由於媾和決定將阿克薩清真寺原封不動地留給伊斯蘭方面，聖殿騎士團回歸阿克薩的希望破滅，他們曾一度強烈反對腓特烈。但他們後來看到皇帝對他們所擁有的城寨表現出的強烈關心，不滿心情也在一定程度上得到了緩解。

那天，從長期居住在中近東的諸侯到宗教騎士團的團長們都在座。所以，事後解釋只是對那些認為這樣就好的人才會有效果。中近東基督教社會的這些實力人物還出席了腓特烈在加冕典禮后召開的會議，會議討論了今後如何統治耶路撒冷的問題。

會上，腓特烈解釋了同阿爾-卡米勒之間締結的各項媾和條件。聖城已經回到了基督教徒手中，防衛還要靠堅固的城牆和常駐的守備力量。城牆的加固工程已在進行，剩下的就是維持耶路撒冷市內的安全。耶路撒冷四周城牆圍繞，裏面自古就建有城寨，叫作「大衛城塔」。腓特烈派條頓騎士團進入駐守。

耶路撒冷不僅是基督教徒的聖城，對伊斯蘭教徒和對猶太教徒而言也是聖城。所以，不論哪方面成了統治者，自古以來三者背對背的分別居住狀態都會延續。不管是在統治方面還是在防衛方面，耶路撒冷都要求比其他城市更高的管理技巧。

醫院騎士團、聖殿騎士團和條頓騎士團是三大宗教騎士團。針對已經回到基督教徒手中的聖城和已被確認為歸基督教徒所有的聖地的防衛和安全，腓特烈部署由這三大宗教騎士團負責。

不過，事情並沒有按九*九*藏*書總主教所希望的那樣發展。沒有人被總主教的強硬措施嚇得逃出耶路撒冷。相反，人們絡繹不絕地進入這座聖城的城門。他們排著隊，流著感動的淚水，哽咽著走向聖墓教堂。對他們來說，在主耶穌死去的地方獻上祈禱比什麼都重要。

腓特烈對這個城市進行了統治和防衛。有一個基督徒在這個時期來到耶路撒冷，他的證言反映了腓特烈的管理成果。

1229年2月18日媾和成功后，腓特烈專心致志地去各地視察城寨，他於3月17日抵達耶路撒冷。耶路撒冷總督阿爾-加烏吉在城門前迎接腓特烈。他把耶路撒冷的城門鑰匙呈獻給這位皇帝，耶路撒冷的交接儀式便告結束。

其中有一個人說：這個皇帝難道不是無神論者嗎？他說，儘管腓特烈會在沒有工作的時候去耶路撒冷的基督教遺迹走走看看，但他從來沒有在任何地方跪下，也不會感動得淚水哽咽。

管理聖墓教堂的僧侶也和在醫院騎士團運營的醫院里從事醫療的人一樣，得到了薩拉丁的許可留在了耶路撒冷。他們也是在耶路撒冷被伊斯蘭統治的62年間一直居住在這座聖城裡的基督教徒。他們也知道皇帝已經被開除了教籍。因而他們很困惑，不知道該如何迎接這位被開除了教籍但仍是皇帝的人。

這天，聖墓教堂里的人們，沒有一個人對這一極不尋常的行為提出異議。條頓騎士團團長赫爾曼事後解釋道，腓特烈今天的行為hｔｔpｓ://rｅad•９９ｃsｗ•coｍ歸根結底是皇帝對上帝表示敬意的行為。也許是這個真意不明的事後解釋產生了作用。

就這樣，腓特烈不斷地拿出了統治和防衛的方法，就連當初反對媾和的人們也開始配合他了。但耶路撒冷總主教則一直堅決拒絕同他合作。

起初腓特烈打算在加冕典禮前的彌撒開始時就來出席。但條頓騎士團團長赫爾曼向他提出忠告，說一旦他以被開除教籍之身出現在基督教重要儀式上的事情傳揚開去，肯定會為身在羅馬的教皇與腓特烈的關係中火上澆油。腓特烈採納了赫爾曼的忠告。

從第二天開始，一天五次，洪亮的宣禮聲又從清真寺的尖塔上響起。腓特烈帶著部下視察時，天天都會發生這樣的事：一聽到宣禮聲，隨從中就會陸續有人當場伏地，開始祈禱。

腓特烈在彌撒結束後走進聖墓教堂，參加彌撒的朝聖者們還都留在那裡。見到一身正裝而來的腓特烈，他們之中極其自然地響起了雷鳴般的掌聲和歡呼聲。在他們看來，只要能在如今已經回到基督教徒手中的聖城裡、在這座建在耶穌基督墓上的聖墓教堂里向上帝祈禱，他們就很高興了，根本無所謂這是不是由被開除教籍的人實現的。

腓特烈在耶路撒冷逗留了一個星期。

伊斯蘭教徒對逗留耶路撒冷期間的腓特烈有過評價，有幾則留存了下來。

耶路撒冷被薩拉丁奪回到伊斯蘭統治之下以後，只允許留下醫院騎士團運營的「醫院」作為前來此地的朝聖者的醫療設施。除此而外，既沒有王宮也沒有總主教的官邸，防衛耶路撒冷的基地「大衛城塔」也因為以前一直駐屯的伊斯蘭士兵要搬走而混亂不堪。九九藏書

還有一個人發出了惡評，說這個皇帝就是拿到奴隸市場也只能賣點零錢。

腓特烈首先去了臨近醫院騎士團醫院的騎士宿舍。他決定把那裡當作逗留耶路撒冷期間的住宿地，只有那裡可供基督教世界的君主下榻。

伊斯蘭統治耶路撒冷時期的總督是阿爾-加烏吉。因為諸多手續上的需要，腓特烈頻繁地接見他。有一天，腓特烈問他：「我來到耶路撒冷后怎麼一次都沒有聽到宣禮聲呢？」

耶路撒冷對基督教徒來說是最重要的聖城，這座現在已經回到基督教徒手中的聖城，卻被施以「禁止教務」這種僅次於開除教籍的重罪處罰。總主教的理由是聖城由被開除教籍的人解放不算真正的解放。

總主教傑拉爾德不斷寫信給教皇表達不滿，發出嘆息，他身居「耶路撒冷總主教」的位置卻一直待在阿卡，不去職責所在的耶路撒冷。他把部下凱撒利亞主教派到耶路撒冷去，對聖城採取強硬手段，施以「禁止教務」的處罰九-九-藏-書。

「幾乎沒有發生什麼變化。如果非要找出變化，那第一個是大街上看到的守備隊士兵從伊斯蘭教徒變成了基督教徒，第二個就是基督教教堂傳出的鐘鳴聲比以前更有氣勢了。」

這位威尼斯商人有著長期在中近東做貿易的經驗，他對腓特烈的來到前後進行了比較，他說道：

可是，一旦被「禁止教務」，就連內心規矩的基督教徒也都無法去耶路撒冷了。整個耶路撒冷成為禁止入內的地區，最為難的就是朝聖者了。

在此期間，腓特烈每天忙於落實耶路撒冷的統治與安全事宜，儘管他會在心腹面前對那些神職人員的執迷不悟抱怨上幾句。

可是，腓特烈並不在乎這些。皇帝從心神不定的僧侶面前走過，讓跟他來的隨從等在那裡，一個人徑自走向祭壇。他跪在祭壇前，獨自祈禱了片刻，隨後撂下驚魂未定的僧侶回宿捨去了。

群眾下意識地讓開了道，皇帝從他們中間走向祭壇。不過，被允許加冕的只限於負責當地教務的高級神職人員，而常駐聖地的總主教、大主教和主教，當天一個都不在耶路撒冷。

腓特烈來到醫院騎士團的住所落腳不久，在晚飯前一刻，又帶著少數幾個隨從去了聖墓教堂。

伊斯蘭方面對此很驚訝。他們誰都沒有想到，基督教世界的皇帝手下竟然會有如此多的伊斯蘭教徒。但當他們看到腓特烈留下那些不斷匍匐、起身進行伊斯蘭式祈禱的部下，帶著其餘的人繼續視察時，更是驚訝不已。

居住在耶路撒冷的伊九-九-藏-書斯蘭教徒已經看慣了來訪此地的基督徒朝聖者。與那些朝聖者相比，腓特烈也許更像一個「遊客」，甚至讓人覺得他不是一個基督徒，因為他在「伊斯蘭地區」到處參觀，見到岩石圓頂清真寺和阿克薩清真寺時，總會為其壯美髮出感嘆。

前總督回答說，因為接到了阿爾-卡米勒的指示，說在皇帝逗留期間不要宣禮。34歲的皇帝便笑著說：「要是那樣，你們有人訪問我的領國時，教堂的鍾不就不能敲了嗎？」

第二天，3月18日，耶路撒冷國王的加冕典禮在聖墓教堂舉行。

雖說耶路撒冷回到了基督教徒的手裡，但以前居住在那裡的伊斯蘭教徒並沒有被一掃而光。「伊斯蘭地區」被確定為他們的聖地。以聖地管理人員為首的很多伊斯蘭教徒都居住在這座城市裡。在與阿爾-卡米勒的媾和協議中也允許這些人繼續居住下去。耶路撒冷因媾和回到了基督教的統治之下，從這裏撤走的只是以前常駐在這座城市裡的守備隊即伊斯蘭方面的軍事力量而已。

34歲的皇帝用自己的手拿起擺放在祭壇上的皇冠，把它戴在了自己的頭上。

伊斯蘭教徒，尤其是其中的阿拉伯人認為，好男人的肉體，要麼是肌肉隆起、骨骼健壯的身軀，要麼是肥碩敦實大氣的軀體。腓特烈雖然不是肉體貧弱，但也不屬於這兩種中的任何一種。在阿拉伯人看來，腓特烈的膚色太白，頭髮也太紅，還是捲髮，遺傳了綽號「紅鬍子」祖父的模樣，很難想象那是一個男人所會有的。