事實表明，閩浙各地百姓迫於清朝暴虐統治，如火如荼地掀起反抗鬥爭，魯監國朱以海不失時宜地組織抗清，頗有一番作為。特別是1648年江西、廣東相繼反正，整個南方的抗清運動一度進入高潮，南明復興的形勢相當可觀。

七月，魯監國親征，號召各地紳民起義，一時遠近響應，義軍飆發。七月初四日鄖西王朱常湖、王祁、李長蛟等人帶領義軍攻克建寧府，擊斃清朝總兵李應宗、副將曹胤吉，擒殺清知府高簡等人。這支義軍連克建陽、崇安、松溪、政和、壽寧等縣。清浙江福建總督張存仁接到建寧失守的消息，向朝廷報告福建「遍海滿山，在在皆賊」，他惟恐閩浙路斷，於七月下旬帶領馬步官兵一千名星夜兼程趕赴扼據浙閩咽喉的浦城。八月初九日明軍進攻浦城，被張存仁部擊敗，義軍首領李長蛟和兵部右侍郎楊東晟，總兵謝君聘、王印海、張明等陣亡。

魯監國在形勢惡化的情況下，於1649年正月移駐閩、浙交界的沙埕。六月，定西侯張名振攻克健跳所；七月，魯監國移居該地。一度威福自操的建國公鄭彩因為鄭成功襲擊其弟鄭聯，佔領廈門，向魯監國上表求救。忠於朱以海的諸將深惡其人，乘機擊破鄭彩余軍。鄭彩從此一蹶不振，後來請鄭芝龍的母親黃氏代為疏通，鄭成功才讓他返回廈門閑住，終老於該地。

福建、浙江各地百姓的紛紛起來抗清，主要原因是清朝統治者以征服者自居，推行一系列暴政。順治五年四月浙閩總督陳錦在一份奏疏中說：「切閩浙士民質本脆弱，亦易治而易安者。故王師所到，率土皆賓，兵不血刃，而地方大定。今反側時見，處處弄戈，其亂萌不過各地方一二戎首糾集亡命，威逼愚民，順之則親如手足，逆之則焚其廬舍，毀其室家，使民無所歸，此戎首逼民為賊也。更有地方民牧撫綏無法，而朘削橫加，差徭繁重，而敲朴不已，民不安生，遂鋌而走險，此官吏逼民為賊也。又防剿官兵以守土為名，暴虐過甚，居其室而掠其野，少不遂欲，鞭撻濫施，至經過之處，任意摧殘，民若畏避，即拆屋舍，毀器具，靡所不至，斯民無地可安，不得不行從賊，此官兵逼民為賊也。害民之事有三，而利民之事全無，賊用是滋蔓矣。」陳錦身為清朝總督，自然把地方不靖的原因首先歸咎於明方，但他不能不承認清方接管浙江、福建以後「利民之事全無」，文官武將巧取豪奪，無惡不作，以致官逼民反，兵逼民反。這以後，清政府採取了一些安撫措施，情況才有所好轉，即所謂「是后，清招撫之令下，解散十六七矣」。

然而，復明各派勢力之間的勾心鬥角，互相傾軋，終致坐失良機，使清廷得以憑藉有限的兵力各個擊破。鄭彩的擁戴魯監國，實際上是重演鄭芝龍操縱隆武帝于股掌之上的故伎。1648年（順治五年，魯監國三年）正月十七日，他悍然擊殺大學士熊汝霖。義興侯鄭遵謙憤慨不平，鄭彩又命部將吳輝誘擒遵謙，迫使他投海而死。魯監國對鄭彩的跋扈自雄、擅殺大臣極為不滿，史籍記載他得知熊汝霖、鄭遵謙遇害后，「大怒曰：殺忠臣以斷股肱，生何益耶？欲跳水死。左右與彩力勸止，遂究首謀十餘人磔之」。這不過是表面文章，對朱以海略事安撫而已。查繼佐記載鄭彩擅自殺害大學士熊汝霖之後，「閣部錢肅樂等請罷朝諭祭，監國畏彩，不果行」。鄭遵謙被逼投海而死後，「監國聞之為泣下，輟朝五日，不敢問」。總之，魯監國受制於鄭彩無疑是事實。他任命兵部尚書錢肅樂接任大學士，負責朝政票擬。事情並沒有了結。鄭彩對大學士劉中藻收復福寧心懷妒意，不僅不予支持，反而出兵「掠其地」。錢肅樂在給劉中藻的信中對鄭彩的行徑多有指責，被鄭彩偵知，故意向肅樂引述其信中的話，肅樂大驚，於1648年五月嘔血而死。https://read.99csw.com

由於各地義師自行署銜，造成官職紊亂，禮部尚書兼通政司吳鍾巒不得不上疏給魯監國要求申明職掌，加以整頓。疏中說：「遠近章奏，武臣則自稱將軍、都督，文臣則稱都御史、侍郎，三品以下不計。江湖游手之徒，則又假造符璽，販鬻官爵。偃卧邱園，而雲『聯師齊楚』；保守妻子，而雲『聚兵數萬』。請加嚴核，募兵起義者，則當問其冊籍花名；原任職官者，則當辨其敕書劄付。」這固然反映了當時龍蛇混雜的狀況，更重要的是說明了福建各地抗清運動的洶湧澎湃。

清軍佔領浙東、福建，鄭芝龍降清以後，原先唐、魯對立的局勢隨著發生了很大的變化。隆武朝廷既然已經不復存在，一些不願投降清朝的文官改奉魯監國。清政府以為把鄭氏集團的頭子鄭芝龍控制在自己手裡就可以使福建諸將聽命於己，這個目的也只部分地達到，如施福、洪習山、黃廷、施郎等人歸附了清朝。鄭氏集團內反對降清的勢力也大有人在，鄭芝龍被誆騙挾往北京更使他們心懷疑懼。在群龍無首的情況下，鄭系將領一時分崩離析，自尋出路。鄭芝龍的老部將林察在福州即將失守時率兵保護續封唐王朱聿乘船逃往廣州，成為紹武政權的主要軍事支柱。鄭芝龍的弟弟鄭鴻逵、長子鄭成功當時實力和地盤都很小，卻志不稍減，致力於招兵置船，恢復海上雄風，他們打的旗號是業已被清軍俘殺的隆武帝。鄭芝龍的旁系勢力鄭彩、鄭聯、楊耿等人則轉而改奉魯監國。

1647年七月，明同安伯楊耿領兵一度收復平海衛。清朝援軍趕到后，楊耿兵主動撤退，平海衛的老百姓慘遭屠殺。與此同時，興化府（府治在莆田縣）紳民王繼忠、王時華、吳永寧、林孟、林淑德、游慎行、梁鼎鍾、林蘭友、周霑等紛紛起兵抗清。八月，圍攻府城莆田。十一月，清福寧道彭遇引兵來救，義師大敗，周霑、梁鼎鍾、游慎行、林淑德戰死。彭遇打算乘勝搜山追剿，福建巡按御史周世科因為省會福州也遭到義師襲擊，撤回大部兵力。義師趁機再次圍攻莆田，雙方相持到1648年（順治五年）春天，彭遇和興化總兵張應元多次派兵出城作戰，都被義師擊敗。城中原有居民二十七萬，因長期受困大批死於飢餓和殺掠，只剩下三分之一。正在這時，原隆武朝大學士朱繼祚從北京回到原籍福建興化（朱繼祚在順治三年冬同鄭芝龍一道被博洛挾送北京，鄭芝龍一直被扣留，朱繼祚被准許回籍），義師首領前來探聽消息。朱繼祚心不忘明，為了洗刷自己曾向清朝屈膝的羞恥，當即表示支持復明義師，給他們鼓舞打氣道：「北方方亂，何能及我，且仙霞之路已絕，諸君何患？」他還派人秘密進城勸說彭遇反正。彭遇受困數月，業已束手無策，就同朱繼祚約定在閏四月十七日夜間舉兵內應。屆時，彭遇指揮手下親信馬兵三十名、步兵數百名突然襲擊興化總兵張應元部，張應元被打得措手不及，帶著殘兵敗卒乘夜逃往仙游縣；次日晨，朱繼祚帶領義師進城。九*九*藏*書

浙江的情況也很類似。查繼佐記載：魯監國「建旄海表，戊己（1648—1649）之間，內地持仗倡山谷者，咸使人間道浮海報職事。王又時時馳敕書潛通山谷諸部，而寧（波）、紹（興）一帶義奮尤烈。凡城以內皆清兵也，負郭二三裡外無不奉魯朔者，旌旗相望，舳舮衺接，富者貢粻糧，貧者效筋力，城中不敢問。鄉之人有以其實微告清，則立碎之。間敦請素行廉干者使佐事，雖謹畏不敢不聽。遠近數百里頂幘縫掖如故，清但固扃關門靜而待之。而浙以西則自天目諸山無下數千部。」

1646年（順治三年，魯監國元年）六月，魯監國朱以海在張名振等保護下乘船渡海到達舟山。駐守在這裏的肅虜侯黃斌卿借口自己是隆武朝廷所封，不承認魯監國的合法性，拒絕朱以海進城。魯監國在舟山群島上借住了兩三個月，大學士孫嘉績就病死在這裏。九月間，據守金門、廈門一帶的永勝伯鄭彩、定波將軍周瑞帶領舟師四百艘來到舟山，見朱以海處境困難，決定把他迎往福建。十月二十五日從舟山出發，十一月二十四日到達廈門。這時，鄭芝龍已經由安海赴福州博洛軍前投降，派人通知鄭彩獻出魯監國向清廷請賞。鄭彩不願降清，他擔心魯監國的安全，就把朱以海藏起來，另找一個相貌類似的人充當替身，叮囑部將如果鄭芝龍命人來抓魯監國，就把這冒充的人縊死，矇混過去。幸好，鄭芝龍到福州后很快就被清軍脅迫北上，顧不上捉拿魯監國，朱以海才得以在鄭彩軍駐地安頓下來。

魯監國收復福建的戰略意圖既已失敗，幾乎沒有立足之地。當時，黃斌卿據守著舟山群島，有割據自雄之意。史籍中說他「怯於大敵，而勇於害其同類」。對於因兵敗移駐舟山的魯監國文官武將不僅無恤憐之義，反而乘人之危，派兵攻殺，擄掠其財物，收編其軍隊。如巡撫荊本徹、戶部尚書朱常淓、總兵賀君堯等都慘遭毒手；興國公王之仁攜家屬輜重來避難，遭到他的偷襲后極為憤慨，自行赴清方請死。由於他遵奉隆武帝，朱聿鍵對他多少有點縱容，《思文大紀》記，「上聞威虜伯黃斌卿殺□□荊本徹，曰：本徹雖非賊寇，乃爾騷擾地方，民恨實甚，殺了便罷；所招降將士，善為約束，勿令流毒，致重民怨」。黃斌卿自以為得計，更把舟山群島看作自己的禁臠，對忠於魯監國的定西侯張名振、盪胡伯阮進、平西伯王朝先等部多方排擠，引起諸將的公憤。當時，魯監國駐于健跳所，這裏只是浙江臨海縣瀕海的一個小地方，很難立足。魯監國及其隨從實際上經常住在船上，以防不測。即如黃宗羲所說：「以海水為金湯，舟楫為宮殿」，「御舟稍大，名河船，其頂即為朝房，諸臣議事在焉。落日狂濤，君臣相對，亂礁窮島，衣冠聚談」，景象是相當可憐的。1649年（順治六年，魯監國四年）九月，張名振、阮進、王朝先合謀決定以舟師護送魯監國移駐舟山。對於魯監國的到來，黃斌卿自然是極不情願。他借口自己是隆武帝封的官爵，不便接待魯監國；又「以地窄糧寡為辭」表示難於供養魯監國屬下官兵和他們的家屬。在這種情況下，只有訴諸武力了。黃宗羲記：「朝先遂與名振、阮進合謀，上疏監國。有旨進討。斌卿遣將陸瑋、朱玖御之，數戰數敗，求救于安昌王恭榥、大學士張肯堂，上章待罪：『所不改心以事君者，有如水。』又議和于諸營曰：『彼此皆王臣也，兵至無妄動，候處分。』九月二十四日，胥會於海上。初皆安堵，已而陸瑋、朱玖背約出洋，阮進等疑斌卿之逃也，縱兵大掠，斫傷斌卿，沉之水中，二女從之死。」任光復的記載是：「己丑秋，王朝先取糧溫、台，斌卿標將黃大振得罪逃，誑朝先曰：『將軍家口及標屬盡被本爵（指黃斌卿）所鈔沒，以將軍久假不歸，有懷二心故也。某以苦諫獲戾故出亡耳。』朝先蓄恨已非一日，遂厲兵誓師揭奏斌卿逆惡罪狀。王命朝先、阮進水陸並進。名振泣諫曰：『臣與斌卿聯姻，路人所共知，今以朝先一言而加兵問罪，臣日待罪左右，其如物議何？』俯伏不已。王因手敕和解之。朝先得敕，先致溫旨以緩其備。仲冬（十一月）二十一日，朝先兵逼斌卿舟。斌卿備香燭，著冠服，手捧來旨大言曰：『聖上有旨，誰敢？誰敢？』時安昌王恭榥、義陽王朝、錦衣李向榮俱環坐。頃之，旗鼓尹明以詐稟投見，揮刃斬斌卿，沉之舟側。其弟孝卿及家屬尚在，匍匐江灘。任穎眉差兵救之，令異入名振府第。尋迎魯王至舟山，以參將府作行在。」這裏列舉的只是兩種有代表性的記載，在其他史籍中具體情節常有出入。就當時形勢推斷，張名振是這一事件的主謀大概是沒有問題的。在襲殺黃斌卿之後，黃部兵將一度出現混亂，張名振宣布「監國之來，代唐恢復，肅魯（虜）原部自應協力」。接著，又以監國的名義以禮祭葬黃斌卿，優養其家屬，對黃斌卿舊部加以安撫，將校一體升賞，無分彼此。這樣，終於穩定了舟山局勢，使魯監國政權有一片存身之地。查繼佐寫道：「是役也，名振實忠誠，苦欲安監國，為此密計。」這一論斷比較公允。ｈｔｔpｓ://read.９９csｗ.ｃｏm

當魯監國為首的浙江、福建各地抗清運動處於高潮時，清廷於1647年（順治四年）十一月派遣禮部侍郎陳泰為靖南將軍，率領梅勒章京董阿賴（即東阿來）、刑部侍郎李延齡以及李率泰、濟席哈、祖澤遠諸將統兵南下福建，配合浙閩總督陳錦的軍隊大舉反攻。魯監國政權內部既因鄭綵排斥異己不能團結對敵，在泉州、漳州一帶活動的鄭鴻逵、鄭成功軍固然牽制了一部分福建清軍，卻以擁戴不復存在的隆武朝廷為名拒絕同魯監國合作。1648年三月下旬，清軍進攻建寧，城中糧食不足，鄖國公王祁「丐粟於國娃成功，允而不發」。「國姓成功以奉桂朔專，不贊魯一矢，亦二其從弟建國彩，兵不逾洛陽橋之北」。清陳泰、陳錦等部滿漢軍隊於三月二十九日包圍了建寧，憑藉優勢兵力發起猛烈攻擊，到四月初四日佔領該城，明鄖西王朱常湖、國師王祁等死於亂軍之中。同月，清援閩主力進入省會福州。明大學士劉中藻領導的義師一度聲勢頗盛，曾經先後攻克福建的福安、羅源、寧德、政安和浙江處州府屬的景寧、慶元、雲和、松陽等縣，也被優勢清軍擊敗，劉中藻自殺殉國，所復州縣重新落入清軍之手。https://read.99csw.com

但是，福建各地反清復明的烈火仍在不斷蔓延。八月，明軍攻克連江；十月，收復長樂、永福、閩清、羅源、寧德等縣。隆武朝大學士劉中藻也在原籍福安縣起兵，攻克縣城。十月十三日，另一枝義軍首領王祁「受偽魯王偽職，稱監國魯三年號，糾集鄉兵」與「偽太師馮生舜」以及陳文達、朱鋒等部圍攻福寧州，「四面環繞，閱九個月米鹽不通」。清分巡福寧道潘映婁見城中糧盡，「士民餓殍過半」，被迫在1648年（順治五年，魯監國三年、永曆二年）二月初五日出城「講和」。「有偽巡按吳明中齎魯王敕印入城，升塗登華為振威伯，潘映婁為太僕寺少卿，章雲飛為桓武軍門，宋若蘇為兵部員外，在各官衙門開讀。王公哲疑各官受職，隨遣偽標官陳功、賴天成帶賊三百餘人進城探聽，本夜被塗登華、章雲飛召至察院前假言犒賞，一時盡殺。西路賊首陳文達等見王公哲賊眾被殺，遂往福安請劉中藻主盟。中藻與生舜俱至江邊地方紮營，稱隆武四年號。城內各官分守四門。章雲飛出城打仗，雲飛兵敗，在松山地方下船，張時任被劉中藻獲剮，方國慶被殺。四月初五日，塗登華兵寡糧盡，開南門走至南屏地方為中藻追獲，收在衙門內；潘映婁亦從南門出城，兵阻復回，至太平台被西路賊首盧守譜兵捆獲，解到馮生舜營，亦收入衙內。……」明軍遂佔領福寧州。

從1647年（順治四年，永曆元年、魯監國二年）開始，儘管東南沿海抗清武裝中還有鄭鴻逵、鄭成功、黃斌卿等人以尊奉業已不存在的隆武朝廷為名，拒不接受魯監國的領導，但大多數文官武將和浙江、福建紳民都以魯監國作為抗清復明的旗幟。當時，清軍滿洲主力博洛已率部返回北京，東南兵力薄弱；抗清運動在魯監國領導下風起雲湧，取得了一系列勝利。這年正月，魯監國在長垣誓師，「提督楊耿、總兵鄭聯皆以兵來會。進鄭彩為建國公、張名振為定西侯，封楊耿為同安伯、鄭聯為定遠伯、周瑞為閩安伯、周鶴芝為平夷伯、阮進為盪胡伯」；「加東閣大學士熊汝霖太子太傅，司票擬」。朝政軍伍初步就緒后，即著手收復失地。正月內，周鶴芝部收復海口，派參謀林龠舞、總兵趙牧防守。二月初一日攻克海澄，次日攻漳平，失利；初三日清方援兵來到海澄，明軍退至海上。初五日，攻克漳浦縣，任命洪有文為知縣；五天後，清兵來攻，漳浦失守，洪有文死難。四月，清兵攻陷海口，林龠舞、趙牧戰死，周鶴芝引兵退保火燒嶴。六月，明軍攻漳州，再度失利。九-九-藏-書

到1648年（順治五年，永曆二年、魯監國三年）上半年，以魯監國為首的明朝義師已經收復了閩東北三府一州二十七縣，省會福州幾乎成了孤注。監國朱以海親臨福州城外的閩安鎮指揮攻城。南明君主之中，朱以海是比較勇敢的，監國紹興時敢於到錢塘江前線犒勞軍隊；這次在福州未克的情況下能夠駐蹕于閩安鎮；後來在清軍三路進攻舟山時又能親領艦隊出海迎戰，比起隆武帝朱聿鍵「親征」而躊躇不前，永曆帝的望風逃竄，確實值得稱讚。史載在魯監國親征的鼓舞下，福建「義師起，八郡同日發」；福州城裡的清朝官員由於「四方俱起，城中坐困。兵馬日出於掠，家甲戒嚴，不時查點。不在者便為通賊，多一人即為姦細。其令十家連坐，人人重足」；城內餓死「十之八九」，「城外皆義師營頭千種，皆稟監國魯王令。農夫漁翁俱任都督，衣穿襖襏，腰系印綬。至村婦、化僧亦受職銜掌兵。城中餓夫逃出者，悉隸其籍。若無引證，即以為姦細，殺之。或帶有防身余物，即時掠盡」。清朝浙江福建總督陳錦在一份奏疏中訴苦道：「我國家定鼎以來，干旄所指，無不披靡，未有如建寧之賊死守難攻者。類而推之，可知閩省之賊非懦弱而易剿者。今建府一城之賊雖除，其餘屬縣以及延平府屬漫山遍野，無處非賊。若福州以上各府尚梗阻無耗，見在偵剿，大約處處皆然也。……況漳、泉逼臨大海，猶賊類出沒之鄉；江西見在叛逆，更賊黨通聯之處。……故閩省雖雲已入版圖，較之未入版圖之地，尤難料理。」

魯監國在舟山站住了腳，重新整頓朝政。他派出使者敦請原隆武朝吏部尚書張肯堂為大學士，吳鍾巒繼續擔任禮部尚書，孫延齡為戶部尚書，朱永佑為吏部左侍郎主管文官銓選，李長祥、張煌言為兵部右侍郎，徐孚遠為國子監祭酒，任廷貴為太常寺卿，其他官職也作了安排。從這時起到1651年（順治八年、魯監國六年），舟山群島成為魯監國領導下浙東抗清武裝活動的中心，牽制了東南地區大量清軍，為鄭成功部在福建沿海的擴展創造了有利條件。