隨著戰火的蔓延，長沙隨時有受到敵人攻擊的危險。在蔣夢麟的建議下，蔣介石同意將聯合大學遷到昆明。到昆明后，校舍緊張，學生無法安置。為解決校舍問題，蔣夢麟親自去蒙自考察后，決定將聯大文法學院設在蒙自。1938年5月4日，西南聯大正式上課，此時距師生全部抵達昆明，僅隔六天時間。

1939年3月1日，蔣夢麟在致胡適的信中寫道：「現家移鄉間居住，新構茅屋20餘間（北大在昆明北郊新建的北大教授臨時宿舍，窗戶紙是用出國留學生考試的試卷糊的），為此處同人疏散之備……地離昆明四英里。每逢警報，高朋滿座。兩星期前，幾乎每日有警報。……昆明一年以來百物騰貴，米每石已漲至100元以上，前年每石7元。人人叫苦……炭每石近16元。豬肉每斤1元7角。鹽每斤6角。雞蛋每枚1角。同人8折支薪，每月入不敷出。人口較多之家，有午吃飯而晚飲粥者。學生方面，政府每月給貸金14元，幸官米每石50元，猶能吃菜飯充饑。營養大成問題矣。」

「三一八」慘案前後，蔣夢麟同情學生，反對北洋政府。4月，北京政府的前總理孫寶琦通知蔣夢麟，蔣的名字已經上了黑名單。剛好王寵惠來訪，蔣夢麟不假思索，連忙跳上王的軍警不會盤查的紅牌汽車，直駛東交民巷使館界，在六國飯店住下。第二天，蔣夢麟對一位美國朋友開玩笑說：「我天天叫打倒帝國主義，現在卻投入帝國主義懷抱求保護了。」

1947年，時任國民政府行政院秘書https://read.99csw.com長的蔣夢麟對陳果夫說：「果夫先生啊！現在情形真不對了，這個政府要僵掉了，什麼事情也辦不通，我們要做一件事，真吃力啊！簡直推不動。在行政院兩年的經驗，我真夠苦了。我曾經和委員長說過，好多事情辦不通，僵極了。他問我為什麼僵極了，我一時又說不出來。只覺得僵得很厲害，簡直不能動了！」

任北大校長（包括代理校長）期間，蔣夢麟經常為校內外發生的事情所困擾。他感慨：「在那時候當大學校長真是傷透腦筋。政府只有偶然發點經費，往往一欠就是一兩年。學生要求更多的行動自由，政府則要求維持秩序，嚴守紀律，出了事時，不論在校內校外，校長都得負責。發生遊行、示威或暴動時，大家馬上找到校長，不是要他阻止這一邊，就是要他幫助那一邊。每次電話鈴聲一響，他就嚇一跳。他日夜奔忙的唯一報酬，就是兩鬢迅速增加的白髮。」多年後，在昆明的蔣夢麟在《西潮》一文中回憶這些事情后，又做了場惡夢，在夢中一會兒看到青年男女橫屍北京街頭，一會兒又看到憲兵包圍北大要求交出學生領袖。夢中驚醒之後，他輾轉反側，閉上眼睛，當年的一幕幕悲劇又重現眼前。

蔣夢麟在六國飯店住了三個月，經常以寫字消遣。同住在六國飯店的還有北大地質學教授朱家驊等人。後來局勢比較寬鬆一些，蔣夢麟一位朋友的夫人冒充蔣的太太，同乘一輛馬車將蔣送到東車站。一路上，只要陌生人看蔣一眼，他都覺九-九-藏-書得心驚肉跳。到車站后，蔣夢麟搭上一輛去天津的火車，然後從天津搭英國商船，安全抵達上海。

是年9月，美國聯合援華會決定撥款100萬元，通過中華教育文化基金董事會，設立特別研究補助金，資助昆明地區學術工作人員。就在蔣夢麟等人開始落實這一援助工作時，聯合援華會負責人宣布：該會款將用於補貼中國教授們的生活。此事經報紙披露即引起軒然大|波，有些人反對靠美國慈善團體的捐款來維持教授生活，蔣介石聽說后大發雷霆，最終否決了此次捐助。

蔣介石定於1936年1月16日在南京召見全國高校領導人和學生代表，以平息學生運動。因學生拒絕前往，蔣夢麟只得指定3名學生為「聆訓代表」，前往南京。3名學生返回北大時，北大學生會將他們驅逐出校，派人把他們的行李、書籍擲在馬路上，連其愛人的相片都撒了一地。蔣夢麟傷心不已，他召集全體同學開會，沉痛地說：「我是中華民國國立大學的校長，我不得不服從國家的命令！這三位同學是我要他們去的，一切的責任當然我負。……從前海上有一隻船遭難了。船長鎮靜地指揮著，讓婦孺老弱們送了救生船逃生，餘下的人和他自己無路可走，他卻命船上的樂隊奏著『近乎我主！』的讚美詩，隨著這船慢慢的沉下去。現在如果我們所乘的這隻船（中國）要沉了，那我們也應當和這位船主一樣，在盡了自己的責任以後，站在崗位上從容就義。馬上複課吧，先盡我們的責任！」但同學們依然拒絕了蔣九九藏書夢麟近乎懇求的複課建議。

1923年，蔣夢麟寫信給胡適抱怨道：「蔡先生致評議會函，又屬我代理校長。半年的欠款，六百的飢餓教職員，三千惹禍的學生，交到我手裡，叫我怎麼辦！」

費正清回憶：「蔣夢麟于午飯前到我這兒來，我告訴他聯合援華會遭受慘敗之事。從外表看，他頗像梅貽琦——個子很高，身材消瘦，舉止優雅，不過，他是個理智勝過情感的人。他們作為昆明高校的兩位領袖，都是以其苦行僧形象著稱的，是給人以深刻印象的人物。蔣夢麟近來沒有為北大做什麼。他已困難到山窮水盡，唯靠典賣僅剩的衣物書籍而維持生活，他的夫人現在正在設法尋找工作而他自己則回到昆明去擔任中國最高學府的校長。跟梅貽琦相比，蔣夢麟的經濟境況還稍勝一籌。梅夫人化名找到一個工作，結果被發覺，只得中輟。」

抗戰時期，北大、清華、南開三校在長沙組成長沙臨時大學，教授們主動要求縮減月薪，共赴國難。於是臨大常委會決議教職員薪水按七成支付，會議公推蔣夢麟兼總務長、梅貽琦兼教務長、張伯苓兼建設長。蔣夢麟因終日算賬，累出胃病，才讓旁人幫他的忙。到西南聯大后，蔣的胃病又犯過一次，靜養四個月，才得以恢復。

1920年，蔣夢麟在一次對北大全體師生的演講中說，北大上一年欠了一個建築公司的巨款，對方來討，他只能予以搪塞。後來建築公司實在沒辦法，在中秋節前派人每天到蔣家討債，蔣無奈，只好逃到西山躲避。

1936年2月底，北平憲警https://read.99csw.com當局奉令突擊搜查北大、清華等校，逮捕學生200餘人，來自河北的高中生郭清被捕后因病死在醫院。消息傳出后，群情激奮。北平學聯與北大學生會決定舉行抬棺遊行。蔣夢麟聞訊即與警方前來勸阻，結果學生52人被捕，其中北大學生9人。蔣夢麟對積極支持學生運動的許德珩、馬敘倫等教授也表示不滿。當時按北大慣例：教授工作滿五年，可以休半年，支全薪；也可以休息一年，支半薪，但期滿必須重新聘請。馬敘倫工作已滿五年，因身體不佳，提出休假半年。胡適在主持校評議會時，決定馬敘倫休假一年。馬獲知後向蔣提出質問，蔣只說：「仍送一年的薪水好了。」但未提及重新續聘之事。馬敘倫非常氣憤，立即提出辭職。消息傳出，北大學生紛紛向學校當局提出質問。蔣夢麟只好退回辭呈，親自向馬道歉，並再三送來聘書。但馬敘倫還是離開了北大。

蔣夢麟的女兒蔣燕華、梅貽琦的女兒梅祖杉，當時都在聯大上學，她們和另外三位女同學，五個人住一間破房。下雨時房頂漏雨，她們就用油布把行李蓋好，在屋裡打著傘，坐在床上看書。

1922年11月，北大25周年校慶之際，蔣夢麟向全校師生許諾，一定要在第二年暑假建好圖書館，讓學生在開學後有個地方看書。但因北洋政府拖欠北大八個月的經費，到次年9月初，當學生們暑假后從全國各地趕回來上學時，卻連圖書館的影子都沒看見。蔣夢麟只好在開學儀式上向大家道歉。

是年11月，蔣夢麟又致函胡適道：「我現在忙得hｔｔpｓ://ｒｅａｄ•9９ｃｓw.ｃｏm不亦樂乎，有幾分厭倦。教育部無人負責，他校大都不死不活。京師教育事務，我首當其衝，簡直是大學校長而兼教育總長。我現在買了一架汽車，天天在街上跑，真是和gasoline（汽油）有仇。」

1943年1月，蔣夢麟在給胡適的信中抱怨：「聯大苦撐五載，……圖書缺乏，生活苦難（物價較戰前漲百倍以上）。在此情況之下，其退步非人力所可阻止，弟則欲求聯大之成功，故不惜犧牲一切，但精神上之不痛快總覺難免，有時不免痛責兄與雪艇（王世傑）、孟真之創聯大之意。數月前在渝，孟真責我不之管聯大事。我說，不管者所以管也。我發恨時很想把你們三人一棍打死。」

胡適於1921年6月10日的日記中記載：「夢麟邀我與文伯同去西山游一次。夢麟此次處境最難，憔悴也最甚。今天我們同到八大處腳下的西山旅館座談三個多鐘頭，也可算是偷閑尋快活了。夢麟說：『北京的教育界像一個好女子；那些反對我們的，是要強|奸我們；那些幫助我們的，是要和姦我們。』我說：『夢麟錯了，北京教育界是一個妓|女，有錢就好說話，無錢免開尊口。』」

1935年12月9日，北大學生參加了「一二九」示威遊行，返校后即宣布成立北大學生會，並決定總罷課。蔣夢麟兩度發表《告同學書》，決定於1月4日複課。為了使學生準時複課，蔣夢麟、胡適召集全體學生談話，結果贊成複課者寥寥無幾。1月4日早上，蔣夢麟站在北大二院門口，胡適站在一院紅樓門口，親自動手拉學生上課，仍無功而返。