葉企孫到北京大學后，由於他在「思想改造」運動中的表現，已不可能再讓他擔任什麼行政職務了。而這恰恰合了葉企孫的心愿。他在這一時期專心教學，只在1953年一年就教過光學、地理專業普通物理，氣象專業普通物理、大氣光學等等。能夠把自己的所知傳給後人，這對於那時候的葉企孫已經算是一種奢望了。

憑著教育家的經驗，葉企孫知道，這種全國一盤棋的做法雖然對全國大環境來說有一定的好處，可以使一些地處邊遠的地域也能有發展教育的機會，但對於清華、北大這樣的重點綜合性大學，卻是一次傷筋動骨的肢解，應該具體問題具體分析。清華大學的理工結合在歷史上是經過長期努力才形成的，其中蘊涵著幾代人的心血和智慧，沒有一流的理科就沒有一流的工科，這是經過實踐證明的。美國麻省理工學院就是最好的例子。早在20世紀30年代，美國麻省理工學院校長康普頓就意識到了單純的工科只能培養出一般的技|師和工匠，及時將學校改造成理、工、文兼容的新型理工大學，這才有了現在譽滿全球的麻省理工學院。把每一門專業過分具體化的做法勢必會造成學生知識結構過於單一、缺乏創造性的弊端，對學生的成長極為不利，也必定為國家的發展埋下隱患。對於像清華這樣的具有理、工、文、法、農、醫等學院的基礎較好的學校，如果採取添磚加瓦的做法，而不是用分、拆的辦法，效果可能會更好。當時清華的許多教授建議葉企孫向中央反映一下情況，並寫好了一個「大清華」的教改方案。葉企孫何嘗不想保住眾多教授合力共創的清華事業，但他那時已「人微言九*九*藏*書輕」了。「以大局為重」的思想使他忍痛割愛，將這個「大清華」的教改方案壓了下來，他曾對當時和他一個辦公室的樊恭傑說過，他「感情上很難過」，「不過政府既已決定，政府有政府的想法，我們應該尊重，應該按政府的決定去做」。

葉企孫就是這樣從心底關心他的學生，真心實意地為國家培養人才。在他執教生涯的幾十年時間里，他對每一個學生的發展和工作情況都十分關心牽挂。1963年夏天，中國物理學會在北京開學術會議時，他的1949級畢業生龍期威也前來開會，在分組會上，龍期威見到了葉先生。由於自畢業以後第一次見到葉先生，相隔14年，龍期威怕桃李滿天下的葉先生不認得自己，便主動上前自報家門。沒想到已經65歲的葉企孫連聲說道：「記得記得，你和葉銘漢同班，和陳篪一道去東北的。」

張之翔《回憶葉企孫先生》一文中這樣說：「葉先生很愛學生。我們班畢業時，他分批請我們到他家，拿糖果點心給我們吃……他沒有結婚，住房比較寬裕，有時就讓他的學生住在他家的空房裡。如在清華時讓孫良方住到他家；在北大時讓楊海濤住到他家。院系調整后，北大住房困難，葉先生主動把房子讓給梁寶洪住。1961年困難時期，吃不飽，我患浮腫。葉先生見我的臉色不好，曾讓我到他家喝牛奶。我去時，還有他的研究生蕭國屏等也在，他還切了些麵包給我們吃。」

就這樣，1952年的10月4日，清華大學的文、理、法3院在強制性的措施下被迫遷往北京大學，而北京大學的工學院也併入清華。在清華大學第一次開https://read.99csw.com學典禮上，北京大學的校長馬寅初曾說過這樣的話：「今天我祝賀清華、北大結婚了。你們的教務長到我們這裏來了，我們的教務長到你們那裡去了；你們的文學院、理學院、法學院到我們這裏來了，我們的工學院到你們那裡去了，這不是結婚了嗎？」全場為這般精彩的講話而爆發出隆隆的笑聲。但是沒過多久，帶有蘇聯基因的新清華便在這隆隆的笑聲中暴露出了嚴重的弊病。

1954年9月，葉企孫作為全國人大代表出席第一屆全國人民代表大會。1955年，中國科學院成立時，葉企孫當選為學部委員（即今天的院士），併為中科院數理化學部委員，還任北大物理系金屬物理及磁學教研室主任。

據葉銘漢先生的回憶，葉企孫內心是不同意這一套做法的。他認為這並不是改革，而是「革改」，就是用搞社會革命那一套來統領一切，完全不懂教學規律，是不科學的。但這時候的他已是壯士暮年。大家都認為他落伍了，跟不上時代列車了，他已經得不到信任了。一種徹骨的涼意滋生出來，經過運動，他也學會三緘其口了。

葉先生對年輕教師很嚴格，也很關心他們的成長，在教學和科研方面都很重視，認為不搞科研只教書不能成為專門的好教師。因此，在我開始助教生涯的第一年，葉先生就要我去科學應用物理所（在東皇城根，現在物理所的前身）跟潘孝碩先生研究ni-au合金的脫溶和磁性問題，每周去兩天。這樣，我既要教實驗（中級物理課三段），又要準備講課，同時兼顧科研，工作量很大，每天早上7點到晚上12點，連星期天也極少hｔtps://ｒead•９9csｗ.ｃoｍ休息。記得當時毛主席關於身體好、學習好、工作好的號召剛發表，要求青年人在德、智、體方面全面發展，我們都在下午進行一個小時的體育鍛煉，葉先生對此很擁護，認為年輕人一定要有健康的身體才能勝任繁重的教學和科研工作，他還向我們介紹了他的養生經驗，他身體很好，極少有病。他很關心同學的健康，記得比我低一班的蕭國屏同學身體不好，葉先生就為他訂了牛奶（當時很難訂到，市面上買不到），要他每天都去喝牛奶。（戴道生《回憶葉企孫老師對我的培養》，見《一代師表葉企孫》，第212-213頁）

這些教學之外的光環，原本是他不願接受的，然而對失去信任許久的他來說，它們的到來卻為他平添了繼續工作的動力。20世紀50年代，我國的磁學專業還處於起步階段，為了在自己的有生之年儘快使這門新興學科在中國紮下根，葉企孫又一次開始了艱苦創業。葉企孫一生重視實驗工作，從事磁學教學也不例外。他把當初創建清華物理系的經驗和精神又一次投注到了北大的磁學工作中，並親自指導磁學組的實驗和教學。當時磁學實驗室只有40平方米，由胡國璋先生具體負責，但葉企孫從實驗設備、運轉到工作情況事事親臨，關心備至。對於剛剛畢業的助教，葉企孫更是精心培養。在他的心裏，一名教師的教學水平決定著他的學生的知識水平，而他的學生的知識水平又決定了下一代學生的知識水平，只有嚴格要求每一位教師，中國的教育才會青出於藍而勝於藍，一代更比一代強。所以當他的第一批磁學專業學生成為他的助教的時候，葉企孫再一次表現出了他九-九-藏-書在培養人才方面的卓越和獨到。這從他當時的學生、我國最早的磁學專業畢業生戴道生身上可見一斑：

或許這個時代已不記得葉企孫是何許人，但葉企孫卻永遠記得自己的學生，記得他的教書育人的崗位，記得科學救國的使命。

他彷彿嗅到了那場即將到來的風暴的氣息。

葉企孫不明白！

果然不出葉企孫所料，1952年，全國範圍內的高等學校院系調整開始了。為了學習蘇聯老大哥，中國高校教育進行了全國一盤棋式的改革，提出了「以培養工業建設幹部和師資為重點，發展專門學院和專科學校，整頓和加強綜合性大學」的調整方針，將北京工業學院、燕京大學工業科學系併入清華大學。清華大學文、理、法3個學院併入北京大學。

1952年的秋天似乎比往年來得格外早。連日來的暴風驟雨使本來就很少說話的葉企孫變得更加沉默。除了每日必不可少的辦公、開會之外，在北大鏡春園裡很少能看到他的影子。這些天，康生、陳伯達之流借蘇聯李森科的學說，在學術領域大搞階級鬥爭；學生上課，不討論與學習相關的事，而大談政治；教授不搞教學研究，整天集合在一起開批判會，批判愛因斯坦、牛頓、麥克斯韋……沒有什麼人再注意他這個與政治脫軌的老學究了。有時候，葉企孫坐在他的那個有著大玻璃窗的書房裡，看著窗外一天一天變黃的老樹和日漸變少的小鳥會突然心生疑問，植物可以在冬天因寒冷而凋謝，鳥兒可以在冬天為飲食而南飛，為什麼人類不能因環境的變化而冬眠呢？他經常穿著一件褪色的灰布長衫，坐在那裡望著窗外，一望就是一個時辰，一句話不說，一動也不動。本來，已過天命九-九-藏-書之年且無兒無女的他早已習慣了這種孤獨，習慣了在空曠的房子里枯坐、冥想，但是最近這一段的時光卻使他倍感生命的枯燥。他並不在乎大家對他的批評，但他不明白清華大學的治學思想為什麼要受到批判！為什麼一些人會因為一己好惡而不顧國家之前途？為什麼眾所周知的道理會在一夜之間變了模樣？

我畢業后在磁學組任助教，葉企孫就要我負責建立一套sucksmith環稱，用來測磁化強度，他親自指導我和徐誠同學來完成這件工作，從原理到實際設計方案都認真問過，完成後還對應用效果進行考察。由於張之翔先生在1955年後調去教大學物理，除了實驗室的工作外，葉先生還要我準備開「磁分析」課，這是對磁性材料基礎和實驗技術要求較高的一門課，對於剛畢業的我來說難度確實很大，葉先生經常要我去他那裡彙報準備情況，對我所遇到的問題和疑點，耐心講解，具體幫助，親自為我查閱參考書和資料，指出要注意的關鍵。在半年備課過程中，我在磁學基本理論和實驗技術方面打下良好的基礎。

葉企孫漸漸感到他要被拋棄了。

其實到葉企孫家喝牛奶的豈止蕭國屏一人，在20世紀60年代國家處於極度困難時期，許多同學因為營養不良而體弱多病，影響學習，葉企孫就利用國家對高級知識分子的生活補貼，每月購來少量特別供應食品，讓他的學生到他家裡去拿。林風就曾在一次拜訪葉先生時碰巧看到了這一幕：葉先生把一包包白糖和奶粉分別分給他的學生們。等學生們走後，葉先生對林風說，這些年輕人很努力，學習工作都很好，但沒有什麼照顧，我這點東西很少，只夠他們過幾天日子，有點小補。