魯監國和他的文武官員、隨從軍隊南下福建廈門、金門地區之後，同鄭成功的關係是南明史上一個比較複雜而微妙的問題。文獻的記載由於有的出自親鄭文人筆下，有的出自擁魯官員的描寫，在口徑上往往出現很大的差異。就實際情況而言，魯監國和鄭成功都是自成系統的抗清復明勢力，談不上誰管轄誰。舟山失守后，魯監國為首的官員和軍隊沒有立足之地，借居於鄭成功的控制區，本是一種渡過難關的權宜之計。張名振在這年年底給朱之瑜的信中說：「別後狡虜窺關（指定關，即定海），三路並至，不意盪胡以輕敵陣亡，虜騎遂得飛渡。不佞直指吳淞，幸獲全捷，而孤城（指舟山城）援絕，死守十日，竟為所破。不佞闔門自焚，而全城被僇矣！奈敗軍之餘，尚思卷土，但慮勢力單弱，遂揚帆南下。正月已抵廈門，國姓公眷顧慇慇。近在整頓軍營，明春三、四月，必去舟山矣。」張名振是魯監國政權的主要將領，他的這封書信不僅對舟山失利作了準確的敘述，更重要的是表達了借居金、廈以後，他和同事們正在「整頓軍營」，準備捲土重來，將於次年三、四月間收復舟山群島。但是，鄭成功另有考慮，他採取的措施是把魯監國及其文臣變成自己的「寓公」、「賓客」，對魯監國的軍隊則採取容納和逐步改編的方針。張煌言和曹從龍都是魯監國政權的兵部侍郎，後來煌言在《曹雲霖中丞從龍詩集序》中回憶道：「歲在壬辰（1652年，順治九年），予避地鷺左（即廈門），雲霖儼然在焉，歡然道故。予時欒欒棘人耳，不敢輕有贈答；而雲霖囊中草多感時悲逝，亦不肯輕以示人。」這恍如復明志士在清統治區內的境遇，國姓爺對魯監國諸臣監視之嚴可想而知。對於魯監國的將領，鄭成功一方面保留他們原來的爵位，另一方面又把他們納入自己的軍事編製，如派張名振管水師前軍，周鶴芝管水師后軍，阮駿任水師前鎮。親鄭史籍如阮曼錫《海上見聞錄》根本不提魯監國，在永曆五年（1651）十二月下直書：「定西侯張名振、平夷侯周鶴芝、英毅伯阮駿等自舟山來歸，俱授水師鎮。」不少史學論著受這種影響，誤以為魯監國的兵將南下金、廈之後，都變成了鄭成功的部下。實際情況並非如此。應當說有一部分兵將轉入了鄭成功藩下，而以張名振為首的大多數魯監國兵將仍然保持自己的系統。在大敵當前的形勢下，雙方都承認偏處西南的永曆皇帝為正統，大體上維持著相互依存的同盟關係。

朱以海和他的高級將領作出這種部署，顯然是出於以下考慮：他們估計清軍水上作戰能力很差，大將阮進精於海戰，可以在海面擊敗來犯之清軍，確保舟山無虞；而乘江蘇、浙江清軍主力齊集定海，進軍長江口，將使清軍陷入進退兩難的處境。這正如《海東逸史》所記：「王以蛟關未能猝渡，親帥舟師搗吳淞，以牽其勢，盪胡伯阮進居守。」現收入《張蒼水集》內的魯監國《祭海神文》（張煌言代草）正是朱以海親自率軍北攻吳淞時的一篇重要文獻，文中說：「予起義于浙東，與薪膽俱者七載，而兩載泊於此。……今義旅如林，中原響應，且當率文武將吏，誓師揚帆，共圖大事。潔誠備物，致告行期。啟行之後，日月朗曜，星辰爛陳，風雨靡薄，水波不驚。黃龍蜿蜒，紫氣氤氳，棹楫協力，左右同心，功成事定，崇封表靈。……」張煌言後來寫的《滃州行》里也詳細描述了當年舟山失守的情況，其中幾句是：「圻時帝子在行間，吳淞渡口凱歌還。誰知勝敗無常勢，明朝聞已破岩關。又聞巷戰戈旋倒，闔城草草塗肝腦。忠臣盡痤伯夷山，義士悉到田橫島。」很明顯，魯監國和張名振等率師親征吳淞是針對清軍齊集定海而採取的圍魏救趙之計。黃宗羲在記載這一戰役時含糊其辭地說：「虜會浙、直之兵寇行朝，……行朝聞之，定西侯張名振、英義將軍阮駿扈上出舟山，登舟泊道頭（道頭即在舟山群島）」，給讀者以避戰先逃的印象。據當時正在行間的太常寺卿任廷貴記載：「八月，戒嚴甚。二十日王攜世子欲登舟，名振諫曰：臣母耄年，不敢輕去，恐寒將士心。主上督率六師，躬環甲胄，是為有辭，世子豈可遽去？將為民望耶？遂不果行。」從魯監國出征時宮眷和大學士張肯堂以下的朝廷官員都留駐舟山、張名振的親屬五十余口也留在舟山，可以判斷黃宗羲的說法帶有很大的偏見。ｒead•９9ｃsw.coｍ

1652年（順治九年，永曆六年，魯監國八年）三月，朱以海決定放棄監國名義，派使者上表給永曆朝廷。這就是張煌言所說：「適滇黔之擁戴，是用歸藩。」在共戴永曆的旗幟下，唐、魯之爭基本上化解了，代之而起的是鄭成功同永曆朝廷的若即若離。魯監國政權留下的文官武將如張名振、張煌言、徐孚遠等人在內心裡比鄭成功更效忠於永曆帝，只是由於關山阻隔，自身力量又比較單薄，處境相當困難。這表現在一方面他們希望同鄭成功保持良好關係，共赴國難；另一方面又得防止鄭成功把自己有限的兵力悉數吞併，甚至撇開永曆朝廷同清朝媾和。總之，魯監國朱以海和忠於他的文官武將在南下金、廈之後，同鄭成功維繫著一種帶有依附色彩的同盟關係，他們從來不承認自己是鄭成功的部屬。1658年（順治十五年，永曆十二年）徐孚遠偕永曆朝廷兵部職方司黃事忠、都督張自新航海取道越南赴昆明朝見，途中為安南國所阻，徐孚遠給安南國王的信中就說：「同賜姓藩大集勛爵，結盟連義于閩島，與賜姓藩為寮友。」這種同盟關係在張煌言詩文集中也可以得到許多印證。

1652年（順治九年，魯監國七年，永曆六年）正月，鄭成功同意魯監國朱以海和部眾進駐廈門，隨行的有定西侯張名振、大學士沈宸荃、「兵部右侍郎張煌言、曹從龍、太常寺卿任廷貴、太僕卿沈光文、副使馬星、俞圖南、少司馬兼大理寺卿蔡應昌、任穎眉、兵部主事傅啟芳、錢肅遴、陳藎卿、張斌、葉時茂、林泌、侍讀崔相、中書丘子章、賜蟒玉侍郎張沖符、行人張吉生、張伯玉、總兵張之先等，錦衣衛楊燦、內官陳進忠、劉玉、張署、李國輔、劉文俊數人而已」。由於鄭成功不承認魯監國政權，見面禮節成了問題。鄭成功同幕僚人士馮澄世、潘庚鍾等商議后，決定自己以隆武帝曾授予的宗人府宗正的身分出面接待。這意味著把朱以海當作明朝宗藩，只保護他的人身安全和在生活上給予優遇，不讓他作為恢復明朝的正統象徵。不久，朱以海被移往金門居住。ｈｔｔps://ｒead•９９ｃｓｗ.ｃｏｍ

八月二十日，陳錦、金礪、劉之源、田雄和定海總兵張傑率軍登上戰船。次日晨大霧瀰漫，清軍乘潮蜂擁渡海。舟山群島明軍立即于各山頭傳烽告警，集合戰船，由盪胡侯阮進統領迎敵。雙方相遇于橫水洋（指舟山島與岑港即冊子山、瀝港即金塘山二島之間的海峽），炮火交加，戰況極為激烈。阮進身先士卒，指揮所乘戰船直攻清軍統帥金礪的座船。他把火球扔向金船，不料火球撞在金船的桅杆上反彈回來落入自己的戰船上，頓時引起大火。阮進被火燒傷，棄船跳入海中，被清軍擒獲，第二天，因傷重而死。海戰既以明軍失利告終，清軍就在當天下午進抵舟山，分一半兵員登陸攻城，一半兵員留在戰船上作攔截回援明軍和機動之用。在強弱異形的情況下，舟山城中的明軍將領如安洋將軍劉世勛、都督張名揚仍然奮不顧身，率領營兵五百名、義勇數千人背城力戰，給予清軍很大殺傷。當時，明、清雙方主帥都認識到舟山城的得失是至關重要的。從八月二十二日激戰至九月初一日，明總兵金允彥（張名振麾下中軍）見城中火藥已盡，縋城出降；巡城主事邱元吉也接著降清。城中守軍在危急關頭志不稍減，把邱元吉的兒子斬首傳示四門，激勵眾心。魯監國和張名振、張煌言統率的主力雖然取得了在海上阻擊浙江台州清軍和江蘇吳淞清朝水師的勝利，「南北應敵師皆幸勝」，忽然接到阮進陣亡、舟山危急的報告，火速回援。但在舟山海域遭到清方留船軍隊的頑強阻擊。清浙江福建總督陳錦在一份奏疏里描述了當時的戰況：清軍抵舟山道頭后，「其城下水寨賊船見我兵奮勇，即出外洋守口；城中賊黨閉門抗拒，疊次招撫，怙惡不從。職會同固山額真金礪、劉之源等隨發兵一半登岸圍城，一半存船禦敵。逆魁張名振等擁護偽魯在船，終日乘潮救應。存船官兵竭力堵御，旬日之內，晝夜不懈。……」九月初二日，圍城清軍採取挖城豎梯戰術，從舟山城西面突破明軍防禦，蜂擁入城。劉世勛、張名揚、馬泰率領部下將士英勇巷戰，力盡陣亡，舟山城遂告失守。明魯監國正妃陳氏等投井而死，西宮妃榮氏和世子留哥被清軍俘獲；大學士張肯堂、禮部尚書吳鍾巒、兵部尚書李向中、工部尚書朱永祐、通政使鄭遵儉、兵科給事中董志寧、兵部職方司郎中朱養時等都自殺殉國，在南明史上寫下了壯烈的一頁。此外，也有一些文官武將為形勢所迫歸順了清朝。據陳錦向清廷報告，清軍佔領舟山以後明魯監國下「偽總督部院李長祥、偽伯及偽將軍章雲飛、尹文舉、蔡應選、塗登華等；偽總兵金允彥等，偽禮部丘元吉、偽戶部孫延齡、倪三益等；偽太僕寺李師密，偽兵部中軍周士禮，偽副、參、都、守周名臣、鄭國化、王培元等」先後降清，「俱分發內地善行安插矣」。https://read.99csw.com

魯監國扼守舟山聯絡內地復明武裝開展抗清運動，既對江浙清朝統治構成威脅，又牽制了清軍主力不得進入福建，為鄭成功的擴充力量創造了條件。清朝當局對此甚感頭痛，經過一番策劃以後，決定在進攻舟山之前，先對四明山寨抗清義師展開大規模的掃蕩，以免大軍出海，內地蜂擁而起。1650年（順治七年，永曆四年，魯監國五年）九月，清將固山額真金礪、提督田雄等調集兵馬分別由奉化、餘姚進入四明山區搜剿，魯監國委任的兵部右侍郎馮京第被擒遇難。經略直、浙兵部左侍郎兼左副都御史王翊見清軍勢大難敵，航海往舟山，準備趁清軍主力聚集於大蘭山之機，會合王朝先率舟師攻杭州。他到達舟山時，王朝先已被張名振、阮進擊殺。1651年，王翊回到四明山中，這時山中諸義師有的被清軍剿滅，有的被嚴我公招降。七月二十四日，王翊被清政府團練兵俘獲，八月十二日在定海就義。

清軍在大體上平定了四明山區的抗清武裝以後，就著手部署大舉進攻舟山，摧毀魯監國政權。1651年（順治八年，永曆五年）清浙閩總督陳錦、平南將軍固山額真金礪、固山額真劉之源、提督田雄、浙江巡撫肖起元會商進攻舟山機宜。經清廷核准后，公議由提督田雄先於六月十二日從杭州帶領兵馬前往定關，同定海總兵張傑會合，一面繼續搜剿大嵐（即四明大蘭山區）的抗清義師，一面料理船隻，作好渡海準備。七月十三日，固山額真金礪、劉之源統師由杭州經紹興、寧波往定關；同月十九日總督陳錦率軍由衢州出發，經台州、寧波至定關。除了上述軍隊擔任進攻舟山的主力以外，陳錦等還命金華總兵馬進寶為總統，帶領水陸兵由台州乘船北上；並經清廷批准檄調吳松水師總兵王燝率部南下，預定八月二十日三路會攻舟山，企圖一舉殲滅明魯監國全軍。八月中旬，清軍雲集定關，舟山戰役即將開始。

不久，在舟山又爆發了張名振同王朝先的衝突。王朝先原來在舟山受到肅虜侯黃斌卿的壓制，內心深為不滿，才同張名振、阮進策劃了刺殺黃斌卿的行動。魯監國對張名振非常信任，委以節制諸軍大權，王朝先又感到不公平，聲稱要公開宣傳襲殺黃斌卿的主謀是張名振。由於在舟山黃斌卿的舊部尚多，張名振惟恐導致內變，就同阮進密商，先發制人，在1651年二月乙卯日早晨由阮進派健卒沖入王朝先帳中。「朝先未衣，奮奪刀，殺進數人，勢不敵，走閣部張肯堂邸，肯堂請避入內室。朝先顧身裸不肯入，反與進對仗庭中」，結果被追卒殺害。事後，張名振即將謀害黃斌卿的責任推到王朝先身上，說他「擅殺斌卿，忘誼不赦」。但是，事情並未因此了結，王朝先的部將張濟明、呂廷紀憤恨不平，逾牆墜城，奪得船隻駛往寧波向清總兵張傑投降，告以舟山虛實，願意充當響導。九九藏書

在這「山雨欲來風滿樓」之際，魯監國召集文武群臣會議，商討堵御對策。決定留盪胡侯阮進帶領水師扼守定關海域，安洋將軍劉世勛、都督張名揚、中鎮總兵馬泰等領兵三營防守舟山城；魯監國和兵部侍郎張煌言、定西侯張名振分別率領軍隊乘船南北出擊，企圖使清軍陷於顧此失彼的困境。具體部署是：「張名振督張晉爵、葉有成、馬龍、阮美、阮驥、方簡等遏南師；張煌言、阮駿率顧忠、羅蘊章、鮑國祥、阮騂、鄭麟、李英傑、符文煥等斷北洋。」

魯監國、張名振、張煌言、阮美、阮駿等人痛惜舟山失守，但已無可奈何，被迫移舟南下溫州海域的三盤，這裏原是周鶴芝部的駐地，「有房可居，有險可恃」。由於缺乏糧食，張名振等派兵船到溫州府屬的黃華、龍灣一帶搜括。陳錦乘機命金衢總兵馬進寶統兵攻克三盤，焚毀島上的房屋棚廠。朱以海、張名振等又南下沙埕；「沙埕而南即是閩洋海道，非浙中水師所能熟識」，清浙閩總督陳錦命令福建兵將在閩安一帶堵剿，同浙江金衢總兵馬進寶合擊。魯監國和他的部將在舟山失守后，士氣大為低落，儘管他們的兵力還相當可觀，但是基地的喪失帶來了糧餉、住房的困難；親屬的被俘殺又在心理上造成難以言喻的隱痛。在海上飄泊無定的生活導致了部分將領對前途失望，都督靜洋將軍張英，都督掛印總兵阮述、阮玉，新襲盪胡侯阮美（即阮進之弟），都督總兵阮捷、魏賓等先後赴福建閩安向清方投降。張名振帶領其他兵將保護魯監國乘船來到海壇島，這裏已屬於鄭成功據守的範圍。鄭成功原是尊奉隆武帝，後來遙奉永曆帝，一直不承認魯監國的正統地位。朱以海和擁戴他的定西侯張名振、平夷侯周鶴芝、英義伯阮駿等在浙江沿海站不住腳，沒有自己的地盤的情況下，進入鄭成功的勢力範圍是迫不得已的。

除了清方進行的策反活動以外，魯監國政權內部還存在一些不穩定因素。1650年（順治七年，魯監國五年），周瑞和周鶴芝在三盤鬧矛盾，魯監國派巡按吳明中去調解。不料，吳明中「原為清官，為賊所獲」，是個潛伏在義師內部的姦細。他到達三盤后，乘機火上加油，大肆挑撥，二將互不相容，周瑞引兵南下福建投靠鄭彩，後來成為鄭成功的部將；周鶴藝則帶領所部兵船北依阮進。

魯監國進駐舟山以後，擺脫了鄭彩的控制，戰略上也由恢復福建改為經營浙江。當時，張名振、阮進、王朝先等部駐于舟山；閩安伯周瑞、平虜伯周鶴芝屯于九*九*藏*書溫州的三盤；寧波府四明山寨的王翊、王江、馮京第等義師同舟山相呼應。以魯監國為首的兵力還相當強盛，特別是舟山群島地理位置十分重要，對清廷在江浙地區的統治構成重大威脅。

清攝政王多爾袞眼見在江西、廣東、山西、陝西等地的大規模反清復明運動之後，滿洲八旗兵被拖得疲憊已極，加上清軍不熟悉海上作戰，因而對魯監國政權採取了政治上招降瓦解、軍事上利用漢軍進攻的對策。1649年（順治六年，魯監國三年）正月，江南江西河南總督馬國柱報告：「舟山偽僉都嚴我公率知府許珖等投誠，並獻進剿機宜，願充嚮導。」多爾袞如獲至寶，立即讓馬國柱把嚴我公送到北京，親自兩次召見，授予都察院右副都御史招撫沙埕舟山等處招撫使，攜帶敕書前往浙江招降明方文武官員。嚴我公即以清朝欽差大臣的身分派遣使者進入四明山寨和舟山群島到處遊說。在他的策動下，這年三月魯監國所封開遠侯吳凱降清，九月清廷封吳凱為沙埕侯、總統沙埕、舟山、大嵐、東白海島軍務總兵官。接著，魯監國下義安伯顧奇勛降清，被封為舟山伯、舟山總兵。隨同降清的明開平將軍姜君獻被任為歸義將軍，安遠將軍王用升為懷義將軍，翼義將軍陳龍為慕義將軍，總兵陳德芝為招撫（即嚴我公）標下右營總兵、雷虎彪為後營總兵、楊子龍為前營總兵，明副使呂一成為沙埕監軍副使，高樹勛為舟山監軍副使，「俱賜敕印並貂帽蟒袍等物」。次年（1650）正月和四月，嚴我公又疏報招得定遠侯石仲芳、昭武將軍田得坤、忠勇將軍沈乘龍、虎賁將軍胡茂芳、定一將軍陸鳴時等多人。順治六年二月初三日，清「皇父攝政王」多爾袞還發出了「與大蘭山吳大將軍諭旨」，其中說：「將軍果投誠歸順，予必使將軍富貴無極，子子孫孫世世不絕，山河帶礪，與國同休。」這些事實都表明清廷因自身兵力不足，不得不採取高懸爵祿的方式，連魯監國濫發敕印授予的官爵只要來降就保留其原官原爵。清廷通過嚴我公的活動，僅發出一批空頭敕印就招來了魯監國下一批不穩定分子，對於掌握浙東抗清勢力的虛實，動搖人心起了不小作用。但光靠這一手解決不了問題。一是魯監國的主要將領張名振、阮進等人堅貞不移，四明山寨的主帥王翊也把嚴我公派來的使者付之湯火，嚴我公對多爾袞誇下的海口無從兌現。另一方面，招來的一批「高官顯爵」既沒有多大實力又沒有糧餉，引起了清朝地方當局的不滿，他們心懷妒意，又難於安插。順治七年四月，清浙閩總督陳錦上疏說：「我公等見行事宜，不便有八。」兵部稱讚為「誠為確論」。甚至嚴我公也承認「天恩過厚」，「緣系招撫鎮臣太多」。這場招撫鬧劇才草率收場。