閏三月十八日，南明延長伯朱養恩、總兵龍海陽、副將吳宗秀率三千餘人，從四川嘉定，出建昌，千里迢迢來雲南歸降。白文選部將王安等從建昌來降，獻出白文選的「蕩平大將軍」金印。

清軍打掃戰場時發現，明軍伏兵在未出戰前被火炮、箭矢射死在溝中的便有約三分之一，戰鬥中陣亡的也有三分之一，明軍將領竇民望、王璽等也在此戰中身亡。

多尼於十二月接到班師回朝的旨意，征南將軍卓布泰則于次年二月率部回京。而線國安在此之前已調回廣西。經略雲貴的總督洪承疇在雲貴基本平定后，眼部疾患發作，右眼幾乎失明，左眼視力也是每況愈下，走路都需要有人攙扶，公文更是只能由他人代為閱讀。他自感力不從心，上奏懇請回京休養。順治帝體恤，很快給予批准。

順治十五年（1658年）正月初九日，順治帝任命多羅信郡王多尼為「安遠靖寇大將軍」，同多羅平郡王羅可鐸，多羅貝勒尚善、杜蘭，固山額真伊爾德、阿爾津、巴思漢、卓羅統領清軍進取雲南。同時還徵調御前侍衛及王、貝勒、貝子、公等護衛皆酌置隨征。順治帝特別指示吳三桂等三路大軍克取貴州后，「即宜乘機進取雲南」。大軍于順治十五年（1658年）二月二十五日同時進兵。

吳三桂部在後頭死死咬住他們不放，在瀾滄江，明軍燒毀鐵索橋，而清軍則扎筏過江。十八日，當清軍進入永昌時，永曆帝已離開三天，並在這一天到達騰越城。吳三桂在永昌城稍事安撫當地民眾，便又率大部追趕永曆帝。

七月二十八日，定西將軍、墨爾根侍衛李國翰突患急病，沒幾天便死於遵義。他死後，前線指揮權很自然地便歸於吳三桂一人之手。

順治帝把雲南的軍事、民政、錢糧等一切事務，包括對地方興利除弊，實施各項措施等所有權力都授給吳三桂掌管，由他直接請示皇帝批准執行。地方官員，從總督、巡撫到各政府部門都不得干預。甚至還把該地的官員任免權也交給了他。此時的吳三桂可謂是不折不扣的「雲南王」了。

清三路大軍來勢兇猛，征撫並用，沒多久貴州全境便被清軍佔領。此後吳三桂駐守遵義，卓布泰駐守獨山州，寧南靖寇大將軍羅托駐貴陽。他們一邊休整部隊，補充兵員、糧草，一邊等候朝廷新的指令。

最後這十八人向在場眾官員拱手道：「我們去了！中興大事就交付各位了。但各位都要忠於朝廷，切不可附龐天壽、馬吉翔賣國，我們雖死猶生！」說完，引頸受刑。觀者無不垂淚泣涕。

清軍三路進攻的消息傳到雲南，「上下震恐」。李定國很清楚孫可望對此地地形極為熟悉，而各處守將又都是他的舊部，為防止這些人臨陣倒戈，他不得不臨陣換將，統統派上自己的人。他派遣自己的部將劉正國與楊武據守三坡、紅關一帶，專門防衛吳三桂一路軍，派馬進忠守貴州。劉正國與楊武前來三坡、紅關諸隘，據險設下伏兵和象群嚴陣以待。因吳三桂已得到孫可望所獻貴州、雲南地圖，探明「險隘要害，行軍設伏」之處，所以一路上他都有防備。四月二十五日，吳三桂部行至三坡一帶，劉正國的伏兵發現對方早有警覺，再加上兵力上佔有絕對優勢，便無心戀戰，經水西（黔西）逃回雲南。

李定國此次設伏計劃，雖因叛徒告密，未能取得預期戰果，但他在絕對劣勢下，仍能組織明軍給予清軍堅決打擊的精神還是值得稱讚的。

吳三桂部繼續前進，至桐梓（今仍名）。駐守此城及以南的四渡站諸隘口的守將郭李愛、劉董才、王明池、朱守全、王劉蒼、總兵王友臣等見大勢已去，率五千官兵及家眷，還有大象，向吳三桂投降。王友臣是永曆政權興寧伯王興的兒子，王興被李定國調到雲南去了，他與部下的家口都留在綏陽。當吳三桂大軍殺至桐梓時，其子王友臣便決心投降，他先派中軍朱尚文前往吳營聯絡投降事宜，在得到吳三桂的承諾后，便率部投降。過了四渡站，便是貴州北部重鎮遵義，此處守將及全軍壓根就沒準備抵抗，見清軍到來，大開城門而降。該城儲糧充足，有三萬余石，正好為清軍提供了補給。

張獻忠戰死後，這四人自四川經貴州，進入雲南。他們招降世守雲南三百余年的原明朝黔國公沐天波，進而控制了整個雲南。此時他們又恢復自己本來姓氏，自封王號：孫可望自稱「平東王」、艾能奇稱己為「定北王」、李定國則稱「安西王」、劉文秀號「撫南王」。這四人不分伯仲，實力相當。孫可望心大，很想成為眾諸侯之盟主，但李定國偏偏不服氣，很多事上都與孫可望對著干。這讓孫可望很是不爽，很想找個機會把李定國給收拾了，從而樹立自己的權威。

沒了李定國的永曆帝一行更是成為驚弓之鳥，眾人簡單吃上一口飯，便又連忙趕路。此時人心更加渙散，各營士卒陸續有開小差的。昏夜中，迷路于山谷，群臣妻子不相顧，亂兵乘機劫掠，火光燭天，驚擾奔竄。等到天亮，才發現還在原地，而永曆帝的后妃、宮女則已失去多半。窮途末路，永曆帝下定決心投向緬甸，以圖暫時安身。二十八日，永曆帝一行到達到中緬邊境的銅壁關，隨從將領孫崇雅叛變，大肆劫掠輜重而去。而在將要出關進入緬甸時，又有一名隨從將領靳統武率其部屬出走。永曆帝哀嘆：「路遙知馬力，日久見人心。亂世少忠臣，君父淪塵土！」

正月初三，吳三桂與其他兩路清軍浩浩蕩蕩開進昆明城。南明衛國公胡一青、提學道徐心箴、光祿寺卿黃復生、提督劉之扶、土司總兵龍世榮等一批將吏向清軍投降。清軍雲集，大肆抄掠降眾，無所不至，滇民水深火熱。

當李定國與清軍在磨盤山血戰時，永曆與隨從離開騰越繼續南行，經南甸，又行兩日，還不知磨盤山戰況。二十四日，準備安營炊飲時，總兵楊武趕到，向永曆帝報告：李定國失利，目前下落不明。而李定國撤出戰鬥時，一心想追上永曆帝，但始終沒追上，命人詢問當地邊民，得到永曆帝已西行的消息，李定國感嘆：「君臣皆死無益也。姑他往，以圖再舉。」當即決定奔孟艮。

永曆君臣在崎嶇的山間小路上繼續逃亡著，他們在和時間賽跑，在和死神賭命。初四日，至永昌（雲南保山），不見後方有清軍追擊，決定暫時在這裏安扎小歇。李定國請示永曆帝，希望讓他堅守永昌東北的重鎮大理，以作為永昌的後備。永曆帝批准了他的請求。李定國到達大理后不久，白文選率殘部自霑蓋撤到這裏，列陣大理城外的下關，餘眾尚有萬餘人。李定國率數百騎兵九-九-藏-書迎接。白文選一見李定國，不勝憤激，一邊流淚，一邊斥責道：「人主（指永曆）以全國全師恢復宗社之重任，付託于公，一旦至此，誰執其咎？公于羅（遮）炎河因先走矣，其見無數萬人民搶天呼地，悉鋒刃之慘戮乎？」李定國忍不住大哭：「事既如此，夫復何言！惟本此孤忠，死而後已，以報君父，以結此殘局。」見李定國也是情真意切，白文選未再責怪他，只說：「帝行矣，請公先行，文選留後。」李定國謝過白文選，回到永昌。大理北有一玉龍關，正是通永昌的要道，白文選便率部在這裏斷後。

看了吳三桂的奏摺，順治帝在心中還是認同的。

順治十六年九月，高應鳳、許名臣殺了石屏知州，奔元州，那嵩便趁機舉兵反清。事關重大，吳三桂決定親自率部圍剿。九月二十一日，吳部從昆明出發，直奔石屏（雲南石屏）。那嵩派朱養恩屯兵老武山，為其外援，又設伏大竹箐，以待清軍。石屏土官龍世榮知道那嵩之計，便引導吳三桂繞行別道，至伏兵之後。十月九日，吳三桂至沅江，見清軍主力趕到，朱養恩不敢救援。那嵩夜襲吳營，但被擊退。吳三桂下令掘壕，立木城圍困沅江，又造浮橋，遏其水路。反清力量抵抗得極為英勇，直至十一月初，沅江仍沒有被清軍攻下。吳三桂命人向城內|射去一封信，勸誘城內軍民活抓那嵩獻城投降，否則，城破之日，將進行屠城。那嵩毫不畏懼，也向城外射來一封信，羅列吳三桂自入關以來之罪狀，而且還署其舊職銜，稱「山海關總兵吳三桂開拆」。吳三桂讀後氣急敗壞，指揮部隊猛攻，十一月六日，終將城攻破。那嵩從北門馳回家中，與妻妾登樓舉火自焚，其子那燾、女婿等至親都各回自己的住室自焚，許名臣、許世勛等自殺，高應鳳、孫應斗、周長統、馬秉忠四人被俘。

一次在演武場上，在全軍面前，孫可望以李定國對自己不敬為借口，下令將其責打一百軍棍。事後，孫可望還想玩玩「恩威並施」的政治手腕，親自到李定國家中，好言相勸。原本都是一方諸侯，誰也強不過誰，誰也低不過誰，沒有絕對的壓制他人的實力，玩「恩威並施」結果只會恰恰相反。孫可望在李定國家中的拙劣表演，極大地刺|激著李定國，他將此視為「奇恥大辱」，內心涌動著更大的仇恨。不久以後，這兩人都降了永曆政權。孫可望被封為「秦王」，李定國被封為「公爵」。一是嫌自己爵位低，不服，二是想讓孫可望難堪，李定國對永曆帝稱：「我等無尺寸功，何敢受朝廷之封！」這一招，將了孫可望一軍，這孫可望對爵位受也不是，不受也不是，兩人之間的矛盾與仇恨從此更大了。

洪承疇走了，吳三桂留下了，他最輝煌也是生命最後的二十年就此拉開序幕。

李定國見形勢險惡，如此狂逃仍不能擺脫清軍，便安排一部分兵力護送永曆帝先撤，而他自己則親自率兵在後面掩護。二十日渡潞江（怒江），渡口倒是並不寬，但水勢卻極為洶湧。每年清明至霜降期間有「青草瘴」，就連當地土人都感畏懼，不過此時還沒到這時節。過江二十里，有一磨盤山（騰衝與龍陵之間），是高黎貢山的南段，位於怒江西岸，是此地的一座穹嶺。李定國勘察地形后發現，「鳥道窔箐屈曲，僅通一騎」，心中不由得有了一個主意，這南明軍隊一路狂逃，清軍則一路狂追，這追的怕是此時不會太有戒意，若是在此設伏，很可能會大有收穫，並且能擺脫清軍迅猛的追勢。他派兵護送永曆帝馬不停蹄地往邊界方向撤退，而他自己則下定決心在此地與清軍干一場。

十二月二日，吳三桂大軍經水西赴天生橋，在苗等少數民族聚居區紮營。第二天，天微微亮，清軍忽然由天生橋攻擊烏撒軍民府，扼住七星關大道，一下子便堵住了白文選的退路。白文選感到大事不妙，急忙放棄七星關，向西南方向撤退至可渡橋（位於雲貴邊界可渡河）。此時該處守將馬賓已率部逃走，白文選只得命人放火焚橋，進入雲南，駐紮于霑蓋州（曲靖北，今仍名）。他很擔心自己家眷的安全，想撤回昆明。此時清軍已佔領烏撒軍民府，信郡王多尼經安庄衛，渡過盤江，至松嶺衛，擊退此處白文選部的兩萬守軍，繼續向昆明進發。

清軍仍分三路進攻，以吳三桂為北路，自遵義出兵，取道水西（黔西），攻取七星關，至昆明，計行軍一千五百余里；以卓布泰為南路，自都勻（貴州都勻市）出師，沿廣西，貴州邊界，經平浪、永順（廣面板嶺東），出安隆所（貴州安龍），直趨黃草壩、羅平州，至昆明，計行程一千八百余里；多尼自為中路，由貴陽出兵，經關嶺（貴州關嶺布依族苗族自治縣），鐵索橋，進入雲南，至昆明，計行程一千余里。三路大軍約定：十二月會師昆明。

大學士吳貞毓詩云：「……擊奸未遂身先死，一片丹心不肯休！」

李國英的奏言對吳三桂是很不利的，就差沒直接罵他了。

清軍一直在後追趕，並攻陷楚雄全郡、玉龍關，大理。

十二月十五日，在昆明的各部各衙門，大小官員在官軍護送下全部撤離昆明。慶陽王馮雙禮大義凜然，決定留下，他對李定國說：「某與公俱生於滇，公輔帝西行，圖后再舉為其難者，某願死守會城（昆明），與城存亡！」李定國大為感動，涕泣與之訣別。

在李定國渡江的第二天，二月二十一日，吳三桂率大部人馬也渡過了怒江。進至磨盤山下時，吳三桂發現此地地勢極為險要，群峰林立，林木茂密，只見磨盤山高矗其間，除了一條崎嶇小路，無他路可走。吳三桂不禁心中咯噔了一下，作為一個極富戰場經驗的職業軍人，他很明白這意味著什麼，但他自感從昆明出發后，一路追殺，擊敗白文選后渡過怒江，數百里之內，竟無一人抗拒，此時深受重創逃亡的明軍應該既沒有膽也沒有力與他再干一場，為了不耽誤寶貴的時間與機遇，在全殲南明朝廷的巨大誘惑下，吳三桂竟然做出了一個非常不專業的決定，他下令大軍不得停留，全速前進。

樹倒猢猻散。這大明完了，小明（南明）也差不多了。

五六月間，順治帝向吳三桂等出征將領頒賞，向雲貴兩省百姓撥銀賑濟。

雲南、貴州兩省多年戰亂，百姓流離失所，田地多荒廢，飢荒很是嚴重，加之大量駐軍日常的補給需求極大，此地通貨膨脹的厲害，每斗米價格竟高達白銀三兩！朝廷深知「兩省地方，生理未服，室廬殘毀，田畝荒蕪，俯養天資，衣食艱窘」，於是特發「內帑銀」三十萬兩。其中九九藏書，以十五萬兩賑濟兩省真正窮民，另十五萬兩由經略洪承疇收貯，接濟三路大軍的餉需。順治帝指示兵部及戶部立即派幹練可靠之屬員將這三十萬兩白銀速速送到洪承疇軍前。

最後，順治帝要求吳三桂受此重任，更應「殫盡心力，務期收取貴州，剿盪逆寇，早奏凱歌！待平定后，立即向朝廷奏報，等候朝廷的下一步命令」。

慘！真是太慘了！

孫可望吃了大虧，很是不甘心，于次年（永曆十一年，1657年）八月，率全部兵馬共計十余萬，開赴雲南，欲與李定國決一死戰。誰料劉文秀、馬惟興與白文選等已與李定國約為內應，臨戰時，陣前倒戈，孫大敗而逃。到三水時，隨從人員僅剩二百餘人，至貴州時，孫可望左右皆叛，隨從僅僅騎兵十餘人。劉文秀、白文選率兵追趕，孫可望感到自己此時已是窮途末路，無奈之下，只好降了清。

李定國還堅持著，除了他之外，沅江土司那嵩、那燾父子接受李定國的指令，暗中聯絡已降清的高應鳳、朱養恩和石屏總兵許名臣、土司官龍讚揚，及其以東的各土司，他們「歃血鑽刀」準備起事。為了表明生死與共的決心，李定國將妻子送往沅江府作人質，並將大量金銀財物送往沅江以充作軍資，並令沅江、普洱諸土官由臨安（雲南建水）出兵，等清軍出邊進剿永曆時，乘其空虛，就來「搶雲南」。那嵩等認為，雲南糧食到九月就吃盡，清軍「馬匹糧草俱無」，是支持不下去的，便決定九月起事。吳三桂探得此情報，大為吃驚，急速上奏朝廷。順治帝下令：由吳三桂與都督卓羅等必於九月內「行兵進剿」。

二十三日，清軍各部都回到昆明。

順治帝特遣專使傳達旨意：「克取貴州，如雲南機有可乘，大兵馬匹行得，即乘勢進取，不必候旨。如大兵馬匹疲弱，候安遠（靖寇）大將軍（信郡王多尼）到日，三路進取雲南。寧南靖寇大將軍（羅托）駐貴州，俟開服雲南，回荊州。」

黔國公沐天波提出一個方案：「自迤西達緬甸，其地糧糗可資，出邊則荒遠無際，萬一（清）追勢稍緩，據大理兩關之險，猶不失為蒙段也。」大臣馬吉翔、李國泰等對比表示贊同。

此番清軍大勝對清廷有著極為重要的意義，南明永曆政權據守雲貴達十余年，客觀地說還是有些實力的，他們以雲貴為基地，加上四川、湖南反清力量的協助，軍事上直逼山陝。李定國曾試圖突破兩廣的阻隔，與沿海的鄭成功聯成一體，此舉一旦成功，就足以使南方大部分地區形成一股勢力與清廷抗衡，阻止清廷實現統治整個中國的夢想。雖然最終南明未成大勢，但這十余年來，永曆朝還是牢牢守住了雲貴，並且在四川境內，他們還控制著川東與川南的部分地區。永曆朝的存在，始終是清廷的心腹大患，要想統一中國，必然要除掉這塊絆腳石。此次順治帝決定對雲貴用兵時，下了大決心，不徹底消滅永曆朝，絕不班師，在用兵及財力、物力方面完全向此戰傾斜。有了這樣的保證，加上統兵將帥的指揮得到下層士卒的拚死搏殺，最終以一年時間，徹底解決了順治帝心頭上的這塊痛。現在除了東南沿海廈門、漳州等地區尚在鄭成功之手，整個大陸地區都已插上了清廷的旗幟。

總體來講，李定國的能力並不在孫可望之下，但孫可望始終對李定國百般壓制。而李定國取得桂林大捷后，孫可望很是妒忌。李定國因有政治資本，對孫可望的壓制，反抗得比以往更為堅決。孫可望終於忍不住下了殺心。他約李定國到沅州喝酒，企圖在酒宴上一舉幹掉李定國。不料未等他動手，便走漏了消息。李定國長嘆：「本欲共圖恢復，今忌刻如此，安能成功！」后率部前往廣西。孫可望殺人不成，惱羞成怒，他獲密報，李定國駐兵柳州，遂派馮雙禮率三萬精兵企圖偷襲。不料李定國燒糧草而走，回師擊敗追兵。

撤退之路極為艱苦，軍隊加上百姓，數十萬人行軍速度極慢，日行不過三十余里。一路所到之處，一片蕭條之色，後勤補給成了很大問題，不少人因飢餓與疾病倒卧路邊，再也沒能起來。看著這幅慘景，到碧雞關（昆明西，今仍名）時，百姓已是哭聲震天。永曆帝命人停車，站起身來，在沐天波的攙扶下，回頭眺望昆明宮闕，淚流滿面，哽咽著說：「朕行未遠，已見軍民如此塗炭，以朕一人而苦萬姓，誠不若還宮死社稷，以免生靈慘毒！」說罷，放聲大哭。沐天波極力勸說寬慰，此時李定國飛騎趕到，恭請永曆帝繼續前進，以安慰軍民之心。過了好一會兒，永曆帝才止住了哭，重新前行。

雖然南明的永曆皇帝還活著，但永曆朝跟死已無分別。此時在中國境內已很難見到這個政權的痕迹，雖然還有些忠勇之士仍然在執著抵抗著，但這隻是個人的英雄行為，和那個堅持了十四年的小朝廷已沒有什麼關係。

孫可望自投入永曆政權，仗著自己的實力，一向飛揚跋扈，把持朝政。一度甚至做起了皇帝的美夢，他授意手下，逼永曆「禪位」給他。后雖由於朝中其他勢力的聯合阻撓，未獲成功。但他仍一意孤行，陷害忠良，為所欲為，自設內閣，自鑄大印。永曆八年三月，永曆帝因懼孫可望加害，傳密旨，令李定國統兵入衛。但消息泄露，孫可望大怒，與部下馬吉翔、龐天壽等密謀，以永曆的名義，下達旨意，把參与其事的以大學士吳貞毓為首的十八人全部判為斬立絕。行刑之日，吳貞毓等十八人面不改色，賦詩以明心志。

順治帝令吳三桂與李國翰由漢中出發，經四川，直取貴州。同時他又頒下聖旨，封固山額真（都統）卓布泰為「征南將軍」，會同提督線國安所屬官兵及湖南調發的官兵為一路軍，由廣西前往貴州，相機進取。

在清軍首先開炮時，李定國正穩坐山頂，聽到炮聲，他大為驚訝，他自感伏擊計劃可謂天衣無縫，不可能被清軍覺察，怎麼現在會突然出現這種情況。就在此時，忽得一發彈丸直衝他而來，身邊的衛士急忙將他按倒，李定國無大礙，只是被炮火擦傷了些皮肉。站起身，李定國大罵：「娘的，難道天要滅我嗎？」計劃被打亂，全殲清軍已是不可能，李定國強壓心中怒火，據險指揮。激戰從卯時（早晨5-7時之間）一直持續到中午，雙方均傷亡慘重，山上遍布兩軍將士的屍體。不久后，清軍卓布泰部及多尼部及時趕來增援吳三桂。而明軍則孤立無援，陷入被動，李定國不得已只得下令撤退。

但做皇帝是需要些政治手腕的，不會輕易表明自己的態度。順治帝對吳三桂與李國英兩方的意九_九_藏_書見，並沒有拿出一個明確態度。他將李國英的奏文交付「所司密議」，卻遲遲未見拿出具體方略。不過對於吳三桂，他還是給予了安撫，他下詔稱：朝廷慮及路遠民稀，轉運糧餉艱難，還不打算讓吳三桂攻打成都，至於雲貴，還要視以後的形勢再定。因此，他要吳三桂安心駐紮漢中。

清軍的進攻動向非常明顯，南明永曆朝雖「差勁」，但也很快明白了清軍的「意思」。滿朝上下大感驚慌，最後永曆帝命晉王李定國據敵迎戰。

大戰之後，洪承疇便提出一個大胆的建議：雲南山川險峻，幅員遼闊，非內地可比，請命議政王貝勒大臣密議，三路大兵作何分留駐守？貴州中路漢兵、廣西漢兵，作何分佈安設？雲南同貴州相比，尤為險遠，土司種類甚多，治之非易，所以，元朝用親王坐鎮，明朝以黔國公沐英世守。他要求議政王貝勒大臣為久長計，苗（吳）兵駐鎮，俾邊疆永賴輯寧。兵部對洪承疇的建議未敢下什麼結論，只是請示順治帝聖斷。順治帝命議政王大臣會議討論。他們提出，平西王吳三桂、平南王尚可喜、已故靖南王耿仲明之子耿繼茂三藩，應移一王駐鎮雲南。在雲貴收復后，漢中已屬內地，兼有四川阻隔，不必派藩王駐防。應移一王分鎮粵東（廣東）、一王分鎮蜀中（四川）。三位藩王駐何地，恭候上裁。

連年的戰亂，百姓苦不堪言，非常渴望過安定的生活，在此背景下，清廷的懷柔政策非常奏效，百姓的抵抗精神逐漸麻木，南明殘部失去群眾基礎，逐漸失去了生存的土壤，走投無路之下，向清軍投降的很多。吳三桂剛回到昆明，便有四川烏撒軍民府土知府安重聖、雲南景東土知府陶斗、蒙化土知府左星海、麗江土知府木懿等及各土州縣降清。

順治十二年（永曆九年，1655年）四月，四川巡撫李國英上奏：「雲南、貴州還未平定，徵兵轉餉，因一隅之地，而拖累數省已安之民，曠日持久，勢必坐而自困。以我強大兵力，還不能平定，不是我兵不強，糧餉不足，是由封疆之臣畏難避苦，利純功罪之念，先入于中，卻把憂患都推給了陛下一人承擔。」他指出，吳三桂與李國翰部現駐紮漢中，蓄銳甚久，應分道出兵，與已在湖南、兩廣的清軍，進行首尾夾擊，必殲敵之，從而徹底解決問題。因此他建議朝廷，命令吳三桂與李國翰先率兵駐鎮保寧，為各路之統領，派兵先取成都，次取重慶，以扼咽喉。此舉即為收滇、黔之張本。

朝廷的聖旨下來了。

清軍卓布泰部由普安州進入雲南，多尼中路軍在雞公背擊退馮雙禮，追至北盤江。此時各路明軍爭相撤退，李定國孤軍難以抵擋占絕對優勢的清軍，他下令焚毀鐵索橋，全軍撤往昆明。而白文選部也歷經艱難撤回。此次大戰南明元氣大傷，軍民損失不下三四十萬，其中戰死的士卒官將都是歷經過去十一年戰鬥之精銳。

順治帝原本就有藉此機會徹底解決永曆小朝廷的想法，而孫可望、吳三桂二人的奏摺更是讓他下了決心。順治十四年十二月中旬，順治帝下達了進軍雲貴的聖命。他首先命吳三桂與李國翰：逆賊煽亂雲貴，騷擾地方已久。今賊李定國與孫可望互相攻戰，可望來降。趁此賊黨內亂，人心未定之際，特命王為「平西大將軍」，同固山額真侯墨爾根侍衛李國翰統兵進討。爾等統領所屬官兵及漢中、四川各官兵，由四川前往貴州，相機進取……順治帝在敕諭中特別提到吳三桂凡事都應與李國翰等會議后而行，不得固執己見，不經討論就輕舉妄動。切不可以為我方兵強，就輕敵。對南明官兵，拒不投降的，一律殲滅。有被脅從，而我將士一到，立即迎降的，都免於處死。若能擒獲他們的首領向我方投誠的，要分別予以升賞。並應切記，此番進兵，部隊必須嚴明紀律，嚴禁士卒將吏騷擾、侵害百姓，凡歸順良民，不得擾害。

對於這樣的建議，議政王大臣會議顯然是做了充分考慮的。這尚可喜與耿繼茂部已經駐紮在廣東，家屬也都帶在身邊，但從資歷及能力看，尚可喜明顯高出一籌。廣東地處南疆，臨海，接近鄭成功部的控制範圍，此地安排尚可喜駐守，應該更為合適。而雲南不僅地域大，且情況較為複雜，永曆帝的殘餘勢力還一直在邊境地區活動，始終是一個大的隱患，對於這樣的地方，恐怕也只有吳三桂能鎮得住。而四川，有雲貴為保障，由耿繼茂來打理，問題應該不大。

吳三桂果真沒有食言，城中十余萬人被屠殺。

清軍方面傷亡也不小，吳三桂部屬，自都統下，固山額真沙裡布、祖澤潤等十八名將官及輔國公幹圖、扎喀納等戰死，戰鬥打響時已上山的清軍則無一生還，損失精銳近萬人。

順治帝考慮得很周到，他指示吳三桂等：待出征之日，漢中、四川地方仍酌量留兵防守。此後無論大小戰鬥，各將領或功或罪都應一併查實並速向朝廷奏報。各官犯有小過錯的，可以當即處理，不必另行請示朝廷。驍騎校、護軍校以下軍官，「無論大小罪過，俱商酌徑行處分」。

順治帝接到孫可望投降的奏報后，於十二月六日頒下聖旨，封孫可望為義王。二十六日，聖旨到達長沙。洪承疇率全城官員，會見孫可望，當面向他宣讀聖旨。孫可望跪聽時，已情不自禁，淚流滿面。天恩如此浩蕩，孫可望當即上疏，表示誓死效忠大清皇朝，要為大清皇朝壯麗、輝煌的偉大事業赴湯蹈火、奮鬥終生。洪承疇立刻派人將此奏疏馳送北京。

在接到聖旨后，各路大軍便就地待命、休整，等信郡王多尼到來再一同進兵。

吳三桂與卓布泰等繼續追擊明軍，先佔領騰越，又往西追擊一百二十里，一直追過了南甸（今梁河），至孟村，到達中緬邊境，卻始終未見永曆帝一行的蹤影。

偶然中從來就存在著必然。孫可望投降原來事出有因，這南明政權雖偏安一隅，但其中卻是山頭林立。即使被清軍追著打，形勢非常危急的情況下，這內鬥也從來沒停止過。親父子親兄弟，在權力面前都難免撕破臉，非你死即我亡，更何況所謂的結義兄弟呢！孫可望投降事件還真就跟他的結義兄弟李定國有關。

清三路大軍集結完畢，勢不可當。明軍先由中路出關嶺，張先璧路告急，便移師黃草壩，過了一段時間后，越過石關，在遮炎河駐紮。駐守雞公背的馮雙禮部，因地處峻岭，後勤補給極為困難，士卒甚至連飯都吃不飽。白文選部駐守的生界，孤懸滇、蜀交界之處，一旦有難，友軍部隊很難迅速增援。

這洪承疇與吳家原本就是世交，兩家利害關係密切，吳三桂九*九*藏*書此番能成為「雲南王」便與洪承疇有著一定關係。是他向順治帝提出以一位藩王鎮守雲南，仿元、明兩朝成例，世守此地。洪承疇回京前，吳三桂登門拜訪，密詢今後大計，洪承疇只說了一句話：「不可使滇一日無事也。」洪承疇不愧是只飽經風霜的老狐狸，他深知只要雲南一天沒有完全太平下來，清廷就不會，也不敢收回賜給吳三桂的大權，這一招不僅可確保吳家世代榮華富貴，且以他洪家與吳家的密切關係，這「雲南王之家」以後也會越來越成為他們家牢固的靠山。

洪承疇于順治十七年正月二十日從貴陽出發，於三月初三到達長沙。

十一月初十日，吳三桂統本部人馬及援剿左路鎮總兵沈應時、右路鎮總兵馬寧部等，自遵義出師。白文選得到情報，於十二日拂曉，率部由生界退回七星關守險。此關四周環山，山下有條七星關河，水勢洶湧，山上林木茂盛，中有一線天相連，形如橋樑，故稱為「天生橋」，其實並沒有橋。

順治十三年，形勢基本穩定，清廷基本控制了全國。此時雲貴的永曆政權和東南沿海的鄭成功部還在繼續著抵抗。這年四月，正如都察院左副都御史魏裔介指出的：「天下民生所以不安者，以雲貴有孫可望，海上有鄭成功也。」足見孫、鄭兩人的勢力與影響之大。不過令人沒想到的是，次年即順治十四年（1657年）九月，南明永曆政權秦王孫可望攜妻奔赴長沙，向五省經略總督洪承疇投降。順治帝寬恕了他以往的反清行為，並且給予了很高的封賞。趁著這個大好機會，順治帝決定最後徹底消滅永曆政權。吳三桂出征貴州、雲南的時機到了。

據偏沅巡撫袁廓宇奏報：當孫可望被李定國擊敗時，已派遣部將程萬里等人前往清軍聯絡，並「請兵復讎」。而當孫可望前往投奔清軍，行至沙子嶺時，被南明總兵楊武伏擊，幾乎被活捉。清軍聞訊，前去增援，孫可望才僥倖逃脫，攜妻逃入清軍營中。此次戰鬥，招降南明總兵、都督二十二人，太僕寺卿官員一人，副將、參將、游擊等將官一百餘人、內官二十二人、兵丁家口五百餘人、馬五百余匹。十一月五日，孫可望與妻子及隨行屬官百余員與兵數千人至保慶（湖南邵陽）投降，受到當地清朝官員的優禮相待。然後，把他們護送到長沙，總督洪承疇接受了他們的投降。

順治十六年三月二十三日，吳三桂班師回到昆明，同一天聖旨下達，命他鎮守雲南，尚可喜鎮守廣東，耿繼茂鎮守四川。到了十二月，清廷考慮到四川此時已無什麼威脅，於是改命耿繼茂鎮守廣西。次年（順治十七年）七月，順治帝又突然下令，耿繼茂停赴廣西，率領全部官兵並家口，移駐福建。

因沒有更好的辦法，最終南明朝廷基本採用了沐天波的建議，朝廷暫時撤離昆明，以避清軍鋒芒，但不離開雲南。

六月初，清廷接到前線捷報：清軍收復重慶。然後又是一連串的喜報，清軍不斷收穫勝利。不過就在吳三桂順利向貴州進軍時，突然從重慶傳來緊急消息：據守四川與湖南交界處的農民軍余部與明軍殘部聯合攻擊重慶。他們在劉體純、袁宗第、李來亨、譚詣、譚弘、譚文等率領下，共十六營水師，直抵重慶城下。吳三桂聞訊大為吃驚，急忙還師重慶。城內外清軍以火力上的優勢猛轟農民軍與明軍的戰船，反清力量傷亡極大，被迫撤退。吳三桂考慮到重慶、遵義兩地為軍事重鎮，戰略意義極大，若此兩地有閃失，後果不堪設想，為此他調來四川巡撫高民瞻、建昌總兵王明德部赴重慶協防，命令永寧總兵嚴自明等待援軍到來。而他自己則在做好安排后，率部開赴遵義。

雲南是南明永曆朝最後一塊根據地，多年來面對清軍的苦苦圍剿，各路軍民做了殊死抵抗，但與已滅亡的南明弘光、隆武政權一樣，他的內部，派系林立，紛爭不斷，統治層更是腐敗不堪，所以它的陷落存在著必然性。

李定國在得知玉龍關失守后，急派總兵靳統武率四千餘人護送永曆帝撤離永昌。十八日，鑾駕行至騰越（今騰衝），此時尚有沐天波、馬吉翔等隨行，文武官員共計四百餘人。

客觀地說孫可望此次之降，確實使南明永曆政權遭到嚴重打擊，內部更加動蕩不穩。清軍此時乘勢出兵，實為一個難得的好機會。吳三桂也看出了這一點，為搶頭功，他立即向朝廷上疏：「孫、李治兵相攻，今可望投誠歸化，變化之際，人心未定，大兵宜速進貴州。此卞莊刺虎之時也。」

翰林院檢討蔣乾昌詩云：「奸臣禍國從來慘，志士成仁自古愁；十載辛勤為報國，孤臣百折思憂時。」

吳三桂部進入山間小道，由於地形的原因，根本無法保持戰鬥隊形，只能擺成一字長隊，一個接著一個走。走過一段路后開始上山，一直上了一萬多人，也未見有任何可疑的痕迹，吳三桂部官兵不禁更加放鬆警惕。因為行軍速度緩慢，加上此地景色確實較為怡人，這些即將迎接死神的人，此時東張西望，交頭接耳，好不悠閑愜意。當吳三桂的前鋒部隊進入李定國的第二道埋伏時，忽然從遠處跑來一明朝裝束的人，高呼有埋伏。此人叫盧桂生，是南明永曆朝大理寺卿。吳三桂問明詳情，驚得出了一身冷汗，急忙下令停止前進，讓炮兵對準溝莽樹叢中發炮，弓箭手用箭矢猛射，掩護其他部隊有序撤退。這一下子埋伏在叢莽中的明軍伏兵可遭了殃，因沒得到號令，他們不敢貿然反擊，任憑清軍火炮與箭矢狂轟，很多人就這麼白白喪掉性命，死得不明不白。

清軍製作浮橋渡過盤江，直逼曲靖。此地知府蓋世祿降清。十二月中旬，清三路大軍在此會師。

當年，這兩人被張獻忠收為義子，也一併改姓了張。同時被收為義子的還有艾能奇、劉文秀。這孫可望天生機靈，很善於揣摩張獻忠的心思，再加上自身也確實有能力，處理任何事情都是井井有條，滴水不漏，所以格外受張獻忠器重，被列為長子。後來，張獻忠封孫可望為平東將軍，李定國為安西將軍，艾能奇為定北將軍，劉文秀為撫南將軍，這四人同為張獻忠義子，彼此皆以兄弟相稱，張獻忠的部下都尊稱這四人為「帥主」。

與吳三桂恰恰相反的，則是李定國的埋伏圈設得極為專業、巧妙，他充分利用地形特點，設柵數重，埋伏三道伏兵；命泰安伯竇民望為「初伏」；廣昌侯高文貴為「二伏」；總兵王璽為「三伏」。每一道埋伏，設伏兵二千人，他命令各部在清軍過了山頂，進入三伏后，發號炮為令，三伏併發，首尾橫擊，必無一騎逃脫。三道伏兵設於前，大營則屯于山後九九藏書四十里橄欖坡，「炊事伏，令毋見煙火。」

在清軍佔領昆明后，南明慶陽王馮雙禮與德安侯狄三品等逃到四川建昌衛。吳三桂一再招撫，狄三品暗中接受，后按吳三桂的密計，將不願投降的馮雙禮扣押，連同他的「慶陽王」金印、「大將軍」金印、金冊、敕書一張，一併獻給吳三桂。這次隨同狄三品投降的，還有將軍艾承業、張明志、丁有才、總兵馮萬保等人及所率兩千人馬。清廷得到吳三桂的奏報，很是高興，誇讚吳三桂籌劃周詳，並表彰狄三品投誠「可嘉」。同時，赦免馮雙禮死罪，解京另行安置。不久，清廷以擒馮雙禮之功，賜封狄三品為「抒誠侯」，原總兵馮萬保為都督同知。

順治十三年三月，李定國奉永曆密詔，突襲安隆府，擊敗孫可望部，奉迎永曆帝，前往雲南，以昆明為「滇都」。永曆帝以護駕有功封李定國為晉王、劉文秀為蜀王，其他有功人員都一一得到封賞。

永曆十三年（1659年），正月初一，撤退大軍到達雲南西部的永平（今仍名）。

清軍推進至曲靖（今仍名），距離昆明已不過區區數百里，南明永曆政權危在旦夕。

平定沅州后，局勢漸穩，吳三桂率部於十二月二十三日回到昆明。此前當吳三桂還在沅州城下血戰時，順治帝於十月二十二日下旨，命吳三桂全權治理雲南。

吳三桂知道此份奏摺的內容后，於七月十二日上疏，他聲辯說，取成都為根本之計的建議，是他最早提出來的，而李國英不過是剽竊了他的思路罷了。所謂畏避等論，不知他用意何在！同時他進一步說明自己的方略，以成都為根本，將來進取滇黔皆有基，而接濟亦可資一臂之力。這樣，守也可守，戰也可戰，操掌主動權，一勞永逸。若真如李國英所說的，駐鎮保寧一隅，恐非得算。同時為了表明自己的忠心與決心，他向順治帝提出堅決要求出征，由他率領在四川的各鎮官兵為前驅，進取成都、嘉定，待收復這兩地后，如讓他共守，他可把屬下官兵家口遷入成都；如命巡撫固守，他仍帶部屬回漢中。他還說，目下「南方多事，狡寇狂逞」，他不能安居漢中。如「皇上不以臣為無用」，請下命令，獨當一面軍事，「臣何敢辭焉！」他要求朝廷早定機宜，他隨時聽候召遣。

而此時第一道埋伏的竇民望敏感地意識到，清軍忽然如此舉動，必是發現了己方的埋伏，此時不應再錯失戰機，他下令發炮出戰。聽到炮聲，第二道埋伏的明兵也火速發炮，衝出來與清軍血戰。雙方在山上如此狹小的地域，只能短兵肉搏，霎時間血肉橫飛，屍如堵牆。竇民望這條血性漢子，每次戰前必飲酒數升，戰鬥中常常赤膊上陣，身先士卒。此次他更是除去坐騎上的兜鍪沖入敵陣，拚命廝殺。戰鬥打響前，他對眾人說：「我姓竇，而山名『磨盤』。天下有豆（竇）入磨而不腐者乎？今日是我死之日也！」雙方血戰時，他揮刀奮擊，手刃百餘人，最後遭遇冷槍，彈丸從他的脅下穿過，血流如注，但他仍然頂住劇痛，頑強地揮刀劈殺，后因失血過多，壯烈殉國。

永曆帝感到鑽心的痛，他的心在滴血。為了對全天下有個交代，他在永昌給自己下了一道「罪己詔」，自責其過失。見「老大」尚且如此，李定國覺得自己怎麼也得表示一下，他主動上繳了朝廷賜予他的統帥之權的「黃鉞」，請求給予削秩降級的處分。永曆帝是明白人，他自然不會同意，他對李定國說：「是國之禍，王何罪焉！」

吳三桂追擊永曆帝到了邊界盡頭，鑒於上次在磨盤山的教訓，面對陌生不可測的地形，他沒敢孤軍深入。二月三十日，吳三桂與其他將領從雲南西部中緬邊境經由永昌、大理、姚安等地勝利班師。

接著順治帝又封宗室羅托為「寧南靖寇大將軍」，命他會同固山額真濟席哈及洪承疇部調去的部分清軍，由湖南前往貴州，相機進取。洪承疇身兼湖廣、江西、廣西、雲南、貴州五省經略之要職，順治帝命他可以同羅託大軍同行，或隨大軍之後而行，自行酌定。

十二月初六日，洪承疇將此事及「安插事宜」向朝廷作了報告。孫可望為表示他降清的決心與誠意，於十二月十日率部在長沙集體剃髮，並將他攜帶的「秦王之寶」鍍金銀印一顆上交。洪承疇按清廷儀制，發給眾人帽袍帶靴。十九日，洪承疇向朝廷報告說：「偽王自雲貴慕義來歸，凡偽官員兵丁人等皆系全發，今頂感皇上鴻恩，一遵照本朝功令，足見歸順真誠。」碰巧，湖南巡撫周季琬來長沙巡視，會見了孫可望，向他「宣布朝廷德意」。孫與部屬「益為感奮」，他親自寫了奏疏，向順治帝表達了感激涕零之情。洪承疇見孫可望降清之心確是真誠，便約同湖廣總督李蔭祖、湖廣巡撫張長庚、偏沅巡撫袁廓宇、湖南巡撫周季琬等聯合署名，把孫可望降后的情況，向順治帝作了報告。

仗打完了，該給吳三桂安排的也都安排了。其他的將帥該回去了。

在此同時，卓布泰部從貴州都勻進軍，直取安隆，攻佔盤江羅顏渡口。明軍據險死守，將此處船隻壓上重物全部沉入河底，清軍一時被擋住了去路。不久泗城土司嶺繼祿向清軍告密，清軍在他的指引下撈起沉船，連夜渡河。明軍猝不及防，亂戰中總兵官張騏戰死，前來援救的李定國副將張成亦戰死，參將吳子聖只得率部撤退。李定國得知此消息心急如焚，火速率軍三萬前來增援。在安隆附近的羅炎河、涼水井（興義東）明軍與清軍展開血戰。清軍實力佔優，但明軍的火器彌補了己方的劣勢，雙方勢均力敵，打得難捨難分。激戰半天後，明軍漸感不支，李定國感到力挽狂瀾已無可能，只得下令全軍撤退，退至北盤江。此次大戰，李定國有三十余名部將戰死，其家眷也多有被清軍俘獲后處死。

此番大捷雖為三路用兵，但吳三桂親自指揮的這一路軍卻起到了最重要的作用，尤其向雲南推進時，吳三桂部沖在最前方，擔當了正面戰場猛攻的任務。

吳三桂已經離開四川前往漢中，此時原本已被搞定的四川又出現了反覆，成都、嘉定等地又被南明永曆政權殘餘力量所控制。先前在保寧擊敗劉文秀部后，吳三桂曾向朝廷首議進取成都，以為根本。即在成都省會之區，首立根本，設以重兵，有賊拒戰，無賊則耕，根本既立，庶可漸次進取。順治帝大為讚許，稱讚他「真為國家久遠之計」。但是順治帝同時又表示：「大軍駐紮成都，路遠民稀，錢糧轉運維艱，眼下不宜採取此計劃。」他要吳三桂與李國翰暫回漢中，他所屬的四城壯丁，移至沔縣（陝西勉縣附近）一帶分駐。