問題總是多於成績，劉宋失敗所留下的弊病，蕭道成沒有解決，蕭賾也沒能解決。到永明三年（公元485年），各種問題來了一次總爆發，在會稽發生了聲勢浩大的大起義。

嚴格來說這件事情父子倆都有責任，蕭賾沒有與蕭子響很好地溝通，又沒挑好合適的辦事人員，把本來可以和平解決的問題給捅大了。蕭賾聽說派去調查的人竟然被兒子砍了，當即大怒，任命九子、隨王蕭子隆為荊州刺史，又要派淮南太守戴僧靜領兵討伐蕭子響。

富陽的一名卻籍百姓唐寓之自稱會法術，在新城（今浙江富陽一帶）聚集了四百多人，迅速攻陷了新城、富陽、桐廬等地。附近的那些丟了黃籍、對政府不滿的人聽到這一「鼓舞人心」的消息，紛紛前往投奔，唐寓之的部眾一個月中就擴充了近百倍，達到三萬之多。

蕭道成撒手人寰，蕭賾立即開始算老賬。永明元年（公元483年），他下詔誣陷戰功卓著的五兵尚書垣崇祖在江北邊境上集結力量，與荀伯玉謀反，將這兩個人都給抓起來殺了。

蕭賾吸取劉宋兄弟鬩牆的教訓，又謹遵父親臨終的教誨：「宋氏若骨肉不相圖，它族豈得乘其弊？汝深戒之。」他與同樣很有才幹，受父親喜愛的弟弟豫章王蕭嶷關係保持得不錯，對其他的蕭氏宗室也能充分信任。蕭賾在這一點上做得要比同為守成之君的宋文帝劉義隆強一些，但是也僅限於此，他容人的肚量並不大，幾個留下來的功臣忠臣都被他誅殺。

蕭道成在位時，司空諮議荀伯玉曾向蕭道成參過一本，揭發蕭賾縱容親信張景真為非作歹。蕭道成非常生氣，在蕭賾外出拜謁皇陵的時候，派人入東宮九_九_藏_書捕殺了張景真。父子的關係鬧得非常僵，多虧大臣們求情，蕭賾才逃過一劫。事後蕭賾聽說整件事情是荀伯玉在背後作梗，自然與他結下了梁子。

唐寓之的志向並不大，幾場勝利之後就覺著自己得了天命。他在錢唐就地稱帝，改國號為吳，改元興平，設置百官，以為可以和南齊分庭抗禮。結果台軍的數百騎兵和數千步兵一殺到錢唐，唐寓之就亂了陣腳——哪見過這麼勇猛的騎兵部隊！烏合之眾一戰而潰，唐寓之被俘身亡，幾萬人的大起義呼啦一瞬間就失敗了。

不曾想這回又是所任非人。胡諧之的副手、平南內史張欣泰勸胡諧之以利害關係對蕭子響的左右做好思想工作，做到不戰而屈人之兵，胡諧之偏偏不聽。一到江津，胡諧之的大軍就修築了一座城壘，擺出一副兵戎相見的樣子。

起義軍達到這個規模，跑到哪裡都會加入一些逐大流的群眾。南齊各地的守備如紙糊的一般，被這烏合之眾在統治的核心地帶打了個遍地開花。永明四年（公元486年），唐寓之的軍隊先後攻陷了錢唐（今浙江杭州）、鹽官（今浙江海寧西南）、諸暨、餘杭，並分兵向南攻陷東陽（今浙江金華），殺掉了東陽太守、蕭道成的族弟蕭崇之。

起義的根源就是「檢籍」，會稽一帶由於出現了大量卻籍人口，朝廷就下詔將卻籍人口充往邊疆服役，這一來更加造成社會的不安定因素。

半道上遇到的人卻要了他的命，此人便是蕭道成的族弟，後來梁朝的開國皇帝蕭衍的父親——丹楊尹蕭順之。蕭順之帶的軍隊本來是胡諧之的後繼，胡諧之打了敗仗后，蕭順之也不可能孤兵深入九-九-藏-書，進攻蕭子響。哪料到蕭子響卻自己送上門來，一把鼻涕一把眼淚地想向蕭順之申訴明白。蕭順之根本不聽他那一套，他在離開建康時已經接受了太子蕭長懋的密令：儘早送蕭子響上西天（蕭長懋對這個弟弟是最為忌憚的，這次自然要假公濟私一把）。蕭順之就看準機會，在演武的射堂中用一根繩索將蕭子響縊死。

沈攸之起兵時，朝廷內部危機暗伏，一時騰不出手來對付，蕭賾未經朝廷授權，就據守長江上的湓口（今江西九江附近），以阻止沈攸之東下。蕭道成得知后，十分得意地說：「這真是我的兒子啊！」

朝廷方面在整件對付起義軍的行動中毫無可圈可點之處，對付卻戶的方式更是愚蠢無理之極。許多人被迫背井離鄉，去齊魏邊境的淮水充軍，一呆就是近十年，永明八年（公元490年），蕭賾正式承認十年以來的「檢籍」制度徹底失敗，下詔所有升明以前的戶籍可以重新恢復，發配戍邊的卻戶可以返回原居住地，只不過對以後再在戶籍上弄虛作假的人要予以嚴懲。（要求政府部門承認政策的失敗往往是非常困難的，尤其是「一朝一治」的人治時代，像這幾年中國政府終於承認某些改革措施的失敗，並且著力去糾正問題，從某種意義上說至少是值得稱許的。）

蕭子響害怕，多次派使者向胡諧之解釋：「天下哪有兒子反叛老子的呢？我也不是想造反，只不過是行事粗心魯莽罷了。我願意乘單舟到朝廷中面見父皇，講明情況，接受處罰。你們何必築城捉我呢？」

戴僧靜提醒說：「巴東王年少，劉寅這幫人逼得太急，導致他做事不考慮後果。何況是九*九*藏*書陛下的親兒子，算不得大過！要是忽然興師動眾去攻打，反倒會搞得人心惶惶，那就麻煩了。我戴僧靜不敢領命。」

胡諧之和茹法亮都不理不睬，唯獨尹略說了一句話：「誰跟你這種叛父的逆子講話！」

蕭子響是蕭賾的第四個兒子，才二十二歲，力大無窮，武藝高強，又擅自選拔了六十名武士做貼身侍衛，並且與荊州的蠻族私下裡交換武器。蕭賾派長史劉寅等八人到荊州深入調查此事，蕭子響聽說有官差來檢查，心中犯嘀咕，執意要求出示詔令。官差們則咬定要先檢查，雙方爭執不下，蕭子響莽撞，一發火，直接下令綁了八個人，統統砍頭，並向父皇稟明情況。

蕭子響鬱悶地拚命哭泣，他又殺牛備酒，派人送到胡諧之的軍中，沒想到尹略收了這些吃的，全都倒到了江里。蕭子響又想與茹法亮通話，要求會見傳達詔令的官差。茹法亮並不派人前去見面，反而將蕭子響的使者關押了起來。（從這一段看得出蕭子響本質完全不壞，這事壞就壞在某些急於揚名立萬的小人手裡了。）

一連串的慘痛失敗令建康的朝廷大為震動，蕭賾趕緊派出皇城的精銳部隊——台軍前往鎮壓。

齊武帝蕭賾的很多做法本意不壞，卻接連不斷地下出昏著。齊國在他死後才真正衰亡，可衰亡的種子在表面歌舞昇平的永明末年就已暗暗埋下了。

蕭子響無心與父皇對抗，就帶了三十名左右親信，乘坐小船，順江而下，準備到建康向蕭賾講述詳情。

作為父親身邊最得力的助手之一，蕭道成稱帝后，蕭賾順理成章地做了皇太子。父親駕崩，他年紀已經有四十三歲，無論從能力還是經驗上，都是擔任皇帝的最佳年齡九九藏書。蕭賾呢，也算個合格的皇帝，他行事果斷，執法寬厚，深識大體，又和父親一樣見證了劉宋的腐朽亡國史，推崇「宮中儉，天下富」的治國理念，南齊在他的治下經濟有了一些起色。他的「永明」時代是自「元嘉」以來第二個比較穩定的時期。（著名的南朝詩歌體「永明體」就產生於這一時代。受佛教的影響，漢語音韻四聲的理論日益成熟，詩歌創作的平仄韻律就有了保障，永明體的詩歌多以五言四句、八句為主，非常接近於唐代的絕句與律詩。）南齊皇室蕭子顯所撰的《南齊書》稱頌永明的十一年間「百姓無雞鳴犬吠之警，都邑之盛，士女富逸，歌聲舞節，袨服華妝，桃花綠水之間，秋月春風之下，蓋以百數」。雖為溢美之辭，但也的確有事實根據，加上這一時期南北之間沒有什麼大規模的戰爭，而以和平交往為主，蕭賾的統治還是頗有可稱道的地方。

蕭賾心說有理，就轉移目標，派衛尉胡諧之、游擊將軍尹略和中書舍人茹法亮率領幾百台軍前往江陵，只搜捕蕭子響左右那些小人，並吩咐說：「蕭子響若是束手回京請罪，可以保全他的性命。」

齊武帝蕭賾是蕭道成的長子，據說他出生的時候，祖母陳氏（即蕭道成的母親）和生母劉氏同時夢到龍身盤踞于房梁之上，可謂大富大貴之兆。蕭道成於是給他起了一個小名「龍兒」，從中也可以看出蕭道成的「異心」。蕭賾本人從小也把自己看做匡扶天下之才，憑藉老爹的功績，很早就有所作為，在宋明帝平定劉子勛的作戰中又立下大功。蕭道成掌握大權后，他被封為鎮西長史、江夏內史、行郢州事。

蕭子響被惹毛了，組織了自己所養的勇九九藏書士以及府上兵士兩千多人，親自到長江堤上駐防，兩軍一交戰，台軍大敗，「目中無人」的尹略戰死，胡諧之等人都乘了單艇逃走。

台軍戰鬥力雖強，軍紀卻很糟糕，攻入錢唐后，不但拘押了大量卻籍民眾去服役，還大肆搶掠城中的百姓。蕭賾聽說后，馬上下令問罪，台軍軍主、前軍將軍陳天福被斬首，左軍將軍劉明徹被免官削爵。

「檢籍」失敗之外，蕭賾大約還有另一個大遺憾，那就是巴東王蕭子響在擔任荊州刺史期間鬧出的亂事（荊州在整個南朝期間就是禍亂之源，誰給擱在那裡誰就「瘋狂」）。

接著輪到車騎將軍張敬兒，這傢伙就死得更冤枉了。他的妻子經常夢到全身發熱，每次一有那種夢，張敬兒總會發達一把，非常怪異（其實也不奇怪，很可能只是身體某方面的疾病的體現，碰上一些巧合而已）。他就到處對親朋好友誇耀，而且還添油加醋講一些更離譜的夢，比如他說自己夢到家鄉的樹長到天頂。這些夢話被一名太監傳到蕭賾那裡，就成了不臣犯上的罪證，恰好又有人報告蕭賾，說張敬兒還經常和蠻族人打交道，蕭賾終於起了疑。他在會見群臣的宴席中當眾捉拿了張敬兒，宣布了一堆捕風捉影的罪名，將他與他的幾個兒子一併處死。這麼一個開國功臣就白白死在做夢上頭了。（總體上看，齊武帝與宋明帝正好相反，後者是對兄弟多疑，對臣下寬厚，齊武帝則是對兄弟寬厚，但對臣下十分地不信任。宗室之間矛盾重重固然會導致內亂，但皇帝至少還有一批可用之人，如果對人才也不能放心使用的話，那就很難有所作為了。僅憑這麼一點，我們就可以斷言南齊一朝的格局也不可能大到哪裡去。）