接下來，便是進軍西藏，消滅在盟友受難時按兵不動的藏巴汗，完成護教大業了。

綽克圖台吉能夠從漠北一路殺到青海建立霸權，也絕不是庸懦之輩，聽聞衛拉特大軍壓境，立即調動人馬與之對峙。

統治康區的白利土司頓月多爾濟倒是比藏巴汗更敏銳地感到了危機，聯盟中軍事實力最為強大的綽克圖台吉迅速敗亡，使他大為吃驚，為了共同對敵，頓月多爾濟向藏巴汗送出密信：「非常令人沮喪的是，我們的盟友綽克圖台吉被消滅了，雖然如此，明年我將在喀木（康區）集中起一支兵，把它帶到衛。同時你也應當帶著后藏的兵來，我們一起消滅格魯派，讓他們連個影子也找不到。」這不失為以攻為守的好策略，可偏偏帶著這封信的密使被格魯派的僧人擒獲，並將信轉交給顧實汗。沒有材料顯示顧實汗在收到這封信之前有用兵康區的打算，這一回，不先發制人是不行了，白利土司引火燒身。

有人說，正是因為有高貴的血統，才使得他們在衛拉特中成為盟主。這實在有些一廂情願，自從北元時代開始之後，衛拉特一直都是蒙古正統派的大敵，對於黃金家族極為蔑視，可汗在他們眼中不過是傀儡。在也先時代，甚至連傀儡都不讓黃金家族的子孫來做，直接自稱大元天聖可汗。哪裡會因為什麼黃金家族的血統，便把本部的盟主讓出去？

他自己和長子達延台吉率軍常駐拉薩，其他八個兒子回駐青海，成為掌控青海的「八台吉」。康區的稅收支持青海的軍隊，青海的軍隊作為汗權的保證。顧實汗的獅子寶座固若read.99csw.com金湯。

而此時，中原的「天朝上國」大明王朝在起義軍和滿清帝國的內外夾攻下已經搖搖欲墜。為了汗國的長治久安，顧實汗必須與將要取而代之的中央朝廷建立聯繫。不得不承認，顧實汗有相當的眼光，他沒有選擇好象最有希望的農民軍，而是將寶押在了還未入關的滿清身上。剛剛穩定了青藏局勢便派出使團前往盛京建立聯繫，獻上貢品，受到皇太極讚賞。

兩軍在1637年正月正式交戰，顧實汗以一萬精兵迎戰綽克圖台吉三萬人馬，戰鬥慘烈異常，血流成河，屍積如山，後來這裏的地名就被稱為烏蘭和碩（蒙語：血染的山）。

作為持教法王，顧實汗請達賴喇嘛從扎什倫布寺搬到布達拉宮，將八思巴所用的法器、西藏十三萬戶的稅收以及從日喀則繳獲的大量珍寶都奉獻給達賴喇嘛，奉達賴喇嘛為藏傳佛教最高教主，但同時，請四世班禪坐床扎什倫布寺，掌握后藏教權，使得格魯派出現了兩佛並尊的局面。至於一直排擠格魯派的噶瑪噶舉派，顧實汗鎮壓了他們的反抗，將大量噶瑪派寺院改為格魯派。格魯派作為藏傳佛教最大教派的地位已不可動搖。

之所以和碩特能夠成為四部衛拉特的盟主，源於在也先死後，蒙古重新分裂，衛拉特中一直處於統治地位的綽羅斯部也分裂為準噶爾和杜爾伯特兩部，在力量分散下，和碩特趁勢而起奪取了盟主地位。

1641年底，顧實汗做出從康區返回青海的假象，迷惑藏巴汗，半途中突然改道殺入西藏。毫無準備的藏巴汗丹津旺布read.99csw.com被打得大敗，一個又一個宗城失守，最後只能退守日喀則。

從拉薩回到衛拉特后，顧實汗開始了南征的準備，不但動員了和碩特的人馬，還向準噶爾、土爾扈特、輝特、杜爾伯特各部調兵。土、輝、杜等部勢力弱小，自然奉命，而準噶爾的巴圖爾琿台吉明白，顧實汗此舉實際上是把衛拉特盟主之位和天山草原都讓給了自己，交換條件就是自己幫助其攻打青海。這樣的買賣，怎麼看都是合算的。

1655年初，和碩特汗國開國汗王，持教法王家族第一代法王顧實汗病逝于拉薩，享年73歲。長子達延台吉繼承汗位，也成為第二代持教法王。也許是貪圖青海的宜人氣候，或者是對於家族權勢的自信，達延汗繼位三年後才來到拉薩。三年，時間並不長，但也就在這短短的三年中，五世達賴喇嘛開始了擴大教權染指政權的活動，持教法王的權勢受到了嚴重的挑戰。

畢竟也是一方之雄，面對這樣苛刻的條件，藏巴汗憤而再戰。雙方在日喀則城下激戰數場，藏巴汗軍仍然連連失利。沒有了強硬的本錢，藏巴汗只得答應了顧實汗的條件，宣布無條件投降。

和碩特部是四部衛拉特中唯一黃金家族後裔為首領的部落——成吉思汗二弟哈撒兒的子孫。

戰爭動員順利地完成了。

1642年，藏巴汗丹津旺布交出首城日喀則以及茶葉、酥油、糌粑、金銀珠寶一千余馱，在顧實汗面前認罪，噶瑪政權滅亡。

果然，1644年，清軍入關，順治皇帝遷都北京，成為了中原朝廷新的統治者。隨後便遣使西藏，請達賴喇嘛入京，但因為戰亂未平，不能成行。1652年，五世達賴喇嘛進京面見順治皇帝，被封為「西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦九九藏書赤喇怛喇達賴喇嘛」，同時讓達賴喇嘛攜帶金冊金印入藏，封顧實汗為「遵行文義敏慧顧實汗」，正式承認了顧實汗作為庶邦君長的身份。

顧實汗留下的獅子寶座，開始隱隱出現了鬆動。

五世達賴和顧實汗原本履行了自己的諾言，給藏巴汗幾處莊園當「寓公」。但藏巴汗的舊部以及噶瑪噶舉派的地方勢力仍然打著他的旗號四處動亂。為了剪除亂源，顧實汗只得食言，將他裝進牛皮袋扔進雅魯藏布江。

巴圖爾琿台吉返回衛拉特后，在博克塞里建立城市，作為自己的統治中心，與顧實汗的繼子鄂齊爾圖汗（拜巴嘎斯之子）一起掌管衛拉特，這就是後來雄霸中亞的準噶爾汗國的肇始。也許無論顧實汗還是巴圖爾琿台吉都沒有料到，整整八十年後，結束和碩特汗國和持教法王家族歷史的，正是現在既是盟友又是親家的準噶爾。

安排妥善後，1638年顧實汗再次化裝成香客來到拉薩，面見五世達賴。由於綽克圖台吉的覆滅，黃教的氣勢已經壯了不少，不再是偷偷摸摸，而是舉行了隆重法會，達賴喇嘛封顧實汗「丹津崔吉扎勒布」稱號，這是藏語，也就是「持教法王」。

喪城失地的藏巴汗此時才後悔沒有積極和盟友們配合，如今敵人兵臨城下，取勝的希望已經微乎其微。為了能苟延殘喘，他向四世班禪羅桑曲傑等高僧求告，希望他們從中斡旋，使顧實汗罷兵。

顧實汗以少勝多大敗綽克圖台吉，長子達延台吉率軍緊追綽克圖台吉殘部，一直追到哈爾蓋全殲敵軍，綽克圖台吉慌不擇路，躲在一個旱獺洞里，仍然被找到，這個稱雄一時的人物就在這窩囊的狀態下被俘殺。

一個強大汗國的橫空出世，西藏周邊的小國自然要選擇其作為自己的靠山，「印度之拉克新王，尼泊爾之雅木布王，闡旦王（拉達克王）等邊境小國君長，亦多進方物為貢」，成為汗國的藩屬。《哲孟雄王統記》記載，錫金第一代統治者朋素克納姆扎勒也與汗國建立邦交，成為聯盟。hｔｔｐｓ://rｅad.９９ｃsw.ｃoｍ

在顧實汗的哥哥拜巴噶斯汗時期，準噶爾首領哈喇忽剌崛起，開始侵奪盟主之位。哈喇忽剌的兒子巴圖爾琿台吉更為強悍，甚至有了刀兵相見的架勢。繼承哥哥汗位的顧實汗努力化解兩部的矛盾，雖暫時無事，但終究一山難容二虎。顧實汗的南征，便在這樣局勢下，成為最好的永遠化解紛爭的辦法。

大軍穿越塔里木盆地，乘冰凍越過黑達河大沼澤地后，進入青海，在如今青海省烏蘭縣的卜浪溝休整兵馬，等待時機與綽克圖台吉決戰。

1636年秋末，顧實汗率領衛拉特聯軍從伊犁出發南征青海，衛拉特各部首領幾乎全部參加，除了顧實汗外，準噶爾部的巴圖爾琿台吉、墨爾根岱青；土爾扈特部的墨爾根濟農、袞布伊勒登；輝特部的蘇勒坦台什、蘇木爾台什；杜爾伯特部的達賴台什、保伊勒登全都率部從征。衛拉特出現了暫時的「無政府」狀態，以至於俄國派使臣在這一年來到衛拉特訪問，一個重量級的領導都沒有見到。。

四世ｈtｔps://ｒｅad.99cｓｗ•ｃom班禪本著不忍生靈塗炭的慈悲心親赴顧實汗大營進行調解。顧實汗對班禪極為尊重，但提出，藏巴汗必須交出政權和軍隊，自己可以給他保留一個莊園讓他安度晚年。至於划疆而治之類的條件，根本不予考慮。

1639年5月，顧實汗率軍「如黑色狂風一樣」攻入康區，白利土司率軍拚死抵抗，但在沒有外援的情況下連戰連敗，甘孜等地相繼失守，1640年11月，康區全境被顧實汗佔領，白利土司頓月多爾濟被俘殺。顧實汗釋放了白利土司關押的各派僧人，並安撫百姓，獲得各教派徒眾的擁護。

至此，已經61歲的顧實汗完成了統一青、藏、康區的大業，成為青藏高原的最高統治者——「全藏三區之王」。他將首城遷到拉薩，在布達拉宮設無畏獅子寶座，作為自己的行政處所，囊括整個青藏高原的和碩特汗國從此建立。

如此大的動靜，藏巴汗丹津旺布竟然沒有得到消息，顧實汗獲得封號后安然回到青海，也沒見這位藏巴汗採取什麼行動。任何政權的滅亡都有它必然的原因，從藏巴汗的遲鈍，也就不難預測噶瑪政權已經離傾覆不遠了。

青海之戰結束，顧實汗贈送各部首領很多禮物進行酬謝，尤其是對巴圖爾琿台吉，不但禮物豐厚，還將自己的女兒嫁給了他。各部首領心滿意足，紛紛率軍返回衛拉特，而顧實汗則率和碩特部留在了青海，準備進一步統一青藏高原的行動。