陳獨秀在東北目睹八國聯軍侵略我國，後來回憶：「前年金州有俄兵姦淫|婦女而且殺之，地方老紳率村民二百人向俄官理論，非徒置之不理，且用兵將二百人全行擊斃。俄官設驗疫所于牛庄，納多金者則免，否則雖無病者亦置黑獄中，非納賄不效。其無錢而囚死獄中者，時有所聞。」

5月17日，陳獨秀等人在安慶「藏書樓」發起皖省首次拒俄大會。這天雖大雨滂沱，仍有約300餘人到會，因書樓甚窄，參會者大多立在門外聽講演。陳獨秀也發表演說，談及當年在東北耳聞目睹沙俄欺侮乃至殘殺東北父老鄉親的種種慘狀，座中無不欷噓。陳還大罵某些人「平日口談忠孝，斥人為叛逆，一遇國難，則置之不問，絕不肯興辦公益之事，唯思積款于外國銀行，心中懷有執順民旗降敵一大保身妙策，是為國賊，是為逆黨。是等國賊、逆黨不殺盡，國終必亡」。陳的言論引起當ｒeaｄ.9９ｃｓｗ.cｏｍ局的震驚，兩江總督端方下令緝拿，陳獨秀遂避禍上海。

「二次革命」爆發后，安徽都督柏文蔚寵信的部下胡萬泰叛變，率兵攻打都督府，柏被迫離皖，逃至南京，任都督府秘書長的陳獨秀則逃亡到蕪湖。蕪湖駐軍龔振鵬在蕪湖每日槍決民眾，殺人無度，陳獨秀十分憤怒，和師長袁家聲闖進龔的指揮部，痛斥其非。龔振鵬下令將陳獨秀、袁家聲綁了起來，並威脅要斃了陳獨秀。陳從容催促道：「要槍決就快點罷！」旅長張子剛得知消息后，連忙帶領手槍衛士前去營救。劉文典等人則速派人送信給在南京的柏文蔚，請他火速前來營救。柏忙到蕪湖，與龔握手言和，陳獨秀方始得救。

清廷擬派五大臣出洋考察，楊篤生作為翻譯隨行，便乘機安排吳樾伺機暗殺。事前，吳樾回原籍安排家事，路過蕪湖，曾與陳獨秀、趙聲「密九-九-藏-書計于蕪湖科學（圖書）社小樓上」。議遂定，臨歧置酒，相與慷慨悲歌，以壯其行。吳樾到北京伏擊五大臣乘坐的火車，因人多擁擠，車身震動，懷中彈發，載澤、紹英二人受傷，出洋考察不得不暫緩啟程。而吳樾亦壯烈犧牲，時年26歲。消息傳來，陳獨秀用暗語致函張嘯岑道：「北京店事，想是吳兄主持開張。關於吳兄一切，務速詳告。」

1899年，在瀋陽嗣父處的陳獨秀得悉母親病重的消息，與長兄匆匆返鄉。途中，遭遇「紅鬍子」，準備劫財害命。搶匪得知陳獨秀是陳衍庶之子，馬上歸還財物，並護送他們入關。傳說是因為陳衍庶任奉天省新民府知府時，紅鬍子張作霖曾被捕判死刑，陳衍庶將其救下，並將其招安。

1902年冬，留學日本的陳獨秀參加了留日學生中最早的革命團體「青年會」，該會「以民族主義為宗旨，以破壞主義為目的」。翌https://read.99csw.com年3月31日，因學監姚煜阻撓學生學習軍事，且誘|奸同事錢午的侍妾，引起眾學生的公憤，陳獨秀、鄒容、張繼、翁浩、王孝縝五人夜間闖入姚宅，聲言要割掉他的腦袋。姚哀求寬大，鄒容說：「縱饒汝頭，不饒汝發。」於是由張繼抱腰，鄒容捧頭，陳獨秀揮剪，割發代首，事後又將姚的髮辮懸挂在留學生會館，旁書「南洋學監、留學生公敵姚某某辮」。後來，姚與清政府駐日公使勾結日方，要抓捕陳等人，陳獨秀、鄒容、張繼三人於4月間被迫返國。

1905年，陳獨秀、柏文蔚等在蕪湖成立岳王會，陳任會長，取名岳王會是取岳飛精忠報國的精神。參加者除安徽公學中的優秀學生外，還有武備學堂的部分軍人，整個組織大概有30多人。岳王會第一次開會時，會員一起燒香宣讀誓約。

1904年，陳獨秀受章士釗邀請，到上海由楊篤生監誓，加入了軍國民教ｒｅaｄ.9９ｃｓw•com育會暗殺團。在此後的1個多月中，陳「天天從楊篤生、鍾憲鬯試驗炸藥」，並與蔡元培結識。之後，由於黃興在長沙事泄失敗，萬福華刺殺王之春未遂，上海的暗殺機關受到牽連，在上海的革命黨人被迫星散逃匿，陳也回到了蕪湖。

在陳獨秀的努力下，其任教的蕪湖安徽公學成為安徽革命運動的中心。該校中，除陳獨秀外，有劉師培、陶成章、柏文蔚、蘇曼殊、謝無量等，吸引了大量青年，轟動整個蕪湖社會。同年暑假，陳獨秀為了聯絡皖省革命志士，一肩行李，一把雨傘，與柏文蔚等足跡遍及江淮南北，先後到達懷遠、蚌埠、蒙城、渦陽、亳州、太和、阜陽、正陽關和壽州等地，遍訪江湖俠士，物色志同道合的革命人士。

在日本時，陳獨秀雖與同盟會成員章太炎、張繼、劉師培過從甚密，也曾加入革命黨的暗殺團體，但一直沒有加入同盟會。傅斯年回憶，陳曾表示，同盟會除孫中山、hｔｔｐs://ｒｅａｄ.9９csｗ•coｍ廖仲愷和朱執信外，大都是些平庸人才，不足與謀，也不足與言，甚至認為同盟會是一堆全軀保妻子之徒，絕對幹不了革命。

武昌起義爆發后，在浙江陸軍小學任教的陳獨秀起草了多篇革命檄文，到處張貼。其中一篇被光復會陸軍小學隊長周亞衛和排長高文蔚張貼在城內鼓樓的門旁，「省垣官吏聞之悚然」。

「二次革命」失敗后，安徽督軍倪嗣沖指派統領馬聯甲帶人查抄陳家。當時，陳獨秀嗣父陳衍庶去世不過百日，棺木還暫厝在家中，嗣母謝氏時正患病，遭此變故，病情愈發嚴重。陳獨秀長子延年、次子喬年兄弟跳牆逃走。馬聯甲搶掠走陳昔凡的古玩字畫，並將陳獨秀的侄子陳永年帶走。後來發現陳永年確系陳獨秀侄子，才釋放了陳永年。是年10月21日，倪嗣沖發出通告，通緝「二次革命」皖省重要革命黨人，陳獨秀冠之榜首。在上海避禍的陳獨秀聽說后，憤憤說道：「以我之氣，恨不得食其人。」