洪承疇描寫上述雲南慘況採取了「沒頭狀紙」筆法，但顯然說的是滿洲八旗兵和其他清軍一手炮製了這一系列暴行。同年十一月清雲南巡撫林天擎劾奏「廣西提督線國安隨大軍進剿雲南迤西地方，大肆搶掠。及奉旨回粵，姦淫殺戮，暴虐更慘。乞立賜處分。得旨：線國安荼毒雲南地方，搶殺淫掠，情罪重大，著議政王、貝勒、大臣速行嚴察密議具奏」。洪承疇、林天擎不敢直接指斥滿洲八旗兵將，彭而述私下著作中倒是透露了一些他所見到的情況。在《邵兵紀事》一文里記載了清征南將軍趙布泰的驕橫奢侈（趙布泰，鰲拜之兄，或寫作卓布泰，彭而述寫作邵），說他「有弟方貴重，位上卿，舉朝側目」。

清軍入滇后，大肆奸淫擄掠，引起了雲南各族百姓的極大反感。元江府土知府那嵩忠於明室，實力較強，一直以保護地方、抗擊清軍為己任。永曆帝退往緬甸時，特命加升那嵩總督部院銜，巡撫雲南；元江知府一職由其子那燾襲任，又加那嵩之弟那侖為佐明將軍，那嵩為懷明將軍。黔國公沐天波也以次子沐忠亮入贅為那嵩之婿。這些措施表明永曆朝廷希望那嵩能夠聯絡雲南各地土司配合李定國等部共同抗清，恢復雲南。那嵩父子不負所望，他們趁人心未定之時，與總兵孫應科、賴世勛等秘密聯絡降清總兵高應鳳、延長伯朱養恩以及石屏總兵許名臣、土官龍讚揚（或作龍贊陽，是龍在田的從孫）等迤東土司。到這年七月，那嵩認為聯絡已定，公開反清復明。清安遠靖寇大將軍信郡王多尼、平西大將軍平西王吳三桂在九月初已向清廷報告：「沅江土知府那嵩、那燾父子主盟，勾連各土司歃血鑽刀，真正作叛，若不剿除，則地方震動。且李定國將子妻送往沅江府為質，將金銀財物抬送沅江土官，叫沅江並普洱土官由臨安出兵，候大兵出邊進剿，就來搶雲南（指當時的雲南府，即今昆明市）。」九月，許名臣領兵攻克石屏州，那嵩等人也分兵進攻蒙自等地，一時昆明以南迤東各地紛紛響應。當時，清軍雖佔領了雲南主要地區，統治並不穩固。不僅李定國、白文選等南明主力尚在，一些邊遠地區仍在明朝將領佔領之下。經略洪承疇、平西王吳三桂、信郡王多尼等惟恐元江舉事將在各地引起連鎖反應，決定集中兵力迅速平定元江。他們經過會商后，決定由多尼和固山額真宜爾德帶領在滇滿軍一半留守昆明，固山額真卓羅帶領另一半滿軍同吳三桂部於九月二十一日由昆明出發，經通海縣往征元江。二十六日，清軍進抵曲江驛，許名臣和龍讚揚撤回元江。十月初一日，清軍重占石屏州；初九日到達元江，憑藉優勢兵力將該城包圍。那嵩雖曾派兵出城劫營，被清軍擊退。吳三桂命降將楊威到城下喊話，聲稱那嵩只要將高應鳳、許名臣縛獻，就可以仍舊當元江府土知府。許名臣見清軍勢大難敵，要求那嵩接受清方要求把自己交給清軍處置，換取元江軍民的安全。那嵩毅然回答道：「吾三人共事，豈以生死易心乎？」拒絕了吳三桂的要求。吳三桂見那嵩矢志不移，又寫信用箭射入明軍營中，號召元江軍民捆綁那嵩出降，否則屠城。那嵩針鋒相對地射書城外，「備列三桂入關以來罪狀，且署其銜曰：山海關總兵吳三桂開拆。」吳三桂惱羞成怒，揮軍奮力強攻，元江城破。那嵩、那燾父子合家登樓自焚，那嵩、許名臣等自殺，高應鳳、孫應斗等被俘。https://read.99csw.comread.99csw.com

在元江反清運動被清政府鎮壓下去之後，雲南、貴州的少數民族還多次舉兵反清。貴州在1660年（順治十七年）九月有鄭成功派來的使者呂弘聯絡水西權時泰、賀鼎等謀攻貴陽；十一月有馬乃土司龍吉兆、龍吉祥、龍吉佐「負固弄兵，遙為李定國聲援」；1661年九月有劉鼎舉兵反清包圍定番州；1662年（康熙元年）有南京人常金印（據說是明開平王常遇春的後裔）同丁調鼎、倪生龍來到貴州水西，揚言「海上已立新君，國號平順；晉王李定國尚在，諭令起兵」，水西宣慰司安坤、原明匡國公皮熊都參預密謀。1664年（康熙三年）正月，安坤聚眾數萬，以其叔安如鼎為總統，常金印自稱盪魯（虜）大將軍湘平伯，製造印敕旗纛、給散纛付，「勾聚陳鳳麟、高岑、吉士英、米應貴、熊國賢、戴勝、李萬紫、陳國才等連結諸土府潛謀分路起兵」。三月初一日，吳三桂統兵北上，經烏蒙（今昭通）東進畢節、七星關入黔；同時檄令貴州提督李本深統領貴州四鎮兵向大方推進，以收東西夾擊之效。儘管清軍在兵力上佔了很大的優勢，水西的反清運動仍然堅持了半年以上才被吳三桂等鎮壓下去，安坤、安重聖等被擒殺，皮熊被俘年已八十多歲，「面責三桂，三桂不能答。皮熊絕食十五日而死」。就在吳三桂領兵進剿水西的時候，雲南迤東一些土司也準備乘釁而起，他們傳布一種訛言說吳三桂已死於水西之役。1665年（康熙四年）三月，寧州土司祿昌賢，新興王耀祖、嶍峨祿益、王揚祖、王弄土司王朔，蒙自李日森、李世藩、李世屏，石屏龍韜、龍飛揚，路南秦祖根，陸涼資拱，彌勒昂復祖，維摩沈應麟、沈兆麟、王承祖等聯兵反清，明黔國公沐天波的幼孫沐神保被土司藏匿在新興州，王耀祖聯絡各土司的信中說：「今沐氏有子在，事成奉以為主。」明開國公趙印選也被擁戴為號召之資，「眾至數萬，攻臨安，陷蒙自、嶍峨、寧州、易門，圍彌勒、通海、石屏、宜良等州縣，各郡震動」。清雲貴總督卞三元、雲南巡撫袁懋功、提督張國柱調兵進剿，吳三桂也率部兼程趕回，分路擊敗各反清土司。趙印選、祿昌賢、王效祖、王朔、李日森、李世藩、沈應麟等先後被清軍擒殺，直到這年十一月迤東各地方告平定。事實說明，順治末至康熙初貴州和雲南少數民族的反清鬥爭都同復明運動有密切關係。聯繫到孫可望、李定國、劉文秀等統率的軍中都有大量西南少數民族的將領和兵員，可以看出在南明史上少數民族發揮了相當重要的作用，他們同漢族百姓一道為了反對清廷的民族壓迫政策不惜流血犧牲，共同譜寫了悲壯的史詩。九*九*藏*書九_九_藏_書

彭而述作為監司自稱活了五十三歲從來沒有見過這樣窮於應付的差使，文章結尾嘆息道：「噫，衡苦我乎！衡之苦不可言矣！」他寫的往返湖南和雲南的日記里也一再描述了滿洲貴族軍隊或使者過境時的氣焰囂張，如順治十六年六月「丁酉，曉晴，飛檄昆明縣令掃除公廨以待。是夜鼓初下，使者至一裡外，喝聲如雷，人馬羽箭奔騰而來，主人到羊豕無算，霍霍震鄰。余居草屋，離數弓地，永夜喧聒不成寐」。

那嵩、高應鳳、許名臣等人在元江領導的抗清雖然是響應李定國的號召而發動的，在具體行動上卻沒有同定國商量。起事前，高應鳳曾建議派人約李定國移兵北上永昌府，等吳三桂主力西進時，迤東各路義軍乘虛直搗昆明，使吳三桂等部清軍腹背受敵，可收全勝。這一合理建議未被那嵩採納。元江起事時，李定國部駐于孟艮，遭到當地土司的堵截，為了使自己有個立足之地，他被迫把兵力用於平定地方。元江反清的消息傳來時，他深為惋惜，頓足嘆息說：「何不稍待耶！」元江地區的反清鬥爭由於孤立無援遂告失敗。那嵩、許名臣等人的起事，是在整個形勢逆轉，許多明軍將領先後倒戈降清的情況下進行的。他們面對強敵奮勇拼搏至死不悔的鬥爭精神實在難能可貴。九九藏書

順治十六年閏三月下旬，清軍分路追剿南明軍隊，所過之處燒殺搶掠、無惡不作。洪承疇在三月間到達昆明，在四十多天里依據各道、府、州、縣、衛、所的報告，給清廷寫了一份奏疏說：

清朝統治者恬不知恥地把進軍雲貴說成是「救民於水火」，完全是顛倒黑白。順治十七年三月初八日經略洪承疇題本中說：「三月初五日，又准雲貴總督臣趙廷臣手札，內開：雲南近狀大不如上年。每市斗米一石實賣至二十五六兩，沿途窮民有死於道途溝澗，死於寺廟破屋，死於山路田野，死於旁溪曲徑，甚有母食其女，子棄其父，慘不忍言。」相形之下，雲南在大西軍和永曆朝廷治理下連年豐收，「大熟」、「大有」、「百姓豐足」之類的記載不絕於書，直到1656年（順治十三年）仍是「是歲秋成大有，民食有餘」。1658年（順治十五年）元旦，清軍入滇前夕雲南「兵民忙忙過歲，戊戌元宵仍放燈火花炮，甚似太平」。由此可見，雲南社會生產受到嚴重破壞，百姓遭難，完全是以征服者自居的清軍任情搜刮所造成的。