化石記錄中明顯缺失那些理應存在的中間物種。儘管造物論者為此沾沾自喜，但我們也必須正式這一事實。這種「化石斷代」是達爾文理論的一個缺陷。他曾斷言，將來當專業的進化論者探索了地球上更多區域之後，一定會填補上這塊空白。遺憾的是這些空白依然如故。「化石斷代」曾是古生物學家小圈子裡的話題，如今已為所有進化論的學術權威所承認。進化古生物學家史蒂芬·斯坦利說：「在已知的化石記錄中找不到任何一個通過漸進進化完成重大形態遷躍的例子，因而也就無法為漸進模式提供有力證據。」而作為一名古生物學專家，史蒂文·傑·古爾德則說道：

停滯不前。絕大多數物種活躍在地球上的那段時間內，都九*九*藏*書沒有呈現出有指向性的改變。它們在化石記錄中初現的樣態，跟它們在化石記錄中消亡時的樣態，看起來幾乎完全一樣……

「有機的」實體並非具有無限可塑性，因為通過一系列功能上的中間狀態來改變複雜系統並非易事。一個複雜系統（比如斑馬或公司）進化的方向和方式都極為有限，因為它是由許多子個體所組成的層級結構。而那些子個體又是由某些子子個體所構成的，進化空間同樣有限。

因而，假如我們發現進化實際上是以量子階躍的方式進行的話，也就沒有什麼好大驚小怪的了。生物體的既有組成部分，可以組合成這種或那種形態，但絕不能組成這兩者之間的所有形態。整體所具有的層級架構的本質，阻礙了整體去到達理論上所有可能到達的狀態。與此同時，整體所具有的這種層級結構，也賦予了它完成大規模遷躍的能力。因而，生物體在歷史上就會呈現出從這個點跳至那個點的記錄。這就是生物學中的跳變論（這個詞源於拉丁文saltare，即「跳躍」之意），它在專業生物學家那裡可不怎麼受待見。隨著人們對高茲史密特所提出的「有前途」怪物說的興趣愈來愈濃厚，溫和的跳變論重又煥發青春，但那種完全置過渡狀態為不顧的跳變論到目前為止仍屬異端。不過，複雜事物組成部分間的相互依賴和共同適應必然會產生量子式的進化。而人工進化迄今為止還未能有一副具備足夠複雜層級架構的「有機體」，因而我們也就無從得知突變會以什麼樣的面目出現在合成世界中。read.99csw.comhttps://read.99csw.com

所有古生物學家都知道，化石記錄中幾乎找不到中間形態的物種；主要族群之間的變遷非常突兀……絕大多數物種的化石都具有兩個與漸進論相抵觸的特徵：

不過，對複雜系統特別是那些能夠適應、學習和進化的複雜系統的研究，漸漸引起了人們的懷疑，懷疑達爾文的這個最具革命性的假設其實是錯誤的。生命在很大程度上是物以類聚的，只略具可塑性。物種要麼存續，要麼消亡。它們九-九-藏-書只會在最不思議且不確定的條件下才會轉化成別的什麼東西。總的來說，複雜的東西分屬不同的類別，而這些類別會持續存在。類別的停滯不前才是正道：一個物種的典型存續時間在一百萬到一千萬年之間。

與生物體相似的事物——經濟體、思維、生態群落，乃至國家——也會自然地分化成一些持續存在的叢簇。而人類的機構們——教會、部門、公司——會發現其自體成長要比進化容易得多。如果為了適應而必須偏離其本源太遠的話，絕大多數機構都只能是死路一條。

突然出現。在任何一個地域，一個物種並不是通過自其祖先以來的穩步變化而出現的；它是一下子就出現的，而且一出現就「完全成形」。

在科學史學家們看來，達爾文影響最深遠的九*九*藏*書論斷在於指出，生命不同側面所展現出來的巨大不同其實是一種幻象。那種先哲們一直以來教導的原則——龍生龍，鳳生鳳，老鼠生兒會打洞——並不正確。聖經里說，生物「被按照各自的類型創造出來」；當時包括年輕的達爾文在內的絕大多數生物學家都認為物種會以一種理想的方式保持自己的種屬。物種決定一切，個體從屬於物種。然而，豁然開朗的達爾文宣布：（1）個體具有顯著的差異；（2）所有生命的個體之間都具有動態可塑性以及無限的延展性；所以（3）散布在種群中的眾多個體才是最關鍵的。而樹立在物種之間的屏障是虛幻的，不堪一擊的。達爾文將物種間的差異轉換到個體間的差異，從而消除了物種間的屏障。因而，生命是一個均勻分佈的存在。