在弘光政權迅速瓦解的大變動中，江陰縣的明朝知縣林之驥解印去職，清政府委派的知縣方亨上任后遵照清廷法令張貼布告叫百姓剃髮。閏六月初一日，生員許用等人在孔廟明倫堂集會，一致決定：「頭可斷，發決不可剃也。」正在這時，常州府發來嚴令剃髮的文書，其中有「留頭不留髮，留髮不留頭」的話。方亨叫書吏把府文寫成布告張貼，書吏寫到這句話時，義憤填膺，把筆扔到地上說：「就死也罷！」消息很快傳遍全城，立刻鼎沸起來。方亨見士民不從，秘密報告常州府請上司派兵「多殺樹威」。這封密信被義民搜獲，於是在初二日把方亨等逮捕，推典史陳明遇為首，以「大明中興」為旗號，自稱江陰義民正式反清。陳明遇雖然胸懷忠肝義膽，卻感到自己缺乏軍事組織才能，在他推薦下江陰士民把鄉居的原任典史（弘光時調升廣東英德縣主簿，未赴任）閻應元迎接入城擔負守城重任。閻應元入城后立即把全城的戶口分別丁壯老幼詳加調查，挑選年輕力壯的男子組成民兵，會合鄉兵二十余萬人分班上城，每個城垛十名，按時換班。由武舉人王公略守東門，汪把總守南門，陳明遇守西門，應元自任守北門。他和陳明遇兼負晝夜巡查四門的責任。對城中過往行人嚴加盤詰，肅清內奸。為了解決軍械糧餉供應，閻應元同紳民商議后，委任擅長理財人士負責把城內公私所藏物資分類徵集，統一分配使用。在閻應元的領導下，很快就做到了人盡其才，物盡其用，各方面的工作做得井井有條。九_九_藏_書

吳日生等人在太湖中的義軍給清軍的打擊最沉重。吳日生，名易，吳江縣人，崇禎十六年進士，曾在史可法幕中任參軍。弘光朝廷覆亡后，他和舉人孫兆奎同入太湖起兵抗清。閏六月十一日攻入吳江縣，殺清知縣朱廷佐（原明朝吳江縣丞）。他們利用清軍不擅水戰的弱點，憑藉太湖遼闊的水域和四通八達的水上航路同清軍作戰。1646年（順治三年）正月十五日，太湖義軍再度攻入吳江縣，殺署縣事孔胤祖及縣丞張允元。同年三月二十五日，吳日生等聚集一千多條船隻，聲言再攻該縣。清署縣事陳日升嚇得魂不附體，向駐守蘇州的江寧巡撫土國寶、吳淞提督吳勝兆呼救。吳勝兆派副將汪懋功領兵堵剿。二十六日雙方在梅墩交戰。吳日生知道清軍不習水戰，事先派部下操舟好手混於民間，清軍搶掠百姓船隻載兵追擊，這些健兒即扮成水手為之操舟，行至湖中，紛紛跳入水中，取出工具把船隻鑿沉，清軍淹死近千名，汪懋功也被擊斃。太湖義軍一時聲勢浩大，隆武朝廷和魯監國政權都給吳日生加官晉爵，以示鼓勵。清政府也視為心腹之患，想盡辦法予以摧毀。1646年六月，吳日生在嘉善赴宴，被清政府探知，派兵擒獲。吳日生犧牲后，清軍繼續對湖中義軍剿撫兼施，到次年才基本上平定了太湖地區的武裝抗清鬥爭，一部分有志之士則轉入地下活動。

清軍佔領南京，活捉弘光帝以後，派出使者招撫南直隸各府縣。絕大多數地方都懾于清朝兵威，納土投降。其間，只有楊文驄帶領一支軍隊闖入蘇州，把清政府派來招撫蘇淞地區的黃家鼎等處斬。但是，楊文驄卻沒有把當地紳民九-九-藏-書組織起來據城固守，而是乘清軍來到之前主動放棄該地，退往浙江。江南各地的紳民迫於剃髮令，群情激奮，紛紛自發舉兵抗清。首先高舉義旗的是常州府屬的一個小小縣城——江陰縣。

崑山縣紳民在原鄖陽撫院王永祚、翰林院編修朱天麟、知縣楊永言等倡義下，殺清委知縣閻茂才（原為明朝該縣縣丞），起兵反清，推廢將王佐才為帥。顧炎武、歸庄等愛國志士都積极參与義舉。七月初六日，清軍破城，朱天麟等逃出，王佐才被俘殺。清軍屠城，士民死難者達數萬人。

七月初三日，清軍大舉攻城；次日城破，侯峒曾奮身投入池中，被清兵拖出斬首，其子玄演、玄潔遇害，黃淳耀、淵耀等自縊。李成棟下令屠城，「兵丁遂得肆其殺戮，家至戶到，小街僻巷，無不窮搜；亂葦叢棘，必用槍亂攪，知無人然後已。丁兵每遇一人，輒呼：蠻子獻寶！其人悉取腰纏奉之，意滿方釋」。「雖至窮苦，必以一簪一珥系肘間，曰：此買命錢也！」「遇他兵脅取如前，所獻不多，輒砍三刀，至物盡則殺。故殭屍滿路，皆傷痕遍體，此屢砍使然，非一人所致也。予鄰人偶匿叢篠中得免，親見殺人情狀；初砍一刀，大呼：都爺饒命！至第二刀，其聲漸微，已后雖亂砍，寂然不動。刀聲剨然，遍於遠近；乞命之聲，嘈雜如市，所殺不可計數。其懸樑者、投井者、斷肢者、血面者、被砍未死手足猶動者，骨肉狼藉，彌望皆是，亦不下數千人。三日後自西關至葛隆鎮，浮屍滿河，舟行無下篙處。……」這就是史冊上臭名昭彰的嘉定屠城。

江陰百姓抗清的消息傳開以後，清常州知府宗灝派兵丁三百人趕來鎮壓，閏六月初五日被江陰義民殲滅于秦望山下。清軍統帥多鐸見江陰蕞爾小城竟敢於抗命，派降將劉良佐領兵來攻。劉良佐部兵數萬自閏六月下旬包圍江陰縣城，屢攻不利，一再派使者用弓箭射書信入城招降，甚至親自來到城下現身說法，要閻應元投降。應元在城頭痛斥良佐的背叛明朝，說：「有降將軍，無降典史！」劉良佐無言可對。多鐸先派恭順王孔有德「率所部兵協攻」，接著又派貝勒博洛和貝勒尼堪帶領滿洲兵攜紅衣大炮前往攻城。博洛來到江陰城下，認為劉良佐曾任明朝伯爵，手握重兵，卻連一個江陰縣城也攻不下來，打了他一頓板子。劉良佐慚恨不已，督促部下拚命攻城。閻應元、陳明遇鼓勵城鄉義勇扼守危城，多次派徽商程璧等人出城聯絡各地義師來援，卻始終沒有得到江浙救兵。堅持到八月二十一日，清軍集中大炮轟擊城東北角，城牆崩塌，清軍蜂擁而上，江陰失守。陳明遇巷戰而死，閻應元負傷后投湖，被清軍從水中拖出，不屈遇害。清軍屠城至二十三日午後才「出榜安民」，城內百姓僅剩「大小五十三人」而已。當時人士寫了一副對聯讚揚江陰百姓的英勇犧牲精神：「八十日戴發效忠，表太祖十七朝人物；六萬人同心死義，存大明三百里江山。」九_九_藏_書

和江陰百姓抗清同時，嘉定縣民也因清政府強迫剃髮起兵。弘光朝廷覆亡后，六月十四日嘉定已經淪入清方之手，二十四日清朝委任的知縣張維熙上任。閏六月十二日頒布剃髮令，嘉定百姓憤憤不平，拒不從命。有人徵詢著名鄉紳侯峒曾（天啟五年進士，弘光時任通政司左通政使）的意見。他毅然回答：「聞徐太史汧護髮自裁，何不奮義？即不可為，乃與城存亡，未晚也。」就是說，他反對劉宗周、徐汧的只顧自身名節的消極抵制，主張積極地起兵抗清。十七日侯峒曾帶領兩個兒子侯玄演、侯玄潔，進士黃淳耀及其弟黃淵耀入城倡義反清復明。他們同當地士紳會議后，決定率領百姓上城畫地而守。「立挨門出丁法，分上中下三等：上戶出丁若干，衣糧自備，仍出銀若干，備客兵糧餉，並守城頭目燈燭之費；中戶出丁若干，衣糧自備，仍出銀若干；下戶止出一丁，分堞而守，每丁日給錢六十文，衣糧燈燭悉自備。城上分四隅，自某地至某地止，分屬各圖，每圖擇一人為長。日入后，當事者親自巡歷，以稽勤惰。其大事專屬峒曾、淳耀處分」，城上樹立白旗，大書「嘉定恢剿義師」。hｔｔpｓ://read.99csw•cｏm

江陰士民的奮勇抗戰，在兩個多月里頂住了數萬清軍的圍攻；城破以後，還拚死巷戰，「竟無一人降者」。《江陰城守后紀》的作者總結道：「有明之季，士林無羞惡之心。居高官、享重名者，以蒙面乞降為得意；而封疆大帥，無不反戈內向。獨陳、閻二典史乃於一城見義。向使守京口如是，則江南不至拱手獻人矣。」在福州繼統的隆武皇帝聽說涇縣和江陰百姓的堅貞不屈，深為感動，說：「吾家子孫即遇此二縣之人，雖三尺童子亦當憐而敬之。」江陰戰役雖然不像一些野史所記清朝「七王」、「翼王」、「十王」都陣亡于城下，但參加攻城的確有後來晉封為親王的博洛（端重親王）和尼堪（敬謹親王）、恭順王孔有德。在江南各地望風披靡之時，閻應元、陳明遇以微末下吏憑藉江陰百姓的支持，竟然面對強敵，臨危不懼，堅持了近三個月，實在是南明史上光彩奪目的一頁。學術界一些人為史可法大唱頌歌，本書作者卻認為更值得歌頌的是閻應元、陳明遇為首的江陰百姓，在他們面前，史可法的官愈大、權愈重，就愈顯示出其作為之渺小。

在吳淞地區起兵的義師有鎮南伯黃蜚、吳淞總兵吳志葵等人，弘光朝吏部考功司主事夏允彝任監軍。義軍一度進攻蘇州，副總兵魯之玙帶領三百人突入該城，被清軍設伏擊殺。黃蜚、吳志葵退守泖湖。八月初六日，清軍用小船截斷泖湖出口，乘風縱火，明軍水師船隻高大，運轉不靈，被烈火焚毀。黃蜚、吳志葵都被活捉，九月初四日在南京遇害。夏允彝見兵敗無成，於九月十七日在淞塘投水自盡。九-九-藏-書

嘉定紳民起義反清后，清吳淞總兵李成棟（原為高傑部將，曾任明朝徐州總兵）立即領兵來攻。侯峒曾、黃淳耀等人想借用城外鄉兵扼阻清兵。可是，四鄉鄉兵都是臨時組織起來的農民，根本沒有作戰經驗，人數雖多，卻難以同正規清軍作戰。即如史料所言：「諸鄉兵未諳兵勢，爭裹糧厲兵而來。峒曾、淳耀等親自臨城，勉以忠義，言與淚俱，人皆感奮。因下令諸鄉勇能鼓眾赴敵者，每人先給白布二疋，仍每日頒折餉銀二錢；有能得敵人首級者，每顆給銀十兩」。「七月初一日，會兵磚橋東，不下十余萬人，排擠擁塞，紛呶如聚蚊，多適為累。清兵每戰必分左、右翼；鄉兵不識陣勢，呼為蟹螯陣。每發挑戰，多不過十余騎，皆散落不集一處。諸鄉兵遙見兵出，擁擠益甚，手臂摩戛，軋軋作聲。」這種烏合之眾自然抵擋不了清軍。雙方才一交鋒，鄉兵就不戰自潰，「走者不知所為，相蹈藉而死」，許多人被擠入河中淹死，「屍骸亂下，一望無際」。