自從岳州失守后，明軍扼守岳州南面的新牆與清方對峙。1646年（順治三年，隆武二年）六月，清湖廣當局派總兵祖可法、張應祥進攻新牆，章曠部署的「親軍」大敗，滿大壯陣亡，龍見明被活捉，姚友興等聞風喪膽，丟棄汎地南逃，新牆遂為清軍佔領。只是由於清方動用兵力不多，目的僅限於鞏固岳州防線，才沒有繼續南下。這年九月，何騰蛟、章曠決定大舉北伐，由章曠督兵由湘陰進攻岳州，移文制撫堵胤錫督馬進忠部由常德北入長江順流接應。何、章調集的軍隊除督、撫標下親軍以外，還有王進才部和王允成帶領的水師，浩浩蕩蕩水陸並進，企圖一舉攻下岳州，進而收取湖北。清岳州守將馬蛟麟見明軍勢大，向武昌請援。清湖廣總督羅綉錦僅派參將韓友、高士清、惠之觀接應，兵力相當有限。明軍進至岳州附近時，馬蛟麟同副將李顯功不過派數百名騎兵出戰，在萬由橋擊敗陸路明軍，趁勢追殺五十里；接著又擊敗王允成部水師。章曠失魂喪魄竄回湘陰，把戰敗的責任推到王進才「新營」（王進才原為大順軍偏將，后歸附何騰蛟）身上。這時，堵胤錫節制的馬進忠部由長江東下直至湖北嘉魚縣六磯口，「武漢震動」，得到章曠軍一敗塗地的消息才主動撤退。進攻湖北的計劃受挫后，章曠、堵胤錫來到長沙同何騰蛟會面，堵胤錫「盛稱馬鎮之勇，微彈湘兵之怯」，章曠、何騰蛟愧恨交加，更加仇恨曾為「響馬」的大順軍和馬進忠部。https://read.99csw.comread.99csw.com

1645年三月，左良玉父子率兵順江東下時，何騰蛟作為湖廣巡撫被挾制登舟，跳入水中逃脫，然後取道江西寧州（今修水縣）進入湖南長沙。當時湖廣的南部（就是後來的湖南省）還處於明朝統治下，隆武朝廷任命他為湖廣等地總督。何騰蛟既擺脫了左良玉部的挾制，又深得隆武帝的信任，而且當時清廷用兵重點在東南沿海省分，一時顧不上湖廣。何騰蛟實際上掌握了湖廣文武官員的任命權和湖南各州縣的錢糧，如《永明縣誌》所記，「乙酉年，明督師何諱騰蛟退守長沙，湖南各府屬錢糧俱解督府」。何騰蛟本可以做一番事業，然而，他在用人行政上倒行逆施，舉措毫無足稱。這首先表現在他既無知人之明，又無御將之才，卻私心自用，急於拼湊一幫自己的班底。他夥同章曠、傅上瑞（二人都由他推薦為道員、巡撫）把具有抗清實力的大順軍余部主力排擠出湘，收羅並重用湖南當地的明朝雜牌軍隊如黃朝宣、劉承胤、曹志建、張先璧之流，為他們請官請爵，奉若驕子。這些人乘機招兵買馬，擴充自己的實力，除了危害地方外一無足恃。何騰蛟的親信章曠原先主張用「南人」（即上述黃、劉、曹、張輩）排斥「響馬」（大順軍），眼看這些「南」將割據自雄，連督、撫也指揮不動，又建議道：「向謂用北人不如用南人，某謂用外鎮不如用親兵。與其以有用之金錢，養望敵還奔之響馬，不如養站得腳跟之南兵；與其以有限之金錢，養進止自如之外鎮，不如養可予奪、遣發惟命之親兵。且有親兵則可以自強，自強則可以彈壓響馬，駕馭外鎮。此壯威制勝之術也。」何騰蛟非常欣賞他的意見，於是派人分別從廣西，貴州等地召募兵將，很快就拼湊成了一支三萬多人的「督標」、「撫標」親軍，其將領有吳承宗、姚友興、龍見明、覃裕春、滿大壯、胡躍龍、向登位等。後來的事實證明，這批烏合之眾既彈壓不了「響馬」，也駕馭不了「外鎮」，從未起過「壯威制勝」的作用。既熱衷權勢又昏庸無能的何騰蛟、章曠之流拚命擴充兵員，不僅絲毫沒有增強湖南的抗清實力，反而嚴重地加重了百姓的負擔，弄得民窮財盡，派系林立。王夫之記載：「騰蛟既奉便宜之命，驟加派義餉，兼預征一年民田稅，每畝至六倍以上。不足，則開餉官、餉生之例，郡邑長吏皆以貲為進退；又不足，則開募奸人告密，訐殷富罰餉，朝宣、先璧、承胤皆效之。湖南民展轉蔓延，死亡過半。」rｅaｄ•９９ｃｓw•cｏｍ九-九-藏-書https://read.99csw.com

在南明史籍中，何騰蛟的地位非常顯赫。他在弘光朝廷覆亡時拒絕了清方的招降，最後被俘堅貞不屈，英勇就義，值得肯定。然而，在抗清事業中，何騰蛟成事不足，敗事有餘，也是無可爭辯的事實。人們往往不相信「忠臣」誤國，南明史上卻是屢見不鮮。