當時的情況表明永曆朝廷已經接近於瓦解，從上到下是一片混亂。清軍佔領廣州和桂林，形勢固然危急，但在兩廣地區南明還有一些軍隊據守著殘疆剩土。杜永和等在廣州失陷后航海到瓊州府（今海南省）；南陽伯李元胤還活動於廣東欽州、廉州；清軍在佔領兩省省會之後也需要一段時間休整。可是，朱由榔生性懦弱無能，一有風吹草動立即「起駕」逃難。他從梧州竄往南寧時，根本沒有作留守地方的任何部署，像普通百姓一樣只知逃命要緊。「移蹕」后，梧州竟然「空城三月」，次年正月孔有德遣左翼前鋒馬驥接管梧州，二月命總兵馬蛟麟鎮守該地。跟隨永曆帝逃難的只是內閣大學士嚴起恆、錦衣衛馬吉翔、太監龐天壽等少數官僚。由於撤退時的漫無組織，亂兵乘機劫掠，一些有心追隨朝廷的官員也裹足不前。原先聚集於兩廣的朝廷和地方官員大有樹倒猢猻散之勢。除了鎮西將軍朱旻如在昭平縣同清軍格鬥而死，被革職的朝臣汪皞投水自盡以外，其他未隨駕的官員有的降清，有的竄入深山，有的剃髮為僧。如大學士唐諴、戶部侍郎張尚、大理寺丞吳德操、廣西巡撫余心度、督糧參議魏元冀等均先後降清；原戎政尚書劉遠生及其弟劉湘客等避入深山，魯可藻、錢秉鐙、王夫之等人都是在這時脫離永曆朝廷返回清政府統治下的故鄉以明朝遺民自居。「山中宰相」方以智、原給事中金堡做了和尚。以風節自命的「五虎」首領袁彭年（左都御史）和丁時魁再次降清，都自稱1648年在廣州反正是被李成棟所逼迫。袁彭年在廣東向尚可喜等人投降，獻上贓銀八百兩，得保殘生；丁時魁在廣西降清，向孔有德搖尾乞憐，被任為清廣西學道。ｒｅａd•９9cｓw•ｃｏm九-九-藏-書九_九_藏_書

1650年（永曆四年，順治七年）十一月，清尚可喜、耿繼茂部攻克廣州，孔有德部佔領桂林，駐于梧州的永曆君臣在同一天里得到兩省省會陷落的消息，立即亂成一團。朱由榔在十一月十一日倉猝登舟，向南寧逃難。經過潯州時，慶國公陳邦傅已經決定投降清朝，準備邀劫永曆帝獻給清方。朱由榔得到報告，「沖雨而過」，脫離了危險。陳邦傅沒有抓到永曆帝，就把從平樂戰敗後撤到潯州地區的明宣國公焦璉刺殺，將其首級獻給孔有德作進見禮。九_九_藏_書

永曆朝廷逃往南寧后，仍有一部分明朝將領在廣東、廣西沿海地區堅持抗清。原守廣州的杜永和部乘船渡海撤往瓊州（今海南省）；在欽州龍門島一帶有鄧耀部、上下川島有陳奇策部、文山村一帶有王興（綽號繡花針）部。明督師大學士郭之奇、兩廣總督連城璧于艱苦蹶竭中聯絡各部義軍儘力同優勢清軍相抗衡。南陽伯李元胤不忍心看到其義父李成棟反正來歸的廣東全省重新淪陷，又不願意撤入陳邦傅控制的廣西，自告奮勇前往高州、雷州準備收合餘燼，同清軍再決雄雌。順治八年（1651），他在欽州防城被士兵王勝堂擒獲，押送到廣州。耿繼茂勸他投降，他堅決拒絕；又勸他寫信招降瓊州的杜永和部明軍，李元胤大義凜然地回答道：「事不成，已為辱國，乃欲敗人事耶？」幾天後，他聽說杜永和率部降清，痛哭流涕，日夜請死。耿繼茂下令將他殺害，一同遇難的還有李成棟另一養子明安肅伯李建捷。九*九*藏*書