楊畏知之死，充分暴露了孫可望的野心，他要的只是永曆朝廷這塊招牌，一切生殺榮辱的大權都攬歸自己。這不僅加深了永曆君臣的畏懼，也引起原大西軍主將李定國、劉文秀等人的不滿。這年十一月，清軍逼近南寧，永曆帝召集廷臣會議何去何從。有的人建議逃往兩廣海濱依靠李元胤的殘兵敗卒；有的主張遷入越南避難；也有的提議航海往福建投奔鄭成功；掌錦衣衛事文安侯馬吉翔和太監龐天壽極力主張前往雲南依賴原大西軍，首輔吳貞毓由於自己曾經反對封孫可望為秦王，這時顧慮重重，不敢決策。特別是永曆帝本身就「不欲就可望」。孫可望派來的護衛將領賀九儀見朝廷議論紛紛，多不願依靠近在咫尺的原大西軍，他憤憤不平地入朝對廷臣說：「昔秦王為請移蹕滇黔，特命我扈駕。今諸臣既各疑貳，我豈能擔此重任乎？」隨即拔營而去。十二月初十日，清軍線國安部佔領南寧。永曆君臣經新寧州（今廣西扶綏）乘船溯左江逃至瀨湍（在今廣西崇左縣東），由於上游水淺，「盡焚龍舟重器」，派禁兵抬輦由陸路逃難，經龍英（今廣西大新西）、歸順（今廣西靖西）、鎮安（今廣西德保）竄至桂滇交界處，遇上原大西軍狄三品、高文貴、黑邦俊部才轉危為安。南寧失守后，永曆朝廷基本上已經沒有自己的管轄區了，從此一直駐于原大西軍接管的地區內。

三月，朱由榔被迫正式承認了陳邦傅、胡執恭矯封孫可望為秦王的敕書和金印。孫可望也上疏謝恩說：

1652年（永曆六年，順治九年）正月初一，永曆帝和他手下為數不多的臣子、眷屬在雲南省最東邊一個名叫皈朝的村子里度過了傳統的節日。半個月後移到了廣南府（今雲南省廣南）。孫可望接到報告后，經過再三斟酌決定把朱由榔及其隨行人員迎往貴州安隆千戶所城居住，派副總兵王愛秀帶兵護送，呈上的奏疏中寫道：

這種新情況的出現，如果能夠有效地利用本來是可以把全國的抗清鬥爭推上一個新階段。因為，自從清兵南下之後，滿洲貴族加緊推行民族征服和民族壓迫政策，激起了漢族士民的激烈反抗，導致民族矛盾上升為全國的主要矛盾。然而，儘管各地的抗清鬥爭風起雲湧，卻差不多都以失敗告終。失敗的根本原因在於南明朝廷自身的腐敗，內部紛爭離析，名義上從屬朝廷的各種抗清力量之間，以至於某一個抗清團體的內部，總是矛盾重重，相當大一部分可以用於抗清的力量在內部衝突中被消耗了。改變這種局面，需要兩個條件：一是利用漢族紳民長期存在的正統思想，以朱明皇帝作為號召和團結各種抗清勢力的旗幟；一是要有一支擁有相當實力又忠於抗清事業的力量作為核心。具體來說，永曆皇帝就是當時惟一適合的旗幟，而孫可望為首的原大西軍經過改編和養精蓄銳之後，正是支撐、團結各種抗清勢力的核心。道理很明顯，只有以永曆朝廷為正統，以復明為號召，孫可望等的西南抗清力量才能同東南沿海的鄭成功抗清義師團結起來；各地漢族官紳士民的反清派是以恢復明朝為宗旨的，他們中間的許多人對原屬農民軍的孫可望、李定國、高一功、李來亨等懷有很深的ｒｅａｄ•9９csw•cｏｍ偏見，在這種情況下，拋開永曆朝廷就不可能達到號召遠近的目的；甚至為了使原屬大西、大順這兩支農民軍的武裝（還有曾屬農民軍的混十萬馬進忠等人）在抗清鬥爭中實現有效的聯盟，也必須借重永曆朝廷。從另一方面說，永曆朝廷畢竟是腐朽沒落的明王朝的延續，對人民的敵視，內部的腐敗和勾心鬥角已經成為深入骨髓的痼疾。當它還擁有直屬自己的地盤和兵力的時候，無論是對大順軍還是對大西軍都採取暗中防範、明加排斥的方針，雙方的關係往往陷入僵局，導致喪師失地。在清軍追擊下，永曆朝廷有限的實力和地盤喪失一空，被迫投奔原大西軍，實際上是來了一次大換血。這樣，推進抗清鬥爭所必要的兩大要素才有可能真正結合起來。

十二月初三日，朱由榔在南寧見情況緊急，無兵無將，轄地全失，已經走投無路了，才不得不把希望寄託于原大西軍和原大順軍。這月二十一日首席大學士文安之自請往四川督師，以太子太保兼吏、兵二部尚書，賜尚方劍節制以原大順軍為主體的川中諸將。同時派編修劉為使者封孫可望為冀王，讓他派兵入衛。按明朝制度，一字王為親王，二字王為郡王，永曆帝到危難關頭決定破格封孫可望為一字王，卻不同意真封秦王，原因是明初朱元璋的次子朱樉受封秦王，位居諸藩之首，傳世二百多年，需要避免重複，也有恩自上出的意思。孫可望卻因為用秦王名義發號施令已久，不願拆穿早已謄黃公布的「偽敕」，拒不接受。楊畏知勸他接受冀王封號，說「假王何如真王」，孫可望置之不理。

然而，可能性並不一定能夠成為現實。當永曆帝已經被安置於籠中以後，孫可望作為主角登場了，事實證明他沒有演好，他不懂舞台上的主角並不一定是劇情中地位最高的人。對於孫可望的秉政，我們應該有個全面的認識。一方面，他在明清之際的政治風雲中確實是出類拔萃的人物，治理軍國大政表現了非凡的才能；另一方面，他對權力和地位的慾壑難填使他利令智昏，無法做到高瞻遠矚，正確地駕馭全局。就治軍治國的才能而言，他在順治三年冬（1647年1月）張獻忠遇難後接過元氣大損的大西軍領導權，開疆闢土，把久歷戰亂的雲南治理得相當不錯。在接管貴州后，也在短期內就把這個貧瘠的省份治理得井井有序，生產迅速恢復。自然，治理雲貴地區不能全部歸功於孫可望一個人，但他作為最高決策人所起的作用則不容低估；同樣，李定國在順治九年以後取得的輝煌戰果同在雲南的休整和後勤支援也是分不開的。

1649年（永曆四年，順治七年）正當孫可望部署原大西軍由雲南入貴州，開赴四川、湖南抗清前線時，清軍向永曆朝廷管轄下的兩廣地區展開了大規模的進攻。十一月初四日，清朝平、靖二藩尚可喜、耿繼茂部攻佔廣州；次日，清定南王孔有德部佔領桂林，兩廣地盤土崩瓦解。永曆朝廷的文官武將除了少數慷慨就義以外，叛變投降的比比皆是；稍有民族氣節的如方以智、錢秉鐙等人或是避入深山少數民族居住區，或是披緇為僧，演出了一幕大散場的悲劇。

宸居既是如此簡陋，供應也極為菲薄。孫可望任命親信范應旭為安隆府知府，張應科為總理提塘官。每年給銀八千兩、米六百石供永曆君臣、隨從支用。「帝以不足用為言，不答」。范應旭、張應科「造冊，開皇帝一員、皇后一口，月支銀米若干」。他們還奉命對永曆朝廷的動靜嚴密監視，隨時飛報可望。永曆皇帝實際上處於軟禁之中。連原大西軍領導人物李定國、劉文秀未經孫可望許可都不得直接同永曆帝往來。例如，朱由榔剛遷到安龍的時候，「李定國、劉文秀自稱孫可望之弟，恭候萬安，並進銀幣，食物值可萬計。可望聞而益惡之」。又如，李定國攻克桂林，「報捷于安龍行在。帝以璽書勞慰，極其稱獎。孫可望知之，以為捷不報己而報帝，深恨之」。定國桂林之捷不僅向孫可望作了報告，獻俘也是解往貴陽，不能說是「不報己而報帝」，但定國派使者赴安龍向永曆帝奏捷大概確有其事。孫可望卻認為所有軍國重事都應由自己一手握定，視永曆帝與大將之間文書往來為大忌，足見其心胸偏窄。https://ｒｅａｄ.9９ｃsｗ•ｃoｍ

駐于梧州的永曆帝一天之內接到東西兩省省會失陷的消息，驚恐萬狀。在大學士文安之、嚴起恆等擁簇下於十一月初十日逃往潯州。潯州守將慶國公陳邦傅眼看大廈將傾，決意降清，陰謀劫持永曆帝獻給清方作贄見禮。朱由榔得到密報，不顧傾盆大雨，倉皇竄往南寧，皇帝的鹵簿和隨駕官員都被陳邦傅叛軍搜劫一空。陳邦傅沒有抓到永曆帝，竟把宣國公焦璉殺害，向孔有德投降。

孫可望決策聯明抗清是完全正確的，在聯絡永曆朝廷的初期備受朱由榔及其廷臣的欺騙與刁難也是事實。從他不失時機地派兵救出永曆皇帝，安置於自己的管轄區來看，表明他對永曆皇帝的號召作用是有所認識的。然而，在如何正確利用永曆這面旗幟上，孫可望卻犯了極大的錯誤。他光知道暫時需要利用永曆朝廷，卻不能安置得當，注意維護朝廷的表面尊嚴。

1651年（永曆五年，順治八年）二月，清軍由柳州南下，南寧岌岌可危，永曆朝廷覆亡在即。孫可望急忙派遣賀九儀、張明志領勁兵五千趕赴南寧護衛永曆皇帝，同時也藉此機會逼迫朝廷承認偽敕封秦的合法性。賀九儀、張明志到達南寧后，殺兵部尚書楊鼎和，逼死阻撓封秦的首席大學士嚴起恆。許多南明史籍都說嚴起恆是被孫可望部將擊斃或推入水中淹死，實際上是他負氣自殺。據錢秉鐙記載：「庚寅冬，車駕南幸，明年至南寧。其護衛張明志領鐵騎五千迎駕，徑登公舟，問封滇是秦邪，非秦邪？公正色曰：『汝以迎駕來功甚大，朝廷自有重酬，固不惜大國封。今為此語，是挾封也。豈有天朝封爵而可挾者乎？』明志語不遜。公出舟大罵，躍水而死。可望兵大嘩。從官后至者，土人言公死狀如此。」九九藏書

封秦的爭議總算是解決了，但雙方的矛盾並沒有因此緩和。就孫可望來說，他既需要朱明皇帝這面旗幟，把永曆帝掌握在自己手中，藉以挾天子以令諸侯；又明知朱由榔和忠於明室的朝臣是在山窮水盡的情況下才違心地同意真封秦王。於是，他採取敬鬼神而遠之的策略，名義上尊奉永曆年號，正式自稱秦國「國主」，在貴陽建立行營六部，以范鑛、馬兆羲、任僎、萬年策等為吏、戶、禮、兵部尚書，從而實際上接管了永曆朝廷的權力。永曆帝及其為數不多的廷臣仍想威福自操，對於孫可望的日無朝廷、任意格殺、逼死大臣，難免心懷疑懼。接著，又在楊畏知的問題上進一步激化了雙方的矛盾。楊畏知是忠於明室的，他是陝西寶雞人，和孫可望、李定國、劉文秀等同鄉，又較早和原大西軍合作共事，如果安排得當本可以從中斡旋，減少雙方隔閡。當楊畏知奉孫可望之命來到南寧時，認為賀九儀等逼死首席大學士嚴起恆有傷大體，上疏劾奏二將。永曆帝決定破格授予楊畏知禮部侍郎兼東閣大學士的官銜入朝輔政。這一措施本來是為了加強朝廷同原大西軍將領之間聯絡的紐帶。不料，孫可望得知后大為不滿，命令賀九儀把楊畏知押回貴陽，責問他為什麼擅自接受永曆朝廷大學士職務。楊畏知回答道，既然你已經接受朝廷的秦王封爵，我為什麼不可以接受朝廷的大學士職務。孫可望認定他心向永曆帝，不忠於己，下令把他拖出斬首。這件事在《滇緬錄》內記載得比較詳細：

永曆朝廷在走投無路的情況下，勉強接受孫可望的安排，在王愛秀護送下搬到了安隆千戶所，為了使名字好聽一些，改為安龍府。據江之春記載，「壬辰（1652，永曆六年，順治九年）二月初六日，上自廣西南寧府移蹕貴州安龍府，……時廷臣扈隨者，文武止五十餘人」，加上少數兵丁、隨從人員和家屬眷口也不過二千九百餘人。《殘明紀事》中說：「王自入黔，無尺土一民。」其實九-九-藏-書，更正確的說法應當是：帝無尺土一民，方始入黔。永曆帝和他寥寥可數的廷臣遷入原大西軍余部的控制區，標志著這位南明皇帝被迫把自己和小朝廷的命運完全託付給原大西軍。

當時，原大西軍管轄區內有兩個政治中心，一個是雲南省會昆明，另一個是貴州省會貴陽。前者是原大西軍四將軍長期活動的中心，後者是孫可望以「國主」身分發號施令的場所，這裏建立了屬於孫可望的六部等中央機構，相當於封建時代皇帝的行在。永曆帝遷入原大西軍管轄區后，本來應該駐蹕于昆明或貴陽，以原大西軍建立的政權為基礎逐步改造南明朝廷。孫可望卻沒有這樣做，他完全從個人的利害出發，惟恐把永曆帝迎至昆明后可能受李定國和劉文秀等的影響，自己不便操縱；如果迎來貴陽，不僅自己得定期朝見稱臣，而且重大軍國重務總應在形式上取得皇帝的認可。這對於野心勃勃的孫可望都是難以容忍的。因此，他把永曆帝及其為數不多的廷臣、隨從遷往自己的嫡系軍隊控制下的安隆，這裏原先只是明代的一個千戶所城，地方僻小，居民不過百家。永曆皇帝居住的千戶所公署雖稱行宮，其簡陋程度可想而知。而王應龍在昆明為孫可望「營造王府，用黃瓦，拆呈貢縣城磚石為牆，腳寬六尺。大門外設通政司，立下馬牌，制天子儀仗，殿懸五龍，設螭陛，選有聲音者為鴻臚寺贊禮。顯然有僭稱天子之形」。在貴陽也「大興土木，建立宮殿、樓觀甚美偉。又作行宮十余所于滇、黔孔道，以備巡幸」。清朝初年在湖南、貴州任職的彭而述依據親身經歷寫道，自寶慶（今湖南邵陽）城外三十里的長煙司直至貴州、雲南，每一舍設孫可望行宮一所，如清平衛宮邸「熳爛魁傑，台八九層，榴花亭子布置儼雅，與靖州署同」。這些行宮雖不一定都是新建的，至少也經過維修鋪設。國難當頭，民力凋蔽，孫可望的追求享受，講究排場，實在令人吃驚。這同他撥給永曆帝居住的安龍相比，形成鮮明的對照。