明代書院以省份計算，江西省佔19.59%，居第一位；浙江省佔10.07%，廣東省佔10.07%，並列第二。

東林書院后遭到魏忠賢為首的閹黨的迫害而被焚毀，許多東林書院的領導人，如高攀龍、楊漣、左光斗、魏大中、周順昌、黃尊素、李應升等橫遭迫害致死。由於東林書院對社會的影響很大，所以魏忠賢等在禁毀東林書院時，也就把天下的書院都同東林書院聯繫在一起，一律嚴令禁毀。直到崇禎皇帝即位后，魏忠賢懼罪自縊死，其他閹黨人物也受到應有的懲治，東林黨人才得以昭雪，東林書院也于崇禎六年(公元1633年)修復。經歷這一番曲折之後，東林書院「名益高，人乃以附東林為榮」，又重新生機盎然。

東林書院是當時一個重要的文化學術中心，並形成了一套完備的講會制度，據《東林會約》載，東林書院的講會定期舉行，每年一大會，每月一小會，各三天，推選一人為主持人；講會之日，必舉行隆重的儀式；講學內容主要以「四書」為主，講授時，與會者「各虛懷以聽」，講授結束，相互討論，會間還相互歌詩唱和，十分活躍。此外，關於講會組織的其他一些方面，如通知、稽察、茶點、午餐等，也都作了具體規定。所有這些都表明東林書院的講會已經制度化了。從講會的規約、組織、儀式和規模來看，講會已經超出了書院的範圍，成為一個地區性的學術討論會。這樣，既擴大了書院的影響，提高了書院的社會地位，又豐富了書院的教學內容，提高了書院的教學和學術水平，這是東林書院的一個重要特點。

以民辦和官九*九*藏*書辦計算，民辦的佔18.98%，與宋元相比下降很多。地方官辦的佔47.13%，中央及其他官府辦的佔17.88%。

在明代眾多書院中，最著名的是東林書院。東林書院在江蘇無錫城東南，原為北宋教育家楊時(公元1053—1135年)講學之所，后即在該地建書院，因楊時被稱為龜山先生，所以東林書院也稱為龜山書院。元代曾廢為僧廬，明萬曆年間，無錫人顧憲成(公元1550—1612年)與弟顧允成修復了東林書院。顧憲成去世后，高攀龍(公元1562—1626年)、葉茂才相繼主其事。

清代初期，書院的發展也處於沉寂狀態。直到康熙年間才有些變化。康熙皇帝御書「學達性天」、「學宗洙泗」、「經術造士」、「學道還淳」匾額分賜一些著名的書院，於是各地縉紳之士便積極創立和修復書院，清代書院才逐漸由沉寂走向復甦。雍正十一年(公元1733年)下令提倡書院，確認書院是「興賢育才」之舉，要求督撫于省會創辦書院，並提供經費，在積極倡設書院的同時，也加強了對書院的控制。

由此可見，清代書院已日趨官學化，官方控制書院的設立，掌握書院的經費，控制書院師長的選聘權，控制書院的招生和對學生的考核。多數書院已轉向考課，成為科舉考試製度的附庸。

從正德年間(公元1506—1521年)到嘉靖年間(公元1522—156rｅaｄ•９9ｃｓｗ.ｃｏｍ6年)明代書院逐漸衝破沉寂，開始走向興盛。據曹松葉先生統計，明的書院共計1239所，其中嘉靖年間興建最多，佔總數的37.13%；萬曆年間(公元1573—1620年)其次，佔總數的22.71%。有些省的統計資料亦與上述情況相符。

然而明中葉以後，書院竟四次遭到當權者的禁毀，第一次是在嘉靖十六年(公元1537年)，第二次是在嘉靖十七年(公元1538年)，第三次是在萬曆七年(公元1579年)，第四次是在天啟五年(公元1625年)，這四次禁毀書院，雖然具體起因不同，但均同當時當權者內部的矛盾鬥爭緊密相關，其實質是為了鞏固封建專制統治。因為書院有比較自由的學風，有悖于明代的專制統治，更何況有些書院，敢於諷議朝政、臧否人物，矛頭指向專橫跋扈的宦官專權，所以受到統治者的忌恨，下令禁毀。然而書院是禁不住的，嘉靖年間連續兩次禁毀書院，但明代書院反以嘉靖年間為最多。同樣萬曆、天啟年間二毀書院，但萬曆年間書院數量之多，僅次於嘉靖年間，天啟年間書院亦有一定程度的發展。由此可見，官方越禁，民間越辦；越是禁毀，越是發展，這就是歷史的辯證法。

光緒二十七年(公元1901年)八月，清朝廷採納張之洞(公元1837—1909年)、劉坤一(公元1830—1902年)的建議，下詔將各省所有書院改為學堂。從此，延續千年的古代書院制度即宣告結束。

乾隆、嘉慶之際，以考據訓詁為特徵的漢學興起，出現了一代著名的漢學家，如江永(九-九-藏-書公元1681—1762年)、錢大昕(公元1728—1804年)、汪中(公元1745—1794年)、戴震(公元1723—1777年)、段玉裁(公元1735—1815年)、阮元(公元1764—1849年)等等。他們主講的書院，主要傳授經史、辭賦、名物制度、天文、歷算、地理、音韻等學問，不課八股文。這類書院是近代新式學堂的先驅，它的出現已經預示著整個封建社會教育制度的衰落，古代學校將向近代學校轉化。

但也有些民間書院，仍保持著宋明書院自請教師、自由講學的本色。如紫陽書院講會，據康熙八年(公元1669年)訂立的《紫陽講堂會約》，對入會者要求十分嚴格，反映了對當時官學化書院的不正學風的抵制。

阮元主持詁經精舍，常帶領學生到附近的第一樓「燕集」吟詩作賦。他創辦的「學海堂」要求學生在「博」的基礎上求「精」，啟發學生「識精而思銳，不惑于常解」，鼓勵學生自己鑽研。教師講課時，學生便帶著作業和疑難問題「執卷請業」，甚至同教師自由論辯。為了使學生的學習向著精深方向發展，書院亦注重因材施教。「學海堂」設八個學長，讓學生「擇師而從」。還選擇高材生配合學者和教師寫書，做到讀書與著述相結合。「學海堂」還建立了刊刻制度，將當代有關解經文獻，輯成《學海堂經解》1400卷，作為本堂重要教學參考書。此外，還將本堂師生所寫論文彙編成《學海堂全集》、《學海堂課藝》等。這都反映了清代書院對學術文化的發展所起到的積極作用。

東林書院的另一個重reaｄ.9９cｓｗ.cｏｍ要特點，即是密切關注社會政治和國家大事。書院的這一特點，集中地體現在顧憲成為其題寫的一幅對聯上：

這幅對聯至今仍刻存在書院舊址的石柱上。

書院不僅對我國古代社會的教育發生過重要影響，而且先後傳至日本、朝鮮、東南亞各國，至今在這些國家仍有不少書院，尤其在日本更為普遍。

以江河流域計算，長江流域佔51.25%，黃河流域佔19.02%，珠江流域佔30.73%。與元代相比，長江流域雖仍占第一位，但其百分比下降了，珠江流域升到第二位，黃河流域降到第三位。

顏元(公元1635—1704年)創辦的漳南書院更具特色，書院中建正廳三間，取名「習講堂」，而不稱「講習堂」，以強調習行之意。又東西相向設文事、武備、經史、藝能四齋。文事齋教授禮、樂、書、數、天文、地理等科目。武備齋教授黃帝、太公、孫、吳兵法和攻守營陣陸水諸戰法、射御技擊等科目。經史齋教授十三經、歷代史、誥制、章奏、詩文等科目。藝能齋教授水學、火學、工學、象數等科目。另又暫設理學、帖括兩齋，皆北向，以示「吾道之敵對」。這兩齋是作為對立物而設的。院門之西設步馬射圃，作為學生騎馬射箭的場所。課餘還舉行舉石(即舉重)、超距(即賽跑)、擊拳等體育活動。當時顏元儘管已是62歲高齡，仍「教弟子舞，舉石習力」。

清代新建的書院共有781所，康熙年間創設的最多，有233所；乾隆年間次之，有228所。按流域分佈統計，到康熙年間為止，黃河流域佔20.39%，長江流域佔35%，珠江流九_九_藏_書域佔43.93%。珠江流域升到第一位。按省份看，據不完全統計，福建最多，有181所；湖南占第二位，有106所；廣東占第三位，有102所。按民辦和官辦看，民辦的佔9.65%；地方官辦的佔57.10%，督撫辦的佔8.56%，京官辦的佔0.48%，敕建的佔12.60%，合計官辦的佔78.74%。

明代書院經歷了沉寂——勃興——禁毀的曲折發展過程。從明建立至孝宗弘治十八年(公元1505年)的130年間，明代的書院處於沉寂狀態。當時明朝廷重視官學的建立和發展，使明初官學呈現興旺發達的局面，出現了唐宋所未有的盛況。至於書院，明朝廷既不提倡，也不修復，任其自生自滅。

明中葉后書院之所以興盛，尤其是珠江流域新建書院明顯增多，究其原因：第一是因為珠江流域的經濟有了進一步的發展；第二是明王朝出現了宦官專權，政治腐敗，在野士大夫便設立書院，在講學之餘，諷議朝政，臧否人物。加之官學衰落，官學已變成科舉考試製度的附庸，一些有志於從事文化教育與學術研究的士大夫便紛紛創建書院，授徒講學；第三是由於湛若水(公元1466—1560年)和王守仁(公元1472—1528年)等著名學者的倡導。湛若水一生講學55年，廣建書院，門人眾多。王守仁從34歲起開始在書院講學，歷時23年之久，先後修建了龍岡書院、濂溪書院、稽山書院、敷文書院等，並在文明書院、嶽麓書院、白鹿洞書院講學。著名學術大師到處建書院講學，對於明中葉以後講學之風的興起，書院的迅速發展起了直接的推動作用。