鄭成功不僅在選拔和駕馭將領上著稱於世，而且非常注意練兵。他冷靜地估計到己方所長是海戰，然而要同優勢清軍作戰，收復失地，必須訓練步兵和騎兵。由於東南沿海缺少馬匹，鄭成功在組建騎兵時受到很大的限制，這是他後來同清兵作戰中往往失利的一個重要原因。鄭成功的嚴格訓練海上水師是人所共知的，廈門鼓浪嶼上的日光岩就因他當年雄立山頂檢閱舟師而傳頌至今。但是，作為一位雄才大略的統帥，他知道要恢復失地必須憑藉陸戰，所以他組建了許多以陸戰為主要任務的營、鎮，「朝夕操練部伍陣法」。

1647年八、九月間泉州戰役，鄭成功還是以定國公鄭鴻逵的助手身分參戰的。戰敗返回安平以後，他加強了自身力量的積聚，廣泛召募文武人才。在他的感召下，原浙江巡撫盧若騰、進士葉翼雲、舉人陳鼎等相繼而來。鄭成功對他們禮敬有加，待如上賓，每遇重大事情都徵求他們的意見，逐漸形成了一個政治上參与決策，聯絡各地抗清勢力和治理地方的文官幕僚班子。同時憑藉他在隆武朝廷內的地位和鄭芝龍的舊關係，招集兵將，不斷擴大自己的軍事實力。

李成棟反正以後，永曆帝由南寧遷回廣東肇慶，整個廣東都在南明統治之下。按理說，駐于福建銅山一帶的鄭成功既由虛戴隆武年號改尊永曆朝廷，地理位置又非常接近，似乎可以在統一部署下聯兵北討。實際情況並不如此。當時永曆朝廷正處於「中興」時期，留下的記載比較多，卻極少提到鄭成功。原因在於李成棟系統的將領同隨成棟入粵的福建將領之間存在很深的隔閡。成棟反正以前，對鄭芝龍的舊部施福、施郎、洪習山、黃廷等人既利用他們衝鋒陷陣，又在給清廷的奏疏里把他們貶得一錢不值。反正以後，李成棟意氣發舒，把廣東看成自己的勢力範圍，奏請永曆帝核准把施福等福建兵將遣送回籍。八月，永曆朝廷改封武毅伯施福為延平伯，「敕仍回閩恢剿」。閩系將領跟隨李成棟反正，不僅沒有像成棟嫡系那樣因反正有功加官晉爵，反而在遣回福建途中遭到李部將領暗算，企圖加以火併收編。如施郎所部「自南雄抵潮郡。適潮將郝尚久者，粵師將也。陽犒師牛酒，而包藏禍心，召諸部陰為圖公（指施郎）。公偵知其事，急拔眾走饒平，踞守閱月突圍出，且戰且行，連日夜間關險阻，從弟肇璉、肇序皆隨歿軍中」，勉強拖到粵閩交界的黃岡鎮才得以脫身，投入鄭成功部下。永曆朝廷內實權人物對鄭氏家族舊將既是這樣蠻橫無理，以施福為首的福建將領給鄭成功帶回的訊息就不言而喻了。九-九-藏-書

雲霄之戰以後，鄭成功發兵扼守盤陀嶺，自己領軍圍攻與廣東接境的詔安縣。清漳州總兵王邦俊乘鄭軍西下，進攻盤陀嶺。二十八日晨大霧瀰漫，清軍大舉突擊；鄭軍抵敵不住，中沖鎮柯宸樞陣亡。敗訊傳來，鄭成功被迫放棄圍攻詔安的計劃。這次戰役雙方都損兵折將，控制區也沒有什麼變化。但鄭軍得到了王起俸、姚國泰兩員擅長騎射的將領，成功任命王起俸為鐵騎鎮（不久改為正兵鎮），「教以學射，教以騎馬」，開始組建陸戰的騎兵，這對鄭軍後來的發展起了一定積極作用。read.99csw.com

鄭成功的軍需供應一直是史學界關心的問題。因為他的兵力控制的地區僅限於沿海島嶼和小片濱海地區，靠當地的物力、財力肯定支持不了他的日益擴充的軍隊（最多時達幾十萬人），維持一支這樣龐大的舟師和陸戰部隊，還要養活官兵家屬，需要巨額的銀錢、糧食、木材、銅鐵和火藥等物資。要同據有全國大部分地方的清廷抗衡，他不能不盡量擴充軍隊。那麼，後勤支援是怎樣解決的呢？大致來說，鄭成功的軍事供應來自三個方面：一是他繼承了鄭芝龍開創的海外貿易的壟斷地位，充分利用自己在海上的優勢，把內地的出口物資通過秘密渠道運往海外，取得巨額利潤，這大概是他解決軍費的主要辦法。由於東南各省已被清軍佔領，這種對外貿易基本上是以秘密走私方式進行，現存清方檔案中的片段材料可以證明其規模相當大，卻無法窺知其總額和每年利潤的確數。其次，是在攻佔地區徵收糧餉read.9９ｃｓw.coｍ，從一些史料來考察，田賦額和因用兵而徵發的勞役是相當重的，這固然解決了鄭軍的一部分燃眉之急，也極易失去民心。鄭成功攻佔的福建、廣東沿海地方往往很快淪陷，這不僅是個兵力對比問題，稅役的畸重（有時根本不能算賦稅，而是赤|裸裸的掠奪）使他難以得到當地百姓的支持。第三，福建泉州、漳州一帶在承平之時就缺少糧食，要從附近省分運銷供應，填補不足，其中相當一部分是從廣東潮州、惠州地區轉販而來。鄭成功通過海上貿易賺到的利潤大抵是白銀和其他物資，解決不了軍民每天必需的糧食供應，因此他幾次出兵潮州，目的主要是搜括糧食。

大致可以說，鄭成功從1646年底開始組建自己的軍隊，到1648年才形成一支對清朝頗具威脅的力量。

1648年（順治五年、永曆二年）四月初十日，鄭成功率領部將洪習山、甘輝等進攻福建同安縣。清軍副將廉彪、游擊折光秋引兵出城迎敵，被擊敗退入城中。十八日，鄭軍直抵城下，清朝知縣張效齡和廉彪、折光秋帶著殘兵敗卒棄城而逃。鄭成功入城后出令安民，委任葉翼云為同安知縣，陳鼎為教諭，號召諸生起義勤王，勸諭百姓繳納糧餉。正在這時，原先奉唐王朱聿入廣州建立紹武政權的總兵林察從廣東逃回，報告了廣西、湖廣等地擁立永曆帝的消息。鄭成功舉手加額說：「吾有君矣！」排設香案望南而拜，從此遙奉永曆正朔。他派隆武朝中書舍人江于燦、黃志高攜帶表文乘船由海道前往廣東，向永曆朝廷報告自己在福建沿海抗清的情況，表示願意在永曆朝廷領導下東西配合，共謀復興。九-九-藏-書

鄭成功的部將主要來自四個方面：一是跟隨他起兵的少數將領，如洪旭等人；二是福建沿海應募而來的有志之士，如海澄人甘輝、漳浦人藍登等；三是跟隨鄭芝龍降清，撥歸佟養甲、李成棟部下進攻兩廣，1648年李成棟反正後由粵返閩的將領，如施琅（當時名施郎）、洪習山、黃廷等；四是清方派駐東南沿海的少數仍懷故國之思的將領自拔來歸。鄭成功對於這些不同出身的將領大體上能做到一視同仁，惟才是舉。特別是在軍事組織上作了精心的改編，防止了將領擁兵自雄、飛揚跋扈的局面。這是他總結了弘光、隆武以來朝廷姑息養奸教訓而採取的堅決措施。正是由於建立了極為嚴格的軍事組織和紀律，鄭成功才成為一位真正的統帥，而不是虛有其名的盟主。

七月，清靖南將軍陳泰、浙閩總督陳錦和福建提督趙國祚派軍進攻同安。守將邱縉、林壯猷、金作裕與知縣葉翼雲、教諭陳鼎協力堅守。至八月十六日城破，邱、林、金陣亡，葉、陳被俘，不屈被殺。清兵屠城，「血滿溝渠」。鄭成功在銅山接到同安告急文書，親統大隊舟師來援，因北風正厲，船行受阻，五天後才到達金門，同安失守的消息傳來，他為死難者痛哭遙祭，悵悵然回師銅山。這年福建瀕海地區鬧大災荒，一斗米價格近千錢，約為平年的十倍。鄭成功和鄭彩組織大批船隻前往廣東高州（今廣東茂名）明思恩侯陳邦傅轄地購買糧食，在軍事上沒有什麼作為。直到次年（1649，順治六年，永曆三年）九月，清雲霄營副將張國柱御下刻薄寡恩，部下千總王起俸帶領幾名親信乘船來銅山向鄭成功投降，表示願意充當攻取雲霄的嚮導。十月，鄭成功領軍直入雲霄港，初十日從白塔登岸，分兵三路：左先鋒施郎、援剿左鎮黃廷、前沖鎮阮引、正兵營盧爵由左而進；右先鋒楊才、援剿右鎮黃山、后沖鎮周瑞、左沖鎮林義、右沖鎮洪習山由右而進；鄭成功自己帶領戎旗中軍康明、中沖鎮柯宸樞、親丁鎮張進由中路推進。清雲霄守將張國柱命中軍旗鼓姚國泰守城，自己領兵出城五里迎戰。初十日午時兩軍相遇，張國柱被鄭軍左先鋒施郎部下副將施顯砍傷，落水而死，兵員潰散，鄭軍乘勢攻克雲霄，俘姚國泰。九-九-藏-書