二說，認為惠帝並沒有「闔宮自焚」，而是化裝由地道逃出京城，以後乘舟遠去，隱姓埋名，剃度為僧，在江浙一帶上岸之後，浪跡天涯數10年，雲遊于滇、黔、巴、蜀之間。史載朱棣即位后，自1405年始，派太監鄭和率領龐大的船隊七下西洋，不只為加強中外經濟文化交流，還帶有尋找惠帝蹤跡，以防後患的秘密使命。

耿炳文領命出師，兵眾號稱30萬，實際上只調集13萬人馬。足智多謀的燕王朱棣對耿炳文的用兵之術了如指掌。在中秋之夜，他乘南軍不備，將南軍先鋒部隊全部殲滅。接著又在滹沱河的北岸，大敗耿炳文的主力部隊。

在朱元璋的眾多子孫中，堪與朱允炆競爭皇儲的惟有朱元璋的第四子、朱允炆的叔叔朱棣。

為出師有名，爭取輿論，朱棣援引父親朱元璋《祖訓》中所訓示的「朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側」為理由，直指齊泰、黃子澄為奸逆，須加誅討。自稱舉兵為「靖難」。這就是歷史上著名的「靖難之役。」

不久，南京連下朝旨，嚴責朱棣兒子朱高煦擅殺吏民。並將燕王府官吏于諒、周鐸捕戮京師。朱棣見勢不妙，為減輕惠帝的戒心，示以他無力爭奪皇位，便佯裝狂夫，披頭散髮，語言顛倒，走呼街頭。他時而搶食市人酒飯，時而奄卧溝渠，竟日不起。

燕兵入城，惠帝去向何處？其說有二，各有道理，但又難以定論，遂成為明史一大疑案。

九月，朱棣依計率燕軍赴援永平。臨行時再三告誡留守北平的長子朱高熾說：「李景隆殺來，只宜堅守，不能出戰。」他臨走時，又故意撤去了蘆溝橋上的守兵，以引誘李景隆深入。李景隆不知是計，聽說朱棣已率師援救永平，果然於十月匆匆忙忙驅兵直殺北平而來。大軍過蘆溝橋時，沒見一個兵士守衛，便喜不自勝地說：「不守此橋，我看他是無能為力了。」真以為北平唾手可得，遂命大軍直遙北平城下九九藏書。

事情拖到了洪武二十五年（公元1392年），朱元璋已到60多歲，不立儲已不行了。經過了長時間對朱允炆和朱棣的觀察思索后，朱元璋最後還是下決心要立燕王朱棣為太子。這年九月，朱元璋親自召集群臣會議，商量立儲事宜。朱元璋說：「國家不幸，太子竟亡。古稱國有長君，方足福民，朕意欲立燕王，卿等以為何如？」

朱棣對此懷恨在心。其他諸位親王雖未起行，但也心懷不滿。特別是幾位年紀較大的塞王，都是久經戰陣，屢建功勛的人物，手裡又握有重兵。當然不把年輕孱弱，又無治國安邦經驗的侄兒放在眼裡。這樣一來，不敬之語常出王府，違法之事時有發生。而幾乎成為太子，深受父皇寵愛的朱棣對最後都不能望父皇一眼以盡孝心更是恨恨不平。

朱元璋臨死前曾留有遺詔，令諸王鎮守國中，毋須來京。諸王均依照父皇的詔令，遣使弔唁，惟有燕王朱棣不顧父命，星夜南下，當其人馬即將到達淮安時，被兵部尚書齊泰偵知，即稟報惠帝，遣使出阻，促令他還國燕京。

朱棣的不軌行為被惠帝獲悉。針對此種局勢，惠帝即刻召齊泰、黃子澄等入殿，再次共商對策。這些大臣不久一致主張儘快削藩。但考慮燕王蓄謀已久，恐倉猝下手又引起大亂，這樣計劃先削廢周、齊等弱藩，翦除燕王的手足，待時機成熟后，再一舉廢除燕王。

另有史載，逃出宮廷隱匿名民間的惠帝在正統朝恢複本來面目，得到明英宗認可，入居宮中，壽年而終。死後葬于北京西山。

敗績傳入京師，惠帝異常懊惱，便召問齊泰、黃子澄對策。黃子澄回道：「勝敗兵家常事，不足深慮。臣以為曹國公李景隆，材堪大用，不如改任他來代替耿炳文。」

當時，遼東方面的明朝軍隊受命進攻已被朱棣控制的永平，永平被圍，軍報告急。朱棣同諸將計議說：「我在這裏，李景隆不敢來hｔｔps://rｅad•９9cｓｗ•coｍ攻。我若率軍去援救永平，他準會乘虛而入來攻打北平。到那時我再回師北平，內外夾擊，李景隆就大敗無疑了。」但諸將都感到北平守兵太少，不敢冒此危險怕丟了根本之地。朱棣說：「城中之眾，以戰則不足，以守則有餘。我此去不只為救永平，還要引誘李景隆來就擒，一舉而兩得。」

內外布署完畢，惠帝便於洪武三十一年八月，密令曹國公李景隆率兵千人，奇襲開封，把分封此地的周王朱木肅及妃嬪人等，統行拿下，押解至京，廢為平民，貶謫雲南。后又召木肅還京，錮禁獄中。

惠帝即拜李景隆為大將軍，並調集諸路50萬兵馬，進兵河間，以報南軍敗績之仇。

朱棣在擊敗永平的遼東軍隊，又設計攻破另一重鎮大寧，收編了大批軍隊之後，回師北平，與堅守在城內的長子高熾裡應外合，發起了對南軍的全面反擊，李景隆哪裡抵擋得住燕軍潮水般的攻擊，由於害怕，竟獨自連夜逃往德州。南軍將士見主帥已逃亡，也無心再戰，丟下糧草兵械，紛紛潰降。

經過一番爭論，朱元璋難以說服眾臣，只得屈服於祖制儀禮，含淚收回了愛子朱棣為儲的提議，決定立朱允炆為皇太孫。朱棣立儲落馬，自然憤憤不平。

張昺、謝貴見此情景，不由不信以為真。但誰知燕王府官吏葛誠說：「燕王詐疾，公等慎勿為欺。」兩人聞后，正在猶豫間，惠帝已親自審訊逮至京師的燕王百戶官鄧庸，獲悉燕王謀反的確鑿證據，因此嚴令張昺、謝貴和北平都指揮張信一起，內外呼合，逮捕朱棣。張信過去曾被朱棣信用，接到抓捕朱棣旨令后，一時竟不知所措，便把自己的心事偷偷向母親敘說了。其母聞言大驚，執意勸子抗命不從。張信權衡利害，果遵母命。他換上便服，乘著婦人車，偷偷進入燕王府，將皇帝下旨掩捕朱棣的消息，一一密報于燕王朱棣。

惠帝信以為真，喜不自勝，即封李景隆https://read.99csw.com為太子太師。李景隆因禍得福，轉危為安，對黃子澄自然是感激不盡。建文二年（公元1400年）四月，李景隆在惠帝的多次催促下，不得不誓師德州，率兵60萬與朱棣于白溝河（今河北省雄縣北）展開決戰。這場惡戰，兩軍只殺得山搖地動，日暗天昏，結果李景隆又遭慘敗。南軍被殺死、蹂躪和溺死者達十幾萬，橫屍百里，慘不忍睹。戰亂之中，李景隆又潛逃德州，他連御賜的璽書、斧鋮也給丟棄了。南軍拋棄的器械輜重好似山積。

一說，當燕王朱棣「靖難軍」打入京師，惠帝聞報，命人點起大火，含淚偕同皇后等投火自盡。

「靖難」始初，惠帝對頻頻傳來的惡訊還並不在意，只是採取了一些常規的防範措施。首先是祭告太廟，削去朱棣屬籍，廢為庶人，然後是命長興侯耿炳文為征虜大將軍，率師討伐。

朱棣獲悉朝旨，跪謝張信救命之恩，且當機立斷，先發制人。首先設計謀殺了前來掩撲朱棣的張昺、謝貴等，之後于建文元年秋七月，毅然起兵抗命造反。

建文四年五月，燕兵過關斬將，向南節節推進。在擊敗扼守淮河南岸的盛庸軍隊之後，乘勝渡過淮水，攻下揚州、高郵、通州（今江蘇南通）、泰州等江北重地后，屯兵鎮江，休養數日，待機進擊京城。

短短數日，五位親王先後被廢黜，暫還苟安的其他親王俱為震恐。尤其是燕王朱棣，左顧右盼，愈覺大禍即將臨頭。

年輕的惠帝對諸叔父的勢力過大也深感不安，經過一番思考後，他接受了一些親信大臣的意見，決心削平諸叔父的獨立王國。加強中央皇權。這一天他召來親信大臣，原來自己的老師黃子澄計議。黃子澄舉漢平七國的故例啟示惠帝，惠帝對此歡慰不已。

自太祖朱元璋奠基開國，到思宗朱由檢煤山殉國，明代200多年的歷史中，有一位在位僅僅4年的悲劇人物，他就是明太祖朱元璋的嫡孫——朱允炆。

朱允九九藏書炆沒有廟號，清乾隆元年，追謚為「恭閔惠皇帝」。

朱棣聞聽京師易將，竟命李景隆披挂帥印，喜不自禁地說：「從前漢高祖用兵如神，還只能將兵10萬。景隆豎子，寡謀而驕，給他50萬眾，這正是自取敗亡。」

在削除弱藩時，為了防燕王產生異動，惠帝依照齊泰等的建議，先對燕王做了充分防範。首先命工部侍郎張昺為北平政使控制行政，再命都指揮謝貴、張信，分掌北平都司事宜，掌握軍隊。最後命令都督宋忠，出屯開平，外稱為的是防禦外寇。最後調遣都督耿王獻，練兵山海關，徐凱練兵臨清，以行戒備對北平呈包圍之勢。

朱棣沉鷙智勇，屢建戰功，朱元璋曾誇讚說他酷肖自己。因而在皇族中，朱棣特別受到父皇的鍾愛。但朱棣不是皇后所生，即不是嫡出。按封建社會有嫡立嫡無嫡立長的禮法，朱棣沒有被立太子的資格。皇嫡長子朱允炆才被選立。但朱允炆性格酷似其父親朱標，優柔寡斷，所以朱元璋常常擔憂，生怕一旦立允炆為皇孫，難成重器，毀了大明江山。

洪武三十一年閏五月，太祖朱元璋病逝。22歲的皇太孫朱允炆登基即大明皇帝位，成為明朝第二代皇帝，是為明惠帝。以第二年為建文元年，但隨著朱元璋的去世和朱允炆的嗣位，一場鞏固皇權和奪取皇權的鬥爭就越來越激烈地展開了。

朱棣乘勝追擊，兵圍德州。李景隆又棄德州，逃命于濟南。朱棣還是尾追不舍。李景隆只得倉猝迎戰。十幾萬南軍布陣未定，就被燕軍衝垮。

李景隆兵敗北平的消息傳到京師后，被黃子澄暗暗匿住。他怕承擔誤薦之責，竟向惠帝謊奏景隆北平交戰獲勝，因天寒難以用兵，暫退德州，待明春再戰。

接著惠帝又于建文元年（公元1399年）初，以有人告發岷王朱梗違法為由，下令將其廢為庶人。不久，又有人告發分封在荊州的湘王朱柏有不法行為，朱柏獲悉自己被告發，全家自焚而死。接著齊王朱木尊也被削為hｔtps://ｒｅaｄ•99csw•ｃom平民，不久惠帝又下令將代王朱桂囚禁于高牆。

惠帝閱畢，次日即召卓敬入殿密議。但誰知事機不密，不久新主削藩的流言便很快傳遍京師內外。朱棣聞訊后，哪肯束手待斃，一面上書稱病，一面在王宮中私制兵器，招兵買馬，搜羅異人術士，加快了應付事變，奪取皇權的步伐。

惠帝見大勢已去，只得派人前去北營前求和，可是這時的朱棣根本不予理睬，揮兵直逼金陵城下。這時李景隆和朱棣的弟弟谷王朱橞正在京城內率兵把守金川門，他們見朱棣已兵臨城下，便開門迎降，燕兵即刻沖入金陵。

誰知朱元璋話音落地，翰林學士劉三吾即抗奏道：「皇孫年富，且系嫡出，孫承嫡統，是古今的通禮。」其他大臣也紛紛表示，應尊重禮法，父死子繼，嫡庶有別。

張昺、謝貴聞聽燕王病重，不信，便入邸問候。雖時值盛夏，紅日炎炎，而燕王府邸內卻設火爐，爐火熊熊。家人雖大汗淋淋，惟獨朱棣身披羔裘，兀坐爐旁，還連呼天寒。

朱高熾嚴遵父命，督師固守，連城中的婦女也被動員出來參戰。李景隆所統率的南軍，卻號令不嚴，指揮不當。兵馬雖眾，但膽小怕死，不敢向前。惟有都督瞿能，勇敢善戰，親自與兩個兒子率領千余精騎，直攻張掖門。眼見就要大功告成，登上城門。但李景隆滿懷忌恨，惟恐瞿能父子得了頭功，在需要增援時，不僅不發援兵，反而勒令緩攻。燕軍藉此喘息機會，連夜潑水于城牆，天寒地凍，第二天城牆上掛遍冰凌，無法登攀，南軍就這樣失去了攻城的機會。

朱元璋一生迭納數妃，生有26子。長子朱標在被立為太子25年後突然病死。朱標有5子，長子英早亡。身為朱標第二子的朱允炆便成了大明王朝第二代皇儲的重要人選。

兩人密語不久，惠帝又收到了戶部侍郎卓敬的秘密奏書，勸告允炆：「燕王智慮過人，酷類先帝，現在鎮撫北平，地勢形勝，士馬精強，萬一有變，不易控制，應徙封南昌為是。」