張居正任首輔以來，官爵歷任少師兼太子太師，吏部尚書兼建極殿大學士，中極殿大學士、光祿大夫、左柱國、太傅太師，可謂榮集一身。萬曆十年(公元1582年)三月，張居正已身染疾病，再次請求休致，神宗仍未諭允。六月二十日，張居正病逝，終年58歲。贈爵上柱國，謚號文忠，歸葬故鄉江陵。

應當說張居正改革伊始，就遭到了一些腐敗官僚的反對。他整頓吏治，罷除冗官，各衙門官職缺額減少，等候補缺的生員不能盡用，許多人都怨恨他。清丈土地，調整賦役制度，國家賦稅增多，而豪強地主的利益受到一定損害，因而對張居正非常仇視，暗地攻擊他專權放縱。其中多數人是對張居正改革持否定態度的保守派。然而，張居正並沒有置之不理。

萬曆五年(公元1577年)九月，張居正的父親張文明老ｒead.9９ｃsｗ.ｃｏm死於故里。依封建禮制，官員遭父母喪亡，必須去職回家守制，服喪27個月，期滿后復職，叫作「起複」。但朝廷對大臣要員，也可命其不必去職，著素服辦公，不參加吉禮；或守制尚未到期應朝廷之召出來任職，稱為「奪情」。圍繞著張居正是回江陵守制服喪，還是留在朝廷奪情任職的事情，在朝中引起了一場波瀾。張居正堅持疏請回籍守制，而14歲的神宗執意留他在官守制，可不到朝，不領薪俸。但不少朝臣聯名上疏反對這種作法，說他「忘親貪位」。張居正十分惱火。因這件事翰林院編修吳中行、檢討趙用賢、刑部員外郎艾穆、主事沈思孝分別被黜職，逐出京師。繼而，又將為吳中行等四人鳴冤叫屈的日講官許文穆、觀政刑部的新進士鄒元標治罪。當時，京城的士人對ｈｔtｐｓ://reaｄ.99cｓw.ｃｏｍ這樣處理官員都很氣憤。有人甚至將毀謗之文貼在長安門，說張居正要謀反。神宗聽說后，當朝宣諭再有言及奪情事者，定罪不饒，這場風波才稍息。

自任內閣首輔以來，張居正的權勢地位日益提高。萬曆三年(公元1575年)八月，他薦舉吏部左侍郎張四維為禮部尚書、東閣大學士。按慣例一般任命閣臣，詔書只講「同某人(指首輔)辦事。」而在這一詔書上，神宗卻親筆注「隨元輔(張居正)入閣辦事」。實際上是將張居正與原屬同僚閣臣相區分開，主從地位有別。甚至張居正回鄉辦喪事，神宗告誡次輔呂調陽等閣臣，有大事不得獨斷，要速報江陵，「聽張先生處分」。並賜張居正銀印，上刻「帝賚〔lai賴〕忠良」字樣，可以密封啟事。足見神宗、李太后多麼信賴他。張居正以「hｔｔｐs://rｅａd.９9csｗ.ｃoｍ元輔少師先生」的雙重身份臨朝秉政，當時所頒發的各種詔令、諭旨，實則都是他的思想和主張。這也是張居正改革措施能夠順利推行的重要前提。

萬曆三年(公元1575年)，南京戶科給事中余懋〔mao茂〕學上疏指出考核官吏過嚴，請行寬大施行。張居正將他革職為民。接著，御史傅應禎又上《重君德、蘇民困、開言路疏》，疏中對「余懋學陳時政而錮之終身」提出異議，要求廣開言路。文中流露出對張居正當國的不滿情緒。張居正下令將他逮捕入獄，發配浙江定海。次年正月，他的門生巡按御史劉台越制奏報遼東戰事，遭到他的斥責。劉台不服，上疏彈劾張居正「專擅威福」、「罔上行弘，橫黷無厭」(《明史紀事本末》卷六十一《江陵柄政》)。張居正閱后大怒。神宗降旨將劉台下獄，廷杖一百，發遣九九藏書戍邊。從此，諸給事中、御史更加畏懼張居正，而心中不平。

明代當政的內閣大學士(宰輔)共170餘人，張居正的政績最出色，他的改革在當時社會影響很大。時人稱讚他「殫精畢智，勤勞於國家」，「工於謀國，拙於謀身」。熹宗天啟二年(公元1622年)，在廷臣鄒元標等人的請求下，朝廷為張居正平反昭雪，恢復被神宗削去的一切功名。

張居正性情深沉機警，多智謀，辦事果斷。權勢漸大后，他逐漸剛愎自用，聽不得相反的意見。改革中對官僚、豪強大地主的切身利益多有觸犯。特別是輔弼神宗，對他各方面要求甚嚴。例如，一次日講，神宗將《論語》中「色勃如也」句中的「勃」讀成了「背」。張居正在一旁厲聲地說：「應作勃字！」從此，神宗比較畏懼他。稍長，神宗越發感到張居正對自己的約束太緊。張居正死後，一些官員九-九-藏-書接連上疏彈劾他。不久，吳中行、趙用賢等人亦官複原職。萬曆十一年(公元1583年)三月，神宗下詔免去張居正的太師和上柱國的爵號，奪去「文忠」謚號，籍沒抄家。

張居正受顧命，任首輔，又為幼主神宗之師。為了將神宗培養成聖明賢君，張居正嘔心瀝血，下了很大功夫。他除了進講《四書經解》，修明聖學外，還講解朱元璋口述的《皇陵碑》，並將親自挑選的古代帝王值得效法的81件事和應引以為戒的36件事，繪成《帝鑒圖說》，逐頁指陳大義，啟發聖心。神宗非常敬重他，手詔中曰「元輔」，稱「太師」，呼「先生」，皆盡古代師臣的禮節。萬曆八年(公元1580年)三月，56歲的張居正認為，鴻典畢成，神宗已長大成人，可以親政。於是，上了《歸政乞休疏》，誠請歸老江陵。神宗懇切慰留，最後手書傳皇太后口諭，張居正方復就職。