這時，元朝內部宮廷鬥爭更甚。愛猷識里達臘逃奔太原時，曾想仿效唐肅宗在靈武稱帝的故事，自立為帝，擴廓帖木兒不同意。孛羅帖木兒被殺后，奇氏傳旨到軍中，命令擴廓帖木兒以重兵扈從皇太子入京，目的在於脅迫惠宗退位。奇氏再次勸擴廓帖木兒出面逼使惠宗讓位與皇太子，擴廓帖木兒又予以拒絕，由此得罪了奇氏母子。惠宗本與擴廓帖木兒不和，又忌他兵權太重，朝中大臣也覺得他年紀輕，資歷淺，不把他放在眼裡。在軍中驕縱慣了的擴廓帖木兒做了兩個月的左丞相，很不得志，在京城實在呆不下去了，只好上奏惠宗，請求外出帶兵。至正二十五年（公元1365年）閏十月，惠宗封擴廓帖木兒為河南王，命他代皇太子總制天下軍馬，進討江淮。

擴廓帖木兒率大軍離開大都后，不僅無意整軍出戰，反而借惠宗授予他的軍事大權，隨意徵調各路軍隊，引起軍閥頭目不滿。惠宗開始懷疑他有叛逆之心。

至正十七年八月，惠宗嚴厲責備皇后與皇太子說：「過去孛羅帖木兒舉兵進犯京師，而今擴廓帖木兒總兵天下，很不得利，你們母子誤了我的天下。現在國家分崩離析，困難重重，都是你們母子造成的！」說完，惠宗怒氣沖沖地打了愛猷識里達臘幾拳。爾後，惠宗下詔命皇太子總制天下兵馬，並令擴廓帖木兒率領本軍自潼關以東出兵江淮，李思齊自鳳翔以西進取四川，張良弼、孔興、脫列伯共取襄樊。但詔書雖下，皇太子坐視不動，擴廓帖木兒及諸路軍閥也都拒命不受。擴廓帖木兒的部將貊高、關保見主帥不奉君命，只顧打內戰，便倒向朝廷一邊，轉過頭來攻打擴廓帖木兒，得到惠宗的支持。

至正元年，惠宗恢復了中斷6年的科舉取士制度，親試進士78人，以籠絡漢族士大夫，同時大興國子監，選名儒雅士傳授儒學。他下詔將4個素有聲望的儒士歐陽玄、李好文、黃溍、許有壬召進宮內，讓他們5日進講一次，幫助他讀四書五經，練習書法。為了表達對儒學正統思想的尊崇，至正二年，惠宗派人到曲阜祭祀孔廟。第二年，下詔編修遼、金、宋三史，命脫脫為都總監官，許多漢人文士參加了編纂，九*九*藏*書達成了惠宗新政中「文治」的重要內容。

惠宗起用脫脫，把一切大權交付與他，自以為高枕無憂。為了籠絡人心，他對貴族、官僚濫行賞賜，揮霍無度，造成國庫入不敷出。與此同時，黃河連年發生水患，脫脫先後提出「變鈔」和「開河」的建議。豈知在社會矛盾日益尖銳的情況下，「變鈔」和「開河」成了元末農民起義的導火線。

奇氏與皇太子愛猷識里達臘見政局動蕩，惠宗聽任朝臣傾軋，便加緊行動步伐，打算聯合哈麻、朴不花、搠思監等人逼迫惠宗遜位，但遭漢臣太平等反對。至正十九年十二月，愛猷識里達臘命令監察御史買住等人劾奏太后提拔的漢人官員中書左丞成遵和參政趙中，將二人杖殺獄中，藉此中傷太平。太平見勢不可留，只得上奏惠宗，以患病為由，請求辭去相位，大臣們立即呼籲，要求皇帝留用太平，惠宗懾于奇氏和皇太子咄咄逼人之勢，被迫罷免太平。但由於得不到支持，愛猷識里達臘逼父遜位也未能如願。

至正二十三年（1363），愛猷識里達臘與母親奇氏加緊了策劃逼父禪位的陰謀，掌握大權的搠思監和朴不花則密切配合，拉攏朝中大臣，將軍政大事全都壓下，不讓惠宗聞知。至正二十四年三月，愛猷識里達臘、搠思監、朴不花借得罪愛猷識里達臘的御史大夫老的沙，知樞密院事禿堅貽木兒藏在孛羅軍中一事，指責孛羅帖木兒與老的沙等圖謀不軌，要求皇帝驅逐帝黨所倚的軍事重臣孛羅帖木兒。孤立無援的惠宗不得不聽命于皇太子，下詔削除孛羅帖木兒兵權和官爵，貶居四川。宗王不顏帖木兒、禿堅帖木兒忿忿不平，起而與孛羅帖木兒聯合，並上書惠宗，為孛羅帖木兒申辯。惠宗感到，孛羅帖木兒忠於自己，是他與皇太子一方抗衡的重要砝碼，於是復下詔書，曆數搠思監、朴不花恣意弄權，欺下蒙上等罪狀，將搠思監流放嶺北，朴不花流放甘肅，恢復孛羅帖木兒官職。然而，此時皇太子一方的勢力已躍居皇帝之上，所以，詔書雖下，搠思監、朴不花二人權未解，職未卸，照常在朝中掌權。

至正二十五年三九九藏書月，愛猷識里達臘下令擴廓帖木兒與李思齊出兵聲討孛羅帖木兒，並調遣嶺北、甘肅、遼陽、陝西等地軍隊增援。孛羅帖木兒派遣禿堅帖木兒率兵進討上都皇太子同黨，又調兵南下抵禦擴廓帖木兒軍隊。這個時候，孛羅帖木兒荒淫無度，在數月之內，共納40多女子為妾，整天與老的沙等人飲酒作樂，甚至酗酒殺人。朝臣都對他心懷恐懼，惠宗漸漸失去了對他的信任，於七月下密旨，命伯顏達兒等勇士斫死孛羅帖木兒。朝中傾軋、軍閥混戰以愛猷識里達臘和擴廓帖木兒的勝利而告一段落，步步退卻的惠宗僅僅保住了皇帝寶座，卻失去了自己統治的最後一根支柱。

妥懽帖睦爾生於延祐七年（公元1320年）四月，是元明宗和世王束的長子。童年時代，妥懽帖睦爾幾經劫難，備受冷遇。他還沒長到懂事的年齡，母親就撒手人世。9歲那年，叔父圖帖睦爾毒死他父親，篡奪了皇位，並以妥懽帖睦爾不是明宗的親生兒子為借口，將他放逐高麗的一個海島上，一年後，又移居廣西靜江（今廣西桂林）。

燕鐵木兒慫恿卜答失里立她自己的兒子燕鐵古思為帝，卜答里失覺得這樣做違背了丈夫遺詔，擔心招致朝野不滿，她主張擁立妥懽帖睦爾登位，並遣使去桂林迎接妥懽帖睦爾回京。妥懽帖睦爾見到來使，立即啟程北上。到京后，燕鐵木兒使用各種伎倆，一再拖延時日，使妥懽帖睦爾遲遲不能登上皇位。幾個月後，燕鐵木兒死，妥懽帖睦爾才在卜答失里和大臣們的擁戴下，于至順四年六月即皇帝位，這就是元惠宗。

至正二十八年閏七月二十八日，徐達率領明軍攻陷通州，惠宗聞知，不顧大臣們的再三勸請，決意出逃，當晚，惠宗率同后妃、太子和一些大臣，打開健德門逃出大都，經居庸關，奔向上都。

至正二十三年，孛羅帖木兒與割據陝西的擴廓帖木兒因地盤紛爭大打出手，愛猷識里達臘支持擴廓，惠宗袒護孛羅未果，后又被迫削去孛羅官爵，孛羅已經十分不滿，至正二十四年五月，愛猷識里達臘返回京城，再次下令擴廓帖木兒進討孛羅帖木兒。擴廓帖木兒九*九*藏*書分兵三路，一路由部將白瑣住率領，開赴京城御守，另外二路軍隊進逼孛羅帖木兒駐守的大同。孛羅帖木兒怒殺搠思監、朴不花二人，留下一部分軍隊守衛大同，他自己則帶著禿堅帖木兒、老的沙，率領主力大軍直搗大都，揚言要盡除朝中奸臣。京城大震，愛猷識里達臘親自率領軍隊迎戰，結果大敗而回，在白瑣住軍隊的護衛下匆匆逃往太原擴廓帖木兒軍中。孛羅帖木兒擁兵入城，偕同禿堅帖木兒、老的沙面見惠宗。惠宗當即任命孛羅帖木兒為中書左丞相，老的沙為中書平章政事，禿堅貼木兒為御史大夫。不久，又提升孛羅帖木兒為中書右丞相，節制天下軍馬，總攬國家大權。孛羅帖木兒上任后，立即殺了惠宗寵幸的「倚納」和近臣，驅逐西藏僧人，幽禁奇氏。

在此期間，惠宗起用搠思監為中書右丞相，漢人太平（原名賀惟一）為左丞相，他自己則不問政事，與嬪妃嬉遊無度。又寵信西藏僧人，為求長生設淫|亂之所，男女裸體雜處。哈麻為惠宗採選民間佳麗，讓她們裝扮成菩薩，號稱「天魔舞|女」，整天圍繞在惠宗身邊。二皇后奇氏實在看不下去，再三懇求他愛惜身體，不要受天魔舞|女迷惑，停止土木興建。惠宗勃然大怒，高聲喊道：「古今只我一人而已！」此後日益疏遠奇氏，奇氏見自己失寵，轉而拉攏朝中大臣，暗中招納不少高麗美女送給他們，以爭得外援。

在這期間，朱元璋的隊伍迅速崛起，直接威脅著元朝控制下的北方地區。朱元璋先後翦除群雄，聲威大震，決定派兵北伐，滅亡元朝。

伯顏自恃功高權重，毫無顧忌，又向蒙古諸王下了毒手。當時，蒙哥的後裔徹徹禿受封為郯王，伯顏的先祖是蒙哥家中的奴隸，按照蒙古傳統，伯顏一家應該世代尊蒙哥後裔為使長。伯顏覺得這是自家的奇恥大辱，於是，他在惠宗面前誣陷徹徹禿謀反，請求將他處死，惠宗不允，伯顏竟擅自行刑，使徹徹禿蒙冤而死。惠宗對伯顏的所做所為日益不滿，卻奈何不了他。

馬札兒台做了中書右丞相后，自恃輔佐皇帝剷除伯顏有功，私自在京城附近開酒館、糟坊，派人去南方販賣食鹽。脫脫恐遭非議，禍及自身，暗中九_九_藏_書讓人向惠宗告了一狀，上任僅半年的馬札兒台被迫辭職。至元六年（公元1340年）三月，惠宗任命脫脫為中書右丞相。惠宗即位后，先是建元「元統」（公元1333年～1334年），后改用忽必烈的年號「至元」（公元1335年～1340年），習慣上稱為「后至元」。1341年，妥懽帖睦爾改元「至正」，決定任用脫脫進行改革，廢除伯顏舊政，重振祖宗大業，大有恢復元朝盛世的向慕之志，史稱「更化」。

泰州人張士誠也隨紅巾軍起義，連戰連捷，于至正十四正月在高郵自立為王。九月，脫脫派大軍攻打高郵，不久自己反遭中書右丞哈麻彈劾，流放雲南，並被哈麻毒死。張士城趁元軍陣前易將大亂之機出兵敗之。高郵之戰後，潰散的元軍不少人投靠了紅巾軍。元朝政府軍隊一蹶不振，惠宗不得不改變排漢政策，鼓勵和依靠豪強地主武裝去鎮壓農民起義，他廉價地授予地主武裝頭目以萬戶、千戶等官銜，這樣，相繼出現了幾支靠鎮壓農民起義發跡的地主武裝，其中最主要的是答失八都魯和察罕帖木兒兩股勢力。

至正十一年五月，治河民工韓山童、劉福通發動起義，推舉韓山童為明王，以紅巾為號。起義軍一舉攻佔潁州（今安徽阜陽），揭開了轟轟烈烈的元末農民大起義的序幕。

剷除伯顏時，惠宗已21歲，他封馬札兒台為太師和中書右丞相，脫脫知樞密院事，總領諸衛親軍，脫脫的弟弟也先帖木兒為御史大夫，馬札兒台父子總攬軍政大權。這時，正宮皇后伯顏忽都所生兩歲的兒子不幸夭折，二皇后奇氏生下一子，取名愛猷識里達臘，深得惠宗喜愛。

至元六年（公元1340年）二月初的一天，伯顏邀請惠宗出遊打獵，一向好動的惠宗心存戒心，託詞身體不適，不能前去，伯顏就邀了太子燕鐵古思出獵柳林（今北京市西南郊）。伯顏侄子脫脫早已對伯父權傾朝野，觸怒君王感到不安，為了保全自己，他向惠宗獻計謀逐伯顏，此時惠宗見時機成熟，急忙與阿魯、世傑班商討對策，秘密派人去柳林接太子回京，二月十五日，下令封鎖京師城門。當晚，惠宗召集大臣，草擬詔書，驅逐伯顏，貶他為河南行九_九_藏_書省左丞相，當夜遣使急赴柳林宣詔。第二天，伯顏派人到京師城下詢問事由，脫脫站在城上宣讀聖旨：「隨從伯顏者一概無罪，可以即刻解散，各還本衛所，犯罪的只是伯顏一人。」伯顏又請求入城向惠宗辭行，使者不許，對他說：「皇帝有令，命丞相立即動身，不必辭行。」伯顏只得俯首聽命，被遠徏于河南，病死在途中。與伯顏過往甚密的皇太后卜答失里也沒能倖免。惠宗又聽說叔父圖帖睦爾在位時公開說他不是明宗的親生兒子，立即追究父親被毒死一案，下詔撤除文宗廟主，將卜答失里削去后號，貶居東安州（今河北安次縣），太子燕鐵古思流放高麗，中途遇害。至此，惠宗終算報了殺父之仇。

圖帖睦爾晚年，對弒兄奪位一事深感懊悔。至順三年（公元1332年）八月，圖帖睦爾臨終囑咐眾人，皇位由明宗之子繼承。圖帖睦爾死後，皇后卜答失里和權臣燕鐵木兒控制了朝中大權，二人經過周密策劃，決定擁立明宗年僅7歲的二兒子懿瞵質班繼承皇位，誰知這位小皇帝只做了43天便一命嗚呼，皇位再度虛懸，卜答失里臨時攝政。

至正二十八年正月，朱元璋在南京稱帝，建國號為明。二月，明將徐達率軍攻佔山東各地，接著回師河南，兵鋒直指汴梁、洛陽。而元朝軍閥內戰仍在繼續。這年閏七月，惠宗見局勢不妙，心中發怵，只好再恢復擴廓帖木兒河南王和中書左丞相的職務，讓他率軍南下，幻想依靠他挽回敗局。這時，明軍已經會師山東臨清，直趨大都。

八月二日，徐達率軍攻入大都，至此，統治了97年的元朝政權宣告結束。明洪武三年（公元1370年）四月，做了36年皇帝的惠宗因痢疾死於應昌（今內蒙古達里諾爾西南），謚號「順帝」，時年51歲。廟號「惠宗」。

惠宗登基之時，蒙古統治已走向衰亡，前人留給他的是一個破爛的架子。然而，皇帝年幼，根本不問國事，只知同女子遊玩嬉戲。這樣朝中大權全由伯顏和燕鐵木兒兩大家族所壟斷。

元順帝，名妥懽睦爾，是明宗長子，母罕祿魯氏。延祐七年生，明洪武三年病死。公元1333～1368年在位。