從9月8日開始，腓特烈的艦隊中相繼有人倒下。艦隊只好轉頭返回母港。回港以後，染病者的數目不斷增加，腓特烈的大將中有一位因染病而死，而皇帝自己的身體也每況愈下。

兩個月後的1227年3月，霍諾留三世離開了人間。新教皇于第二天獲選。57歲的格列高利九世，與前九九藏書任相比，有著截然不同的火爆性格。教皇上任后首先面臨的就是與年輕自己20多歲的腓特烈二世性格的衝突。格列高利意志堅決，要全力鞭策皇帝出兵東征。

信一開始就是一段典型的措辭：作為世上羔羊牧者的教皇，祝願羔羊的心中平安，而皇帝只有實現上帝的期望，httpｓ://ｒｅaｄ•99csｗ•ｃｏm平安才會真的降臨。信中強調，如果腓特烈不發兵東征的話，教皇就將對其處以開除出教會的絕罰。

蒙在鼓裡的格列高利九世，已經決意以絕罰為武器來鞭策皇帝。腓特烈只好決定率軍出發了。由於皇帝和蘇丹還在為正式協議進行緊密的磋商，東htｔｐｓ://ｒｅad•９９ｃｓw•coｍ征的宣言自然也就成了一次走過場的儀式。

無奈的腓特烈只得讓條頓騎士團團長赫爾曼率領800名騎兵，乘坐20艘槳帆船，先行前往東方。皇帝自己則給教皇寫信說明延期出行的原因，乘船前往那不勒斯附近的伯喬利港，在這一溫泉療養地休整。

腓特烈在集結軍隊同時進行秘ｈttｐs://rｅad•９９ｃｓｗ.ｃｏｍ密和談的工作，令人想到了同時代的聖人阿西西的方濟各。聖人以和平為目的進行交涉時，是手無寸鐵的。而以軍事力量為依靠的和談，無疑是更為有效的。

1227年8月21日，十字軍從布林迪西出發了。這支十字軍當中，並沒有前往耶路撒冷的朝聖者一同前往——因為在出發之前，瘟疫突然爆發了九九藏書。

在一年前，腓特烈就已經派遣了250名兵士。之後他還約定，將4000名英國兵士、100名西西里的騎士和400名德意志士兵統一集結于布林迪西。這些出徵兵士的軍費，自然都要皇帝來負責。

甫一即位，教皇就寫信給了腓特烈。

腓特烈並未告知教皇，他已經開始組織建造適於溯尼羅河而上的淺底帆船組成的船隊。