全州降清以後，廣西門戶洞開。1648年（永曆二年，順治五年）正月，督師何騰蛟駐守興安，發出檄文命令各將領抽調兵馬赴該地堵截清軍由全州南下。郝永忠派部下羅中軍帶領一千名騎兵前往興安。二月初一日，清孔有德、耿仲明、尚可喜三王兵由湖南經廣西全州向桂林推進。明督師何騰蛟驚惶失措，竟然在滇將胡一清等保護下臨陣脫逃，郝永忠派出的騎兵在興安陷入重圍，城破后全部戰死。郝永忠接到報告后大為憤慨，堅決拒絕同守輔瞿式耜一道保衛桂林，主張奉永曆帝向後方轉移。二月二十一日深夜，得報清軍已經進入嚴關，瞿式耜趕往行在（原靖江王府），見郝永忠、盧鼎、馬吉翔、兵部尚書蕭琦都聚集在司禮太監處商議，他敘述所見情況道：「臣聆永忠議論，則以人馬挫折，意懶心灰，竟欲即刻整旅西行，絕無意于省城者。臣既以好語慰之，復以正言規之，而枘鑿不入。」接著，瞿式耜面見永曆帝，「則暫避永福之聖意已定，臣竟無從插齒，只爭起駕之時刻耳」。式耜力主鎮定，指出即使清軍已經到達興安，督師何騰蛟應該有告急塘報，在沒有接到準確消息以前不宜輕易移蹕。「若以走為上策，桂愈危，柳又不危乎？今日可到桂，明日獨不可到南、太乎？」朱由榔回答道：「卿不過欲朕死社稷耳。」後來瞿式耜在奏疏中也追敘了當時的情景：「皇上聲色俱厲，謂今日事勢，遠過武、攸。爾等必欲留朕，兩宮太后即煩爾等照管。」式耜不敢再說，隨眾退出。次日五鼓他又面見永曆帝，奏言「聖駕即欲行，宜少從容，蓋亂兵乘駕發之後，必有一番搶攘。聖駕稍停，一可以救滿城百姓，二可以救滿朝百官」，朱由榔置之不理。瞿式耜出朝途中接到趙印選的奏疏和何騰蛟的書信，知道進入廣西的清方兵力並不多，又再次入朝，以何騰蛟的書信為證，勸永曆帝暫緩移蹕。可是，朱由榔已如驚弓之鳥，吩咐左右立即準備撤離桂林。「隨駕諸臣車馬匆匆，有行色矣」。式耜的意見遭到永曆帝的斷然拒絕，「時天顏愈厲，天語愈嚴」，式耜只有叩頭請死，含淚而出。二十二日上午，朱由榔和宮眷、隨駕官員離開桂林。郝永忠等部明軍士卒立即乘勢搶奪官私財物，瞿式耜由於主張堅守桂林，拒不隨駕，在一片混亂當中，他的家產也未能倖免。從他的奏疏看，郝永忠曾經派了兩名官頭到瞿家禁止搶劫，但是主力既已轉移，禁令也難以貫徹，亂兵以索取犒賞為名，連瞿式耜本人也受了一番折磨。撤離桂林時出現的混亂和搶劫，無疑是事實；不過瞿式耜和南明其他一些官僚的記載頗多誇大其辭。有的南明史籍更是添油加醋，窮極形象，如說郝永忠於二月二十三日「搶入大內，劫帝于寢被中，舁出城外」；「留守（即瞿式耜）裸體坐署中」。這類謠言顯然不可信。ｒｅａd.９９csw.com九-九-藏-書九_九_藏_書

然而，事有意外。廣東清軍提督李成棟在鎮壓了陳子壯、張家玉、陳邦彥等人組織的抗清活動之後，穩定了廣東局勢，又出兵西上，思恩侯陳邦傅不戰而遁，十一月間清軍重新佔領梧州。陳邦傅軍撤退的消息傳到全州，郝永忠惟恐己部留在桂林的老營（家眷和輜重等）將被陳軍搶掠，急忙率兵從全州馳還桂林；督師何騰蛟帶著盧鼎部也跟著南撤。全州本是焦璉的汛地，他聽說郝、何率部回桂林，不知道是怎麼一回事，只留下部將唐文曜同全永總兵王有臣守全州，自己也帶領主力奔往大墟（今桂林東南大圩）。唐文曜、王有臣眼看各營主力紛紛撤回桂林，又得到梧州失守的消息，判斷在清軍東、北二路夾擊下廣西難保，就同全永道馬鳴鑾合謀於十二月十二日派使者往湖南永州（零陵）向清方接洽投降。清懷順王耿仲明不久前進軍受挫，對他們的主動請降心懷疑慮，拒絕接受。明全州監軍周震堅決反對降清，對唐、王、馬的變節行徑痛加斥責。三人惱羞成怒，當即把周震拖出衙門殺害，然後派人帶著周震的頭和敕印往永州納降。耿仲明大喜，派二千騎於十七日到達全州接管該地，「全州遂拱手送人矣」。ｈttｐs://rｅａｄ.９9ｃｓｗ•ｃoｍhttps://read.99csw.com

1647年（順治四年、永曆元年）九月，朱由榔到達柳州以後，瞿式耜堅持請他移蹕省會桂林。他指出「桂林為西省上游，形勝嵯峨，城郭堅固，確然興王根本之地。北規楚，東恢粵，惟此地為適中」。南面有思恩侯陳邦傅扼險于梧州，新興伯焦璉鎮守陽朔、平樂；北面有督師大學士何騰蛟、南安侯郝永忠堵敵于全州、興安一帶，萬無一失。朱由榔認為駐于廣西內地比較安全，沒有立即採納他的建議。直到十一月十三日何騰蛟節制的郝永忠、趙印選、胡一清、焦璉、盧鼎四營（按，趙、胡所領兵馬合稱滇營）在全州擊敗來犯的耿仲明部清軍后，朱由榔才在十二月初五日再次來到桂林。