最終，大家並未按照牧首的禁令行事。沒有人逃出耶路撒冷，入城的朝聖者依然絡繹不絕。他們排列成行，感激地緩緩向聖墓教堂前進——此次旅程當中最重要的，就是到耶穌受難的場所進行一次祈禱。

彌撒結束之後，聖墓教堂內的人群並未散去。此時，身著皇帝正裝的腓特烈二世緩緩走入教堂內，人群中爆發出一陣歡呼聲。在已經回到基督教世界懷抱的聖城，在耶穌基督聖墓上建立的教堂中間，親眼目睹基督教世界最高世俗統治者的風采——就算這位皇帝遭受了絕罰，也無法掩蓋親歷者的喜出望外。

耶路撒冷不僅是基督徒，也是穆斯林和猶太人的聖城，三種宗教的信徒混合居住著。這樣一座特殊的都市，要求特別的藝術來施行統治。

耶路撒冷交由基督徒控制之後，城內的穆斯林並沒有立即全數離去。從伊斯蘭區的管理者往下，耶路撒冷全城內都居住著穆斯林。在和約締結之後，腓特烈承認穆斯林在城內的居住權。隨著聖城逐漸基督教化，城內的穆斯林開始遷走，但伊斯蘭區內的穆斯林守備衛隊還一直留在九_九_藏_書城內。

於是，34歲的皇帝自己手拿祭壇上的王冠，戴在了自己頭上。

雖然整個基督教世界最重要的聖城耶路撒冷已經回到了基督徒的手中，它卻由於腓特烈二世受絕罰的重罪，而被處以「禁止聖務」的責罰。在牧首眼中，由受絕罰者帶來的「解放」並非真正的解放。

但腓特烈並沒有受到絕罰的影響。在滿腹狐疑的執事們面前，皇帝讓隨從等候一旁，自己一個人走向祭壇。走到祭壇下，雙膝跪地的皇帝，一個人祈禱著。祈禱完畢之後，腓特烈又在躊躇猶豫的執事們的注視下，率領隨從返回了宿舍。

出席加冕儀式的中近東基督徒實力派人物，都應邀參加了儀式后腓特烈召集的討論此後統治的會議。

34歲的皇帝首先前往醫院騎士團的醫院附近的騎士宿舍。皇帝決定在此處駐蹕，因為這些宿舍是當時城內唯一的可以留宿基督教世界君主的場所。薩拉丁接管耶路撒冷之後，只有醫院騎士團的醫院和這些宿舍被保留下來，成為接待前來朝聖的基督徒的場所。除此以外，無論是耶路撒冷國九九藏書王的宮殿，牧首的官邸，還是作為防禦設施的大衛之城，都駐紮著穆斯林士兵。

掌管聖墓教堂的執事們，是與醫院騎士團的醫生們一樣，經過薩拉丁允許，留駐耶路撒冷城內招待前來朝聖的西歐基督徒。在薩拉丁佔領耶路撒冷之後的62年間，他們一直在教堂內工作。作為神職人員，他們也知道腓特烈二世已經受到了絕罰。

給教皇去信之後，滯留在阿克的耶路撒冷牧首，派遣凱撒利亞的主教前往耶路撒冷，向當地人送去了「禁止聖務」的公告。

1229年2月18日，腓特烈二世簽署了和約。此後他一路視察城堡和防禦工事，直到3月17日抵達耶路撒冷。出城迎接的耶路撒冷總督阿爾·高吉，在城門外的交接儀式上向皇帝呈送了耶路撒冷城門的鑰匙，宣告城市交接的正式完成。

眼見聖墓教堂內這一令人驚異的場景，在場的群眾卻無人提出異議。對條頓騎士團的團長赫爾曼來說，今天皇帝的行為完全是向上帝表達自己的感謝，並不需要在事後做出說明。儀式上在場的大都是長期居住于中東的領主和宗教騎士團的領導人。所謂的事後說明，在他們看來實在沒有意義。

群眾們為皇帝讓開了通往祭壇的道路。然而，按照天主教的儀式，能夠為國王加冕的必須是主教以上的神職人員。但當天的耶路撒冷城內，並沒有牧首和任何主教在場。

聖殿騎士團、醫院騎士團和條頓騎士團這三大宗教騎士團，擔負起了防禦聖城的任務。曾經由於無法收回位於阿克薩清真寺的總部而反對皇帝的聖殿騎士團，也在腓特烈精心視察和加強城堡防禦之後，逐漸放棄了自己的立場。

我們不妨以此時期訪問耶路撒九九藏書冷的一位基督徒商人的話，來管窺腓特烈二世的統治藝術。這位長期來往于中近東的威尼斯商人，對腓特烈統治前與統治開始后的變化是這樣描述的：

腓特烈于會上說明了自己與阿爾·卡米爾之間所締結和約的各個條款。重新回到基督徒之手的耶路撒冷，由於長期的維護工作，保持著防禦工事的完整。需要解決的問題是城內的安全。除了一圈堅固的城牆，城內還有以「大衛之城」命名的一座城堡。腓特烈將這座城堡交給了條頓騎士團。

由於「禁止聖務」的實行，耶路撒冷成為正統基督徒不得進入的城市。牧首頒發的禁令，讓前來朝聖的基督徒疑惑不解。

腓特烈二世本來打算參加加冕儀式前舉行的彌撒，然而條頓騎士團團長赫爾曼勸告說，已遭絕罰的皇帝參加彌撒，無異於為羅馬教rｅad.9９cｓｗ.ｃｏm皇的怒氣火上澆油。腓特烈聽從了赫爾曼的勸說，並未出席彌撒。

這樣一來，從頭到尾一直反對腓特烈在巴勒斯坦統治的，就只剩下耶路撒冷牧首一個人。

腓特烈二世則忙於各種機要，以確保耶路撒冷的秩序和安全。他一邊工作，一邊不忘向隨從嘲笑神職人員的頑固不化。

第二天（3月18日）一早，耶路撒冷國王加冕儀式在聖墓教堂內舉行。

在醫院騎士團建築物內安頓好的腓特烈，于晚餐之前攜少數隨從一起前往聖墓教堂祭拜。