葉企孫此時的就任對於全國高校界的影響不可低估。當時國民黨正在催促長江以南的大學遷校，眾院校都正處於惶惶之中，沒有航標、沒有方向，正是葉企孫的就任和清華的正常復學，使大家看到了駭浪中的航標，也紛紛於5月之後恢復正常的秩序，使中國的大學教育沒有遭受太大的損失。

由於葉企孫的「嚴重問題」，校黨委建議他多作自我批評，多找老朋友給自己提意見，準備作第二次檢討。為此，葉企孫特地找來好朋友陳岱孫，花了一個上午給自己寫檢討。1952年1月22日，葉企孫在全校師生員工大會上再作檢討。在這次檢討中，他按陳岱孫給他寫出的大綱，給自己提出了9點錯誤、4點思想根源及3點改正的辦法。這次他是用學術研究的精神來作這次檢討的，從根源到現象再到解決的辦法，一步步緊緊相扣，內容深刻，言辭懇切。他在檢討中說自己「脫離群眾，脫離政治」，「調查、檢查及審查工作做得不好」，「不民主，搞本位主義，在院系調整時覺得清華應保持它的『傳統』的綜合性大學的形式，主觀地搞出一套調整清華院系的方案，不考慮這方案對全國各大學的影響，還影響了一些增設的系的開辦」等等。會後群眾反映這次檢討比上次進步，但仍不深刻，要求葉企孫深挖自己思想深處的污穢和骯髒。許多人指出葉企孫是「以資產階級觀點辦清華」，「他是繼續梅貽琦的傳統」，「北大馬校長到任后，工作有了很大的進展，為什麼我們卻沒有一個好的領導？」有的教授還批評葉企孫「不積极參加政治活動，土改也不去，而且還推行天才教育論」等等，要求葉企孫再作第三次檢討。也有人乾脆提出了「這樣思想落後的人該不該留下」等問題。不過這個問題馬上遭到了反對，大家都認為葉企孫是物理學界的元老，學術水平高，優秀門生多，而且物理離社會科學遠，如果能好好幫助他，還是能起用的，特別是在一些具有舊道德觀點的科學家教授中他還有其一定影響。此外，他的廣博的物理（及一般自然科學）知識還是能起一定作用的。只要大家一起幫助他，觸及他的精神，洗滌他的靈魂，他還是可以找到一條新的人生道路的。

1948年9月，葉企孫出席中央研究院第一屆院士會議，併當選為中央研究院第三屆評議員。這次會議不久，時局急轉直下。蔣介石在大勢已去之後，不得不做好了逃往台灣的準備。他在搶運中國大陸黃金儲備的同時，又制訂了搶運大陸人才、轟炸大陸重要工業read.99csw.com設施等計劃……他要把一個千瘡百孔、一貧如洗、人才凋零、百業俱廢的大陸留給中國共產黨。在蔣介石的遷台名單中，葉企孫也赫然在列。

受梅貽琦校長之託，葉企孫仍負責清華的儀器圖書搬運工作。經過幾十年的苦心經營，清華大學圖書館的藏書已汗牛充棟，而且品種繁多，有許多還是國內外少有的孤本善本，如《法蘭西科學院院報》、《德國物理學時報》、《英國皇家學會會刊》等等，都是非常少見的科技文獻。為了這些寶貝，葉企孫在清華南撤時就曾親自組織搬運。在日寇步步緊逼，交通困難的情況下，葉企孫和他的同事克服一切困難，將這些書籍裝載四五百箱，運至重慶，為了防止落入日本鬼子魔掌，藏在重慶市內的一個山洞里。儘管經過了8年的戰火洗禮，清華圖書也不曾丟失一本。這些圖書見證了中國8年來的硝煙烽火，見證了清華人為祖國的復興勤奮苦讀的日日夜夜，它們是清華人的魂啊！這裏面包含著太多清華人的希望和艱辛！為了把這些書完好地運回去，葉企孫事必躬親，小心謹慎，大到制訂起運日程，小到裝箱打包，連每個箱包的內容也必一一記錄。有一個請來負責託運的小工，見這麼一個面容清瘦，一身灰布衣衫的老人每天親臨現場，組織託運，甚是好奇。他悄悄地問旁邊的人，此人是誰？當得知是大名鼎鼎的葉企孫時，不由得連連向葉企孫鞠躬致敬。

1951年底，清華、北大發出通知：該學期的期末考試暫停，學生配合教師做好思想改造運動和「三反」運動。

周總理的報告在首都高校引起了強烈反響。為了學習好周總理的指示精神，首都高校成立了京津高等教育學習委員會，簡稱「總學委會」，由當時的教育部部長馬敘倫任主任委員，委員有北大校長馬寅初、清華大學校務委員會主席葉企孫、燕京大學校長陸志韋等。1951年12月15日，中央教育部向全國高校發出了通知，介紹京、津兩地高校教師學習情況和初步經驗並推向全國。

葉企孫對這些中傷之語表示了極大的憤怒。已經很久疏於動筆的他毅然在1950年7月27日的《物理學報》上發表了一篇《薩本棟先生事略》，高度評價了薩本棟的一生。他在文章中寫道：「他的死使中國物理學和電機工程界失去了一個重要的研究工作者，中國的學術機關失去了一個能幹而且能儘力工作的行政工作者，中國的大學生失去了一位數理及工程方面的好教授。我們看他一生的工作，始hｔｔpｓ://rｅad•99ｃｓw.ｃｏｍ終是不斷地貢獻他的全力。他的壽雖然不滿47歲，他所做的事業和研究工作確實不少。」

梅貽琦的離去是整個清華的損失。葉企孫相信這一定不是梅貽琦所願意的，他了解梅先生，梅先生一生為清華兢兢業業，鞠躬盡瘁。1941年梅先生上任10年、清華大學建校30年之際，在昆明舉行的慶祝大會上，美國一所大學發來的賀電「中邦三十載，西土一千年」，便是對此最好的佐證。梅先生把他的一生都獻給了清華，把他的血肉都融入了清華的這片土地，他怎能捨棄自己的血肉輕鬆走開呢？

這時，清華園裡已經能夠清晰地聽到解放軍圍城部隊的槍炮聲了。1949年春，傅作義將軍在解放軍大軍壓境的情勢下，為了保護北平這座歷史文化名城，宣布起義。消息傳出，清華園裡有了學生們的讀書聲。由於梅貽琦的離去，清華學人的目光紛紛聚集到葉企孫的身上，如一群失序之雁，急盼葉企孫能給他們方向。1949年5月，在清華學人的一致擁戴下，葉企孫被任命為清華大學校務委員會主席（當時北京幾所大學校長均改為主席），履行校長職責，主持新中國成立階段清華大學校務。

在關於葉企孫的情況報告中有一段文字：「他（指葉企孫）現已在清華失去了威信。故擬不再採取群眾大會的方式對之進行批評，打算找一些人幫助他一下，如沒有什麼變化，就拖著尾巴過關，以後再耐心地在長期中給以教育。」「葉企孫能這樣檢討是不容易的，應讓他過關。」（《北大與清華》，國家行政管理學院出版社1998年版，第489-490頁）

1951年4月，葉企孫再次讓全校師生為他的政治遲鈍蒙羞。那是在大禮堂接待班禪額爾德尼的大會上，葉企孫致辭，竟當著眾師生和許多高官的面說了許多「不應該說的話」。這些不合時宜的話與他的領導身份相去甚遠。第二天，物理系的一些同學就把對他講話的意見寫成材料交給了他，葉企孫看后，專門在課堂上向大家作了道歉，他虛心地向同學們說：「同意你們的意見，謝謝！」但是，自從那次會議以後，在重大的政治活動中校行政領導的名單里就再也找不到葉企孫的名字，而是由副主任委員周培源先生出面了。

1948年12月14日，梅貽琦進城為學校事務奔波，被國民黨阻於城內，同時受阻的還有陳寅恪等幾位著名學者。南京政府連續來飛機接人，要他們飛往南方。這突然的事件讓梅貽琦措手不及，他身為國民黨大員，read.９9ｃｓw•coｍ雖然也曾想過要離開清華，但沒想到這麼快，清華園裡還有許多事務還沒來得及處理。但是突然的變故已經容不得他多想，就這樣，梅貽琦乘坐最後一班飛機離開了北平，之後又從南京取道上海到香港再到日內瓦，從此再也沒有回到大陸。陳寅恪也以「貪戀廣州暖和」之由，沒有再回北平。吳宓也離開了清華。好友的離去使葉企孫異常痛心。

1948年12月，梅貽琦向葉企孫探詢他的去留問題，葉企孫說，清華辦學本來就置身於政局變遷之外，過去這樣，以後也會保持這一傳統。國民黨的走與不走，與清華園無關。清華園應按自己的傳統辦下去，不應當受到任何政治方面的影響。葉企孫回絕了國民黨，決意留在清華。

這次運動是由北京大學校長馬寅初在北京師範大學首先發起的。作為全國的重點高校，北大、清華當然不能落後，隨之也發起了聽報告、學文件、聯繫本人思想和學校情況開展批評與自我批評的改造運動，以達到改造思想，改革高校教育的目的。1951年9月29日周恩來總理應北大校長馬寅初邀請在北大作的關於知識分子改造問題的報告，更加大了這一颶風的力度。葉企孫作為清華大學的負責人，也趕赴北京大學聽了總理的報告。

那是葉企孫心中永遠的痛！

1950年6月23日，毛澤東主席在第一屆政協二次會議上發出了文化教育戰線上的知識分子要開展自我教育和自我改造運動的口號，自此，以高校教師為主要對象的思想改造運動拉開序幕。

1952年1月16日，葉企孫在全校幹部大會上作第一次檢討，他概括地談了自己的工作：「辦公時間很少，每天只一點半到兩點半」，「過去對政治學、經濟學一向不感興趣，解放后在政治學習上時間也花得很少，因此，水平不高，思想領導做得不夠。」這確實是葉企孫的肺腑之言，天真的他以為這樣就是檢討，就是所謂的思想改造，他還幻想著讀完檢討趕緊回去做他的某項物理實驗。可是他沒有想到，這個時候似乎整個清華大學都比他這個校務委員會主席對運動領會得深刻，比他更深地吃透了這個運動的精神。工學院的老師批評他「以理壓工」，化學系教授張子高批評他「對新鮮事物感覺遲鈍」，地質系張席褆批評他「對政治太不熱情，在旁觀」，連他的好朋友陳岱孫、張奚若也批評他「今天講興趣太無關了，每年畢業生都是統一分配，而你還講個人興趣。以後不應再認為政府就是政府，學校就是學校，兩不相干」。最後張ｒｅａd•９9ｃsw•ｃom仙洲更是一語中的：「葉企孫應向教育部自請處分！」許多人還認為葉企孫的檢討過於空洞，沒有發自肺腑，不能通過。群眾也自由發言，紛紛對他的檢討表示不滿，致使當晚的幹部會議繼續舉行直到深夜一點多鍾。

1948年的春天，葉企孫又當選為中央研究院院士，但這並不能帶給他任何喜悅。抗戰勝利后，久盼的和平並沒有如願降臨。蔣介石撕毀《雙十協定》，中國人民又經歷了漫長的3年內戰。面對白雲蒼狗般變化多端的時事，面對多災多難的人民，葉企孫無可奈何，他把自己鎖定在清華園這片土地上。他認定了一個死理，一個國家無論怎樣變化，總是需要人才的。

薩先生死了，帶著他對祖國的留戀和對中國核物理研究的遺憾永遠沉睡在了異國的土地上。一時謠言四起，一說薩本棟崇洋媚外，到美國不是講學而是避亂，二說薩本棟投機鑽營，投靠國民黨……

正在大家為迎接新中國而重新抖擻的時候，葉企孫卻聽到了一個令他心痛欲裂的消息，廈門大學校長薩本棟先生不幸在美國病逝！

1947年8月，葉企孫當選為中國物理學會常務理事長。由於吳有訓調離清華，赴東南大學任校長，葉企孫接替吳有訓續任清華大學理學院院長。

這種結果，葉企孫是缺少思想準備的，他沒有想到他在清華人心目中的形象原來是這個樣子的。他是贊成社會主義的，但不能理解這場運動的本質；他贊成大家端正一下思想，卻對於這種疾風暴雨式的批評心存疑惑。他原來只希望大家在這場運動中互相提一下意見，有所進步就算過關了，但他沒有想到這場運動的最根本的目的，是讓知識分子脫胎換骨。葉企孫有些迷惘了。難道此身不換就不能進入社會主義？難道過往堅持科學救國的信念已成罪孽？葉企孫好像一葉突然失去動力的小船，在風暴即將到來的海面上掙扎、旋轉、調整，企圖認清方向，划向海岸。但風暴已經來臨，小船躍上了波峰，只能被一種不可抗拒的力量推著向前走。

那是北院七號吧，是我的家嗎？葉企孫站在自己當年的院落，看著已經顯得有些破敗的窗欞門廊，心中竟生出了一種難以言說的痛楚。他不敢打開房門，不敢碰觸這房間的一桌一椅，不敢撫摸門前的老樹，不敢聆聽來自風的聲音……那是在他心底封存8年的風景啊，那裡有學生大縝的影子！

1952年1月24日，葉企孫作第三次檢討。葉企孫態度誠懇地說：「我看清楚了批評與自我批評是改正我的毛病的武器，今後一定要好好地改造自己……站九*九*藏*書穩人民立場……」直到大家熱烈地鼓掌表示滿意。運動似乎達到了它的目的。心理學系討論時提出「我們以後互相提意見時，要向葉先生看齊」，並認為「清華園很少看到這樣的民主氣氛」。外文系楊周翰說：「對葉企孫與周培源的批評感動了我，這樣的民主在外國連想也想不到。」

9月，葉企孫作為教育界的代表，參加了第一屆中國人民政治協商會議，當選為全國政協委員。

葉企孫站在清華大學門口，凝望著這熟悉的一切，禁不住心潮澎湃。自從他13歲走進清華，此生就註定要與清華相伴了。8年前，抗日戰爭爆發，全校南撤，有人悲觀地認為這將是「黃鶴一去不復返」，就像宋人南遷西湖畔，只有夢中憶中原了。但葉企孫卻始終堅信，總有一天，一定能回清華園，就是在昆明的這些年，他意識里也從沒離開過清華園。今天，多次的夢中情節終於變成了現實。葉企孫一步步感受著清華園的親切和溫情，感受著它獨特的氣味和芬芳。他有些激動，淚水濕潤了雙眼，8年了，清華園，別來無恙乎？

文章發出后，在社會上引起了巨大的反響。因為那時社會上已經颳起了「思想改造」的颶風。為一個曾經給南京國民黨政府做事並且死在異邦的人寫文章，是需要很大勇氣的。許多人認為葉企孫不識時務，為一個死去的人正名，不值得。可葉企孫卻不以為然，他認為一個人生前只要為國家民族謀利，為科教救國出力，人們就不應該忘記他，更不能因政治需要無端向他身上潑髒水抹污泥，這不公平。

這是新中國為知識分子準備的第一份「禮物」。在巨大的社會浪潮之下，連普通的學生、工人都領會到其中的意義，而作為「社會名流」的葉企孫竟保持著他孩童式的天真。他對薩本棟的仗義執言就是一例。他是清華大學的第一號人物，有表達自己思想的機會，所以他說：「高校教育與科研，要『自由、民主』」，「共產主義我贊成，最恨的是很多材料不讓人看」，「戰爭永不會消除，帝國主義消滅后，共產黨內部又要打了，南斯拉夫就是一例」。他還批評馮友蘭發表的「美國法西斯化」太過分了……這樣一個「不識時務」的校務委員會主席，不批他批誰？

終於回到清華園了。

由此，一場轟轟烈烈的思想改造運動以燎原之勢迅速遍及全國。

經過8年的流離顛沛的逃亡生活，西南聯大終於成為了歷史。8年來，葉企孫經歷過多少迷茫多少快樂多少痛苦，現在就要離它而去了。面對昆明的青山綠水、風物人情，葉企孫心裏湧起無限依依惜別之情。