雖然一直沒給他派有什麼出色的詞臣加以教授，教皇子們讀書的普通師傅和伴讀的內監總還是有的。在文筆和歷代史事的知識上，崇禎比天啟要強得多，原因就在這裏。

看到了錢嘉征的疏文，崇禎才開始了進攻。他把魏忠賢召上殿來，命內侍把疏文從頭至尾，一句句，慢慢讀給他聽，先在精神上給他以打擊。魏忠賢真給打垮了，他極其恐懼，儘力想設法解救。他以萬曆、泰昌、天啟父、子、孫都貪財好貨為例，想以獻寶為解。他有個叫徐應元的賭友，是一直便在崇禎左右應置的太監，賄請徐應元代他向崇禎獻寶，希望能以此得救。徐應元和魏忠賢的見識相去不遠，真的就替他那麼幹了，結果卻使崇禎因此而暴怒，把這個獻寶的經手人也斥革嚴辦了。

崇禎在尚未改元之前，即位只有幾個月，便徹底粉碎了勢已滔天的魏黨，很給人以英明幹練、胸有成竹的印象。一時朝野盡都歡呼雀躍，以為得到這樣的英明之主，不難恢復以前的昇平盛世。崇禎自己也為此錯誤地過高估計了自己的能力，以為自己真是個不世出的hｔｔps://rｅａｄ.９9csw.coｍ傑才，一心想把自己造成一個中興的明君。其實他的成功，一在魏黨不得人心，二是得力于久已形成扯皮製度，最後才說得上是他的處置得宜。其實他的不矜不躁，從容布置，實由於深知魏忠賢的勢力雄厚，不得不然，待得魏忠賢一死，他的辦事常是失之於躁急的短處，便已經開始顯示出來了。

第四等的罪名是結交近侍，判了充軍之罪。這一等的人共十一名，為首的是曾入閣拜相的魏廣微。徐大化是想出來以追贓為由來殺害楊漣等人的，他說，「彼但坐移宮罪則無贓可指，若坐納楊鎬、熊廷弼賄，則封疆事重，殺之有名」。周應秋是十狗之首，他在楊漣等被害后，高興得到處去宣揚：「老天有眼，楊漣、左光斗都死了！」

首逆二人：魏忠賢和客氏，被判以凌遲處死。這種判決，其實只是空話，因為魏忠賢已經自縊身亡，並被戮屍、懸頭，無從再來施以極刑。客氏也是早已活活打死，無法再行處理了。這裏人們再次感到，崇禎辦事，不免失於急躁。

在粉碎了魏黨后，給三案被冤諸人平反和清除魏忠賢的黨羽，便是兩件應辦理的大事。這些都是在崇禎改元后才開始的。三案平反的工作，是較易辦理的一個部分，對於冤死諸臣，一一給以贈官賜恤，被遣戍的，召回並予復官，便算差不多了。在為翻案的事，為了獻媚于魏忠賢而出謀劃策，推波助瀾的人，要查明他們的罪狀則又較難，只有徐大化、劉廷元、賈繼春等幾個人在一開始時便受到了應得的處分，其餘的還都得等到徹底清除魏忠賢的黨羽時才得找到。

第二等的罪犯是崔呈秀、魏良卿、侯國興和內監李永貞、李朝欽、劉若愚等六人，罪名是「首逆同謀」，判的是「決不待時」。這六人中，崔呈秀也是自殺后又被戮屍，李朝欽是和魏忠賢一道上弔死的，魏良卿、侯國興、李永貞三人都是還沒判罪就已經殺了，倒真正算得是「決不待時」。六人中唯一留下來在這時才處決的，只剩下了劉若愚一人。他是由於「決不待時」項下又已無人，硬判入的，其實他並算不上什麼「首逆同謀」。

天啟去世后，魏忠賢也有所布置。他先把崔呈秀找來，屏去左右，密談了很久。據傳，他們這次商談的是估計自己的力量，看看奪取皇位是否可能。崔呈秀把人手估量了一下，覺得各部門雖都有人，但糾紛還多，要想篡位，怕太危險，勸魏忠賢還是穩住，繼續擴張勢力，以待時機。那時魏忠賢的勢力實已很大，如在以前各代，實已篡位有餘，但明代長期所造成的各部之間相互扯皮的風氣，卻使他們轉動不靈，無法舉事。