北部的邊防漏洞百出，烽煙常起，南方也不那麼平靜，從遼東經山東到廣東漫長的海岸線上，時時傳來警號。弄得人心惶惶。給堂堂天朝帶來麻煩的是隔海相望的日本。日本在明初恰是諸侯爭戰時期，藩侯們在兼并戰爭中大打出手，互有勝負，因失敗而失掉軍職的武士，演變為萍蹤無跡的「浪人」。藩侯為了滿足自己的奢侈慾望，並解決財政困難，常常組織商人和浪人到中國大陸走私貿易和掠奪。落魄武士掠奪財富的慾望，一點也不比北方的俺答遜色。中國人把這些身材矮小，專干打家掠舍營生的不速之客，叫做「倭寇」。

正德十六年三月，從這裏走出了翩翩少年朱厚熜，他揮淚告別漢水邊的故土，入繼大統，成為明代第十一位皇帝，廟號「世宗」。

正當倭寇長期不得平定的時候，明軍里出現了名將戚繼光，他與俞大猷、劉顯等軍事將領一道，精心組織戰鬥，終於解決了倭患。戚繼光于嘉靖三十四年調任浙江，第二年升為參將，他感到海防士兵的戰鬥力太差，就在義烏招募了新軍。戚繼光對這支軍隊進行了嚴格的訓練，創造了「鴛鴦陣」戰術，使其成為能打硬仗的精銳之師，屢立戰功，被譽為「戚家軍」。「戚家軍」在短短几年中，由浙東打到福建，幾經征戰，倭寇聞之喪膽。嘉靖四十二年，為了徹底解決福建的倭患，朝廷調俞大猷為福建總兵，調戚繼光為副總兵。戚繼光再度由浙入閩，與俞大猷以及馳援的廣東總兵官劉顯，兵分三路進攻平海。戚家軍首先登上敵壘，劉、俞的部隊相繼突入，「斬首兩千二百」。戚繼光因戰功升都督同知，世蔭千戶，並代俞大猷為總兵官。第二年春，戚繼光又相繼敗寇于仙游、王倉坪、蔡丕嶺等地，斬獲甚多。福建平定之後，廣東東部還有兩萬多倭寇，朝廷又命俞大猷為廣東總兵，在兩廣提督吳桂芳的支持下，明軍奮力掩殺，擊敗倭寇于海豐等地，將之擒斬殆盡。至此，倭寇一蹶不振，漸漸地退出了沿海一帶，不足以構成倭患，南方趨於平安。

嘉靖二十九年（公元1550年）六月，北方韃靼部首領俺答率軍進攻大同，總兵張達和副總兵林椿皆在血戰中喪生，守軍全軍覆沒。八月，俺答移兵東去，由薊鎮攻破古北口，明軍倉促迎戰，又是一觸即潰。俺答揮軍前進，越過通州、密雲，直抵北京城下。勝利者在安定門外紮下大營，大肆掠奪村落居民，焚燒廬舍，火光日夜不絕。世宗不理朝事，因此有關俺答進犯的消息，以前他一無所知。兵臨城下后，經禮部尚書徐堅一再督請，他才到御天殿召集文武百官議事。大臣稟報實情后，他才意識到災難已經降臨，慌亂之中，竟記不起兵部尚書是哪位，當著兵部尚書丁汝夔的面，驚呼道：「兵部尚書在哪裡？趕快傳旨出去，讓他馬上來見我啊！」

世宗對嚴嵩的看法漸漸有了變化。嚴嵩掌權之時，正是「南倭北虜」最嚴重的時期，由於俺答的進攻，從嘉靖二十九年到四十二年，京師出現過3次戒嚴，倭寇的騷擾則遍及東南沿海各省，國家財政日益危機。嘉靖二十三年（公元1544年）戶部報告：財政赤字達147萬兩，32年赤字又上升到373萬兩。這個責任，首輔是不可推卻的。另外，嚴嵩的淫|威能讓朝臣側目，卻緘不住道士之口。有一個名叫藍道行的道士很博世宗喜歡，信以為神。一日，世宗召藍道士扶乩，卜問神仙是否會降臨，又問長生的訣竅，道士用乩筆胡寫了幾句話，無非是清心養性、恭默無為等等。世宗又問現在輔臣何人最賢，道士口中念念有詞，乩筆寫出嚴嵩是妨賢的大蠹，大蠹不除，何以有賢？世宗不相信，又問：「真如上仙講的那樣，何不降災誅之？」道士又寫：「留待皇帝正法。」世宗不便再問，內心微有所動。

替朱厚熜想到繼承關係，并力主由他登基的，是遠在京城的朝廷內閣首輔楊廷和。武宗死後，因為無子可繼皇位，慈壽皇太后張氏命令內閣議所當立。早有準備的楊廷和第一個發言說：「兄終弟及，按序厚熜當立。」皇太后對楊廷和的建議沒有提出異議，批准寫進大行皇帝遺詔，立即執行。

明正德十六年時朱厚熜只有15歲，他的父親朱祐杬前年剛剛去世，按照明朝的禮法，朱厚熜13歲時就以世子經理王府事務，不久前又被特命承襲王位，小小年紀就已擁有了一個親王的種種特權。

世宗信奉道教，努力嘗試各種成仙之術，自我感覺不錯，從中獲得了極大的樂趣。但他並沒有遵循道家「清心寡欲」的教規，而是頻頻派人到民間挑選淑女數千。進宮的女子兼有供他淫樂和驅使的雙重身份，備受欺凌侮辱，於是奮起反抗。嘉靖二十一年十月二十一日，世宗在端妃處尋歡作樂，過後精神不支，倒頭大睡。趁端妃不在的當兒，宮女楊金英招呼了十幾個姐妹，一涌而上，一個人用黃綾抹布蒙住世宗的臉，餘下的九-九-藏-書將他捺住。然後，楊金英用繩子系住他的脖子，由兩個宮女各執一端，使勁地拉。但楊金英在結繩時誤拴成死扣，因此幾個宮女勒了半天只是把他勒昏，並沒勒死。皇後方氏得到消息帶了太監火急趕到，從宮女手中搶出了他。造反的宮女第二天就被處死，端妃曹氏和寧嬪王氏因受牽涉，也在宮中被處死。

楊廷和去職后，禮儀之爭達到了白熱化程度。新任禮部尚書汪俊，對來自南京的疏奏堅決反對，但世宗再不肯放過這一機會，直逼到汪俊同意將興獻帝改為興獻皇帝仍不罷休，又下令讓張璁、桂萼進京官複原職。張璁、桂萼動身之前又上一疏，提出「禮儀不在皇與不皇，而在考與不考。」世宗於是敕諭禮部，追尊興獻皇帝為本生皇考恭穆獻皇帝，令禮部在奉先殿側另建一室，安放皇考神主。汪俊不肯從命辭職還家。世宗令席書繼任。大學士蔣冕見世宗撇開內閣，一意孤行，也學了楊廷和憤然去職。世宗不為所動，讓石瑤擔任文淵閣大學士，石瑤不事阿諛，上任后即奏請世宗停召張璁、桂萼。張、桂這時正在半路，風聞讓他們回任，再次上疏，說「從邸報上看到尊號上仍帶有『本生』二字，此與皇叔無異，禮官有意欺君，願來京當面質詢」云云。世宗看后急召二人火速入京。二人入京后立即被任命為翰林學士，專門負責儀禮事宜。七月，世宗根據二人的奏報，傳諭內閣除去父母尊號中的「本生」二字，大學士毛紀等人力言不可，世宗怒氣沖沖找到毛紀，責備道：「你們眼裡沒有我，難道還讓我眼裡沒有父親嗎？！」接著將百官召到左順門，頒示手敕，限四日恭上冊寶。朝臣們從世宗不容置疑的口吻中，感到事態到了最後關頭。七月十五日早朝後，修撰楊慎說：「國家養士百余年，節仗死義，正在今日！」當下得到許多大臣贊同，他與吏部侍郎何孟春等九卿以下237人，一齊跪在左順門下，高呼孝宗皇帝。內閣大學士毛紀、石瑤聽說后，也加入了跪伏的行列。世宗勸過兩次后，不見收斂，大怒，遣錦衣衛逮捕了為首者8人，楊慎見此情景撼門大哭，眾人也一起大放悲聲，聲震闕廷。世宗愈發惱怒，又指使廠衛抓了134人。兩天後，他下令將為首者發配到邊地，其餘四品以上者奪俸，五品以下杖之，有16人因受刑過重，先後斃命。毛紀上疏營救，世宗毫不客氣地斥責了他，說他要結朋奸，背君報私。毛紀受辱不過，負氣辭職。就在一片棒打聲中，朱祐杬的神主自安陸迎到北京，擺放進奉先殿旁新建的觀德殿內，上冊寶，尊號曰「皇考恭穆獻皇帝」。至此，歷時3年、震動朝野的「禮儀」一案以世宗的勝利而告一段落。

到了嘉靖三年正月，被貶到南京的張璁和南京吏部主事桂萼，看到世宗立足已穩，揣測帝意，又上書重提舊案，要求「速下詔旨，循名考實，稱興獻帝為皇考。」世宗見到疏奏，連連點頭，嘆賞說：「此疏太重要了，天理綱常，要仗它來維持了。」下詔廷臣集議。楊廷和見他故態復萌，料自己也無回天之力，決意辭職，與他一同要求辭職的，還有禮部尚書毛澄。世宗在辭呈上寫了「聽之去」三個字，言官們向他請求留下二人，世宗一言不發，用沉默表示了自己的強硬態度。最後楊廷和被削職為民。

齋醮儀式上，需用寫給「天神」的奏章表文，一般為駢麗體，因用硃筆寫在青藤紙上，故稱為「青詞」。世宗把能否寫好青詞作為衡量文臣學識高下的標準，許多大臣為了取得他的青睞，終日琢磨青詞的寫法。醮事不斷，青詞也就花樣翻新，滿朝之中，形成了攀比撰寫青詞高下之風。

嚴嵩倒台之後，徐階代為首輔。世宗將嚴嵩值班用的房子賜給了徐階。徐階對世宗感恩不盡，研墨揮毫寫了3句話，讓人裝裱起來掛在值房裡面：以威福還主上，以政務還諸司，以刑賞還公論。他依照這3句話主持政務，做了一些好事，使嘉靖一朝在最後的5年裡稍許有點像樣，朝臣們推他為「名相」。世宗對他感到很滿意，其信任程度，超過了嚴嵩。

湖北小城安陸，是一方富庶的綠洲。明弘治年間，這裏多了一座興獻王府，憲宗朱見深的第四子、孝宗朱祐樘的弟弟朱祐杬，被封在此地做藩王。

嚴嵩本是禮部右侍郎，嘉靖七年曾奉世宗之命去安陸祭告興獻帝陵墓，事畢獻媚說：「我走了一路，先祖家鄉處處應時細雨霽霽，當載神主的船過河時，連河水都陡然高漲，真是天意啊。」世宗因此對他很賞識。這以後嚴嵩一邊巴結當時的內閣首輔夏言，一邊又在世宗面前講夏言的壞話，終於博得了世宗對他的充分信任，漸漸地鋪平了進入內閣的道路。

京城的防務落到了丁汝夔的肩上。他點閱京軍冊籍時，發現多系虛數，只有四五萬老弱殘兵拼成臨時隊伍，以應守城之急。幸好這時趕來了援軍，世宗命令帶九*九*藏*書兵而來的仇鸞為平虜大將軍，統帥各路援軍。仇鸞率領的10餘萬兵馬，眼睜睜看著俺答縱兵大肆掠奪，沒人出陣發射一矢一彈。原因不是士兵怯戰，而是他們接到了十分荒唐的避戰命令。丁汝夔在援軍抵達后，找到了嚴嵩，詢問是主戰還是主守。嚴嵩說：「在邊防上打了敗仗，還可以隱瞞，在這裏打敗了，誰人不曉？當然是堅壁勿戰，保存實力，等敵人掠奪夠了，自然就會退走。」丁汝夔依計而行。俺答率軍殺掠了8天，開始退軍。臨行前俺答差人送給世宗一封信，要求互通貿易，開放馬市，通篇是威脅恫嚇之詞。世宗接到信后，誤以為俺答攻城在即，急令禮部準備大量的皮幣珠玉，打算屈膝求和。俺答不知明朝中虛實，拔寨早了一些，沒有得到這份豐厚的禮物，以後俺答蒙古又曾兩次兵臨京師城下，縱兵飽掠，世宗仍是聽之任之，使京郊百姓飽受了兵燹之苦。

嘉靖三年冬，世宗聽說江西道士邵元節有長生之術，下詔將他召進皇宮，交談后大加寵信，敕封其為「至一真人」，為他在京城中建了真人府，總領道教。邵元節將宮中原設的齋醮，重新整理了一番，上上下下跟著這個方士，忙得一塌糊塗。

四月二十二日，風塵僕僕的朱厚熜由安陸來到了京城郊外。內閣用對待皇太子的禮儀迎接他，但朱厚熜憑藉掌握的禮儀知識，拒絕參加這個儀式，他責問叩問緣故的眾臣說：「遺詔寫得很清楚，我遵照兄終弟及的祖訓嗣皇帝位，你們按照太子禮的方式迎接我，難道我是來做太子的嗎？！」新君的機敏和強硬態度，出乎大臣們的意料，大學士們只好重新做出安排，改由皇太后率文武百官上表勸進。勸進表上了3次，朱厚熜感到名正言順后，才于中午時分起身，自大明門進入宮中。他先是派官員代表去祭告宗廟、社稷，然後謁拜列祖神位，然後去問候皇太后。即位典禮當日就在奉天殿舉行，朱厚熜為自己選擇的年號是嘉靖，意在平亂求治，力除弊政，繁榮帝國。

世宗年齡不大，不乏求治之心。他在安陸管理彈丸大的封地，積累了一些統治經驗。武宗留給他的是一個爛攤子，內外交困，百廢待興，人心極不穩定。他明白治理朝政需要的是什麼，由此他賞識和重用楊廷和。在楊廷和的輔佐下，世宗對武宗時期的弊政進行了一番改革：誅殺了武宗的佞臣江彬、錢寧，將太監谷大用、邱聚降職去司守孝陵，迫使太監魏彬、張永交出權力閑住；兩次裁汰了錦衣衛及內監局的冒濫軍校、匠役共18萬餘人；提拔了一些正直官員，委以重任；放走內苑的珍禽異獸，明令各地不許再獻；減少漕糧1532000石。對即位之前楊廷和調邊軍還鎮、關閉不成體統的皇店、送還全國進獻美女等舉動，給予了肯定。當楊廷和因為從宮中驅逐武宗的義子、裁汰冗員引起失職之徒的仇恨，有人揚言要報復時，世宗的反應極其迅速，下令調撥了百余名軍士，日夜對楊廷和進行特殊保護。嘉靖元年十月，有大臣上疏，指出宦官出鎮不足取，說他們平日里安享尊榮，肆毒百姓，遇變則心懷顧望，極不可靠。世宗非常贊同這一看法，不久就下詔將派駐在各州府的宦官召回京城，並且一直沒有復派，時間長達40餘年。在不長的時間里，世宗以世人眼花繚亂的果敢舉動，顯示了他的威儀，緩和了社會矛盾，天下臣民盛稱新天子聖明，歌頌楊廷和功高。

沿海一帶戰事頻仍、在將士們浴血奮戰的這段漫長時間里，朝廷中無形的戰場也在大力廝殺，血腥味十足。首輔嚴嵩雖然手段高明，掌權的時間也比較長，但最終敗給了徐階。徐階也以善於炮製青詞見長，世宗對他比較信任。由於夏言生前曾向世宗推薦過徐階，嚴嵩對此人十分警惕。徐階覺出了這一危險，耍了一個手腕，對嚴嵩假意逢迎，不露半點鋒芒。時間久了，嚴嵩也就麻痹大意，不再事事監視這個潛在的敵手，讓他順利地升到了禮部尚書兼東閣大學士，參与機務。徐階職務高了，自然與世宗接觸也多了，因此，有可能對他加以影響。

世宗服食的丹藥，有不少是用水銀製成的劇毒品，吃下去之後，造成的後果十分可怕。世宗的身體本來就不健康，長期的慢性中毒，使他四肢麻木，臉上呈暗灰色，走路搖搖晃晃，說話也變得相當困難。大臣們見到他，莫不從內心替他感到擔憂，特別是徐階。為了讓方士們有所收斂，徐階殺掉了自稱要向世宗獻劇毒丹藥的方士藍田玉，并力勸世宗不要服食水銀。世宗對徐階沒有責備，但也沒聽徐階的苦勸。嘉靖四十四年正月，陝西方士王金等人偽造了《諸品仙方》、《養老新書》與炮製的金石葯一起獻給世宗。這些葯成份不明，世宗吃下之後，頓時感到頭暈目眩，鼻孔中流出鮮血，很快就不省人事了。經太醫的救治，世宗才蘇醒過來。此後，他一直卧床不起。嘉靖四九*九*藏*書十五年十二月十四日清晨，世宗突然變得精神飽滿，周身不再覺得疼痛。日夜守候在他身邊的徐階感到大事不好，連忙下令將他從西苑搬出，抬回乾清官。沒有多久，世宗就咽了氣，時年60歲。

宮婢造反給世宗敲了一記警鐘，不過他並未覺悟，甚至認為大難不死也是尊崇天神的結果。但從此以後，他再也不敢住在乾清宮，並宣稱自己是塵世外的人，郊廟不親，朝講盡廢，專心奉玄修道，不與任何妃子和宮女見面，也不跟大臣們見面。滿朝文武，也就是知道有這麼位皇帝罷了。

明初朝廷曾在沿海設置防倭衛所，添造戰船，所以倭寇未醞成大患。到了嘉靖時，海防糟到了不能再糟的地步，浙、閩沿海衛所，戰船十僅存一二，士兵也只剩原先的十分之四。日本人對明朝廷的畏懼之心，已掃蕩無餘。世宗對日益猖獗的倭患，缺少有效的打擊措施。他認為平患的最好方法，就是關閉官方向海外進行貿易的大門，實行海禁。這個貌似決斷，實則愚蠢的政策，從嘉靖二年起，就在沿海實施，但收效適得其反。倭寇們有的依靠「浪人」組成武裝走私集團，能貿易就貿易，有機會就無本萬利地大肆搶劫一把。還有的與中國沿海的奸徒勾結，搶掠地方大發橫財。

嘉靖十八年（公元1539年）邵元節病死，世宗這時正在安陸謁墓，聽到這一消息，哀慟不已，親書手諭，派太監及錦衣衛護喪歸籍。邵元節死前曾給世宗介紹了方士陶仲文。陶仲文教唆世宗用童女初潮的經血做原料，製作「元性純紅丹」，說服后可以長生不老。世宗信以為真，傳諭各處的地方官，挑選了300餘童女入宮，為製藥做準備。在不太長的時間里，陶仲文又贏得了世宗的寵信，平步青雲，官至少保、禮部尚書，又兼少傅，食一品俸，總領道教之事，後來，又加封為少師。陶仲文的子孫、徒弟也大批被錄用在朝廷做官。

嚴嵩已經失寵，朝廷中想要扳倒嚴嵩的官員們就加緊行動起來。有一次天下大雨，御史鄒應龍就便到一個太監家中躲避，兩人閑聊之中，太監不覺提到了藍道行的乩言以及皇上對嚴嵩的種種不滿。鄒應龍見有機可乘，寫了一個奏文彈劾嚴嵩父子，次日就送了上去。世宗展開來看，大抵是彈劾嚴世藩假父親權勢，貪贓枉法，干亂朝政，不敬不孝，等等，連帶著也奏嚴嵩溺子之過，疏奏最後寫道「如有不實之辭，寧願被斬首以謝嚴家父子。」世宗讀罷奏疏，即召徐階商議如何處理。徐階將左右的宦官屏退，小心翼翼地對他說：「嚴家父子罪惡昭彰，陛下要果斷處置，不然可能發生事變。」世宗於是發錦衣衛馳入嚴府，宣讀詔書，勒令嚴嵩致仕回鄉，並逮嚴世藩入獄，其後謫戍雷州（今廣東雷州半島）。嚴嵩布在朝中的心腹，盡被彈劾，陸陸續續被罷了官職。

嘉靖四十年，嚴嵩妻歐陽氏病死了，按理其子嚴世藩應護喪歸故，可嚴嵩卻一日離不開他，此時嚴嵩已80有餘，記憶和反應力都很成問題，皇上的御札，還有諸司的請裁，如果沒有嚴世藩替他奏答、批改，則不可想象。於是，他硬起頭皮向世宗請求將嚴世藩留京「侍養」自己，以孫子代替，世宗表示同意。嚴世藩平日里就好聲色犬馬，其母管束頗嚴，不敢放肆。母親既已去世，正好尋歡作樂，門面上孝服在身，內庭里卻紅顏流連，關起門來盡意胡鬧。嚴嵩在西苑值日，世宗有時下旨問事情，嚴嵩就派人飛馬告世藩拿主意。世藩只顧與侍姬調笑濫飲，哪有心思管這些，見有來札，草草應答，馬虎了事。世宗看了，多不如意。一些急要的御札，太監就在值房立取，嚴嵩無奈，只好硬撐著應對，往往語意模糊，前後矛盾百出，世宗看了，則大惑不解。在世宗的眼裡，從前那善解人意、巧寫青詞的嚴嵩已不復存在了，也就在這一年，世宗居住的永壽宮發生火災，不得已移居到玉熙殿去住。玉熙殿又小又矮，世宗住不下去，就想再營建永壽宮。他把嚴嵩找來，詢問意見。嚴嵩不摸底細，說可以暫居南城離宮。南城宮是英宗失帝位時住的地方，世宗因此而不高興。又問大學士徐階，徐階則請修永壽宮。不久永壽宮就拔地而起，且比原先愈髮漂亮，改名萬壽宮。萬壽宮的營造，標志著嚴嵩政治生涯的結束，從此，世宗遇事就不再找嚴嵩了。

嚴嵩入閣前，大權由夏言執掌，夏言得寵的原因是由於祭醮青詞寫得好，禱祀的事情肯賣力氣。但是夏言以後逐漸厭倦此事，並時有抵忤，世宗對此甚為不滿。如世宗常常戴香葉道冠，打扮成道士模樣，還命人刻制了五頂香冠賜給夏言、嚴嵩等五位大臣。夏言不肯戴，還對他密疏諷勸，而嚴嵩則在世宗召對時，每每戴上，世宗自然更對夏言不滿。世宗經常派太監到大臣府邸宣詔達事，夏言自恃位高，說話從不客氣，待之如奴僕九*九*藏*書，嚴嵩則必斂手請坐，塞給來人黃金若干，於是這些人回來后爭著向世宗說嚴嵩的好話。世宗覺著這樣還不能說明兩人的高下，又專門派人趁晚上到兩人家裡察看，結果發覺夏言往往是在家中睡覺，而嚴嵩卻在燈下審看自己寫的青詞。世宗幾次將兩人送來的青詞做了比較，發現夏言的多為僚屬代寫，有時還把用過的又拿來充數，而嚴嵩寫的卻越來越精彩。世宗心裏有了底數，對夏言的印象直落千丈。他多次將夏言送入西苑的青詞擲于地上，憤憤地說：「你就用這種玩藝來胡弄我，真是有負我的重用！」有負重用的人自然不能久留，嘉靖二十三年（公元1544年）夏言下了台，代之以嚴嵩主政。到嘉靖二十五年，在嚴嵩的挑撥下，夏言最終被砍了頭。

禮儀之事的後果是非常壞的。自此世宗動輒就將不如意的大臣下獄廷杖，開了順昌逆亡的濫觴。支持世宗的張璁、桂萼，分別被授予禮部尚書兼文淵閣大學士和吏部尚書兼武英殿大學士，入主內閣，執掌大權。自此正直之士緘口，而一些僥倖之徒看到張璁等因順世宗而升遷，也紛紛進言，極盡巴結。從此朝風驟變，勾心鬥角之事層出不窮，這種後果，是世宗始料不及的。

世宗的陵墓稱永陵，跟他前面的幾個明代皇帝一樣，選在北京昌平縣的天壽山，廟號為「世宗」。

嘉靖三十一年（公元1552年），世宗同意了內閣的意見，在沿海一帶設巡視大臣，對加強海防起到一些作用。一年多之後，世宗又派南京兵部尚書張經總督沿海軍務，委以平倭重任。張經到任后，積極籌劃軍事行動，準備一顯身手。這時卻來了工部右侍郎趙文華，問題變得複雜起來。趙文華是嚴嵩的義子，趙文華上任后，向世宗提出了7條平倭建議，第一條就是「請遣官祭告海視，以求平安。」世宗看后，立即批准，並讓趙文華去辦理此事。張經的職務比趙文華要高，不大把新來的祭神官放在眼中，趙文華就一頭扎到浙江巡按胡宗憲之處。趙文華屢次催張經出兵，張經因準備不足沒有理睬他，於是世宗就接到了趙文華寫來的密疏，誣告張經畏賊失機，應予懲處。世宗看后，召見嚴嵩徵求意見，自然嚴嵩不會講張經的好話，世宗就下令逮捕張經。這時已到了嘉靖三十四年五月。就在逮捕令即將發出的時候，張經的軍事部署已經妥當，他指揮士兵向倭寇的巢穴石塘灣攻擊，獲得大勝，並截殺了大量逃敵，將倭寇驅向了大海。捷報傳來，世宗竟不肯收回命令，他斥退了勸說的言官，說：「張經的罪過是不忠。他所以打這一仗，完全是聽到趙文華揭發了他，想表現一下。」不久，張經被押到北京，十月份被斬首。趙文華見殺掉張經，上疏冒功，說此次勝利來自自己和胡宗憲的「督師」，世宗就升其為工部尚書，加太子少保，升胡宗憲為巡撫。與趙文華相比，胡宗憲要好一些，趙文華先後兩次出任浙江、福建，仗著提督軍務的身份，凌脅百官、搜刮庫藏，將兩浙、江淮、閩、廣間的征餉，大半揣入自己的腰包，胡宗憲則在上任后，接連誘殺了幾個裡通外國的海盜，使倭寇的凶焰有些收斂，儘管這並不能從根本上解決問題。

嘉靖二年（公元1523年），天公不做美，夏季西北大旱，秋季南方大水，反常的氣象變化攪得世宗心神不定，寢食不安。這種失態，是因為他過於迷信，認為老天反覆無常，大概要有災難降臨。太監崔文瞅准這個獻媚的機會，告訴他修齋建醮祭告上天，可以避禍。世宗對這番鬼話深信不移，於是下令在宮中設立醮壇。他親自選了年輕的太監20人，穿上道服，學誦經懺，所有乾清宮、坤寧宮、漢經廠、五花宮、西暖閣等，次第建醮，自此皇宮內香花燈燭，日夕不絕，鑼鈸幢幡，沸沸揚揚，把紫禁城變作了修真道院。當時的內閣首輔楊廷和與吏部尚書喬宇實在看不下去這種鬧劇，苦苦勸諫世宗停止建醮，遠離僧道，但世宗先是置若罔聞，后是疏遠他們，對其他勸阻的職位較低官員則分別給予處罰。在楊廷和等一批重臣被罷免后，世宗崇奉僧道更是肆無忌憚，尤其登位幾年後更是一心只想長壽，從此終日禮佛拜道，而將朝政幾乎全部擱到一邊。

世宗醉心於瑞祥感應，晚年尤甚，督撫大吏爭上符瑞，禮官動輒表賀，舉朝重臣包括徐階對此皆莫敢言半個「不」字。倒是小小戶部主事海瑞，斗膽獨自上了一疏，給世宗潑了一瓢涼水。嘉靖四十五年二月，海瑞上長疏建言說：「陛下竭民脂膏，濫修土木，二十余年不視朝，法紀壞到了頂點。由於你猜疑戮辱忠臣，使得貪官污吏橫行，百姓困苦之極。雖然陛下處置了嚴嵩等壞人，但社會政治仍然不清明，老百姓說『嘉者，家也；靖者，九_九_藏_書盡也。』意思是民窮財盡。陛下試思今日之天下，是個什麼樣的天下？……人君自古就有犯錯誤的，但因有大臣匡正，不至一錯再錯。陛下如今仍修齋建醮，工部儘力經營，戶部四處購香，竟無人指出陛下的錯誤，這也是大臣的失職。陛下的過錯很多，其最大的在於求長生。陛下跟陶仲文求仙，連他都不能長生，何況陛下。陛下誤信受騙，真是大錯特錯。」海瑞上疏之後，自知觸忤了龍顏，命僕人買了棺材在家待罪，與妻兒留下遺言，並將僮僕一一遣散。世宗見到疏奏，大發雷霆，他將疏奏扔在地上，環顧左右咆哮說：「此人大胆妄言，立即逮捕，不准他逃掉！」宦官黃錦對他說，海瑞為人素有直名，且根本不打算逃走，而是在家等候降罪。世宗聽完略有所思，又取疏奏看了一遍。怒氣稍平后，他把徐階找來，說：「海瑞說人不能長生，也可能是正確的。但我長時間生病，不能視事，吃點仙藥有什麼不可以？」又說：「這也怪我平時不注意愛惜身體，若能出御上殿，何至被他如此毀謗呢？！」徐階答道：「海瑞雖然言過了，但心是好的，請陛下寬恕他吧。」世宗這時也不願意多殺諫臣，命徐階將海瑞下到詔獄，雖不治罪，但也不準放出，讓其在獄中反省自責。世宗一生毫不留情地懲治了許多大臣，其中既有奸臣，也有孤直之士，對海瑞的懲罰，是他晚年在用人上犯下的最後一個大錯誤。

世宗是因明武宗無子，兄終弟及，作為其伯父、孝宗朱祐樘的繼承人當上皇帝的，他的父親是興獻王朱祐杬。那麼，即位后的世宗是要稱自己的父親為「皇考」呢，還是稱孝宗為「皇考」？問題的核心就是當皇帝后還能不能承認生父為父親，如果能，按封建禮制，就有套禮儀問題。世宗的本意，當然是要尊奉生父。在即位典禮后的第5天，為了給死去的父親一個比較高的封號，世宗下詔讓群臣討論這個問題，朝臣的意見發生了分歧。楊廷和恪守禮法，認為世宗既是以宗藩入統，就應稱孝宗為「皇考」，而改稱興獻王為皇叔父，他讓禮部尚書毛澄將這個意見告訴世宗，並用堅決的口吻對左右的人說：「異議者即奸諛當誅。」世宗對「移易」父母非常不滿，要求重議，但因群臣的反對，加上他的皇位還不鞏固，只能擱下。但使事情起變化的是世宗的母親蔣氏。大約過了4個月，蔣氏自安陸進京，聽到朝中大臣們的意見，大發脾氣，對陪同的朝使說：「你們受職為官，父母都得到了寵誥，我兒子當了皇帝，卻成了別人的兒子，那我還到京去做什麼？！」說完即停在通州，不肯再走。世宗聞報，哭著入稟張太后，說：「您另選別人做皇帝好了，我要與母親一同回安陸，仍舊做獻王。」張太后一面慰留，一面飭閣臣妥議。楊廷和無奈，只好代世宗草敕下禮部，尊朱祐杬興獻帝，蔣氏為興獻后。禮官據此安排蔣氏由東安門入宮，奏報送上，世宗不待瞧畢就擲還，禮官又建議改進大明東門，世宗意仍未懌，竟奮筆批示道：「聖母至京，應從中門入，謁見太廟。」蔣氏聽到這個決定后，才繼續前進。蔣氏進京后，楊廷和利用手中的權力，授意吏部將迎合世宗想法的觀政進士張璁貶為南京刑部主事，又把跟隨自己發表「興獻王不宜稱考」意見的官員，安排到吏部和工部。世宗對此沒有干預，但他也沒有放棄原來的主張。可惜的是與楊廷和的這場分歧，在世宗心裏留下了芥蒂，他由此開始排擠、削弱反對他尊生父為皇考的保守派官員。

世宗自嘉靖中年之後，于熱衷方士方術的同時，又添了新的喜好，就是喜歡談瑞祥。他的這一喜好，一直到了垂暮之年，仍樂此不倦。嘉靖三十七年（公元1558年），總督浙閩的胡宗憲因平倭不見大效，受到內閣的指責，就將在舟山捕獲的一隻白鹿獻給世宗。世宗見此轉怒為喜，在玄極寶殿、太廟舉行了隆重的告廟禮，百官也都紛紛稱賀。胡宗憲聽到消息，又將兩隻白龜獻進宮來，還一同帶來了5棵奇大無比的靈芝，世宗高興地將這兩樣東西命名為「玉龜仙芝」。作為回報，他給胡宗憲提拔了官職，賜給若干銀幣，並賜金鶴衣一裘。獻瑞祥既可討好，百官何樂不為？

世宗把內閣首輔換成了嚴嵩，但他並不認為嚴嵩有治世之才，而又是賞識嚴嵩的順從。世宗在西苑修鍊，不想與朝臣見面，嚴嵩就住在西苑內，朝夕相伴，隨時等候召見，連洗沐都顧不上。世宗對他的評價是「忠勤敏達」。正當世宗做著成仙的夢時，無能的嚴嵩內閣卻沒能守住朝廷。多年鬆弛的邊防在崛起的北方民族的衝擊下，終於潰散開來，蒙古慄悍的馬隊長嘯著疾馳直入，京師宮闕為之震撼。

對於明武宗朱厚照駕崩的消息，朱厚熜知道得不算太早，三月的最後幾天，武宗已死的邸報傳來，王府上下按照慣例舉行了十分鋪張的哀悼，此時他根本不曾想過這件事與自己還有什麼關聯。