廢太子劉劭后，再立誰為太子呢？劉義隆為此又頗費躊躇：順序而來的三子他不喜歡；他想從寵愛的第四子南平王劉鑠和第七子建平王劉宏，兩個兒子中挑一個立為太子，但到底立哪一個好呢？他又拿不準主意了。

十月，劉義隆認為時機已經成熟，決定動手解決劉義康的問題。先敕召劉義康入台城住宿，留在中書省。檀道濟在世時，曾向劉義隆推薦沈慶之，稱他忠誠謹慎，又通曉軍事，因此，劉義隆以沈慶之領隊防東掖門。這天夜裡，劉義隆開門召沈慶之，讓他收捕劉義康的心腹劉湛，交付廷尉，又下詔暴其罪惡，在獄中將其殺害，並誅其三子及其黨羽劉斌、孔胤秀等。隨後派人向劉義康宣旨，通告劉湛等人罪狀。當天夜裡，劉義隆親臨華林園延賢堂，召心腹殷景仁。殷景仁因受劉湛等人排擠，自元嘉十二年（公元435年）以來，已在家養病5年，但暗地裡與皇上密函往來，每日達數十封，朝政無論大小皆得參与。這一天，他聽說劉湛被捕，命人為他拂拭衣冠，左右皆不曉其意。接到皇上召見的諭旨，他仍稱有腳疾，坐在小床輿上與皇上談話。凡誅討處分諸事宜，劉義隆皆委託他處理。

元嘉二年（公元425年）春正月，劉義隆登位5個月了，徐羡之、傅亮上表歸政。對此，他心中暗暗高興，但仍不肯馬上接受，而是謙讓再三；經三次上表，才勉強准許，開始親理萬機。劉義隆表面上很平靜，暗地裡卻在加緊準備。

一日，有司報告，東陽公主的黃門陳慶國向朝廷自首，揭發太子劉劭與二皇子始興王劉濬相互勾結，通過東陽公主的奴婢王鸚鵡，暗請吳興女巫嚴道育行巫蠱之事。劉義隆聽完大驚，簡直不敢相信自己的耳朵，他立即命令逮捕王鸚鵡。很快，有司上交了從王鸚鵡家搜出的劉劭、劉濬親手所寫的數百張紙，上面皆是巫蠱之言，還在含章殿前挖出了以劉義隆為形象的玉人，只有嚴道育畏罪潛逃。劉義隆看著眼前的罪證，只氣得渾身哆嗦。

八月，劉義隆一行到達京師，群臣迎拜于新亭（今南京市南）。初拜謁先帝劉裕陵墓寧陵后，劉義隆來到秦淮以北權作太學的中堂，百官奉璽綬，劉義隆再三辭讓，后經百官苦苦相勸，才接受下來，在中堂舉行了即位儀式。隨後，備法駕入宮，登太極前殿，宣布大赦，改年號為元嘉。

劉義隆病情好轉之後，聽到報告說在他病重之時，劉義康的親信孔胤秀等竟背著劉義康去尚書儀曹索取晉咸康末年立康帝一事的檔案，為劉義康繼承帝位做準備，不由得怒火中燒。他轉而想到劉義康為手足兄弟，又未參与此事，不好妄加其罪，再說徹底解決劉義康之事的時機尚未成熟，只能忍耐一時，故隱忍未發。但從此開始，他厭惡劉義康之心愈發強烈了。

元嘉二年底，劉義隆公開宣揚將大舉北伐，裝備艦船，鍛造武器，聲勢頗大。劉義隆的這一舉動，引起朝野的極大關注和猜測，「朝廷將舉兵伐謝晦」的消息不脛而走，徐羡之等極為緊張，慌忙捎信給謝晦，謝晦也緊急行動起來，密謀舉兵。

元嘉二十八年（公元451年），北魏大舉南侵，形勢危急，劉義隆想起遠在安成的弟弟劉義康，深怕有人藉機擁其為主作亂，太子劉劭、武陵王劉駿等也屢次勸他早日處死劉義康以免後患。於是，劉義隆派中書舍人嚴龍帶葯賜劉義康死。劉義康拒絕服藥，說：「佛教不許自殺，願隨意處分。」使者便以被掩將他殺死。

經過幾次變故，劉義隆對劭、濬二子已不再抱任何希望，便下決心要廢太子劉劭，賜始興王劉濬死。他先與侍中王僧綽密謀，令其尋找漢魏以來廢太子、諸王的典故，送尚書僕射徐湛之、吏部尚書江湛處，讓二人參與其事。

劉劭生於元嘉三年（公元426年），剛一出生，其母袁皇后將他抱在懷裡，仔細端量，越看越覺不順眼，便派人向劉義隆報告：「此兒相貌異常，日後必會破國亡家，不可舉。」並欲將劉劭殺死。劉義隆正在急切盼望孩子出生的消息，初聽說生了兒子，不禁喜不自勝，繼而聽說皇后要殺死兒子，不由大驚失色，慌忙來到後殿，以手撥開幔帳，勸阻皇后，劉劭才得以留下性命。元嘉六年（公元429年），劉義隆正式立劉劭為太子。他見宗室強盛，怕劉劭的兄弟們犯上作亂，特為東宮增加兵力，使其與羽林軍相似，有實甲萬人。為了培養太子的從政能力，他讓劉劭參与國家大事的管理與決策。這樣，劉劭就成了他的得力臂膀。但後來父子之間漸起裂痕，劉義隆越來越感到不能容忍劉劭的剛愎獨斷。

元嘉十七年（公元440年），劉義隆與劉義康之間的矛盾開始凸現出來。僕射殷景仁曾秘密對劉義隆進言：「相王權重，非社稷之計，宜少加裁抑！」劉義隆雖未表示什麼，心中卻深以為然。

劉義康知皇上所為都是衝著自己來的，乃上表辭職。劉義隆下詔，以劉義康為江州刺史，出鎮豫章（今江西南昌市），資俸優厚，其左右願跟隨者皆準同去，朝廷大小事也皆報示于劉義康。另外，劉義隆又任征虜司馬蕭斌為劉義康的諮議參軍，領豫章太守，府中大小事情皆由他處理。又派龍驤將軍蕭承之帶兵防守，監督劉義康。

元嘉三年（公元426年）正月，劉義隆準備停當，開始行動。謝晦是一個富於作戰經驗的戰將，誰來討伐他呢？劉義隆決定任用曾參預廢弒的檀道濟來統軍征伐。侍中王華等皆認為不妥，齊聲反對。劉義隆笑笑說：「廢帝時，檀道濟只是脅從，不是首謀，弒帝之事又與他無關。我撫而使之，必將無慮。」聽了他的分析，眾人皆服。

元嘉九*九*藏*書三十年（公元453年）二月二十一日，劉義隆在合殿與徐湛之單獨密談了一夜，另立太子的人選還未定下來，他抬頭看看窗外，見天已快亮了，伸了個懶腰，對徐湛之說：「勞累了一夜，也該休息了。」徐湛之自劉義隆決定廢太子以來，經常夜裡與劉義隆屏人密談，怕有人偷聽，就親自掌燭繞壁檢查，直到確信無人，才放心密商，常常是通宵達旦。此刻，他也是又累又乏，聽劉義隆一說，連蠟燭也未來得及熄滅，倒頭便睡。宿衛的值班衛兵也沉睡在夢鄉之中。

得勝返回建康后，劉義隆下令，任命廬陵王劉義真所親信的謝靈運為秘書監，顏延之為中書侍郎。又准慧琳道人蔘預權要，時稱「黑衣宰相」。

南朝宋景平二年（公元424年）七月，江陵（今湖北江陵），南朝宋武帝劉裕第三子、荊州刺史宜都王劉義隆接到報告，尚書令傅亮率百官備天子法駕前來迎他回京師，入奉皇統。徐羡之、傅亮等廢殺少帝劉義符和廬陵王劉義真之事，早已傳到江陵，劉義隆與眾僚佐既悲痛又驚恐。今日傅亮前來，馬上在府中引起一片驚慌和猜疑。年僅18歲的劉義隆雖然不動聲色，心中卻如萬馬奔騰。他知道，檀道濟、傅亮等均為顧命大臣，受先帝遺詔輔政，大權在握，非忠心耿耿聽命於人之輩，故敢廢帝弒帝。他們之所以立自己為帝，不過是看自己年輕，且身體羸弱，易於掌握而已。此時，他們為長期掌權，已經做了周密的安排：徐羡之、傅亮居中央掌權，謝晦到軍事重地荊州任刺史，居外為屏障，內外呼應，互為依靠，留給自己的只是一個空頭皇帝而已。但他也知道，徐、傅等人尚無篡位之心，一時間不至於有大的危險。於是決定入京師即位。

劉義康被貶江州后，不知不覺過去了好長時間，一天，劉義隆到會稽公主家宴集，席上氣氛歡樂融洽。忽然，會稽公主離席而起，向劉義隆叩拜行禮，淚流滿面，悲不自勝。劉義隆不曉其意，甚為詫異，連忙離席親自將姐姐扶起。會稽公主說：「車子（劉義康小名）歲暮必不為陛下所容，今特為他請命。」說完，放聲慟哭，劉義隆聽了亦流涕不止，手指埋葬其父劉裕的蔣山發誓說：「必無此慮，若違今日之誓，便是負初寧陵。」又當即封所飲酒以賜劉義康，並在上面寫上：「會稽姐飲宴憶弟，所余酒今封送。」會稽公主卒于元嘉二十一年（公元444年），在她活著的時候，劉義康一直安然無恙。

劉義康專總朝權后，感到司空、江州刺史檀道濟對自己將構成威脅。檀道濟是當時碩果僅存的北府名將，他身經百戰，戰功卓著，威名遠揚。元嘉十三年（公元436年），劉義康矯詔召檀道濟入祖道，將其逮捕。三月，收付廷尉，檀九九藏書道濟與其子檀植等11人一同被殺，惟尚為童稚的孫子可免一死。

徐、傅伏誅之後，劉義隆下詔宣布戒嚴，大赦，親督各路大軍討伐謝晦。謝晦開始時並未把朝廷軍放在眼裡，突聞檀道濟率軍來攻，惶懼無計，只一戰便大敗，后被活捉送往建康斬首。

為安全到達京師和確保無後顧之憂，他做了周密安排，命令司馬王華總後，留鎮荊州；以原有府州文武嚴兵自衛，朝廷所派百官及士兵一律不得接近部伍。他的心腹中兵參軍朱容子日夜抱刀守在所乘舟船艙門之外，一路上衣不解帶，直至建康。

元嘉二十二年（公元445年）十二月，范曄、孔熙先等陰謀擁立劉義康之事敗露后被殺，有司奏請削去彭城王劉義康的爵位，收付廷尉治罪。劉義隆知劉義康並未親自參与此事，但深知他是自己帝位的威脅者，因此下令：劉義康及其子女皆免為庶人，絕其屬籍，徙往安成郡（今江西安福縣東南）。以寧朔將軍沈邵為安成相，領兵防守。

正月十六日，劉義隆召見徐羡之、傅亮。這天，謝晦弟正在值班，忙派人報告傅亮：「殿內有異常處分。」這時傅亮已在路上，聽說后即推辭說嫂嫂病重，請求暫回家探視，回車便走，又馬上派人報告徐羡之。徐羡之已到西明門，聽到報告，連忙折回揚州刺史府，乘內人問訊車出郭，又步行走到建康城外20里的新林浦，入陶灶中自縊而亡。傅亮乘車出郭門，騎馬奔往兄長傅迪墓，被朝廷派人抓獲付廷尉。傅亮被殺之前，劉義隆念其前往江陵迎駕之功，派中書舍人轉告他說：「以公江陵之誠，當使諸子無恙。」

誅殺徐羡之、傅亮、謝晦后，劉義隆收回了朝政大權。為加強皇室對中央政權的統治，他于元嘉六年（公元429年）調四弟彭城王劉義康回京，任司徒，錄尚書事，與宰相王弘共輔朝政。王弘深知官場之艱險，加上身體欠佳，便事事推讓給劉義康，所以朝政內外之務皆由劉義康決斷。元嘉九年（公元432年），劉義康加領揚州刺史，十六年（公元439年），又進位大將軍。劉義康勢傾天下，朝野人士紛紛巴結靠攏，府門每天早晨常有數百輛車等候。

第二年正月，北魏軍見無隙可乘，也只好撤軍。北魏軍撤退時，進行了空前的大殺掠大破壞，每過一地，殺戮丁壯，連嬰兒也不能倖免。又焚毀房屋，所過郡縣，赤地無餘。村井空荒，不聞雞鳴犬吠。江南遭此浩劫，國力大大衰落，軍事防線也由洛陽、滑台撤至淮北，富強一時的「元嘉之政」由此而衰了。

劉義隆登石頭城觀望，只見長江北岸旌旗如林，軍鼓之聲驚天動地，深悔此次北伐。他面帶憂色對江湛說：「北伐之計，同議者少。今日士民勞怨，使我不能不感到慚愧，讓朝中大臣們憂慮了，這都是我的過錯啊。」這時，他又想起了英勇善戰的北府名將檀道濟，說：「檀道濟若在，豈九_九_藏_書能使胡馬囂張至此！」

武陵王劉駿聞聽父皇被弒，馬上興兵討伐，擊敗劉劭，即皇位，為劉義隆重加尊號，謚曰「文皇帝」，廟號「太祖」。

劉義隆晚年與太子劉劭的關係越來越緊張，竟至水火不相容。

元嘉二十七年（公元450年）七月，劉義隆下詔，宣布北伐。北伐主力由寧朔將軍王玄謨率領，青冀二州刺史蕭斌為督軍。以太尉、江夏王劉義恭駐守彭城，並總統諸軍。為支援北伐，王公、妃主及朝士、牧守，下至富民，各獻金帛、雜物以助國用。又發六州民丁入伍，以補兵力不足。

劉義隆殺害了弟弟彭城王劉義康，揭開了劉宋王朝骨肉相殘的序幕，父子兄弟之間開始了延綿不斷的相互殘殺，最終導致了劉宋政權的覆滅。

不一會兒，只聽一陣雜亂的腳步聲由遠而近，劉義隆睜開朦朧的雙眼，只見太子劉劭的心腹張超之持刀殺氣騰騰地闖入殿來，一下子嚇得睡意全消，倉皇之中忙舉起案機抵擋，被張超之惡狠狠一刀砍來，5個手指齊刷刷一道斬下。接著，張超之舉刀猛刺，劉義隆當即喪命，卒年47歲。徐湛之驚慌爬起，直奔北門，未及開門，亂兵沖入，他也被害身亡。江湛正在侍中省值班，忽聽一片喧鬧之聲，便知劉劭作亂了，嘆道：「不用王僧綽言，以至於此。」遂躲入旁邊小屋，后被搜出殺害。

侍中王僧綽見狀，非常著急，趕來面見劉義隆：「建立之事，全看聖上意下如何。依臣之見，此事應速斷，不可稽緩。古人云，『當斷不斷，反受其亂』，願聖上以義割恩，不要再忍讓下去。不然的話，則應如當初那樣對太子坦懷相待，盡父子天性，無須再煩疑論。廢立之事雖然嚴密，也會泄露。萬不可招致意外之禍，以取笑千載。」劉義隆聽了，仍難下決心。王僧綽急了，話衝口而出：「臣恐千載之後，人們會言陛下只能裁弟，不能裁兒。」

即位不久，劉義隆正式任命謝晦為荊州刺史。接著，劉義隆又下令，以定策安社稷之功，徐羡之進位司空，傅亮加開府儀同三司，謝晦進號衛將軍，檀道濟進號征北將軍。有司奏請皇帝依前朝故事親臨華林園聽訟，處理刑獄，劉義隆特下詔說，對政刑我大多都不熟悉，可如先前那樣，由徐羡之、王弘二公推訊。看上去，他對顧命大臣信任有加，毫不猶疑。

一天，劉義隆接到侍中王僧綽一份密報：近來太子劉劭天天晚上在東宮犒勞將士，還親自行酒。此事非同尋常，似將有謀反之舉，望皇上速作決斷。劉義隆心中一震，不由暗暗思量：太子雖然性情剛強，難道真敢舉兵反叛？廢太子之事真該抓緊計議了，否則萬一太子知道此事，會有大亂的。可是到底立誰合適呢？他還在那裡猶豫不決的時候，卻不知大禍即將臨頭了。

北伐大軍分水陸數路浩浩蕩蕩北上。由寧朔將軍王玄謨率領的主力部隊圍攻滑台。其部隊器械精良，士眾強九*九*藏*書盛，鬥志正旺。但王玄謨卻貪鄙無能又剛愎自用，初圍城時，不採納其他將領的正確建議，多次錯過破敵良機，故圍城數月未能破敵，眾將士失望，軍心渙散。正在這時，魏太武帝拓跋燾親率大軍南救滑台，王玄謨驚慌退兵，損兵折將達萬余，丟棄的軍資器械堆積如山。北魏軍乘勝追擊，破懸瓠，下項城（今河南沈丘縣），迫彭城（今江蘇徐州市），又分路南下，渡淮河直趨瓜步（今江蘇六合縣東南），揚言要渡江進攻建康。劉宋舉國震驚。劉義隆聞訊，急令內外戒嚴，徵發民丁補充戰伍，又于採石（今安徽馬鞍山市西南采石磯）至暨陽（今江蘇江陰縣）六七百裡布置船艦與防守部隊，嚴陣以待，建立了鞏固的防線，才遏制了北魏軍的攻勢。

劉義隆死後，劉劭即皇位，為其父加廟號為「中宗」，謚曰「景皇帝」。三月，葬于長寧陵。

「只能裁弟，不能裁兒」，王繒綽的話深深刺痛了劉義隆，他決意加緊行動。正在此時，劉鑠自壽陽入朝，因故失去了劉義隆的歡心，劉義隆便決定不再考慮立其為太子之事，可立者只剩下另一寵愛的兒子劉宏了。但他轉念一想，劉宏在兄弟中排行第七，立他怕引起其他兒子和大臣的不滿，因此又猶豫起來。廢太子另立之議久未定奪，劉義隆心裏又煩又亂。一日在二皇子劉濬之母潘淑妃處，便忍不住將此事告訴了潘淑妃。潘淑妃聽了，立即告訴了劉濬，劉濬又馳告劉劭，而劉義隆卻渾然不知，依然日夜苦思冥想，不知如何是好。

圍繞在劉義康周圍的劉斌等人，見劉義隆多病，經常製造輿論：皇帝一日晏駕，宜立年長之君，不宜立幼君。劉義隆曾有一次病情危急，讓劉義康寫顧命詔。劉義康回到府中，將皇上病危的事情告知領軍劉湛與殷景仁，一邊說一邊痛哭流涕。劉湛說：「天下艱難，都是因為幼主為政所致！」劉義康、殷景仁聽了，皆默不答言。

自晉朝被迫南遷立國江南以後，北伐收復失地便成為朝野矚目的大問題。東晉時，有祖逖、桓溫、劉裕的幾次著名北伐。劉義隆雖文弱多病，卻雄心勃勃，想繼承父親劉裕未竟之業，金戈鐵馬，馳騁中原，統一全國。加上元嘉以來，社會安定，人口增加，生產發展，兵精糧足，國力強盛，劉義隆北伐的願望也越來越強烈。眾臣見他意欲經略中原，紛紛爭相獻策以取寵。

不久，劉義隆又接到密報：被朝廷通緝的女巫嚴道育藏在京口張旿家中。他立即派人前去捉拿，只抓到嚴道育的兩個婢女。二人供稱嚴道育起初藏於太子東宮，后又隨劉濬到京口，現已跟他回京師建康去了。劉義隆原以為劉劭、劉濬已經知罪，與嚴道育斷絕了聯繫，聽到報告后，大失所望，惆悵、惋惜、驚駭，真是百感交集。他下令從京口將二婢解往京師，重新審問，待事情弄清之後，定嚴治二子之罪。