司馬曜最先寵愛的兩位美人，後來因失寵均被打入了冷宮，在後期他最寵愛的是張貴人。太元二十一年（公元396年）九月的一天，他和張貴人在後宮飲酒，妓樂相陪。張貴人年近30，司馬曜帶著醉意，跟她開玩笑說：「你已到了失寵年齡，我正在物色更年輕漂亮的。」張美人想到前兩位美人的下場，對玩笑話認了真，懷恨在心。傍晚，大醉的司馬曜酣睡在清暑殿。張貴人將大大小小的宦官灌醉，打發他們各自安歇。然後，她讓侍女用一條厚厚的被子蒙住司馬曜的頭，把他活活憋死。她又用重金賄賂左右的人，說是「因魘暴崩」。當時，太子司馬德宗年幼無知，專權的司馬道子昏荒無道，這件弒君大逆之事，竟沒人過問，矇混過去。

司馬昱做了9個月的皇帝，臨終前把11歲的司馬曜立為皇太子。這位皇太子在他父親靈前一滴淚也不掉，左右人提醒他，應按常禮大哭一場表示悲痛。他卻回答：「哀至則哭，何常之有！」

在同桓溫周旋中表現出超人膽識的謝安，從此成為朝廷https://read.99csw.com的中流砥柱。太元元年（公元376年），14歲的司馬曜親政，任命謝安為中書令、錄尚書事；第二年，又任命為侍中、都督揚豫徐兗青五州諸軍事。這樣，謝安掌起了東晉的軍政全權。

桓溫本來指望司馬昱臨終禪位，由他來當皇帝；起碼也會像周公一樣居攝，當個代理皇帝。但司馬昱遺詔卻讓他以諸葛亮和王導為榜樣，輔佐司馬曜，自然十分惱火。他斷定這是大臣謝安等人從中作梗，恨得咬牙切齒。

謝安的女婿王國寶品行惡劣。謝安厭惡他的為人，不重用他，讓他做不那麼重要的尚書郎。王國寶自以為像他這樣出身於琅邪王氏名門大族的子弟，從來都是做清顯貴重的吏部郎的，因而對謝安怨恨在心。王國寶的從妹是司馬道子的妃子。王國寶經常在司馬道子面前說謝安的壞話，司馬道子便把這些壞話當做在司馬曜面前攻擊謝安的炮彈。謝安在淝水之戰中立有大功，那些嫉妒他的無恥之徒也都竭力敗壞他。司馬曜聽任讒言，對謝安九-九-藏-書的信任大不如以前了。

十月，秦軍前鋒到達壽陽（今安徽壽縣），與前來抵抗的東晉前鋒隔淝水對陣。謝石和謝玄分析形勢，認為：倘若百萬秦軍到齊，是難以為敵的。應當乘其各路軍隊還沒會齊之時，迅速出擊；只要擊敗了這支前鋒軍，整個秦軍就會崩潰。

淝水之戰勝利了，司馬曜又逃過了一次亡國的危機。

東晉會稽王司馬昱在絕嗣多年之後，終於盼來了一個兒子。這個兒子出生時，正當東方始明，司馬昱因此給他取名曜，字昌明。

太元十年（公元385年），謝安被排擠出建康，出鎮廣陵（今江蘇揚州），過起閑居生活。九月，謝安病逝，東晉失去最後一根頂樑柱。司馬道子領揚州刺史、錄尚書事、都督中外諸軍事，全面操掌起軍政大權。司馬道子勢傾內外，遠近奔湊，司馬曜意漸不平，兄弟二人開始鬧起矛盾起來。

謝玄派使者對符融說：「你們遠道而來利於速戰，但你們逼近水濱安營紮寨，這是持久戰的陣勢，並不是速決戰的陣勢。請你們把陣營向後撤退九_九_藏_書一下，在水邊騰出一塊空地作為戰場，讓我們晉軍渡過淝水，與你們決一勝負。」符堅計劃把前秦軍向後撤退一下，乘東晉軍渡江之時，派騎兵衝殺，沒有不勝的，符融也覺得這是個好主意。於是下令向後撤，誰知這一撤，秦軍立刻大亂，謝玄乘機率晉軍渡過淝水，攻上岸來。符融來到陣前，想押住陣腳，坐騎竟被亂兵撞倒，他自己也被攻上來的晉兵所殺。秦軍失去主帥，全線潰敗。晉軍乘勝追殺，秦軍自相踐踏，屍體蔽野塞川。

司馬道子專權奢縱，他所親信的趙牙和菇千秋，一個原是唱戲的，另一個原是捕賊小吏，都靠諂媚和賄賂做了大官。趙牙為司馬道子建築了一所府第，裏面築山穿池，費用巨萬。菇千秋則賣官招權，被人揭發出來。司馬曜對他弟弟的行為越來越厭惡，但礙於手足情分，下不了廢黜的決心。於是，他選拔一批有名望併為自己所親信的大臣，如王恭、郗恢、殷仲堪、王珣和王雅等，委以地方要任，來防遏司馬道子的勢力。司馬道子也引王國寶和他的弟弟王緒為心腹。九*九*藏*書這樣，朝廷內部形成了兩幫對立勢力。

這時，氐族在北方建立的前秦日益強大，經常騷擾東晉的北部邊境。司馬曜頒發詔書，尋求良將。謝安的侄子謝玄應徵。謝玄在當時稱為「北府」的京口一帶招募士兵，組織起一支新軍，得到了劉牢之等猛將。劉牢之率領精銳部隊為先鋒，戰無不捷。這支新軍號稱「北府兵」。

寧康元年（公元373年）二月，桓溫帶著大兵，殺氣騰騰地向首都建康（今江蘇南京）趕來，謝安和王坦之帶領滿朝官員前去迎接。這時，上上下下人心惶惶，傳說桓溫要殺王、謝兩人，滅掉東晉，改朝換代。

司馬曜的同母弟司馬道子，9歲時封為琅邪王，食邑多達7600餘戶。太元八年（公元383年）九月，正當前秦南侵時，20歲的司馬道子被委以錄尚書事的重任，得以干預朝政。淝水之戰結束后，他便開始傾軋謝安。

擁有重兵的大司馬桓溫，駐紮在姑熟（今安徽當塗）。要不要先請示桓溫，然後再讓司馬曜繼皇帝位，群臣對此有意見分歧。有的主張：「當須大司馬處分九_九_藏_書。」王彪之卻說：「皇帝駕崩，皇太子理應繼位，沒有請示臣下的道理。」這樣，司馬曜才算順順噹噹即了位。

司馬曜死時35歲。太元二十一年十一月，葬于隆平陵。廟號「孝武帝」。

誰知桓溫到了建康不久，忽然生起病來，後來病勢越來越重。桓溫幾次暗示朝廷給自己加九錫，並屢次派人催促。桓溫的親信袁宏起草好加九錫的詔文，草稿送給謝安審批，送一次，謝安改一次，拖了幾十天，還沒定稿。這樣一直拖到七月，這個權臣壽終正寢，司馬曜被廢黜的危機總算度過去了。

太元八年（公元383年）八月，前秦王符堅以符融為前鋒，親自統率騎兵27萬、步兵60萬南下攻晉。這支號稱百萬的大軍，旌旗相望，鉦鼓千里，大有把東晉搗為粉末之勢。司馬曜和謝安派遣謝石為征討大都督，謝玄為前鋒都督，統兵8萬，進行抵抗。

前秦其他各路軍隊，聽說前鋒潰敗，都調頭逃跑，聽到風聲鶴唳，也疑心是追趕的晉軍來了，晝夜不息地逃奔。依附於前秦的各少數民族貴族也紛紛叛離，因此秦軍損失十分之七八。