作為全軍主帥的李定國在磨盤山戰役以後，率領部分軍隊向南撤退，崎嶇于雲南邊境地區。他曾經在車裡（今西雙版納傣族自治州）停留了一段時間，又轉移到孟艮（在今緬甸景棟一帶）。由於整個局勢惡化，內部軍心不穩，李定國既指揮不了散處四川、雲南的明軍，又要防止隨從文官武將的變節。1660年（順治十七年，永曆十四年）六月間，廣國公賀九義被他下令亂棍打死。原因是賀九義的妻子被清軍俘獲，清方乘機寫信要挾賀九義投降，賀九義尚在猶豫之中，沒有向李定國報告。李定國得知此事後，判斷賀是心懷兩端，決定立即將其處死。賀九義原是孫可望的部將，他從廣西南寧帶來的近萬名兵馬又是一支實力比較強的從伍，定國對他懷有戒心，為了防止賀九義率部降清，就採取了這一斷然措施。賀九義被杖殺后，他的部下深為不滿，「賀營官兵鼓噪逃出」。李定國又耽心逃出的官兵可能充當清軍嚮導，潛來襲擊，於是，「於九月初五、六兩日將孟艮城裡房子盡燒，孟艮彝人少壯者擄去，弱幼小的殺了。初七日，撤營走景邁、景線，奔偽鞏昌王白文選一處，……合營走木邦緬甸」。被李定國杖死的還有他的親信文官吏部侍郎金維新。金維新有《西行永昌旅次題墨牡丹》詩云：「繁華頓謝三春景，尺幅長留冰雪天。玉宇瓊樓都似夢，郵亭攬筆意凄然。」吐露了他隨軍西撤至保山時意氣消沉，但被杖死的確切原因則不清楚。九-九-藏-書

除了四川地區淪入清方之手外，分散在雲南邊遠地方的不少明朝將領也由於群龍無首，同主力聯絡不上，對前途悲觀失望，紛紛投降清朝。其中如敘國公馬惟興、淮國公馬寶、將軍塔新策、漢陽王馬進忠的兒子馬自德、公安伯李如碧、宜川伯高啟隆等帶領兵馬六七千人撤到滇西北鶴慶、劍川、麗江、蘭州（今雲南省蘭坪縣南）一帶，先後向清朝投降。懷仁侯吳子聖於十二月初一日在永昌府（今雲南保山）投降。此外，降清的還有岐山侯王會、總兵楊成、趙武、史文、鄧望功等率眾四千一百餘人，楊武伯廖魚領兵六百名；文官有東閣大學士張佐宸、戶部尚書龔彝、兵部尚書孫順、侍郎萬年策、大理寺少卿劉泌、兵科都給事中胡顯等；宗室勛戚有岷藩朱企鋘、皇親武靖侯王國璽等。次年（順治十七年）正月，明徵蠻后將軍楊武收得染瘴身死的廣昌侯高文貴（即參加磨盤山戰役的明軍三將領之一）部卒三千餘人向清軍投降；五月，咸陽侯祁三升率領孟津伯魏勇之子魏君重、總兵王有功等兵員七千九百餘人、馬一千三百余匹、象三隻降清。這年七月，吳三桂奏請朝廷批准，把投降明軍分作十營，以馬寶、李如碧、高啟隆、劉之復、塔新策、王會、劉偁、馬惟興、吳子聖、楊威為十營總兵。從雲南邊境地區入降的明軍兵員總數大約在三萬名以上，其中不少擁有相當多的馬匹、器械，能征慣戰的將領也頗不乏人。何況，撤退到邊荒地區之後，因染瘴病死，缺糧餓死，在混亂中逃散的官兵肯定不在少數。如果加上跟隨李定國、白文選轉往滇緬邊境的主力，南明統帥如果能夠指揮得當，在清軍三路進軍時集中兵力殲滅其中一路，整個戰局決不致於這樣混亂不堪，一敗塗地。聯繫到給予追擊清軍以沉重打擊的磨盤山戰役，李定國部署的只是竇名望、高文貴、王璽三將，兵員據一種記載說是六千餘人，由此可見，撤退時缺乏統一部署，各部失去聯繫，是南明軍隊瓦解的重要原因。https://read.99csw.com九_九_藏_書九-九-藏-書

清軍入滇以後，多尼、趙布泰、吳三桂、線國安的龐大兵力集中於雲南，羅托的軍隊駐守貴陽，加上原屬經略洪承疇、吳三桂的部分軍隊留守交通要道，南明戰敗後分駐各地的軍隊不僅很難組織反攻，而且多處於邊境窮荒之地，條件異常艱苦。

上文已提及早在這年閏三月間，明慶陽王馮雙禮率領進入四川建昌的軍隊，由於部將狄三品等叛變，活捉馮雙禮向清方投降。九月，清「川陝總督李國英疏報，收復嘉定一路，招降偽將軍楊國明、總兵武國用，各州縣偽官皆繳印投誠」，「蘆山偽武義將軍杜學率所部偽官六十余員，兵二千余名繳印投誠」。十月，「四川巡撫高民瞻奏報：偽侯郝成裔、偽伯陳建等謀誅首逆高承恩獻土投誠，及偽文武官八十員各繳印劄來歸，川南底定。」這些事實說明當時四川省內的明朝軍隊為數尚多，控制的地區也相當可觀，主要是因為永曆朝廷和九-九-藏-書李定國統率的主力向滇西撤退，節制無人，才在清方招降下自行瓦解。如果李定國決策奉永曆帝由建昌入川，以嘉定、敘府一帶為基地，北取成都平原，東攻重慶與夔東十三家會合，只留少數兵力在雲南邊境聯絡土司牽制清軍，清朝在新定的雲南、貴州兩省必留重兵鎮守，在戰略上極易造成被動。即使清方雲貴主力回師四川，明軍作戰不利，順江而下同鄭成功、張煌言會師的可能性也是很大的。

清軍佔領包括貴州、昆明在內的黔、滇兩省腹心地區以後，南明永曆朝廷已經出現瓦解的形勢。然而，這種局面的形成並不是南明軍隊受到毀滅性打擊的結果，而是永曆朝廷決策失誤所致。從當時的戰局來考察，清軍三路迅速推進，南明軍隊節節敗退，長期經營的大片土地被清軍佔領，明軍在阻擊過程中雖然損失了一些兵將，但並沒有發生大量主力被清軍殲滅的情況。這就說明，明軍的全線失利主要是戰略部署不當。永曆帝倉皇逃入緬甸，李定國在磨盤山戰役后領兵轉入滇南邊境地區，散處西南各地的南明文官武將實際上失去了領導核心，他們既缺乏統一部署，只好自尋出路。

相對而言，在吳三桂軍由貴州進入雲南以後，四川的清軍防禦力量是相當單薄的。李定國在放棄昆明時決策向滇西撤退，沒有帶領主力由建昌入川，是一個重大失策。在這以後，四川大部分地區有半年左右時間仍然在明軍控制之下。1659年（順治十六年）七月十一日，清四川巡撫高民瞻依據川陝總督李國英的指示，派出軍隊由保寧出發，先後收取灌縣、綿竹、什邡、漢州、簡州等地，二十六日進抵成都，守城的明朝總兵劉耀、楊有才、曹昌祚、陳安國、趙友鄢等雜牌軍隊自動撤退，清軍就在當天進入「滿城荊棘」的省會成都。