這時，惠文王師、被商鞅劓〔yi義，割鼻〕刑而八年未出家門的公子虔等人重新活躍起來，反對商鞅。他們四處活動，誣告商鞅要謀反。還對惠文王煽動說：「現在連秦國的婦女、兒童都談論商鞅之法，不講大王的法令。這樣，商鞅反而成了君主，大王則成了臣民。再說，商鞅堅持與大王為敵，願大王設法除掉他。」於是惠文王下令，緝捕商鞅。

商鞅雖然死了，但「秦法未敗」(《韓非子·定法篇》)。秦孝公至秦庄襄王，相傳六代，歷時百余年，商鞅之法相沿不變，社會較為安定，經濟持續發展。公元前221年，秦王贏政「滅諸侯九九藏書，成帝業」，統一了中國。商鞅變法為這一偉業的實現奠定了堅實的基礎。

一次，一個叫趙良的人去見商鞅。起初，他勸商鞅讓出手中的職權，接著又以儒家「恃德者昌、恃力者亡」的主張，要商鞅放棄峻法嚴刑，並威脅說：「現在百姓對你積怨很多，你的處境就好像早晨的露珠一樣，不會長久。你想延年益壽嗎？還不如隱居商、於十五邑，在地方澆灌田園，安居樂業。」商鞅說：「你好好看看我是怎樣治理秦國的！」他沒有聽從趙良的說教，繼續堅持變法。這時，商鞅也感到了社會各方面的潛在威脅，為防萬一，九九藏書每次巡行，全副武裝的車駕數十輛，前呼後擁，好不威嚴！

公元前338年，正當秦軍東征節節勝利之時，秦孝公身患重病。彌留之際，孝公想把王位傳給商鞅，被商鞅謝絕了。這年五月，孝公死去了，太子駟即位，是為秦惠文王(公元前337—前311年)。不久，商鞅便辭官，告老還鄉了。

商鞅聞訊后，立即逃離秦國。來到關口，天已黑了，只好找家旅店歇息一夜。客店主人不認識他，說：「商鞅之法規定，投宿客人沒有憑證，查出后連店主一同治罪。」因商鞅倉惶出走，未帶任何憑證，被店主拒之門外。商鞅感慨地九*九*藏*書說：「新法的弊病，竟加到了我的身上。」他無奈逃往魏國。魏國人抱怨他欺騙公子卬而打敗魏軍，拒不收留他。商鞅走投無路，又返回秦國自己的商、於封邑，組織邑兵準備反抗秦兵的搜捕。終因寡不敵眾，商鞅及全家被秦兵抓獲。秦惠文王用最殘酷的刑法車裂了商鞅示眾，並威嚇說：「看還有誰敢像商鞅這樣造反！」接著，又殺掉他的全家。

商鞅在秦國執政19年，他的新法在秦孝公的支持下，得到較徹底的實行，取得了巨大成功。然而，變法並非一帆風順。圍繞著要不要革新變法，如何貫徹新法等重要問題，商鞅同保守派勢力作九-九-藏-書了殊死的鬥爭。

新法在全國施行了一年，數千人來到國都，反映法令執行不利。因為新法剝奪了奴隸主貴族的特權，侵犯了他們的既得利益，故此遭到了他們的強烈反對。面對保守派的挑戰，商鞅毫不含糊，主張將其繩之以法。太子傅公子虔和太子師公孫賈教唆年幼的太子駟公開出來反對變法。商鞅對孝公說：「新法難以推行，阻力主要來自上層貴戚的破壞和搗亂。要實行變法，先從太子頭上開刀。」太子駟犯法，應當處罰，考慮到他是嗣君，不便行刑，商鞅下令割掉公子虔的鼻子，黥〔qing情，刺字〕公孫賈面額，狠狠地打擊了保守勢力的猖狂九*九*藏*書進攻。商鞅的這一舉動打破了奴隸制時代的那種「刑不上大夫」的舊禮制，受到百姓的稱讚。「秦人皆趨令」，新法迅速推廣起來。

隨著變法的深入，社會效果日益明顯。在秦國十年，商鞅的權勢也越來越大，他用嚴刑峻法不僅鎮壓公開詆毀新法的「亂化之民」，就是對不法的宗室貴戚也決不手軟，引起了他們對商鞅的忿恨不滿。

商鞅在秦國致力於封建改革十多年，為此獻出了生命。但商鞅變法順應了歷史的潮流，合乎民心，在社會上產生了巨大的反響。當時的百姓皆言法制，不少人家珍藏管仲、商鞅的法令。先秦著名的思想家韓非歌頌商鞅功績「名垂百世。」