尾聲
萬曆四十一年（1613年）六月初二，錦衣衛百戶王曰乾告發孔學等人受鄭貴妃指使，糾集妖人，擺設香紙桌案及黑瓷射魂瓶，由妖人披髮仗劍，念咒燒符，又剪皇太后、皇上、皇太子三個紙人，用新鐵釘四十九枚，釘在紙人眼上，七天後焚化。
萬曆四十三年（1615年）五月初四黃昏，突然有一位莽漢手執木棍，闖進太子朱常洛所住的慈慶宮，見人就打，打傷守門的太監。一直往裡闖，眼看就要進太子房間，幸好被其他人制服，並未危及太子。一個普通漢子如何能闖進戒備森嚴的皇宮，又如何能輕易找到太子居住的宮殿？萬曆皇帝對此案十分重視，命司法部門嚴加審訊。
萬曆四十八年（1620年），萬曆皇帝在內外交困中死去，終年五十八歲，葬于定陵，廟號為神宗。太子朱常洛即位，是為明光宗。
楊漣等人將朱由校抬到文華殿，當即舉行了「正東宮位」的典禮，並且議定於本月六日在乾清宮即帝位。
萬曆四十八年（1620年）九月初一，朱常洛駕崩，年已十六歲的皇長子朱由校當立為新君。當時朱常洛的寵妃李選侍仍居住在乾清宮。李選侍與鄭貴妃關係密切，鄭貴妃力圖為李選侍請封皇后，李選侍則為鄭貴妃請封皇太后。此事還未辦成，朱常洛駕崩，冊封企圖落空。李選侍野心不死，又策劃新的計謀，與太監李進忠（即魏忠賢）密謀挾持太子朱由校。朱由校自生母王才人死後，一直由李選侍撫養。李選侍準備將朱由校藏起來，「挾皇長子自重」。吏部尚書周嘉謨也以皇長子既無嫡母、又無生母為理由，主張由李選侍撫孤。
鄭貴妃當然也難辭其咎，她見輿論強大，惶惶不可終日，哭訴于萬曆皇帝。萬曆皇帝見事涉鄭貴妃，加上多年來人們一直議論他不善待皇太子，感到事情重大，怕火燒自己，便要鄭貴妃去向皇太子朱常洛表明心跡。
蹊蹺的是，李選侍移宮數日後，噦鸞宮離奇失火。經過奮力搶救，李選侍母女才得平安無事。有支持李選侍的大臣趁機散布謠言，說火災是因為朱由校有悖孝悌之道，並導致選侍投繯，其女投井，還說「皇八妹入井誰憐，未亡人雉經莫訴」。朱由校在楊漣等人的支持下，批駁了這些謠言，說：「朕令停選侍封號，以慰聖母在天之靈。厚養選侍及皇八妹，以遵皇考之意。爾諸臣可以仰體朕心矣。」
李選侍見太子被強行擁走，十分惱怒，無奈大局已定。她決定賴在乾清宮不出，以此要挾朱由校封她為皇太后。消息傳出，舉朝皆憤憤不平，奏請李選侍移宮的章奏接連不斷。李選侍遣宦官召太子入乾清宮議事，被楊漣阻擋。他正色道：「殿下在東宮為太子，今則皇帝，選侍安得召？」怒目將前來傳話的宦官逼退。
刑部郎中胡士相、岳駿聲等奉旨審理此案。一開始，這個漢子說自己叫張差，被人燒毀供差柴草，氣憤之餘，從薊州來到京城，要向朝廷申冤，便在五月初四手持棗木棍，從東華門直闖慈慶宮云云。胡士相、岳駿聲二人便打算按照「宮殿前射箭放彈投磚石傷人律」，將張差以「瘋癲闖宮」的罪名判處死刑。這是明顯的大事化小的處理方式，不少正直的官員均懷疑鄭貴妃其實是幕後指使人，rｅaｄ•9９cｓｗ.ｃｏm對胡、岳二人審理的結果抱懷疑態度。
崔文昇雖然發遣南京、李可灼發配充軍，但其後大宦官魏忠賢翻「紅丸案」，李可灼免戍，崔文昇被任命為漕運總督。直到魏忠賢失勢時，崔文昇才再次被捕下獄。
起初，皇太子朱常洛也認為「必有主使」。然而，鄭貴妃一再指天發誓，自明無他。朱常洛為人忠厚，也不想把事情搞大，便懇請父皇迅速了結此案。於是，五月二十八日，萬曆皇帝在寶寧門召見群臣，明確宣布張差為「瘋癲奸徒」，並命「毋得株連無辜，致傷天和」，只處決張差及與之有關的太監龐保、劉成二人。這也是「難識君王真面目，三十余載匿深宮」的萬曆皇帝二十五年來第一次召見群臣。
至此，「移宮案」才宣告結束。此案與「梃擊案」「紅丸案」並稱明宮三大疑案，其本質其實是萬曆年間「國本之爭」的延續。恩怨盡時，亦是封疆危日。
八月二十三日，鴻臚寺官員李可灼來到內閣，說有仙丹要進呈皇上。內閣首輔方從哲鑒於崔文昇的先例，認為向皇上進葯要十分慎重，命李可灼離去。但李可灼不肯就此罷休，二十九日一早，再次進宮向太監送葯。事關重大，太監不敢自作主張，便向內閣報告，被內閣官員阻止，但太監還是將進葯的消息傳給了皇帝。
形勢開始對鄭貴妃不利，她便改變策略，一反過去之常態，千方百計地奉迎討好新皇帝，除了贈送大量珍珠異寶以外，又特意選送了八名美女。朱常洛的一生，大部分時間都是在逆境中度過的，由於長期憂鬱苦悶，清閑無聊，只得把全部精力寄托在酒色上，未即位的時候身體就已經相當虛弱，當上皇帝后，依然花天酒地，縱慾享樂。他的正妃郭氏病死後，還有四個選侍，除這些女子外，還有無數美女陪伴在朱常洛身邊。朱常洛只知享受美色，身體卻越來越糟。
群臣入朝時，心中均忐忑不安。皇帝面有病容，先有氣無力地說了些要大家各盡其職、效忠朝廷的話，便將目光投向楊漣，盯了他許久，始終不說一句話。群臣正為楊漣捏把汗時，忽聽皇帝嘆了一口氣，指著楊漣對大家說：「此真忠君。」隨即下旨驅逐崔文昇，收回封鄭貴妃為太后的聖旨。群臣喜出望外，長舒了一口氣，隨即把話題轉向皇帝的病情，勸皇帝「慎醫藥」。朱常洛回答說：「已經有十余日不進葯了。」意思是說他本人對進葯是非常慎重的，讓大臣放心。
正當明朝「國本之爭」愈爭愈烈時，女真人首領努爾哈赤已經在東北的莽莽雪原上建立起了一支與明王朝爭奪天下的軍隊，在遼東總兵李成梁死後不久，便正式發布「七大恨」告天，將進攻的矛頭正式指向明朝，從此揭開了中國歷史以清代明的序幕。
這時候，朱常洛突然提到鴻臚寺官員進葯一事，並立即召李可灼進宮。李可灼進獻一顆紅丸，朱常洛服用后，精神倍增，紅光滿面，病情大見好轉。他十分高興，不僅大大稱讚了李可灼的忠心，而且讓他再獻一顆。當朱光洛吃完第二顆紅丸以後，卻昏昏睡去，於九月初一清晨駕崩。這個一生受盡苦難的短命皇帝，當上皇帝不到一個月，就離奇地一命嗚呼了。
「梃擊案九-九-藏-書」可以說是從「國本之爭」演變而來，也是鄭貴妃為了能使自己的兒子繼承皇位，所做的孤注一擲的最後進攻。大概是見到「國本之爭」中大臣的勢力佔了上風，鄭貴妃心中非常著急，於是派自己的心腹太監僱人，行刺太子，演出了這場著名的梃擊案。
本來，太監龐保、劉成二人也要一併處死，但萬曆皇帝回宮后，突然變卦，把內閣草擬的諭旨加以修改，要三法司只處決張差一人，龐保、劉成審明以後再擬罪。五月二十九日，張差被凌遲處死。但隨後龐、劉二人也被秘密處死，對外宣稱二人是被嚴刑拷打致死，這顯然是有預謀的殺人滅口。
五月十一日，輪到刑部主事王志宷提牢，他趁機對張差進行突擊審訊，並以「不招當餓死」相威脅。張差開始說：「不敢說。」王志宷便讓隨從退出，張差這才招供，說是被他的舅舅馬三道、外祖父李守才領來一個不知名的老太監帶到慈慶宮，給他一根棗木棍，讓他見一個打殺一個。王志宷立即將張差是受宮中太監指使報告皇帝，萬曆皇帝心知肚明，只要一追查，勢必牽扯到他心愛的鄭貴妃頭上，於是對王志宷的上奏不予理睬。
雖然此案被精明的葉向高壓了下來，但多少可以反映出宮廷內外圍繞皇太子的爭鬥從未平息。「梃擊案」就是在這樣的歷史條件下發生的。
妖書案雖平，但其影響所及已遠逾宮廷、遍及朝野，險惡的宮廷鬥爭也並沒有就此平息，到了萬曆四十三年，便發生了更加匪夷所思的「梃擊案」。
錦衣衛千戶王名世被罷官免職，與姑蘇才女魚寶寶一道離開北京，自此不知所終。
但王志宷審出的情況卻已經傳了出去，關注「梃擊案」和太子的朝臣紛紛不平。戶部官員陸大受公然提出「梃擊案」審理中的疑點：張差已招供有太監策應，為什麼不把他們的姓名公佈於眾？那個作為聯絡點的大宅院，為什麼不指明坐落何處？不僅如此，陸大受還含沙射影地暗示指使之人就是鄭貴妃的兄弟鄭國泰。鄭國泰按捺不住，立即跳了出來，寫了一個揭帖，極力為自己洗刷。結果他辯詞中的破綻被機敏的工科給事中何士晉抓住不放，一一辯駁，讓眾人更加懷疑鄭國泰與此案有千絲萬縷的聯繫。
明光宗朱常洛之死，引出了一樁「紅丸」疑案，而他死後，還引出一案，這就是「移宮案」。
次日，朱由校正式登基，是為明熹宗，又稱天啟皇帝。
國本之議起時，朱常洛才五歲，卻遭遇了許多風風雨雨。監護他的並不是生母王恭妃，而是兇狠潑辣的李選侍，她和鄭皇貴妃狼狽為奸，沆瀣一氣，使他母子受到不少折磨和凌|辱。等到他二十歲時被冊立為太子時，他仍沒有出閣講學，更不敢預聞國事，內心的苦悶可想而知。而今，對這位太子來說，心想事成簡直是世上最可怕的噩夢，即使歷盡千辛萬苦，成了君臨天下的帝王，但仍然擺脫不掉鄭貴妃的陰影。萬曆皇帝死前留下一道聖旨，要求進封鄭貴妃為皇后，這就意味著，她將成為皇太后，可以垂簾聽政。大臣們自然都反對，內閣首輔方從哲便將進封鄭貴妃為皇后的聖旨藏於內閣，暫時秘而不宣。
京城裡開始有神秘的傳聞：據說夜晚走過紫禁城正門ｈttｐs://ｒｅａｄ•9９ｃｓw.ｃｏm的行人，不但能聽見鬼魂凄厲的哀號聲，還能看到陰森森的影子在牆頭飄蕩。
內閣首輔葉向高得知此事後，見案情重大，故意壓了下來。萬曆皇帝得知后非常憤怒，責怪葉向高為何不報告。葉向高老謀深算，早已經準備了一封奏疏，建議說：「為皇太子考慮，皇上應該冷靜處理此事。如果大張旗鼓，朝野上下議論紛紛，反而使事態惡化，那麼其禍將不可言。」
李選侍挾持太子朱由校躲在西暖閣，她一個婦人，哪裡見過如此陣勢，當即嚇得六神無主。太監王安隨即入內，假意勸說，稱皇長子面見眾臣后即可送回，說完便拉著朱由校出閣。等在外面的群臣一見太子出來，連忙把太子擁入早已準備好的輦車，退出乾清宮。李選侍這才回過神來，慌忙吩咐左右的宦官快去擋駕。宦官們追來拖住轎子，大聲叫嚷：「拉少主何往？主年少畏人。」楊漣大怒，大聲斥罵道：「殿下群臣之主，四海九州莫非臣子，復畏何人？」眾宦官被罵得啞口無言，這才悻悻退去。
萬曆皇帝鑒於「妖書案」的前車之鑒，接受了葉向高的建議，打算大事化小，小事化了。第二天，葉向高指示三法司嚴刑拷打王曰乾，務必將其打死，因為他告發涉及重大，又真假難辨，只有滅口不加追查，才能化有為無。
群臣不知道的是，朱常洛的寵妃李選侍正躲在門幔后偷聽。她早先多次催促朱常洛封自己為皇后，朱常洛被糾纏不過，答應今天與幾位大臣商量后再行冊封。李選侍聽了半天，始終等不到朱常洛提到封后的話題，便急不可待地叫過一個小太監，讓他去告訴皇長子朱由校，趕緊為她請封皇后。小太監走出來后，對朱由校耳語一番，朱由校搖頭，沒有答應。門幔后的李選侍勃然大怒，竟然不顧禮儀，從幕幔后伸出手來，將站在朱常洛旁邊的朱由校拉了進去。在場的人面面相覷，不知何為。
傅春案一度轟動京城，但他是蒙古黃金家族王子，身份尊貴，並未被處死，而是流配西南邊疆為奴。齊景雲請求同行，卻沒有被批准，從此蓬首垢面，閉門只讀佛書。傅春離開京師后不久，即鬱郁病死。
這年八月的晚上，也就是朱常洛當皇帝一個月後，他忽然肚子疼拉稀，而且頭痛。本來不是什麼大病，吃幾服補藥，靜心調養一段時間應該可以複原。但是掌管司禮監秉筆兼掌御藥房太監崔文昇向皇帝進了一劑瀉藥后，朱常洛當天晚上腹瀉三四十次，身體一下就垮了下來，再也起不了床了，而且病情日趨惡化。崔文昇原為鄭貴妃宮中的親信太監，當時紛紛傳言說崔文昇為鄭貴妃所指使，一時間群情驚駭。
正當明朝「國本之爭」愈演愈烈時，女真人首領努爾哈赤已經在東北的莽莽雪原上建立起了一支與明王朝爭奪天下的軍隊，在遼東總兵李成梁死後不久，便正式發布「七大恨」告天，將進攻的矛頭正式指向明朝，從此揭開了中國歷史以清代明的序幕。在邊關危難、大兵壓境之際，萬曆皇帝無力顧及，只管在沉淪中苟且偷生。
新帝雖立，卻並無普天同慶的喜悅氣氛，人人心頭被不祥的氣氛籠罩，一向威嚴肅穆的紫禁城也是一派凄清冷寂景象。
由於朱常洛服用紅丸斃命，紅丸到底是什麼葯，是
九-九-藏-書否有毒，李可灼為什麼要進紅丸？很多人都懷疑李可灼是受鄭貴妃所指使，故意毒死朱常洛。由此引發爭議，一場震動朝野的「紅丸案」隨之而起。五月二十一日，刑部右侍郎張問達與有關衙門官員會審張差。張差招供：太監龐保與劉成商量，叫李守才、馬三道對張差說：「打上官去，撞一個，打一個，打小爺（太監稱皇太子為小爺），吃也有你的，穿也有你的。」而龐保、劉成正是鄭貴妃宮中的太監，人們不能不懷疑鄭貴妃的兄弟鄭國泰是幕後主使人。
正如翰林編修孫承宗對此案的總結：「事關東宮，不可不問；事連貴妃，不可深問也。龐保、劉成而下，不可不問也；龐保、劉成而上，不可深問也。」梃擊案由此草草收場。
光宗朱常洛生前命運坎坷，死後陵寢也是採用當年明景帝朱祁鈺的廢陵。英宗復辟后不久，景帝死去，英宗下令以親王之禮安葬，景帝當國時為自己所修的帝陵也隨之被廢棄。而光宗因為死得突然，在位才一個月，還來不及為自己修帝陵，因而只好將就起用景帝的廢陵。歷史，就是這樣富有戲劇性。《崑崙堂集》詠明代詩史說：「無端香氣繞蓬萊，不是金莖承露杯。誰使文成歸海島，卻容柳泌入天台？金丹坐致千秋恨，玉殿旋移萬國哀。嘗葯慢將功罪定，君王已去靈集台。紅丸聚訟亦呶呶，疑謗平分未可淆。豫向昭陽防禍水，誰將脊恤進神膏？心驚午夜歸龍馭，恨逐輕煙入鳳巢。若使宰臣真愛主，罪入何止竄青芳。」
李選侍陰狠狡詐，朱常洛在位時，她便恃寵驕橫，獨霸後宮，她曾當著群臣的面逼迫太子朱由校為她請封皇后，如此野心勃勃的女人，如果挾持了太子，必然會幹預朝政擾亂國體，這自然是一批正直的大臣不願意看到的，他們決意鋌而走險，力挽狂瀾。
給事中楊漣上疏，彈劾崔文昇「用藥無狀」，主張將其拘押審訊，查個水落石出。楊漣此疏言辭犀利，大家都擔心皇帝看後會很不高興。八月二十二日，疏上三日後，宮中傳出話來：皇上要召見大臣，並特宣楊漣和錦衣衛官校。以往慣例，宣錦衣衛官校入侍，一般都是要令其執行「廷杖」。群臣認為皇帝一定是針對楊漣的上疏，推測楊漣此次被召一定是凶多吉少，多半要遭廷杖。內閣首輔方從哲勸楊漣趕緊上疏請罪，楊漣執意不從，大義凜然地說：「死即死耳，漣何罪？」
九月初一上午，楊漣、左光斗促同大學士方從哲、劉一燝、韓爌等朝臣一齊趕到乾清宮。剛至乾清門，便有太監持槍梃攔路，不許入內。楊漣大罵道：「奴才！皇帝召我等。今已晏駕，若曹不聽入，欲何為？」說完便揮手強行撥開槍梃，群臣一擁而入。
就在這一天，朱常洛在乾清宮召見方從哲等十三名大臣，皇長子朱由校也在場，朱常洛言語中已經有臨危託孤的意思，向大臣們說：「朕難了，國家事卿等為朕盡心分憂，與朕輔助皇長子要緊，輔助他為堯舜之君，卿等都用心。」
朱常洛雖然暫時坐穩了太子寶座，並沒有就此安定下來，宮內、宮外的鬥爭始終都在威脅著他的地位，甚至生命。朱常洛生母王恭妃病後，朱常洛常常遭到心懷叵測者的暗中詛咒。
群臣哭靈完畢后，發現太子朱由校並沒有在光宗靈柩htｔｐｓ://rｅａｄ•９9csw•ｃｏｍ前守靈，均感到吃驚，料到有事情發生。追問左右的宦官，宦官均支支吾吾，不敢回答。光宗心腹太監王安有心指引，便故意用眼睛示意西暖閣，楊漣會意，轉身對大家耳語了幾句，大家便一齊向西暖閣跪下，一齊請求面見儲君。
沈德符當年參与順天府鄉試未能中舉，以後科科如此。直到慈聖皇太后李彩鳳死後，才在萬曆四十六年（1618年）考中舉人。次年應禮部會試落第，從此南返回鄉，潛心著書，編成《萬曆野獲編》。書名寓「野之所獲」之意，記述起於明初，迄于萬曆末年，內容包括明代典章制度、人物事件、典故遺聞、山川風物、工藝技術、釋道宗教、神仙鬼怪等諸多方面，于尤詳明朝典章制度和典故遺聞。所記大都博求本末，收其是而芟其偽，常者固加詳，而異者不加略，內容翔實，在明代筆記中堪稱上乘之作。
由於當事人均被滅口，關於此案的說法還很多，因此被列為明宮三大疑案之一，也從側面說明了當時太子朱常洛的地位是多麼危險。
妖書一案，直到萬曆三十九年（1611年）方才真相大白。中書舍人趙士楨于當年精神錯亂，狂病大發，據稱他曾多次夢見皦生光索命，終於一病不起，病逝前承認當年妖書是他所做。
御史王安舜首先上疏，請重治李可灼。繼之，御史鄭宗周、郭如楚、馮三元、焦原溥、給事中魏應嘉、惠世揚、太常卿曹珖、光祿少卿高攀龍、主事呂維祺等人先後上疏請究治崔文昇、李可灼奸黨。但朝中意見不一，最後只將崔文昇發遣南京、李可灼發配充軍了事。此案最後不了了之，成為了明宮又一大疑案。
這次會議表面風平浪靜，但在場大臣均能感覺到正有暗流蠢蠢欲動。
九月初五，眼見太子登基大典將近，而李選侍仍賴在乾清宮不出。楊漣心急如焚，又聯絡諸大臣聚集慈慶宮，要大學士方從哲帶頭請太子下詔驅李選侍移宮。方從哲卻不以為然地說：「遲亦無害。」楊漣辯爭道：「昨以皇長子就太子宮猶可，明日為天子，乃反居太子宮以避宮人乎？」當時有人提出李選侍是光宗的舊人，逼之太急是否有失體統。楊漣立即斥之道：「諸臣受顧命于先帝，先帝自欲先顧其子。」並且表示「能殺我則已，否則，今日不移，死不去。」其他大臣亦紛紛贊言助之，御史左光斗更是積極相助，辭色俱厲，驚動了殿中的太子。太子遣人斥群臣退去，楊漣仍不肯服從，繼續抗辯道：「選侍陽托保護之名，陰圖專擅之實，宮必不可不移。」在楊漣等的堅持下，朱由校只好下旨遣李選侍即日移宮。李選侍接旨，知敗局已定，只好抱著親生的八公主，哭哭啼啼地遷出乾清宮，移居噦鸞宮。
過了一會兒，朱由校又被推了出來。他當即便跪在地上，憤然對父皇說：「皇爹爹，要封皇后。」眾人立即意識到這是在傳達李選侍的意思，李選侍如此膽大妄為，僭制違禮，不僅使在場的大臣相顧駭然，連朱常洛也為之「色變」。尚書孫如游機警聰明，當即說道：「皇上要封李選侍為皇貴妃，臣等不敢不遵命，我等立即起草冊封儀注（冊封儀式的日程表）。」朱常洛無意封李選侍為皇后，立即應道：「起草儀注來！」如此一來，李選侍便只能冊封為貴妃，而當不成皇后。